cluster # 224

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Apis mellifera
cluster # 224 cluster # 224 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_224#0 length = 658 sequences # 3

consensus_224#1 length = 500 sequences # 1
consensus_224#2 length = 334 sequences # 1

consensusID : consensus_224#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 658
fasta sequence

                              [TCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAATGGTAATTAAGAGCGCTACGAATGAATCTCATTTATAATTCTTATACACGTTACTCTCTCTTTATTGTGTCACACAGAGTTCCTTTTCTTGGTTGCTTCCAAAATAGAAAAACATTCGATCGTGCATGAATTTGAAGCGTGCCAGGTTGTTTCAAGTCGGTACGATCTTGCTCGTTCATCAATCTAGTCCAAAATATTTAAAGAAGAAAGAATATTTCTTGACCGTCTAATGGAATGTACCAAGTTTGATAATGGGTTATTCTATTGATTGCATACATCCAAAGAGTTGAAAATTTAAAGATATTGGATATTAAATCATCCTATAATCAATGTAAATTTTTTTAAATTAATTTTCCTGTTTTTTACAAATTTCTTTATTTGTGAGCATTGATAATTTTTTTTCATTTATATAATTTTACAAATTTTTACATTTATTAATNNAATATTTCTTTAAAAATAGATTTTTTAATCAAAATCTTCTAATTTCTTTTTTTTTTGATGATTTGTCTTATGTTATCTTGATAAAAGAAAACTTTCTTTCAAATGAATAAATACTTTTATTTTTATTGATT]

[+] EMBL BI516780             [TCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAATGGTAATTAAGAGCGCTACGAATGAATCTCATTTATAATTCTTATACACGTTACTCTCTCTTTATTGTGTCACACAGAGTTCCTTTTCTTGGTTGCTTCCAAAATAGAAAAACATTCGATCGTGCATGAATTTGAAGCGTGCCAGGTTGTTTCAAGTCGGTACGATCTTGCTCGTTCATCAATCTAGTCCAAAATATTTAAAGAAGAAAGAATATTTCTTGACCGTCTAATGGAATGTACCAAGTTTGATAATGGGTTATTCTATTGATTGCATACATCCAAAGAGTTGAAAATTTAAAGATATTGGATATTAAA                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL BI513853             [                                                                                                                                                     ATTGTGTCACACAGAGTTCCTTTTCTTGGTTGCTTCCAAAATAGAAAAACATTCGATCGTGCATGAATTTGAAGCGTGCCAGGTTGTTTCAAGTCGGTACGATCTTGCTCGTTCATCAATCTAGTCCAAAATATTTAAAGAAGAAAGAATATTTCTTGACCGTCTAATGGAATGTACCAAGTTTGATAATGGGTTATTCTATTGATTGCATACATCCAAAGAGTTGAAAATTTAAAGATATTGGATATTAAATCATCCTATAATCAATGTAAATTTTTTTAAATTAATTTTCCTGTTTTTTACAAATTTCTTTATTTGTGAGCATTGATAATTTTTTTTCATTTATATAATTTTACAAATTTTTACATTTATTAATGTAATATTTCTTTAAAAATAGATTTTTTAATCAAAATCTTCTAATTTCTTTTTTTTTTGATGATTTGTCTTATGTTATCTTGATAAAAGAAAACTTTCTTTCAAATGAATAAATACTTTTATTTTTATTGATT]
[+] EMBL BI513905             [                                                                                                                                                     ATTGTGTCACACAGAGTTCCTTTTCTTGGTTGCTTCCAAAATAGAAAAACATTCGATCGTGCATGAATTTGAAGCGTGCCAGGTTGTTTCAAGTCGGTACGATCTTGCTCGTTCATCAATCTAGTCCAAAATATTTAAAGAAGAAAGAATATTTCTTGACCGTCTAATGGAATGTACCAAGTTTGATAATGGGTTATTCTATTGATTGCATACATCCAAAGAGTTGAAAATTTAAAGATATTGGATATTAAATCATCCTATAATCAATGTAAATTTTTTTAAATTAATTTTCCTGTTTTTTACAAATTTCTTTATTTGTGAGCATTGATAATTTTTTTTCATTTATATAATTTTACAAATTTTTACATTTATTAATNNAATATTTCTTTAAAAATAGATTTTTTAATCAAAATCTTCTAATTTC                                                                                     ]




>consensus_224#0
TCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTGTAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAATGGTAATTAAGAGCGCTACGAATGAATCTCATTT
ATAATTCTTATACACGTTACTCTCTCTTTATTGTGTCACACAGAGTTCCTTTTCTTGGTT
GCTTCCAAAATAGAAAAACATTCGATCGTGCATGAATTTGAAGCGTGCCAGGTTGTTTCA
AGTCGGTACGATCTTGCTCGTTCATCAATCTAGTCCAAAATATTTAAAGAAGAAAGAATA
TTTCTTGACCGTCTAATGGAATGTACCAAGTTTGATAATGGGTTATTCTATTGATTGCAT
ACATCCAAAGAGTTGAAAATTTAAAGATATTGGATATTAAATCATCCTATAATCAATGTA
AATTTTTTTAAATTAATTTTCCTGTTTTTTACAAATTTCTTTATTTGTGAGCATTGATAA
TTTTTTTTCATTTATATAATTTTACAAATTTTTACATTTATTAATNNAATATTTCTTTAA
AAATAGATTTTTTAATCAAAATCTTCTAATTTCTTTTTTTTTTGATGATTTGTCTTATGT
TATCTTGATAAAAGAAAACTTTCTTTCAAATGAATAAATACTTTTATTTTTATTGATT

consensusID : consensus_224#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 500
fasta sequence

                              [CAAAGAATAAAAATTTATTCGTTTGGTCGTCACACACACGAAAGGGCAACACGCAACACGTAGGAGAGAGACCACACTTGTTAGATACATACAGTAAATTTAAATTGGGTCAAACTCTACTTAAGCGTTTACATTTAAATTATCCGAACATTGGCTCTGCACAGATAAGTACTCTTCGTCTAAATATACATTTCAATTCGGTGTACGAGAATAGTCTTCCACTATATTAAATATATATAAATATAAATATATTACATATATATGTATGTATCTACTCGTATTTATATATTTATATTTATATATGTATATATATATTCTTTTTTCTCATTTTTAATTGCCCGATTTTTTTTTTCCGATCTAGTCATAATTGGAATCGGTCGGAACTTTTGATTCATTCATNNNAAAAATGGAATCAATAATTAAGTTCGGCTTGATATAGTTTAAGAATTCTTCAATTCTATAATAGTTTTTTTAGATTCTCCTATTCTTTCTTCACTCCT]

[+] EMBL BI508199             [CAAAGAATAAAAATTTATTCGTTTGGTCGTCACACACACGAAAGGGCAACACGCAACACGTAGGAGAGAGACCACACTTGTTAGATACATACAGTAAATTTAAATTGGGTCAAACTCTACTTAAGCGTTTACATTTAAATTATCCGAACATTGGCTCTGCACAGATAAGTACTCTTCGTCTAAATATACATTTCAATTCGGTGTACGAGAATAGTCTTCCACTATATTAAATATATATAAATATAAATATATTACATATATATGTATGTATCTACTCGTATTTATATATTTATATTTATATATGTATATATATATTCTTTTTTCTCATTTTTAATTGCCCGATTTTTTTTTTCCGATCTAGTCATAATTGGAATCGGTCGGAACTTTTGATTCATTCATNNNAAAAATGGAATCAATAATTAAGTTCGGCTTGATATAGTTTAAGAATTCTTCAATTCTATAATAGTTTTTTTAGATTCTCCTATTCTTTCTTCACTCCT]




>consensus_224#1
CAAAGAATAAAAATTTATTCGTTTGGTCGTCACACACACGAAAGGGCAACACGCAACACG
TAGGAGAGAGACCACACTTGTTAGATACATACAGTAAATTTAAATTGGGTCAAACTCTAC
TTAAGCGTTTACATTTAAATTATCCGAACATTGGCTCTGCACAGATAAGTACTCTTCGTC
TAAATATACATTTCAATTCGGTGTACGAGAATAGTCTTCCACTATATTAAATATATATAA
ATATAAATATATTACATATATATGTATGTATCTACTCGTATTTATATATTTATATTTATA
TATGTATATATATATTCTTTTTTCTCATTTTTAATTGCCCGATTTTTTTTTTCCGATCTA
GTCATAATTGGAATCGGTCGGAACTTTTGATTCATTCATNNNAAAAATGGAATCAATAAT
TAAGTTCGGCTTGATATAGTTTAAGAATTCTTCAATTCTATAATAGTTTTTTTAGATTCT
CCTATTCTTTCTTCACTCCT

consensusID : consensus_224#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 334
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTATTCGTTAACGAATACATCCATTACAGATTATGGAAAACTATGCTTAATTTTTTTTTTTCTTTTTTTGTTTCCTTGCTTACAAAGGGTTTCATTACAATCGTATTGTAATCGTATAATACTATATGTTTATCTTTTTGTATGTATCTAACAAGTGTGGTCTCTCTCCTACGTGTTGCGTGTTGCCCTTTCGTGTGTGTGACGACCAAACGAATAAATTTTTATTCTTTGATTAACATGAGCTATCGTCGTCAGATATTTTCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTATAAAAAA]

[+] EMBL BI512956             [TTTTTTTTTTTATTCGTTAACGAATACATCCATTACAGATTATGGAAAACTATGCTTAATTTTTTTTTTTCTTTTTTTGTTTCCTTGCTTACAAAGGGTTTCATTACAATCGTATTGTAATCGTATAATACTATATGTTTATCTTTTTGTATGTATCTAACAAGTGTGGTCTCTCTCCTACGTGTTGCGTGTTGCCCTTTCGTGTGTGTGACGACCAAACGAATAAATTTTTATTCTTTGATTAACATGAGCTATCGTCGTCAGATATTTTCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTATAAAAAA]




>consensus_224#2
TTTTTTTTTTTATTCGTTAACGAATACATCCATTACAGATTATGGAAAACTATGCTTAAT
TTTTTTTTTTCTTTTTTTGTTTCCTTGCTTACAAAGGGTTTCATTACAATCGTATTGTAA
TCGTATAATACTATATGTTTATCTTTTTGTATGTATCTAACAAGTGTGGTCTCTCTCCTA
CGTGTTGCGTGTTGCCCTTTCGTGTGTGTGACGACCAAACGAATAAATTTTTATTCTTTG
ATTAACATGAGCTATCGTCGTCAGATATTTTCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAAT
CATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTATAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_224#0      TCGTCTATGCGGTTGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTGTAA 60
consensus_224#2      ------------------------------------------------------------
consensus_224#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_224#0      AAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAATGGTAATTAAGAGCGCTACGAATGAATCTCATTT 120
consensus_224#2      ------------------------------------------------------------
consensus_224#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_224#0      ATAATTCTTATACACGTTACTCTCTCTTTATTGTGTCACACAGAGTTCCTTTTCTTGGTT 180
consensus_224#2      ------------------------------------------------------------
consensus_224#1      --------------------------------CAAAGAATAAAAATTTATTCGTTTGGTC 28
                                                                                 

consensus_224#0      GCTTCCAAAATAGAAAAACATTCGATCGTGCATGAATTTGAAGCGTGCCAGGTTGTTTCA 240
consensus_224#2      ------------------------------------------------------------
consensus_224#1      GTCACACACACGAAAGGGCAACACGCAACACGTAGGAGAGAGACCACACTTGTTAGATAC 88
                                                                                 

consensus_224#0      AGTCGGTACGATCTTGCTCGTTCATCAATCTAGTCCAAAATATTTAAAGAAGAAAGAATA 300
consensus_224#2      ----------------------------------TTTTTTTTTTTATTCGTTAACGAATA 26
consensus_224#1      ATACAGTAAATTTAAATTGG---GTCAAACTCTACTTAAGCGTTTACATTTAAATTATCC 145
                                                               ****      **  *   

consensus_224#0      TTTCTTGACCGTCTAATGGAATGTACCAAGTTTGATAATGGGTTAT--TCTATTGATTGC 358
consensus_224#2      CATCCATTACAGATTATGGAA--AACTATGCTTAATTTTTTTTTTTCTTTTTTTGTTTCC 84
consensus_224#1      GAACATTGGCTCTGCACAGAT--AAGTACTCTTCGTCTAAATATAC---ATTTCAATTCG 200
                        *     *     *  **    *  *   **  *       *      * *   **  

consensus_224#0      ATACATCCAAAGAGTTGAAAATTTAAAGATATTGGATATTAAATCATCCTATAATCAATG 418
consensus_224#2      TTGCTTACAAAGGGTTTCAT-TACAATCGTATTGTA-ATCGTATAATACTATA-----TG 137
consensus_224#1      GTGTACGAGAATAGTC-----TTCCACTATATTAAA---TATATATAAATATAAATATAT 252
                      *       **  **      *   *   ****  *      **     ****       

consensus_224#0      TAAATTTTTTTAAATTAATTTTCCTGT-TTTTTACAAATTTCTTTATTTGTGAGCATTGA 477
consensus_224#2      TTTATCTTTTTGTATGTATCTAACAAG-TGTGGTCTCTCTCCTACGTGT-TGCGTGTTG- 194
consensus_224#1      TACATATATATGTATGTATCTACTCGTATTTATATATTTATATTTATATATGTATATATA 312
                     *  ** * * *  **  ** *       * *           *   * * **    *   

consensus_224#0      TAATTTTTTTTCATTTATATAATTTTACAAATTTTTACATTTA-TTAATNNAATATTTCT 536
consensus_224#2      -----CCCTTTCGTGTGTGTGACGAC-CAAACGAATAAATTT-------TTATTCTTTGA 241
consensus_224#1      TATTCTTTTTTCTCATTTTTAATTGCCCGATTTTTTTTTTCCGATCTAGTCATAATTGGA 372
                             ****   * * * *     * *     *   *           *   **   

consensus_224#0      TT-------AAAAATAGATTTTTTAATCAAAATCTTCTAATTT-CTTTTTTTTTTGA--T 586
consensus_224#2      TT-------AACATGAGCTATCGTCGTCAGA------TATTTT-CGTCTATG--CGG--T 283
consensus_224#1      ATCGGTCGGAACTTTTGATTCATTCATNNNAAAAATGGAATCAATAATTAAGTTCGGCTT 432
                      *       **     * *    *  *   *       * *       *      *   *

consensus_224#0      GATTTGTCTTATGTTATCTTGATAAAAGAAAACTTTCTTTCAAATGAATAAATACTTTTA 646
consensus_224#2      TGTATGTTTCGTGTAATCATTACTAAAAAAGTAATTGAACAGTATAAAAAA--------- 334
consensus_224#1      GATATAGTTTAAGAATTCTTCAATTCTATAATAGTTTTTTTAGATTCTCCTATTCTTTCT 492
                       * *   *   *   ** * *       *    **       **               

consensus_224#0      TTTTTATTGATT 658
consensus_224#2      ------------
consensus_224#1      TCACTCCT---- 500

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)