cluster # 1628

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Apis mellifera
cluster # 1628 cluster # 1628 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1628#0 length = 634 sequences # 1

consensus_1628#1 length = 540 sequences # 1

consensusID : consensus_1628#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 634
fasta sequence

                              [AAATAATTGTGAATACTTATCTTGTATTAAGAAAATGAAGATGAATACTTACACAAATAGTAAAATAATCCCGATGGCGACTAATGTCGAAGATTCGTATCCGGACTCTGACTAGTTTATATGTACTGTTTTACAAGCACTTATACTATCGTATTACTATTCTTTTCCTAATTTTTCTTTTATCTTTATTTATAATTTAAATATCTTTAATAAAAAAAATTATTTTATTAATATTATATTTCATCGGTCGTCATTCTCAGAGTAAATAATTATATAATGATATAATAGGGTAAATAATTATATAAATGATTGAACAATATTAGATTAATGATTTTCCGTAATGCAATAAAAATTCATTAAAAACACTTAAAATGAATGCAGTTTATTATTTTTAAAATCTTATCTCTATACTCTGGTGATTGCGCACCAAATAAAAACATTAATTAATATGATTTATATTTATTCTCATATGGAATGTTTTAACAATATAATTTTCGCTGAATGCTTCAAAACCTGTTCCATTACAACCTCTGAAACCAACATCAGCTATCGTGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATTTATTATGCAAAAATGCTGAAAATATTGCATTGCA]

[+] EMBL BI505605             [AAATAATTGTGAATACTTATCTTGTATTAAGAAAATGAAGATGAATACTTACACAAATAGTAAAATAATCCCGATGGCGACTAATGTCGAAGATTCGTATCCGGACTCTGACTAGTTTATATGTACTGTTTTACAAGCACTTATACTATCGTATTACTATTCTTTTCCTAATTTTTCTTTTATCTTTATTTATAATTTAAATATCTTTAATAAAAAAAATTATTTTATTAATATTATATTTCATCGGTCGTCATTCTCAGAGTAAATAATTATATAATGATATAATAGGGTAAATAATTATATAAATGATTGAACAATATTAGATTAATGATTTTCCGTAATGCAATAAAAATTCATTAAAAACACTTAAAATGAATGCAGTTTATTATTTTTAAAATCTTATCTCTATACTCTGGTGATTGCGCACCAAATAAAAACATTAATTAATATGATTTATATTTATTCTCATATGGAATGTTTTAACAATATAATTTTCGCTGAATGCTTCAAAACCTGTTCCATTACAACCTCTGAAACCAACATCAGCTATCGTGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATTTATTATGCAAAAATGCTGAAAATATTGCATTGCA]




>consensus_1628#0
AAATAATTGTGAATACTTATCTTGTATTAAGAAAATGAAGATGAATACTTACACAAATAG
TAAAATAATCCCGATGGCGACTAATGTCGAAGATTCGTATCCGGACTCTGACTAGTTTAT
ATGTACTGTTTTACAAGCACTTATACTATCGTATTACTATTCTTTTCCTAATTTTTCTTT
TATCTTTATTTATAATTTAAATATCTTTAATAAAAAAAATTATTTTATTAATATTATATT
TCATCGGTCGTCATTCTCAGAGTAAATAATTATATAATGATATAATAGGGTAAATAATTA
TATAAATGATTGAACAATATTAGATTAATGATTTTCCGTAATGCAATAAAAATTCATTAA
AAACACTTAAAATGAATGCAGTTTATTATTTTTAAAATCTTATCTCTATACTCTGGTGAT
TGCGCACCAAATAAAAACATTAATTAATATGATTTATATTTATTCTCATATGGAATGTTT
TAACAATATAATTTTCGCTGAATGCTTCAAAACCTGTTCCATTACAACCTCTGAAACCAA
CATCAGCTATCGTGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATT
TATTATGCAAAAATGCTGAAAATATTGCATTGCA

consensusID : consensus_1628#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 540
fasta sequence

                              [TGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATTTATTATGCAAAAATGCTGAAAATATTGCATTGCATTTTAATGCACGATTAGACAGAGGTTATGTGGTTCGAAATTCAAAATTTAAGGGTTGTTGGGAAGAGGAAGAAACTTGTTCTCCTGCAGGACATATTGCTTTTCGGCGCAATTCCTATGTGCATGTTTTAATTTTTTGTACTGCTAATGAATATCAAAATACCTCTTGAAGATGTAATAAATTTAGAAATTAATGGATCATTAGAAGATGCTAGATTTAGACAATTAGAATTATTTATTTATCCTGATCCAAAATTATGCAAACCAAATAACATTTTAACTTTAAAAATTGATCAACCACTCGTCGATTTTCTTGATGTTCCAATCACTGTAGACATTGAAAATGAATTTAAAATAGGAACCAGACTTTTCATTGCAGGAAGATTAAAACTTCTTCCACATTCATTTTATGTAAATCTACAAAAAGGAAAAGCAATTTATCCTCATCCAATAATTGCA]

[+] EMBL BI517206             [TGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATTTATTATGCAAAAATGCTGAAAATATTGCATTGCATTTTAATGCACGATTAGACAGAGGTTATGTGGTTCGAAATTCAAAATTTAAGGGTTGTTGGGAAGAGGAAGAAACTTGTTCTCCTGCAGGACATATTGCTTTTCGGCGCAATTCCTATGTGCATGTTTTAATTTTTTGTACTGCTAATGAATATCAAAATACCTCTTGAAGATGTAATAAATTTAGAAATTAATGGATCATTAGAAGATGCTAGATTTAGACAATTAGAATTATTTATTTATCCTGATCCAAAATTATGCAAACCAAATAACATTTTAACTTTAAAAATTGATCAACCACTCGTCGATTTTCTTGATGTTCCAATCACTGTAGACATTGAAAATGAATTTAAAATAGGAACCAGACTTTTCATTGCAGGAAGATTAAAACTTCTTCCACATTCATTTTATGTAAATCTACAAAAAGGAAAAGCAATTTATCCTCATCCAATAATTGCA]




>consensus_1628#1
TGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATTTATTATGCAAAA
ATGCTGAAAATATTGCATTGCATTTTAATGCACGATTAGACAGAGGTTATGTGGTTCGAA
ATTCAAAATTTAAGGGTTGTTGGGAAGAGGAAGAAACTTGTTCTCCTGCAGGACATATTG
CTTTTCGGCGCAATTCCTATGTGCATGTTTTAATTTTTTGTACTGCTAATGAATATCAAA
ATACCTCTTGAAGATGTAATAAATTTAGAAATTAATGGATCATTAGAAGATGCTAGATTT
AGACAATTAGAATTATTTATTTATCCTGATCCAAAATTATGCAAACCAAATAACATTTTA
ACTTTAAAAATTGATCAACCACTCGTCGATTTTCTTGATGTTCCAATCACTGTAGACATT
GAAAATGAATTTAAAATAGGAACCAGACTTTTCATTGCAGGAAGATTAAAACTTCTTCCA
CATTCATTTTATGTAAATCTACAAAAAGGAAAAGCAATTTATCCTCATCCAATAATTGCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1628#0      AAATAATTGTGAATACTTATCTTG-TATTAAGAAAATGAAGATGAAT--ACT-TACACAA 56
consensus_1628#1      TGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAGTTAATTTATTATGCAAAA 60
                        ** *  *   *** *  ** ** *  *  ** * *     * ***  * * * ** **

consensus_1628#0      ATAGTAAAATAATCCCGATGGCGACTAATGTCGAAGATTCGTATCCGGACTCTGACTAGT 116
consensus_1628#1      ATGCTGAAAATATTGCATTGCATTTTAATGC--ACGATTAGA---CAGAGGTTATGTGGT 115
                      **  * ***  **  *  **     *****   * **** *    * **   *   * **

consensus_1628#0      TTATATGTACTGTTTTACAAGCACTTATACTATCGTATTACTATTCTTTTCCTAATTTTT 176
consensus_1628#1      TCGAAATTCAAAATTTAAGGGTTGTTGGGAAGAGGAAGAAAC-TTGTTCTCCTGCAGGAC 174
                      *   *  *     ****   *   **        * *  *   ** ** ****       

consensus_1628#0      CTTTTATCTTTATTTATAATTTAAATATCTTTAATAAAAAAAATTATTTTATTAATATTA 236
consensus_1628#1      ATATTGCTTTTCGGCGCAATTCCTATGTGCATGTTTTA---ATTTTTTGTACTGCTAATG 231
                       * **   ***      ****   ** *   *  *  *   * ** ** ** *  ** * 

consensus_1628#0      TATTTCATCGGTCGTCATTCTCAGAGTAAATAATTATATAATGATATAATAGGGTAAATA 296
consensus_1628#1      AATATCA--AAATACCTCTTGAAGATGTAATAAATTTAGAA--AT-TAATGGATCATTAG 286
                       ** ***        *  *   ***   ***** * ** **  ** **** *   *    

consensus_1628#0      ATTATATAAATGATTGAACAATATTAGATTAATGATTTTCCGTAATGCAATAAAA-ATTC 355
consensus_1628#1      AAGATGCTAG-ATTTAGACAAT-TAGAATTATTTATTTATCCTGATCCAAAATTATGCAA 344
                      *  **   *    **  ***** *   **** * ****  * * ** *** *  *     

consensus_1628#0      ATTAAA-AACACTTAAAATGAATGCAGTTTATTATTTTTAAAATCTTATCTCTATACTCT 414
consensus_1628#1      ACCAAATAACATTTTAACTTTAAAAATTGATCAACCACTCGTCGATTTTCTTGATGTTCC 404
                      *  *** **** ** ** *  *   * *     *    *      ** ***  **  ** 

consensus_1628#0      GGTGATTGCGCACCAAATAAAAACATTAATTAATATGATTTATATTTATTCTCATATGGA 474
consensus_1628#1      AATCACTGTAGACATTGAAAATGAATTTAA-AATAGGAACCAGACTTTTCATTGCA-GGA 462
                        * * **   **     ***   *** *  **** **   * * ** *  *   * ***

consensus_1628#0      ATGTTTTAACAATATAATTTTCGCTGAATGCTTCAAAACCTGTTCCATTACAACCTCTGA 534
consensus_1628#1      AGATT---AAAACTTCTTCCACATTCATTTTATGTAAATCTACAAAAAGGAAAAGC---A 516
                      *  **   * **  *  *   *  * * *   *  *** **     *    **      *

consensus_1628#0      AACCAACATCAGCTATCGTGATTACAGGATATATTCCTCCTGATGCTTTGAGATTTTCAG 594
consensus_1628#1      ATTTATCCTCATCCA--ATAATTGCA---------------------------------- 540
                      *   * * *** * *   * *** **                                  

consensus_1628#0      TTAATTTATTATGCAAAAATGCTGAAAATATTGCATTGCA 634
consensus_1628#1      ----------------------------------------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)