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Apis mellifera
cluster # 189 cluster # 189       Sequences # 6       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_189#0 length = 1069 sequences # 5  
 consensus_189#1 length = 642 sequences # 1  
consensusID : consensus_189#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1069
fasta sequence 
                              [CATTTTGTACAACATAACCTCGATCATCTAATAAAGATGTCCCATAACCATATGGCGCATATGATGAATGCAACAAATGGGCATTCAGCGCATGGTATTCACGCATCTCATCAAGCTATAGATCATTTAAATATGCATGGAAATATGCACAATTCTATGGACCATGCCAATATGGATCATGGAAGTCACCTTACTTCTGATACGAACCCATGTGCCAATATGGGAATGCACGGTATGTCAACGATGTGGTTCCATGGAGGATACTGTGAACACGTATTATTCGAATCGTGGAAAATCACATCAATCAGTGGCCTTATAGGATCTATGGTCGGTATTATGATCATGGCTGCGCTTTACGAGGGTTTGAAATATTATCGGGAATATTTGTTTTGGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGAAGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAACAGGGTCGTTCATATGGTTGGAGAAGTAATACACAAACAACCGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTACTCATTAAAAAAGATAGAATGGCTAAATTATTATTGCATAAAAAATATCTATAAAATGCAAATTTGTATACAAAATATCTATAAAATGCAAATACTGGAATATTAAATCTTTGATCTGGATAGCT]

[+] EMBL BI513680             [CATTTTGTACAACATAACCTCGATCATCTAATAAAGATGTCCCATAACCATATGGCGCATATGATGAATGCAACAAATGGGCATTCAGCGCATGGTATTCACGCATCTCATCAAGCTATAGATCATTTAAATATGCATGGAAATATGCACAATTCTATGGACCATGCCAATATGGATCATGGAAGTCACCTTACTTCTGATACGAACCCATGTGCCAATATGGGAATGCACGGTATGTCAACGATGTGGTTCCATGGAGGATACTGTGAACACGTATTATTCGAATCGTGGAAAATCACATCAATCAGTGGCCTTATAGGATCTATGGTCGGTATTATGATCATGGCTGCGCTTTACGAGGGTTTGAAATATTATCGGGAATATTTGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL BI509680             [     TGTACAACATAACCTCGATCATCTAATAAAGATGTCCCATAACCATATGGCGCATATGATGAATGCAACAAATGGGCATTCAGCGCATGGTATTCACGCATCTCATCAAGCTATAGATCATTTAAATATGCATGGAAATATGCACAATTCTATGGACCATGCCAATATGGATCATGGAAGTCACCTTACTTCTGATACGAACCCATGTGCCAATATGGGAATGCACGGTATGTCAACGATGTGGTTCCATGGAGGATACTGTGAACACGTATTATTCGAATCGTGGAAAATCACATCAATCAGTGGCCTTATAGGATCTATGGTCGGTATTATGATCATGGCTGCGCTTTACGAGGGTTTGAAATATTATCGGGAATATTTGTTTTGGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGAAGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL BI504273             [                           CTAATAAAGATGTCCCATAACCATATGGCGCATATGATGAATGCAACAAATGGGCATTCAGCGCATGGTATTCACGCATCTCATCAAGCTATAGATCATTTAAATATGCATGGAAATATGCACAATTCTATGGACCATGCCAATATGGATCATGGAAGTCACCTTACTTCTGATACGAACCCATGTGCCAATATGGGAATGCACGGTATGTCAACGATGTGGTTCCATGGAGGATACTGTGAACACGTATTATTCGAATCGTGGAAAATCACATCAATCAGTGGCCTTATAGGATCTATGGTCGGTATTATGATCATGGCTGCGCTTTACGAGGGTTTGAAATATTATCGGGAATATTTGTTTTGGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGAAGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAACAGGGTCGTTCATATGGTTGGAGAAGTAATACACAAACAACCGCCCACAATGTTATCATGGATGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI508338             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGAAGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAACAGGGTCGTTCATATGGTTGGAGAAGTAATACACAAACAACCGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTACTCATTAAAAAAGATAGAATGGCTAAATTATTATTGCATAAAAAATATCTATAAAATGCAAATTTGTATACAAAATATCTATAAAATGCAAATACTGGAATATTAAATCTTTGATCTGGATAGCT]
[+] EMBL BI507382             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGAAGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAACAGGGTCGTTCATATGGTTGGAGAAGTAATACACAAACAACCGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTACTCATTAAAAAAGATAGAATGGCTAAATTATTATTGCATAAAAAATATCTATAAAATGCAAATTTG                                                           ]




>consensus_189#0
CATTTTGTACAACATAACCTCGATCATCTAATAAAGATGTCCCATAACCATATGGCGCAT
ATGATGAATGCAACAAATGGGCATTCAGCGCATGGTATTCACGCATCTCATCAAGCTATA
GATCATTTAAATATGCATGGAAATATGCACAATTCTATGGACCATGCCAATATGGATCAT
GGAAGTCACCTTACTTCTGATACGAACCCATGTGCCAATATGGGAATGCACGGTATGTCA
ACGATGTGGTTCCATGGAGGATACTGTGAACACGTATTATTCGAATCGTGGAAAATCACA
TCAATCAGTGGCCTTATAGGATCTATGGTCGGTATTATGATCATGGCTGCGCTTTACGAG
GGTTTGAAATATTATCGGGAATATTTGTTTTGGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGA
AGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAACAGGGTCGTTCATATG
GTTGGAGAAGTAATACACAAACAACCGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAA
ACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACT
TACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTT
GGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTAT
TTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTC
ATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAAT
TATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTC
TTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTACTCATTAAAAAAGATA
GAATGGCTAAATTATTATTGCATAAAAAATATCTATAAAATGCAAATTTGTATACAAAAT
ATCTATAAAATGCAAATACTGGAATATTAAATCTTTGATCTGGATAGCT

consensusID : consensus_189#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 642
fasta sequence 
                              [TTCTTTGTGAAAGTGCATTTTGTTTTTTCTAGTTTTTTGTACAGAGGGATATATGAATTAAAAAAATTATAATTTTTCTTCTAATATTGACTTATGATTTCATTTCAATTATATGTTAAATATTTAGCATGACAAATTAATAATATTATACGTATATTTCTTTGATATTTAAAAATTAATCCATTTCATATAAATTTGTGCAGGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTAC]

[+] EMBL BI506061             [TTCTTTGTGAAAGTGCATTTTGTTTTTTCTAGTTTTTTGTACAGAGGGATATATGAATTAAAAAAATTATAATTTTTCTTCTAATATTGACTTATGATTTCATTTCAATTATATGTTAAATATTTAGCATGACAAATTAATAATATTATACGTATATTTCTTTGATATTTAAAAATTAATCCATTTCATATAAATTTGTGCAGGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTAC]




>consensus_189#1
TTCTTTGTGAAAGTGCATTTTGTTTTTTCTAGTTTTTTGTACAGAGGGATATATGAATTA
AAAAAATTATAATTTTTCTTCTAATATTGACTTATGATTTCATTTCAATTATATGTTAAA
TATTTAGCATGACAAATTAATAATATTATACGTATATTTCTTTGATATTTAAAAATTAAT
CCATTTCATATAAATTTGTGCAGGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTCAAACG
TGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGACTTAC
AATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTATTTGGG
TGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGTATTTA
AAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGTTCATT
CTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATAATTAT
TCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTATTCTTA
TGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_189#0      CATTTTGTACAACATAACCTCGATCATCTAATAAAGATGTCCCATAACCATATGGCGCAT 60
consensus_189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_189#0      ATGATGAATGCAACAAATGGGCATTCAGCGCATGGTATTCACGCATCTCATCAAGCTATA 120
consensus_189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_189#0      GATCATTTAAATATGCATGGAAATATGCACAATTCTATGGACCATGCCAATATGGATCAT 180
consensus_189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_189#0      GGAAGTCACCTTACTTCTGATACGAACCCATGTGCCAATATGGGAATGCACGGTATGTCA 240
consensus_189#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_189#0      ACGATGTGGTTCCATGGAGGATACTGTGAACACGTATTATTCGAATCGTGGAAAATCACA 300
consensus_189#1      --------------------------------------------------------TTCT 4
                                                                               * 

consensus_189#0      TCAATCAGTGGCCTTATAGGATCTATGGTCGGTATTATGATCATGGCTGCGCTTTACGAG 360
consensus_189#1      TTGTGAAAGTGCATTTTGTTTTTTCTAGTTTTTTGTACAGAGGGATATATGAATTA-AAA 63
                     *     *   ** ** *    * * * **   *  **          *  *  ***  * 

consensus_189#0      GGTTTGAAATATTATCGGGAATATTTGTTTTGGAAAATGTATAATTCTCTTCAATATAGA 420
consensus_189#1      AAATTATAATTTTTCTTCTAATATTGACTTATGAT----TTCATTTCAATTATATGTTAA 119
                        **  *** **      ******   **  **     *  * ***  **  ** *  *

consensus_189#0      AGTGTTACGATGCCTCAAGAAAAAAATGTCGTAGCCGAGGATAACAGGGTCGTTCATATG 480
consensus_189#1      ATATTTAGCATGA--CAAATTAATAATATTATA--CGTATATTTCTTTGATATTTAAAAA 175
                     *   ***  ***   ***   ** *** *  **  **   **  *   *   ** * *  

consensus_189#0      GTTGGAGAAGTAATACACAAACAACC--GCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTC 538
consensus_189#1      TTAATCCATTTCATATAAATTTGTGCAGGCCCACAATGTTATCATGGATGCACACGTTTC 235
                      *     *  * *** * *      *  ********************************

consensus_189#0      AAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGA 598
consensus_189#1      AAACGTGTTTACACATTGTGCAAATTGTGCTGTCATATTTCCTTATGCTGATCTTCATGA 295
                     ************************************************************

consensus_189#0      CTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTAT 658
consensus_189#1      CTTACAATGTCTGGTTATGTTTTGCTGTAGTACTTGGTGCAGCAATTGGTTACTTTTTAT 355
                     ************************************************************

consensus_189#0      TTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGT 718
consensus_189#1      TTGGGTGGAAAAAATCTGTTATCGTGGATGTTACAGAACATTGTCATTAGTTATTTATGT 415
                     ************************************************************

consensus_189#0      ATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGT 778
consensus_189#1      ATTTAAAATACATTGTGTTTTTACAACAAAAATGTACATCAATGTACATTGCTGAAAAGT 475
                     ************************************************************

consensus_189#0      TCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATA 838
consensus_189#1      TCATTCTGATTGAAAGAACTTCGAAATAATTACATGTAGTATATGTGTGCAGGAAATATA 535
                     ************************************************************

consensus_189#0      ATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTAT 898
consensus_189#1      ATTATTCTAAATTTATATTTACAGAAATATATAAAGAAAATTGTCTCAATTTAAATTTAT 595
                     ************************************************************

consensus_189#0      TCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTACTCATTAAAAAAGA 958
consensus_189#1      TCTTATGCATAATTATTTTATGCATACAGAATTCAATTTTTAATTAC------------- 642
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consensus_189#0      TAGAATGGCTAAATTATTATTGCATAAAAAATATCTATAAAATGCAAATTTGTATACAAA 1018
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consensus_189#0      ATATCTATAAAATGCAAATACTGGAATATTAAATCTTTGATCTGGATAGCT 1069
consensus_189#1      ---------------------------------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)