cluster # 208

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Apis mellifera
cluster # 208 cluster # 208 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_208#0 length = 585 sequences # 2

consensus_208#1 length = 555 sequences # 3
consensus_208#2 length = 539 sequences # 1

consensusID : consensus_208#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 585
fasta sequence

                              [TGATTGTTACATAAAGTTTCAAAATATTCTTTTAACAATTAATTCGCTTTATAAAAAGCACAATATCGCTTCGTTTGTTAATAATTCATTGTGATGGAAATTAACGTAAGATGATTTAATCCTATGCAGTTTTGAAATGTCTTTAAAAAAGAAATAAATTCGATAGGAAAGCTCATTGTTTATCATAAAAAAAAAACATTTTAAATTGCAGAGGATTAAGTTCTAGTATTTTCATTTGACGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAGCAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAGAACAGGTCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGCTGGAAACAAATATATTTCAGAGGATAAAGTATCACTGAACTTCGCTTCTGTGATTGTACGAGGCATCGCGAACATACTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATACCTTTATCAAGGTAGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAAAA]

[+] EMBL BI504470             [TGATTGTTACATAAAGTTTCAAAATATTCTTTTAACAATTAATTCGCTTTATAAAAAGCACAATATCGCTTCGTTTGTTAATAATTCATTGTGATGGAAATTAACGTAAGATGATTTAATCCTATGCAGTTTTGAAATGTCTTTAAAAAAGAAATAAATTCGATAGGAAAGCTCATTGTTTATCATAAAAAAAAAACATTTTAAATTGCAGAGGATTAAGTTCTAGTATTTTCATTTGACGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAGCAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAGAACAGGTCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGCTGGAAACAAATATATTTCAGAGGATAAAGTATCACTGAACTTCGCTTCTGTGATTGTACGAGGCATCGCGAACATACTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATACCTTTATCAAGGTAGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAAAA]
[+] EMBL BI505293             [TGATTGTTACATAAAGTTTCAAAATATTCTTTTAACAATTAATTCGCTTTATAAAAAGCACAATATCGCTTCGTTTGTTAATAATTCATTGTGATGGAAATTAACGTAAGATGATTTAATCCTATGCAGTTTTGAAATGTCTTTAAAAAAGAAATAAATTCGATAGGAAAGCTCATTGTTTATCATAAAAAAAAAACATTTTAAATTGCAGAGGATTAAGTTCTAGTATTTTCATTTGACGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAGCAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAGAACAGGTCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGCTGGAAACAAATATATTTCAGAGGATAAAGTATCACTGAACTTCGCTTCTGTGATTGTACGAGGCATCGCGAACATACTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATACCTTTATCAAGGTAGTGACCAA                        ]




>consensus_208#0
TGATTGTTACATAAAGTTTCAAAATATTCTTTTAACAATTAATTCGCTTTATAAAAAGCA
CAATATCGCTTCGTTTGTTAATAATTCATTGTGATGGAAATTAACGTAAGATGATTTAAT
CCTATGCAGTTTTGAAATGTCTTTAAAAAAGAAATAAATTCGATAGGAAAGCTCATTGTT
TATCATAAAAAAAAAACATTTTAAATTGCAGAGGATTAAGTTCTAGTATTTTCATTTGAC
GAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAGC
AGCAACATATGCAAAACTTGGTCAGAACAGGTCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGCT
GGAAACAAATATATTTCAGAGGATAAAGTATCACTGAACTTCGCTTCTGTGATTGTACGA
GGCATCGCGAACATACTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGA
ACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATAC
CTTTATCAAGGTAGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAAAA

consensusID : consensus_208#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 555
fasta sequence

                              [TACGAAAGTATTTCAAGAATTTTAATATTCAGTAGTGAACTATTGATTACCGTGATTCGTTCTTTTCAAAAATACAAATAAAACGGTTTGCCATAACCAAAGTGTTATCTTTTTTTTTAGCATTTAACCAGTAGTGCCATCTTTAAAAATACTCAAAAATACTCAAACTTGGCGTACATTACCGACAACAAGGTGAACTTGTTAATAGTTTTTGATTAATATCACCATCTTGAAAGAAAACTTGAAACTTCTCATACAGTTGCAGATAGTAAAGTGAATTGTTTAGATAAAATTAAAAAATTTTATCATTAAAACAATAGTTTGATGATGAGACAAATAATTATCTTCTAAACAATCTAAAGATTTAATTGAAGTTCAAAATGTACGAAAATTTGTTCAAGAATCCTCTACAGCGAGTGTTCGTGTATGGAACACTAAAACGAGGAGAACCCAATCACTGTTTGATTCAAGACACTGAAAATGGTTATGCAAAATTCTTGGGACTTGGAAGGACTACTATTCCATATCCGTTAATAATTGCAACTGATTATAATA]

[+] EMBL BI512288             [TACGAAAGTATTTCAAGAATTTTAATATTCAGTAGTGAACTATTGATTACCGTGATTCGTTCTTTTCAAAAATACAAATAAAACGGTTTGCCATAACCAAAGTGTTATCTTTTTTTTTAGCATTTAACCAGTAGTGCCATCTTTAAAAATACTCAAAAATACTCAAACTTGGCGTACATTACCGACAACAAGNNGAACTTGTTAATAGTTTTTGATTAATATCACCATCTTGAAAGAAAACTTGAAACTTCTCATACAGTTGCAGATAGTAAAGTGAATTGTTTAGATAAAATTAAAAAATTTTATCATTAAAACAATAGTTTGATGATGAGACAAATAATTATCTTCTAAACAATCTAAAGATTTAATTGAAGTTCAAAATGTACGAAAATTTGTTCAAGAATCCTCTACAGCGAGTGTTCGTGTATGGAACACTAAAACGAGGAGAACCCAATCACTGTTTGATTCAAGACACTGAAAATGGTTATG                                                                  ]
[+] EMBL BI509941             [                                                         CGTTCTTTTCAAAAATACAAATAAAACGGTTTGCCATAACCAAAGTGTTATCTTTTTTTTTAGCATTTAACCAGTAGTGCCATCTTTAAAAATACTCAAAAATACTCAAACTTGGCGTACATTACCGACAACAAGGTGAACTTGTTAATAGTTTTTGATTAATATCACCATCTTGAAAGAAAACTTGAAACTTCTCATACAGTTGCAGATAGTAAAGTGAATTGTTTAGATAAAATTAAAAAATTTTATCATTAAAACAATAGTTTGATGATGAGACAAATAATTATCTTCTAAACAATCTAAAGATTTAATTGAAGTTCAAAATGTACGAAAATTTGTTCAAGAATCCTCTACAGCGAGTGTTCGTGTATGGAACACTAAAACGAGGAGAACCCAATCACTGTTTGATTCAAGACACTGAAAATGGTTATGCAAAATTCTTGGGACTTGGAAGGACTACTATTCCATATCCGTTAATAATTGCAACTGATTATAAT ]
[+] EMBL BI508043             [                                                           TTCTTTTCAAAAATACAAATAAAACGGTTTGCCATAACCAAAGTGTTATCTTTTTTTTTAGCATTTAACCAGTAGTGCCATCTTTAAAAATACTCAAAAATACTCAAACTTGGCGTACATTACCGACAACAAGGTGAACTTGTTAATAGTTTTTGACTAATATCACCATCTTGAAAGAAAACTTGAAACTTCTCATACAGTTGCAGATAGTAAAGTGAATTGTTTAGATAAAATTAAAAAATTTTATCATTAAAACAATAGTTTGATGATGAGACAAATAATTATCTTCTAAACAATCTAAAGATTTAATTGAAGTTCAAAATGTACGAAAATTTGTTCAAGAATCCTCTACAGCGAGTGTTCGTGTATGGAACACTAAAACGAGGAGAACCCAATCACTGTTTGATTCAAGACACTGAAAATGGTTATGCAAAATTCTTGGGACTTGGAAGGACTACTATTCCATATCCGTTAATAATTGCAACTGATTATAATA]




>consensus_208#1
TACGAAAGTATTTCAAGAATTTTAATATTCAGTAGTGAACTATTGATTACCGTGATTCGT
TCTTTTCAAAAATACAAATAAAACGGTTTGCCATAACCAAAGTGTTATCTTTTTTTTTAG
CATTTAACCAGTAGTGCCATCTTTAAAAATACTCAAAAATACTCAAACTTGGCGTACATT
ACCGACAACAAGGTGAACTTGTTAATAGTTTTTGATTAATATCACCATCTTGAAAGAAAA
CTTGAAACTTCTCATACAGTTGCAGATAGTAAAGTGAATTGTTTAGATAAAATTAAAAAA
TTTTATCATTAAAACAATAGTTTGATGATGAGACAAATAATTATCTTCTAAACAATCTAA
AGATTTAATTGAAGTTCAAAATGTACGAAAATTTGTTCAAGAATCCTCTACAGCGAGTGT
TCGTGTATGGAACACTAAAACGAGGAGAACCCAATCACTGTTTGATTCAAGACACTGAAA
ATGGTTATGCAAAATTCTTGGGACTTGGAAGGACTACTATTCCATATCCGTTAATAATTG
CAACTGATTATAATA

consensusID : consensus_208#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 539
fasta sequence

                              [CGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAGCAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAAAACAGGNCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATACCTTTATCAAGGTACTGACCTCCTCAAACTTATCCATCGACTTGACTTTAGATTCTGGAGCAAATAATACATTTTCTTCTGATCGTTTATAAAAAGCTGGATGTTCTTCTAATTCGTCTAATTTTTTAACATTTTTGAATCGACATCATATACTTCACCAAAAACATGGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAATGGTATATTATAATCAGTTGCAATTATTAACGGATATGGAATAGTAGTCCTTCCAAGTCCCAAGAATTTTGCATAACCATTTTCAGTGTCTTGAATCAAACAGTGATTGGGTTCTCCTC]

[-] EMBL BI509628             [CGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAGCAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAAAACAGGNCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATACCTTTATCAAGGTACTGACCTCCTCAAACTTATCCATCGACTTGACTTTAGATTCTGGAGCAAATAATACATTTTCTTCTGATCGTTTATAAAAAGCTGGATGTTCTTCTAATTCGTCTAATTTTTTAACATTTTTGAATCGACATCATATACTTCACCAAAAACATGGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAATGGTATATTATAATCAGTTGCAATTATTAACGGATATGGAATAGTAGTCCTTCCAAGTCCCAAGAATTTTGCATAACCATTTTCAGTGTCTTGAATCAAACAGTGATTGGGTTCTCCTC]




>consensus_208#2
CGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTTTATAACGAAG
CAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAAAACAGGNCTTCCGGCCTTATTGTACTCTCCTCGT
TTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTT
CTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATACCTTTATCAAGGTACTGA
CCTCCTCAAACTTATCCATCGACTTGACTTTAGATTCTGGAGCAAATAATACATTTTCTT
CTGATCGTTTATAAAAAGCTGGATGTTCTTCTAATTCGTCTAATTTTTTAACATTTTTGA
ATCGACATCATATACTTCACCAAAAACATGGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAA
TGGTATATTATAATCAGTTGCAATTATTAACGGATATGGAATAGTAGTCCTTCCAAGTCC
CAAGAATTTTGCATAACCATTTTCAGTGTCTTGAATCAAACAGTGATTGGGTTCTCCTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_208#0      ----TGATTGTTACATAAAGTTTCAAAAT-ATTCTTTTAACAATTAATTCGCTTTATAAA 55
consensus_208#2      -CGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATT---TTTATAA- 55
consensus_208#1      TACGAAAGTATTTCAAGAATTTTAATATTCAGTAGTG-AACTATTGATT---ACCGTGA- 55
                           * * **  *  ** * * * * * *       **   *  ***       * * 

consensus_208#0      AAGCACAATATCGCTTCGTTTGTTAATAATTCATTGTGATGGAAATTAACGTAAGATGAT 115
consensus_208#2      -----CGAAGCAGCAACATATGC-AAAACTTGGTCAAAACAGGNCTTC---CGGCCTTAT 106
consensus_208#1      ---TTCGTTCTTTTCAAAAATACAAATAAAACGGTTTGCCATAACCAA----AGTGTTAT 108
                          *              *   ** *                            * **

consensus_208#0      TTAATCCTATGCAGTTTTGAAATGTCTTTAAAAAAGAAATAAATTCG-----ATAGGAAA 170
consensus_208#2      TGTACTCTCCTCGTTTTCGCAATA-CTTGAGTCCGTGGCTTCCTTCGTTGCTATACGAAC 165
consensus_208#1      CTTTTTTTTTAGCATTTAACCAGTAGTGCCATCTTTAAAAATACTCAAAAATACTCAAAC 168
                            *      ***    *    *                 **      *    ** 

consensus_208#0      -GCTCATTGTTTATCATAAAAAAAAAACATTTTAAATTGCAGAGGATTAAGTTCTAGTAT 229
consensus_208#2      TGTACATGGGTTTTTCTAATAAGG--ATGTCTTGAACTTTGGTAGAAAATATATCCATAC 223
consensus_208#1      TTGGCGTACATTACCGACAACAAG------GTGAACTTGTTAATAGTTTTTGATTAATAT 222
                         * *   **      *  *         *  *  *                   ** 

consensus_208#0      TTTCATTTGACGAAAAATCTTTTATTAACTATCAGAATTAACAGCATAATGTTGAATTTT 289
consensus_208#2      CTTTATCAAGGTACTGACCTCCTCAAACTTATC-----CATCGACTTGACTTTAGATTCT 278
consensus_208#1      CACCATCTTGAAAGAAAACTTGAAACTTCTCATACAGTTGCAGATAGTAAAGTGAATTGT 282
                         **      *   * **         *                  *   *  *** *

consensus_208#0      TATAACGAAGCAGCAACATATGCAAAACTTGGTCAGAACAGGTCTTCCGGCCTTATTGTA 349
consensus_208#2      G--GAGCAAATAATACATTTTCTTCTGATCGTTTATAAAAAGCTGGATGTTCTTCTAAT- 335
consensus_208#1      TTAGATAAAATTAAAAAATTTTATCATTAAAACAATAGTTTGATGATGAGACAAATAATT 342
                         *  **     *   * *             * *    *         *   *  * 

consensus_208#0      CTCTCCTCGCTGGAAACAAATATATTTCAGAGGATAAAGTATCACTGAACTTCGCTTCTG 409
consensus_208#2      -TCGTCTAATTTT---TTAACATTTTTGAATCGACATCATATACTTCACCAAAAACATGG 391
consensus_208#1      ATCTTCTAAACAATCTAAAGATTTAATTGAAGTTCAAAATGTACGAAAATTTGTTCAAGA 402
                      **  **           *   *   *        *   * *     *            

consensus_208#0      --TGATTGTA-CGAGGCATCGCGAACATACTTTTCGCAATACTTGAGTCCGTGGCTTCCT 466
consensus_208#2      --TGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAAT---GGTATATTATAATCAGTTGCAATTA 446
consensus_208#1      ATCCTCTACAGCGAGTGTTCGTGTATGGAACACTAAAACGAGGAGAACCCAAT-CACTGT 461
                              * * **   **    *   *           *    *  *     *     

consensus_208#0      TCGTTGCTATACGAACTGTACATGGGTTTTTCTAATAAGGATGTCTTGAACTTTGGTAGA 526
consensus_208#2      TTAACGG-ATATGGA----ATAGTAGTCCTTCCAA-----GTCCCAAGAATTTTG-CATA 495
consensus_208#1      TTGATTCAAGACACTG---AAAATGGTTATGCAAA-----ATTCTTGGGACTTGGAAGGA 513
                     *       * *        * *   **  * * **      *     * * ** *    *

consensus_208#0      AAATATATCCATACCTTTATCAAGGTAGTGACCAAAACCAGGTTTCTTCAACAAAAAAA 585
consensus_208#2      ACCATTTTCAGTGTCTTGAATCAAACAGTGATTGG-----GTTCTCCTC---------- 539
consensus_208#1      CTACTATTCCATATCCGT-TAATAATTGCAACTGATTATAATA---------------- 555
                            **  *  *            *  *

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)