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Apis mellifera
cluster # 215 cluster # 215       Sequences # 6       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_215#0 length = 1061 sequences # 5  
 consensus_215#1 length = 226 sequences # 1  
consensusID : consensus_215#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1061
fasta sequence 
                              [GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATGATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCAAAAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAATTCTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATTTTATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCAAAATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTATTCTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTCGCATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT]

[+] EMBL BI511433             [GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATGATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGNGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTC AAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL BI514525             [                                                                                  CACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL BI515097             [                                                                                                    CAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL BI510903             [                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL BI504421             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCAAAAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAATTCTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATTTTATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCAAAATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTATTCTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTCGCATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT]




>consensus_215#0
GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATG
ATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAA
CTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAG
CAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTG
AAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATA
AATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAA
CTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAA
GCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGG
TAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTT
TACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATG
ATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTAC
TGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCAA
AAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAATT
CTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATTT
TATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCAA
AATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTATT
CTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTCG
CATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT

consensusID : consensus_215#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 226
fasta sequence 
                              [GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCAAAAGT]

[+] EMBL BG101608             [GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCAAAAGT]




>consensus_215#1
GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAA
AAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGG
TTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTACTGGAGCTCCACGGTGACG
GTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCAAAAGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_215#0      GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATG 60
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      ATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAA 120
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      CTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAG 180
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      CAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTG 240
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      AAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATA 300
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      AATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAA 360
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      CTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAA 420
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      GCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGG 480
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      TAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAG-TCAGTAAGCTT 539
consensus_215#1      -------------------GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTT 41
                                         *         ***    ** ******** ***********

consensus_215#0      TTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCAT 599
consensus_215#1      TTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCAT 101
                     ************************************************************

consensus_215#0      GATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTA 659
consensus_215#1      GATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTA 161
                     ******************************************************* ****

consensus_215#0      CTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCA 719
consensus_215#1      CTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCA 221
                     ************************************** ****** ** ***********

consensus_215#0      AAAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAAT 779
consensus_215#1      AAAGT------------------------------------------------------- 226
                     *****                                                       

consensus_215#0      TCTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATT 839
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      TTATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCA 899
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      AAATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTAT 959
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      TCTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTC 1019
consensus_215#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_215#0      GCATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT 1061
consensus_215#1      ------------------------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)