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Apis mellifera
cluster # 617 cluster # 617       Sequences # 4       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_617#0 length = 749 sequences # 2  
 consensus_617#1 length = 628 sequences # 2  
consensusID : consensus_617#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 749
fasta sequence 
                              [TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTCATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATATATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATATCGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATCCTATTCTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA]

[+] EMBL BE844664             [TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTCATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATATATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATATCGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATCCTATTC                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL BI507911             [                                                                                                                                        ATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATATCGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA]




>consensus_617#0
TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTC
ATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATA
TATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATAT
CGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTC
TAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTT
GGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAAT
GACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAG
GAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGC
CAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTA
TCCTATTCTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAG
GAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTT
GAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAAT
AGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA

consensusID : consensus_617#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 628
fasta sequence 
                              [TTAGATGGAAATAAATTATATTTAGATTCAACGACTCAATTTAGAATGTGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAACGGTCTAATCTCGTGGTTTACGTNCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGCGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTGGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA]

[-] EMBL BG101612             [TTAGATGGAAATAAATTATATTTAGATTCAACGACTCAATTTAGAATGTGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTNCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGCGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA]
[+] EMBL BI516199             [                                                                                            TAACGGTCTAATCTCGTGGTTTACGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTGGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTCTGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACG                                                                                                                                                                                                    ]




>consensus_617#1
TTAGATGGAAATAAATTATATTTAGATTCAACGACTCAATTTAGAATGTGTGGAAATGGA
CAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAACGGTCTAATCTCGTGGTTTACGTNC
TAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGCGAGAAAAGAAAATTGTT
CAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTGG
AATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTT
CTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCAT
AGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAA
ACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAG
AATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATT
AACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATA
ATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_617#0      TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTC 60
consensus_617#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_617#0      ATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATA 120
consensus_617#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_617#0      TATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATAT 180
consensus_617#1      ------------TTAGATGGAAAT--AAATTAT----ATTTAGAT--TCAACGACTCAAT 40
                                  ** **  * **  *******    *** * **  * **       **

consensus_617#0      CGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTC 240
consensus_617#1      TTAGAATGTGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAACGGTC 100
                         **   ********************************************** ****

consensus_617#0      TAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTT 300
consensus_617#1      TAATCTCGTGGTTTACGTNCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTT 160
                     *************** ** ****************************** **********

consensus_617#0      GGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAAT 360
consensus_617#1      GGCGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAAT 220
                     ** *********************************************************

consensus_617#0      GACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAG 420
consensus_617#1      GACAACACTCGTTTCATTGGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAG 280
                     ****************** *****************************************

consensus_617#0      GAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGC 480
consensus_617#1      GAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGC 340
                     ************************************************************

consensus_617#0      CAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTA 540
consensus_617#1      CAACGTACACAGGCAGCCATAGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTA 400
                     ********************* **************************************

consensus_617#0      TCCTATTCTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAG 600
consensus_617#1      TTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAG 460
                     * ***** *********************************************** ****

consensus_617#0      GAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTT 660
consensus_617#1      GAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTT 520
                     *********************************************** ************

consensus_617#0      GAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAAT 720
consensus_617#1      GAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAAT 580
                     ************************************************************

consensus_617#0      AGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA------------------- 749
consensus_617#1      AGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA 628
                     *****************************


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)