cluster # 254

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Apis mellifera
cluster # 254 cluster # 254 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_254#0 length = 602 sequences # 3

consensus_254#1 length = 474 sequences # 2

consensusID : consensus_254#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 602
fasta sequence

                              [AAATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATATGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGGAAATTATAGAAGTACTAAGGAAAGAGGATCTTTATATAGAAATAATATTAATAATAGAAATGGACGATTTGAAAATCGAGGAAAAAATAATACGCATAATACCAATGGAATTTTGAAAAAGCCAAATTGGAATTTTGAAAATTTAAAACCTTTCAAAAAAGATTTTTATATACCACATCCTAATGTTCAAGCACGTCACCCACAAGAAATAGATATGTTTAGACAAGAAAATCAAATTACTCTTAAAGGAGAAAAAATTCCTAATCCTATTCAGCATTTTGAAGNNGGAAATTTTCCTGACCATGTAATGCAATGTATAAGAAAACAAGGATTTAGTGAACCAACTGCTATCCAAGCTCAAGGATGGCCAATTGCTATGTCTGGACATAATATGGNTGGAATAGCACAAACTGGATCTGGAAAAACATTAGGATATATTTTACCCGCAATAGT]

[+] EMBL BI513844             [AAATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATATGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGGAAATTATAGAAGTACTAAGGAAAGAGGATCTTTATATAGAAATAATATTAATAATAGAAATGGACGATTTGAAAATCGAGGAAAAAATAATACGCATAATACCAATGGAATTTTGAAAAAGCCAAATTGGAATTTTGAAAATTTAAAACCTTTCAAAAAAGATTTTTATATACCACATCCTAATGTTCAAGCACGTCACCCACAAGAAATAGATATGTTTAGACAAGAAAATCAAATTACTCTTAAAGGAGAAAAAATTCCTAATCCTATTCAGCATTTTGAAGNNNNAAATTTTCCTGACCATGTAATGCAATGTATAAGAAAACAAGGATTTAGTGAACCAACTGCTATCCAAGCTCAAGGATGGCCAATTGCTATGTCTGGACATAATATGGTTGGAATAGCACAAACT                                         ]
[+] EMBL BI513973             [AAATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATATGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGGAAATTATAGAAGTACTAAGGAAAGAGGATCTTTATATAGAAATAATATTAATAATAGAAATGGACGATTTGAAAATCGAGGAAAAAATAATACGCATAATACCAATGGAATTTTGAAAAAGCCAAATTGGAATTTTGAAAATTTAAAACCTTTCAAAAAAGATTTTTATATACCACATCCTAATGTTCAAGCACGTCACCCACAAGAAATAGATATGTTTAGACAAGAAAATCAAATTACTCTTAAAGGAGAAAAAATTCCTAATCCTATTCAGCATTTTGAAGNNGGAAATTTTCCTGACCATGTAATGCAATGTATAAGAAAACAAGGATTTAGTGAACCAACTGCTATCCAAGCTCAAGGATGGCCAATTGCTA                                                                            ]
[+] EMBL BG101587             [                                                                                                                                                                                  CTTTATATAGAAATAATATTAATAATAGAAATGGACGATTTGAAAATCGAGGAAAAAATAATACGCATAATACCAATGGAGTTTTGAAAAAGCCAAATTGGAATTTTGAAAATTTAAAACCTTTCAAAAAAGATTTTTATATACCACATCCTAATGTTCAAGCACGTCACCCACAAGAAATAGATATGTTTAGACAAGAAAATCAAATTACTCTTAAAGGAGAAAAAATTCCTAATCCTATTCAGCATTTTGAAGAAGGAAATTTTCCTGACCATGTAATGCAATGTATAAGAAAACAAGGATTTAGTGAACCAACTGCTATCCAAGCTCAAGGATGGCCAATTGCTATGTCTGGACATAATATGGNTGGAATAGCACAAACTGGATCTGGAAAAACATTAGGATATATTTTACCCGCAATAGT]




>consensus_254#0
AAATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCAT
CTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAAT
ATGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGGAAATTATAGAAGTACTAAGGAAAGAGGATCT
TTATATAGAAATAATATTAATAATAGAAATGGACGATTTGAAAATCGAGGAAAAAATAAT
ACGCATAATACCAATGGAATTTTGAAAAAGCCAAATTGGAATTTTGAAAATTTAAAACCT
TTCAAAAAAGATTTTTATATACCACATCCTAATGTTCAAGCACGTCACCCACAAGAAATA
GATATGTTTAGACAAGAAAATCAAATTACTCTTAAAGGAGAAAAAATTCCTAATCCTATT
CAGCATTTTGAAGNNGGAAATTTTCCTGACCATGTAATGCAATGTATAAGAAAACAAGGA
TTTAGTGAACCAACTGCTATCCAAGCTCAAGGATGGCCAATTGCTATGTCTGGACATAAT
ATGGNTGGAATAGCACAAACTGGATCTGGAAAAACATTAGGATATATTTTACCCGCAATA
GT

consensusID : consensus_254#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 474
fasta sequence

                              [ATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATATGTGAGTAATATTTTTATTTTACGTTATAATAATAAGTTTTAATTGTTCAATTCAATATTATAAAGTTGTGATTAATTTTTTTTATCTTCAAATATCTGCAATGCNTTATTAATTTATATATATATATATTCATGAAAATTAATCGCCTATATATAATAATTTATATAAAAATTATTTATTCTTTAATTATTTTATAGATATTTTGAAATGATTTTTATATTTATTAATCATTTAATAATTATAACTTAACTTAACTATAGTTCATGAAATCAACTATTATTAAAGNNNTCTACATATAATGAAAGCTATAGGATCTCTCAGAATTAGGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGG]

[+] EMBL BI512795             [ATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATATGTGAGTAATATTTTTATTTTACGTTATAATAATAAGTTTTAATTGTTCAATTCAATATTATAAAGTTGTGATTAATTTTTTTTATCTTCAAATATCTGCAATGCNTTATTAATTTATATATATATATATTCATGAAAATTAATCGCCTATATATAATAATTTATATAAAAATTATTTATTCTTTAATTATTTTATAGATATTTTGAAATGATTTTTATATTTATTAATCATTTAATAATTATAACTTAACTTAACTATAGTTCATGAAATCAACTATTATTAAAGNNNTCTACATATAATGAAAGCTATAGGATCTCTCAGAATTAGGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGG]
[+] EMBL BI512709             [ATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATATGTGAGTAATATTTTTATTTTACGTTATAATAATAAGTTTTAATTGTTCAATTCAATATTATAAAGTTGTGATTAATTTTTTTTATCTTCAAATATCTGCAATGCGTTATTAATTTATATATATATATATTCATGAAAATTAATCGCCTATATATAATAATTTATATAAAAATTATTTATTCTTTAATTATTTTATAGATATTTTGAAATGATTTTTATATTTATTAATCATTTAATAATTATAACTTAACTTAACTATAGTTCATGAAATCAACTATTATTAAAGNNNTCTACATATAATGAAAGCTATAGGATCTCTCAGAATTAGGACATACGGAGCTAGTTAT        ]




>consensus_254#1
ATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCATCT
TTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAATAT
GTGAGTAATATTTTTATTTTACGTTATAATAATAAGTTTTAATTGTTCAATTCAATATTA
TAAAGTTGTGATTAATTTTTTTTATCTTCAAATATCTGCAATGCNTTATTAATTTATATA
TATATATATTCATGAAAATTAATCGCCTATATATAATAATTTATATAAAAATTATTTATT
CTTTAATTATTTTATAGATATTTTGAAATGATTTTTATATTTATTAATCATTTAATAATT
ATAACTTAACTTAACTATAGTTCATGAAATCAACTATTATTAAAGNNNTCTACATATAAT
GAAAGCTATAGGATCTCTCAGAATTAGGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_254#0      AAATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCAT 60
consensus_254#1      --ATAAAAATTATCATTTTAGGAATAATTGACCATCTTATTAATAAACTACAATTATCAT 58
                       **********************************************************

consensus_254#0      CTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAAT 120
consensus_254#1      CTTTAACAAAATAATTTAATTAGTAATTAGGAACTGAAAGTTTTTTTTAATACATCAAAT 118
                     ************************************************************

consensus_254#0      ATGACATACGGAGCTAGTTATCACACTGGAAATTATAGAAGTACTAAGGAAAGAGGATCT 180
consensus_254#1      ATGT------GAG-TAATATTTTTATTTTACGTTATAATAATA------------AGTTT 159
                     ***       *** ** *  *   * *  *  *****  * **              * *

consensus_254#0      TTATATAGAAATAATATTAATAATAGAAATGGACGATTTGAAAATCGAGGAAAAAATAAT 240
consensus_254#1      TAATTGTTCAAT----TCAATATTATAAAGTTGTGATT--AATTTTTTTTATCTTCAAAT 213
                     * **     ***    * **** ** ***     ****  **  *     *      ***

consensus_254#0      ACGCATAATACCAATGGAATTTTGAAAAAGCCAAATTGGAATTTTGAAAATTTAAAACCT 300
consensus_254#1      ATCTGCAATGCNTTATTAATTTATATATATATATATT-----CATGAAAATTAATCGCCT 268
                     *     *** *      *****  * * *   * ***       ******** *   ***

consensus_254#0      TTCAAAAAAGATTTTTATATACCACATCCTAATGTTCAAGCACGTCACCCACAAGAAATA 360
consensus_254#1      ATATATAATAATTTATATAAAAATTATT-TATTCTTTAATTATTTTATAGATATTTTGAA 327
                      *  * **  **** **** *    **  ** * ** **  *  * *   * *      *

consensus_254#0      GATATGTTTAGACAAGAAAATCAAATTACTCTTAAAGGAGAAAAAATTCCTAATCCTATT 420
consensus_254#1      ATGATTTTTATATTTATTAATCATTTAATAATTATAACTTAACTTAACTATAGTTCATGA 387
                        ** **** *      *****  * *   *** *    **   *    ** * *    

consensus_254#0      CAGCATTTTGAAGNNGGAAATTTTCCTGACCATGTAA--TGCAATGTATAAGAAAACAAG 478
consensus_254#1      AATCAACTATTATTAAAGNNNTCTACATATAATGAAAGCTATAGGATCTCTCAGAATTAG 447
                      * **  *   *         * * *  *  *** **  *  *   * *   * **  **

consensus_254#0      GATTTAGTGAACCAACTGCTATCCAAGCTCAAGGATGGCCAATTGCTATGTCTGGACATA 538
consensus_254#1      GACATACGGAGCTAGTTATCACACTGG--------------------------------- 474
                     **  **  ** * *  *   *  *  *                                 

consensus_254#0      ATATGGNTGGAATAGCACAAACTGGATCTGGAAAAACATTAGGATATATTTTACCCGCAA 598
consensus_254#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_254#0      TAGT 602
consensus_254#1      ----

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)