Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Apis mellifera
cluster # 40 cluster # 40       Sequences # 11       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_40#0 length = 1562 sequences # 11  
consensusID : consensus_40#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 11
consensus length = 1562
fasta sequence 
                              [CGTGTCACTTCTAACCTAACCTGTTGAATATTTTCCTTTGAACTTTTGATATTTATTCGGATTTATTTTTCGAAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC-CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAATTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTAATTCATACACGAATGGTTGTGTAGAGGCATTAAAAGATACGGTCAAACTTGCCGGAACTGTGTTTGGTAGTGTCGCTATTGCTATTGCCATTGTTGAGTTGATTGGCATCATTTGCGCACTTTGCCTGGCAAATTCTATAAAAAACGCTGAACGTAGGGGTTATAGAGTATGAAAGTTCAACAGATAATTATTAAAAGAAGTATATATTGAAAAAAACGTAATAATTGATAACACTACCATTAATAATTTTATTTAAAGACAGTGATAGAAAATACTATTATTTTGTATTGAAATAAATTTAAATAGTTTTATAAATGAAAGAAAAAAGGAATATCTTTTATTTTATTTTGAGCATAGTTCCATTTAAATTTATATGTTGATATGTGATATCAAATGTATAAATATATTATTTAATATATTTTTAATTTTGGTACATTTTCATTAAATTGATTATATTTTTTTATATTAAGAAATAAAATTATAATAATAATAATAATAATAATTTTCATTAATAATAATAATCGGTGCAAAAAAATTCTTAAAGACTTGATAAATTTTTTGTTAAATAATTTTTGTCTCATTACGTATTATAATTATTTTTGTCCATATAATTAGTAAAAATAATTAATAACTGAAATATTAAATTTTTTAAAGTATAATTTATAATTTGTCAAATTAAAAATTATAGAGTATTTTAATAAATTTAATTACAATGCATTATATGTAGTTTTGCGAATATCATAGAAAAGTATTTTTATAACAATATTTTGATAAGTATTACACATTTTGCTTACATCGTGCTTTTATAAAATACAATTTATATTTTTATTTGTACAGCACACATTCATTATACCGTATTCACGATTTTCAAAAGATAATGTCAATTATATATTTTTCTTGTAATAAAATTTATTTTATCTATAAAAAAA]

[+] EMBL AF274024             [CGTGTCACTTCTAACCTAACCTGTTGAATATTTTCCTTTGAACTTTTGATATTTATTCGGATTTATTTTTCGAAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAATTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTAATTCATACACGAATGGTTGTGTAGAGGCATTAAAAGATACGGTCAAACTTGCCGGAACTGTGTTTGGTAGTGTCGCTATTGCTATTGCCATTGTTGAGTTGATTGGCATCATTTGCGCACTTTGCCTGGCAAATTCTATAAAAAACGCTGAACGTAGGGGTTATAGAGTATGAAAGTTCAACAGATAATTATTAAAAGAAGTATATATTGAAAAAAACGTAATAATTGATAACACTACCATTAATAATTTTATTTAAAGACAGTGATAGAAAATACTATTATTTTGTATTGAAATAAATTTAAATAGTTTTATAAATGAAAGAAAAAAAGAATATCTTTTATTTTATTTTGAGCATAGTTCCATTTAAATTTATATGTTGATATGTGATATCAAATGTATAAATATATTATTTAATATATTTTTAATTTTGGTACATTTTCATTAAATTGATTATATTTTTTTATATTAAGAAATAAAATTATAATAATAATAATAATAATAATTTTCATTAATAATAATAATCGGTGCAAAAAAATTCTTAAAGACTTGATAAATTTTTTGTTAAATAATTTTTGTCTCATTACGTATTATAATTATTTTTGTCCATATAATTAGTAAAAATAATTAATAACTGAAATATTAAATTTTTTAAAGTATAATTTATAATTTGTCAAATTAAAAATTATAGAGTATTTTAATAAATTTAATTACAATGCATTATATGTAGTTTTGCGAATATCATAGAAAAGTATTTTTATAACAATATTTTGATAAGTATTACACATTTTGCTTACATCGTGCTTTTATAAAATACAATTTATATTTTTATTTGTACAGCACACATTCATTATACCGTATTCACGATTTTCAAAAGATAATGTCAATTATATATTTTTCTTGTAATAAAATTTATTTTATCTATAAAAAA ]
[+] EMBL BE844376             [ GTGTCACTTCTAACCTAACCTGTTGAATATTTTCCTTTGAACTTTTGATATTTATTCGGATTTATTTTTCGAAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAATTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTAATTCATACACGAATGGTTGTGTAGAGGCATTAAAAGATACGGTCAAACTTGCCGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI506050             [                              TTTTTTTTT    TTTTGATATTTATTCGGATTTATTTTTCGAAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL BI516761             [                                              TGATATTTATTCGGATTTATTTTTCGAAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTCTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI515999             [                                                                        AAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI511562             [                                                                                                                    GAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTACTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL BI505527             [                                                                                                                    GAATGGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGGCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCNNNATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCNNAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCNTCTGTTTATTTTACTCGTGCAAATAGNNNTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTCGCGCAATATATCAGAGAAATATCAGNNNATATTTAATGGTTACTTTTTGAANNNGGAGAGTAAAGATTGTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAATTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTAATTCATACANGAATGGTTGTGTAGAGGCATTAAAAGATACGGTCAAACTTGCCGGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL BI509188             [                                                                                                                         GGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGNTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL BI509445             [                                                                                                                               ATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGGTATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGAAACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCNNNCTTGGCAGTATAATCTTTGTAATATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGCATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGTTGTCAAAAATGATGATAATTTC CGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGGTTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAATTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL BI510260             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATGCTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAATTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTAATTCATACACGAATGGTTGTGTAGAGGCATTAAAAGATACGGTCAAACTTGCCGGAACTGTGTTTGGTAGTGTCGCTATTGCTATTGCCATTGTTGAGTTGATTGGCATCATTTTCGCACTTTGCCTGGCAAATTCTATAAAAAACGCTGAACGTAGGGGTTATAGAGTATGAAAGTTCAACAGATAATTATTAAAAGAAGTATATATTGAAAAAAACGTAATAATTGATAACACTACCATTAATAATTTTATTTAAAGACAGTGATAGAAAATACTATTATTTTGTATTGAAATAAATTTAAATAGTTTTATAAATGAAAGAAAAAAGa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL BE844377             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTTTGTCCATATAATTAGTAAAAATAATTAATACCTGAAATATTAAATTTTTTAAAGTATAATTTATAATTTGTCAAATTAAAAATTATAGAGTATTTTAATAAATTTAATTACAATGCATTATATGTAGTTTTGCGAATATCATAGAAAAGTATTTTTATAACAATATTTTGATAAGTATTACACATTTTGCTTACATCGTGCTTTTATAAAATACAATTTATATTTTTATTTGTACAGCACACATTCATTATACCGTATTCACGATTTTCAAAAGATAATGTCAATTATATATTTTTCTTGTAATAAAATTTATTTTATCTATAAAAAAA]




>consensus_40#0
CGTGTCACTTCTAACCTAACCTGTTGAATATTTTCCTTTGAACTTTTGATATTTATTCGG
ATTTATTTTTCGAAATAGAAGTTAGTGGAAAGAAATAATAACGAAGATGAGTTGCGGAAT
GGGAATGATAAAATATTTACTCTTCATATTTAATTTCGTCTTCGCGGTATGCGGGTTAGG
TATTCTAACTCTCGGTGTTTTGATACATCTACAAATATTAGGAGTAAGTAAGCAAATCGA
AACCGGTCTTGCATTTCCATCGATAACATTGATCGTTCTTGGCAGTATAATCTTTGTAAT
ATCATTTTTCGGATGCTGCGGTGCTATCCGAGAAAGTCATTGCATGACAATTACCTTCGC
ATCGTTTCTTCTGTTTATTTTGCTCGTGCAAATAGCAGTTGCCGTTTATGCCTTTATAGT
TGTCAAAAATGATGATAATTTCCGCAATATATCAGAGAAATATCAGGAGATATTTAATGG
TTACTTTTTGAATTCGGAGAGTAAAGATTTTATTGATTTTATTCAGAAAAATTTGCAATG
CTGTGGTGTCCACTCTTTAAGTGATTATAATGACAAGCCTATTCCTGCAAGTTGTTGTAA
TTCTCCTGAAAATAATACTTGCTCTATAAGTAATTCATACACGAATGGTTGTGTAGAGGC
ATTAAAAGATACGGTCAAACTTGCCGGAACTGTGTTTGGTAGTGTCGCTATTGCTATTGC
CATTGTTGAGTTGATTGGCATCATTTGCGCACTTTGCCTGGCAAATTCTATAAAAAACGC
TGAACGTAGGGGTTATAGAGTATGAAAGTTCAACAGATAATTATTAAAAGAAGTATATAT
TGAAAAAAACGTAATAATTGATAACACTACCATTAATAATTTTATTTAAAGACAGTGATA
GAAAATACTATTATTTTGTATTGAAATAAATTTAAATAGTTTTATAAATGAAAGAAAAAA
GGAATATCTTTTATTTTATTTTGAGCATAGTTCCATTTAAATTTATATGTTGATATGTGA
TATCAAATGTATAAATATATTATTTAATATATTTTTAATTTTGGTACATTTTCATTAAAT
TGATTATATTTTTTTATATTAAGAAATAAAATTATAATAATAATAATAATAATAATTTTC
ATTAATAATAATAATCGGTGCAAAAAAATTCTTAAAGACTTGATAAATTTTTTGTTAAAT
AATTTTTGTCTCATTACGTATTATAATTATTTTTGTCCATATAATTAGTAAAAATAATTA
ATAACTGAAATATTAAATTTTTTAAAGTATAATTTATAATTTGTCAAATTAAAAATTATA
GAGTATTTTAATAAATTTAATTACAATGCATTATATGTAGTTTTGCGAATATCATAGAAA
AGTATTTTTATAACAATATTTTGATAAGTATTACACATTTTGCTTACATCGTGCTTTTAT
AAAATACAATTTATATTTTTATTTGTACAGCACACATTCATTATACCGTATTCACGATTT
TCAAAAGATAATGTCAATTATATATTTTTCTTGTAATAAAATTTATTTTATCTATAAAAA
AA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)