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Apis mellifera
cluster # 1248 cluster # 1248       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1248#0 length = 464 sequences # 1  
 consensus_1248#1 length = 440 sequences # 1  
consensusID : consensus_1248#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 464
fasta sequence 
                              [TCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAATTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTTCGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAAAAATGTCAAAATTAGAAACATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGATAAATAATAAAAGTGAATTTATCAATTACTATTATAATATATGATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATTATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATATAATTGTATGCGAGTGAGTGAACTGTGCGAATAAAAATTGGAATAAAAGGGGAAGAGTTTGATGATCAGCC]

[+] EMBL BI507846             [TCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAATTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTTCGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAAAAATGTCAAAATTAGAAACATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGATAAATAATAAAAGTGAATTTATCAATTACTATTATAATATATGATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATTATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATATAATTGTATGCGAGTGAGTGAACTGTGCGAATAAAAATTGGAATAAAAGGGGAAGAGTTTGATGATCAGCC]




>consensus_1248#0
TCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAATTGTTTGA
ACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTTCGAGATTG
AATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAAAAATGTCAAAATTAGAAACATTGTTG
AATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGATAAATAATA
AAAGTGAATTTATCAATTACTATTATAATATATGATTGATCATTGATTAATATCAATTAT
TAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATTATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGA
GAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATATAATTGTATGCGAGTGAGTGAACTGTG
CGAATAAAAATTGGAATAAAAGGGGAAGAGTTTGATGATCAGCC

consensusID : consensus_1248#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 440
fasta sequence 
                              [AAATTTTGTCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAATTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTTCGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAGAAATGTCAAAATTAGAAACATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGATAAATAACAAAAGTGAATTTATCAATTACGATAATTCTAATCATTACTATTATAATATATGATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATTATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATATAATTGTATGCGAGTGAGTGA]

[-] EMBL BI511273             [AAATTTTGTCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAATTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTTCGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAGAAATGTCAAAATTAGAAACATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGATAAATAACAAAAGTGAATTTATCAATTACGATAATTCTAATCATTACTATTATAATATATGATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATTATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATATAATTGTATGCGAGTGAGTGA]




>consensus_1248#1
AAATTTTGTCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAA
TTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTT
CGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAGAAATGTCAAAATTAGAAA
CATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGAT
AAATAACAAAAGTGAATTTATCAATTACGATAATTCTAATCATTACTATTATAATATATG
ATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATT
ATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATAT
AATTGTATGCGAGTGAGTGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1248#0      --------TCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAA 52
consensus_1248#1      AAATTTTGTCCTTGAGTGAAAATTTATGTTTGATCCGAAATTTCACGATTTAAATTCGAA 60
                              ****************************************************

consensus_1248#0      TTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTT 112
consensus_1248#1      TTGTTTGAACAATTGTGATTTCTTGCGATTTCGATCATATAAGAATAAGAATAATACTTT 120
                      ************************************************************

consensus_1248#0      CGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAAAAATGTCAAAATTAGAAA 172
consensus_1248#1      CGAGATTGAATAAAAGAAATTCACTATTCTATTCAGTTATAGAAATGTCAAAATTAGAAA 180
                      ***************************************** ******************

consensus_1248#0      CATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGAT 232
consensus_1248#1      CATTGTTGAATTGAGTTAATCGATTGAGAGAAAAGTGCGACAGTATTAATCTTTGCTGAT 240
                      ************************************************************

consensus_1248#0      AAATAATAAAAGTGAATTTATCAATTAC------------------TATTATAATATATG 274
consensus_1248#1      AAATAACAAAAGTGAATTTATCAATTACGATAATTCTAATCATTACTATTATAATATATG 300
                      ****** *********************                  **************

consensus_1248#0      ATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATT 334
consensus_1248#1      ATTGATCATTGATTAATATCAATTATTAATTGCCATTATTCTTATCGTATGATCGCTATT 360
                      ************************************************************

consensus_1248#0      ATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATAT 394
consensus_1248#1      ATCAACGATTATCCCCTGTACGAAGAGAAATTATTTATTATATTTGACGAAAAAGAATAT 420
                      ************************************************************

consensus_1248#0      AATTGTATGCGAGTGAGTGAACTGTGCGAATAAAAATTGGAATAAAAGGGGAAGAGTTTG 454
consensus_1248#1      AATTGTATGCGAGTGAGTGA---------------------------------------- 440
                      ********************                                        

consensus_1248#0      ATGATCAGCC 464
consensus_1248#1      ----------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)