cluster # 2713

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Apis mellifera
cluster # 2713 cluster # 2713 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2713#0 length = 566 sequences # 1

consensus_2713#1 length = 553 sequences # 1

consensusID : consensus_2713#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 566
fasta sequence

                              [AATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGATAAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATGTCACTACTAATTTTGAGACGAATGCCGGAACGCGTTATATGATTGATGAATATGATAAAAATGGTTTAAAGAAAAATGAAAGTTTTTCTATTCGAATCCAAAGTTTTTACGACAAGGATAAACGTAACGAGAAATCCACGCTTAACCAAAGAAATTATTCGCAACAAAAAATGAACGACGCTGTGTATAATCTCCTGAAAGTGTCTTCGTATACGTTATCTCATGCTCGAGAGAATAATGCAAAGGGTTATCAACCTGACAAAAATACTGATAATTTTTTTAAATTATCTTCTATAAATTATAGAAATTATCCATATTTGGAAACATTGAAATCTATTCAAAGAAATACGAAAATTCTTCCTACTACGACCGGTACTGCTACGATGGCGAATATTCCCTTGGCTACTACGGAATTACCTGTATACGCTTTAACGTTATCTTTAAAACCTTT]

[+] EMBL BI505825             [AATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGATAAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATGTCACTACTAATTTTGAGACGAATGCCGGAACGCGTTATATGATTGATGAATATGATAAAAATGGTTTAAAGAAAAATGAAAGTTTTTCTATTCGAATCCAAAGTTTTTACGACAAGGATAAACGTAACGAGAAATCCACGCTTAACCAAAGAAATTATTCGCAACAAAAAATGAACGACGCTGTGTATAATCTCCTGAAAGTGTCTTCGTATACGTTATCTCATGCTCGAGAGAATAATGCAAAGGGTTATCAACCTGACAAAAATACTGATAATTTTTTTAAATTATCTTCTATAAATTATAGAAATTATCCATATTTGGAAACATTGAAATCTATTCAAAGAAATACGAAAATTCTTCCTACTACGACCGGTACTGCTACGATGGCGAATATTCCCTTGGCTACTACGGAATTACCTGTATACGCTTTAACGTTATCTTTAAAACCTTT]




>consensus_2713#0
AATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGAT
AAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATGTCACT
ACTAATTTTGAGACGAATGCCGGAACGCGTTATATGATTGATGAATATGATAAAAATGGT
TTAAAGAAAAATGAAAGTTTTTCTATTCGAATCCAAAGTTTTTACGACAAGGATAAACGT
AACGAGAAATCCACGCTTAACCAAAGAAATTATTCGCAACAAAAAATGAACGACGCTGTG
TATAATCTCCTGAAAGTGTCTTCGTATACGTTATCTCATGCTCGAGAGAATAATGCAAAG
GGTTATCAACCTGACAAAAATACTGATAATTTTTTTAAATTATCTTCTATAAATTATAGA
AATTATCCATATTTGGAAACATTGAAATCTATTCAAAGAAATACGAAAATTCTTCCTACT
ACGACCGGTACTGCTACGATGGCGAATATTCCCTTGGCTACTACGGAATTACCTGTATAC
GCTTTAACGTTATCTTTAAAACCTTT

consensusID : consensus_2713#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 553
fasta sequence

                              [TATATAATTTTAATTTATATAATTATTAAAATGATACGTTTCGTATGGATTTGGAAAATTATTTTTCGTTGCGTGATGTTTATTCTATGTATTCAATCCGAGATATTTAATATTGTAAACTCTGTAAAGGTGAGTTTCTCCTGCTTAAACCGAACTGCTGGGTTTTATGCGGATACGGATGCTGGTTGTAAAATATATTATACCTGTGATGAATATGGGAATAAATTTACTTATCATTGCCCGGAAGAAACTGCTTTTCGACAAGATGCTTTGATATGCGATCATGCTCATCTTGTGCATTGTGAAAAACCTATTTCCTCTACTCTGAAAGAATATAATGAGAAACCGGAGGAAACCGAGGATGATGATTCTTCTTATCCAAAGGATAAGAGTCGATCTCTTTTTCCTTCTTTCCCTATGACGCGATTGATGAAAACGAATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGATAAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATG]

[+] EMBL BI502804             [TATATAATTTTAATTTATATAATTATTAAAATGATACGTTTCGTATGGATTTGGAAAATTATTTTTCGTTGCGTGATGTTTATTCTATGTATTCAATCCGAGATATTTAATATTGTAAACTCTGTAAAGGTGAGTTTCTCCTGCTTAAACCGAACTGCTGGGTTTTATGCGGATACGGATGCTGGTTGTAAAATATATTATACCTGTGATGAATATGGGAATAAATTTACTTATCATTGCCCGGAAGAAACTGCTTTTCGACAAGATGCTTTGATATGCGATCATGCTCATCTTGTGCATTGTGAAAAACCTATTTCCTCTACTCTGAAAGAATATAATGAGAAACCGGAGGAAACCGAGGATGATGATTCTTCTTATCCAAAGGATAAGAGTCGATCTCTTTTTCCTTCTTTCCCTATGACGCGATTGATGAAAACGAATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGATAAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATG]




>consensus_2713#1
TATATAATTTTAATTTATATAATTATTAAAATGATACGTTTCGTATGGATTTGGAAAATT
ATTTTTCGTTGCGTGATGTTTATTCTATGTATTCAATCCGAGATATTTAATATTGTAAAC
TCTGTAAAGGTGAGTTTCTCCTGCTTAAACCGAACTGCTGGGTTTTATGCGGATACGGAT
GCTGGTTGTAAAATATATTATACCTGTGATGAATATGGGAATAAATTTACTTATCATTGC
CCGGAAGAAACTGCTTTTCGACAAGATGCTTTGATATGCGATCATGCTCATCTTGTGCAT
TGTGAAAAACCTATTTCCTCTACTCTGAAAGAATATAATGAGAAACCGGAGGAAACCGAG
GATGATGATTCTTCTTATCCAAAGGATAAGAGTCGATCTCTTTTTCCTTCTTTCCCTATG
ACGCGATTGATGAAAACGAATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGA
CTGTTCAAAAATCTGGATAAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCC
AATTATAATAATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2713#0      AATAATGAAGTAGGATATAAATTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGAT 60
consensus_2713#1      --TATATAATTTTAATTTATATA-ATTATTAAAA-TGATACGTTTCGTATGGATTTGGA- 55
                        **   ** *   ** ** **  **   ***   ****    *    *   ** **** 

consensus_2713#0      AAAACTATTGAAAATAAGGCGATTGATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATGTCACT 120
consensus_2713#1      -AAATTATTTTTCGTTGCGTGAT--GTTTATTCTATGTATTCAATCCGAGATAT------ 106
                       *** ****     *   * ***   **  ** ***   * ****   *   **      

consensus_2713#0      ACTAATTTTGAGACGAATGCCGGAACGCGTTATATGATTGATGAATATGATAAAAATGGT 180
consensus_2713#1      -TTAATATTGTAAACTCTGTAAAGGTGAGTTTCTC--CTGCTTAAACCGA-ACTGCTGGG 162
                        **** ***  *    **       * ***       ** * **   ** *    *** 

consensus_2713#0      TTAAAGAAAAATGAAAGTTTTTCTATTCGAATCCAAAGTTTTTACGACAAGGATAAACGT 240
consensus_2713#1      TTTTATGCGGATACGGATGCTGGTTGTAAAATATATTATACCTGTGATGAATATGGGAAT 222
                      **  *     **     *  *  *  *  ***  *   *   *  **  *  **     *

consensus_2713#0      AACGAGAAATCCACGCTTAACCA-AAGAAATTA-TTCGCAACAAAAAA-TGAACGACGCT 297
consensus_2713#1      AA--ATTTACTTATCATTGCCCGGAAGAAACTGCTTTTCGACAAGATGCTTTGATATGCG 280
                      **  *   *   *   **  **  ****** *  **  * **** *   *     * ** 

consensus_2713#0      GTGTATAATC-TCCTGAAAGTGTCTTCGTATACGTTATCTCATGCTCGAGAGAATA--AT 354
consensus_2713#1      AT-CATGCTCATCTTGTGCATTGTGAAAAACCTATTTCCTCTACTCTGAAAGAATATAAT 339
                       *  **  ** ** **    *        *    **  ***      ** ******  **

consensus_2713#0      GCAAAGGGTTATCAACCTGACAAAAATACTGATAATTTTTTTAA--ATTATCTTCTATAA 412
consensus_2713#1      GAGAAACCGGAGGAAACCGAGGATGATGATTCTTCTTATCCAAAGGATAAGAGTCGATCT 399
                      *  **     *  ** * **  *  **  *  *  ** *   **  ** *   ** **  

consensus_2713#0      ATTATAGAAATTATCCATATT-TGGAAACATTGAAATCTATTCA--AAGAAATACGAAAA 469
consensus_2713#1      CTTTTTCCTTCTTTCCCTATGACGCGATTGATGAAAACGAATAATGAAGTAGGATATAAA 459
                       ** *      * *** ***   *  *    ***** * * * *  *** *  *   ***

consensus_2713#0      TTCTTCCT--ACTACGACCGGTACTGCTACGATGGCGAATATTCCCTTGGCTACTACGGA 527
consensus_2713#1      TTTATCCCTAATTCTGATCGACTGTTCAAAAATCTGGATAAAACTATTGAAAATAAGGCG 519
                      **  ***   * *  ** **    * * *  **   **  *  *  ***   *  * *  

consensus_2713#0      ATTACCTGTATACGCTTTAACGTTATCTTTAAAACCTTT 566
consensus_2713#1      ATTG-----ATTCGTTTTATCCGTCCAATTATAATAATG 553
                      ***      ** ** **** *  *    *** **   *

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)