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Apis mellifera
cluster # 397 cluster # 397       Sequences # 4       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_397#0 length = 615 sequences # 2  
 consensus_397#1 length = 571 sequences # 2  
consensusID : consensus_397#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 615
fasta sequence 
                              [ATGGCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGNGGATTCTGAGAGTCCAGTATCTGGACATGTACGAAATAGTGATAATGTTTATTACCATATTTTTGGAATGATATTTCTTGCTGCAGTTCTGTACTTGTGGAATAAGTACCAATAAACAAGTTGTGATGGATCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAATTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATTAATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAAAGTACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCCCAAAGACAAGGGACC]

[+] EMBL BI512051             [ATGGCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGNGGATTCTGAGAGTCCAGTATCTGGACATGTACGAAATAGTGATAATGTTTATTACCATATTTTTGGAATGATATTTCTTGCTGCAGTTCTGTACTTGTGGAATAAGTACCAATAAAC                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL BI507288             [                       GGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGAGGATTCTGAGAGTCCAGTATCTGGACATGTACGAAATAGTGATAATGTTTATTACCATATTTTTGGAATGATATTTCTTGCTGCAGTTCTGTACTTGTGGAATAAGTACCAATAAACAAGTTGTGATGGATCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAATTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATTAATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAAAGTACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCCCAAAGACAAGGGACC]




>consensus_397#0
ATGGCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCA
TGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTC
CTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATG
CCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCA
ACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGNGGATTCTGAG
AGTCCAGTATCTGGACATGTACGAAATAGTGATAATGTTTATTACCATATTTTTGGAATG
ATATTTCTTGCTGCAGTTCTGTACTTGTGGAATAAGTACCAATAAACAAGTTGTGATGGA
TCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAA
TTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATT
AATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAAAGTACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCC
CAAAGACAAGGGACC

consensusID : consensus_397#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 571
fasta sequence 
                              [GCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGAGGATTCTGAGAGTCCAGTATCTGGACATATGGATCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAATTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATTAATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAANNNACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCCCAAAGACAAGGGACCAAAAAATATTAAACTGTTTATTAATCAACCTAGNACAATTGATTTTGATATGGCAG]

[+] EMBL BI514441             [GCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGAGGATTCTGAGAGTCCAGTATCTGGACATATGGATCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAATTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATTAATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAAAGTACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCCCAAAGACAAGGGACCAAAAAATATTAAACTGTTTATTAATCAACCTAGNACAATTGATTTTGATATGGCAG]
[+] EMBL BI513824             [                             TGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGAGGATTCTGAGAGTCCAGTATCTGGACATATGGATCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAATTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATTAATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTT ANNNACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCCCAAAGACAAGGGACCAAAAAATATTAAACTGTTTATTAATCAACCTAGNACAATTGATTTTGATATGGCAG]




>consensus_397#1
GCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCATGC
CAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTCCTT
AAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATGCCC
ACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCAACT
GGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGAGGATTCTGAGAGT
CCAGTATCTGGACATATGGATCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTA
AATGAATCTGATGATCATAATTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAA
AGTGAATGTGATGAACAATTAATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAANNNACAT
TCTTTAAAAATTAAAGCTCCCAAAGACAAGGGACCAAAAAATATTAAACTGTTTATTAAT
CAACCTAGNACAATTGATTTTGATATGGCAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_397#0      ATGGCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCA 60
consensus_397#1      ---GCTAGTGCGGGTACAAAATTGGTGGTAGTTGATTTCACAGCAACATGGTGTGGTCCA 57
                        *********************************************************

consensus_397#0      TGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTC 120
consensus_397#1      TGCCAGCGAATTGCACCAATATTTGAACAACTATCACTTAAATATCCAAATGCAGTATTC 117
                     ************************************************************

consensus_397#0      CTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATG 180
consensus_397#1      CTTAAAGTCGATGTAGACAAGTGTGCAGAAACTGCTGCTATGCAAGGAGTTAGTGCAATG 177
                     ************************************************************

consensus_397#0      CCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCA 240
consensus_397#1      CCCACATTTATATTTTACCGTAACCAAACAAAATTGGGATTGTGTCAAGGAGCTGATCCA 237
                     ************************************************************

consensus_397#0      ACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGNGGATTCTGAG 300
consensus_397#1      ACTGGATTGGAATCAAAAATTCTACAATTTTATGGCTCTGGAGATTTAGAGGATTCTGAG 297
                     ************************************************* **********

consensus_397#0      AGTCCAGTATCTGGACATGTACGAAATAGTGATAATGTTTATTACCATATTTTTGGAATG 360
consensus_397#1      AGTCCAGTATCTGGACAT------------------------------------------ 315
                     ******************                                          

consensus_397#0      ATATTTCTTGCTGCAGTTCTGTACTTGTGGAATAAGTACCAATAAACAAGTTGTGATGGA 420
consensus_397#1      -------------------------------------------------------ATGGA 320
                                                                            *****

consensus_397#0      TCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAA 480
consensus_397#1      TCTAGCTACTTTCATTACAAAAGCACAATCTGAATGTTTAAATGAATCTGATGATCATAA 380
                     ************************************************************

consensus_397#0      TTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATT 540
consensus_397#1      TTTCTTACAATGCTTGAATACTGATGATGGATATTTGGAAAGTGAATGTGATGAACAATT 440
                     ************************************************************

consensus_397#0      AATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAAAGTACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCC 600
consensus_397#1      AATATTATCTATTGCATTTTCACAAGCAGTTAANNNACATTCTTTAAAAATTAAAGCTCC 500
                     *********************************   ************************

consensus_397#0      CAAAGACAAGGGACC--------------------------------------------- 615
consensus_397#1      CAAAGACAAGGGACCAAAAAATATTAAACTGTTTATTAATCAACCTAGNACAATTGATTT 560
                     ***************                                             

consensus_397#0      -----------
consensus_397#1      TGATATGGCAG 571


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)