cluster # 70

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Apis mellifera
cluster # 70 cluster # 70 Sequences # 8 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_70#0 length = 646 sequences # 2

consensus_70#1 length = 578 sequences # 4
consensus_70#2 length = 382 sequences # 2

consensusID : consensus_70#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 646
fasta sequence

                              [CACTATTGGAATCCATTTTTTTTTATCCTTGTTCTATAAAATTTGATCTGTTTAGTGTCGTTCATTTGGTTGAATTCGTATAAACACTTATAAAATTACGTTACAGTTACAATTATTTGATCAGTAGCTCATTGACAACGGTTTGGTGAAGACGAGCAAACAATGGCTGCTGCAGGAAGTACGAGTGCCGGCACAATTTTGCAGAAACTTGGTTTGAAGCCAATTACGAAATGTAGTCTCGTAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGTAAGATAATAATGAATTCATTCAACTCTTTAACATTAACCTCTATTATATTTTTAAGTTTCAGATTTTTATCATTCTTAATGTTACGTAATCGATAAATATTTCTTAACGAATTTTTTGAATTTATTTAAAAATTTTAACTGAAATATTCAATTTCGTCTCTCAATTAAAAATGATTATGTTAAATATAAATATCATGACCTACATACAATNNTATTCGATTAAAATTAATCGACCATAATTTTCTATATACAAAAATATATTTTTATTTTAATTACTTTAATCAACTAATATAATTTTTTATTATTTTACTTAATTCATTA]

[+] EMBL BI514112             [CACTATTGGAATCCATTTTTTTTTATCCTTGTTCTATAAAATTTGATCTGTTTAGTGTCGTTCATTTGGTTGAATTCGTATAAACACTTATAAAATTACGTTACAGTTACAATTATTTGATCAGTAGCTCATTGACAACGGTTTGGTGAAGACGAGCAAACAATGGCTGCTGCAGGAAGTACGAGTGCCGGCACAATTTTGCAGAAACTTGGTTTGAAGCCAATTACGAAATGTAGTCTCGTAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGTAAGATAATAATGAATTCATTCAACTCTTTAACATTAACCTCTATTATATTTTTAAGTTTCAGATTTTTATCATTCTTAATGTTACGTAATCGATAAATATTTCTTAACGAATTTTTTGAATTTATTTAAAAATTTTAACTGAAATATTCAATTTCGTCTCTCAATTAAAAATGATTATGTTAAATATAAATATCATGACCTACATACAATNNTATTCGATTAAAATTAATCGACCATAATTTTCTATATACAAAAATATATTTTTATTTTAATTACTTTAATCAACTAATATAATTTTTTATTATTTTACTTAATTCATTA]
[+] EMBL BI514060             [CACTATTGGAATCCATTTTTTTTTATCCTTGTTCTATAAAATTTGATCTGTTTAGTGTCGTTCATTTGGTTGAATTCGTATAAACACTTATAAAATTACGTTACAGTTACAATTATTTGATCAGTAGCTCATTGACAACGGTTTGGTGAAGACGAGCAAACAATGGCTGCTGCAGGAAGTACGAGTGCCGGCACAATTTTGCAGAAACTTGGTTTGAAGCCAATTACGAAATGTAGTCTCGTAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGTAAGATAATAATGAATTCATTCAACTCTTTAACATTAACCTCTATTATATTTTTAAGTTTCAGATTTTTATCATTCTTAATGTTACGTAATCGATAAATATTTCTTAACGAATTTTTTGAATTTATTTAAAAATTTTAACTGAAATATTCAATTTCGTCTCTCAATTAAAAATGATTATGTTAAATATAAATATCATGACCTACATACAATGTTATTCGATTAAAATTAATCGA                                                                                        ]




>consensus_70#0
CACTATTGGAATCCATTTTTTTTTATCCTTGTTCTATAAAATTTGATCTGTTTAGTGTCG
TTCATTTGGTTGAATTCGTATAAACACTTATAAAATTACGTTACAGTTACAATTATTTGA
TCAGTAGCTCATTGACAACGGTTTGGTGAAGACGAGCAAACAATGGCTGCTGCAGGAAGT
ACGAGTGCCGGCACAATTTTGCAGAAACTTGGTTTGAAGCCAATTACGAAATGTAGTCTC
GTAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTG
ATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGTAAGATAATAATGAATTCATTCAACTCTTTAACATT
AACCTCTATTATATTTTTAAGTTTCAGATTTTTATCATTCTTAATGTTACGTAATCGATA
AATATTTCTTAACGAATTTTTTGAATTTATTTAAAAATTTTAACTGAAATATTCAATTTC
GTCTCTCAATTAAAAATGATTATGTTAAATATAAATATCATGACCTACATACAATNNTAT
TCGATTAAAATTAATCGACCATAATTTTCTATATACAAAAATATATTTTTATTTTAATTA
CTTTAATCAACTAATATAATTTTTTATTATTTTACTTAATTCATTA

consensusID : consensus_70#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 578
fasta sequence

                              [TAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTTGAACTTTGTTGATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATAAAAGTACTTTTTGTAATTGATGTATAATTAATGTATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATACAATAATAAAATAGTGGATTATATTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTAAGCAAAGAATTCTTGAAAGTTTACAAATTTTTATATTTTCTATAATCTTTGCTCTATATACATTAAAA]

[+] EMBL BI504580             [TAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTTGAACTTTGTTGATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATNAAAGTACTTTTTGTAATTGATGTATAATTAATGTATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATACAATAATAAAATANNNGATTATATTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTAAGCAAAGAATTCTTGAAAGTTTACAAATTTTTATATTTTCTATAATCTTTGCTCTATATACATTAAAA]
[+] EMBL BI514310             [TAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTTGAACTTTGTTGATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATAAAAGTACTTTTTGTAATTGATGTATAATTAATGTATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATACAATAATAAAATAGTGGATTATATTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTAAGCAAAGAATTCTTGAAAGTTTACAAATTTTTATATTTTCTATAATCTTTGCTCTATATACATTAAAA]
[+] EMBL BI504406             [TAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTTGAACTTTGTTGATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATAAAAGTACTTTTTGTAATTGATGTATAATTAATGTATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATACAATAATAAAATAGTGGATTATATTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTAAGCAAAGAATTCTTGAAAGTTTACAAATTTTTATATTTTCTATAATCTTTGCTCTATATACATTA   ]
[+] EMBL BI514924             [                  CTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTTGAACTTTGTTGATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATAAAAGTACTTTTTGTAATTGATGTATAATTAATGTATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATANNATAATAAAATAGTGGATTATATTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTA                                                                    ]




>consensus_70#1
TAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGA
TGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGG
GAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCC
CCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAG
TTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAA
TTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTTGAACTTTGTTG
ATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATAAAAGTACTTTTTGTAATTGATGTATAATTAATGT
ATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATACAATAATAAAATAGTGGATTATA
TTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTAAGCAAAGAATTCTTGAAAGTTTACAAATTT
TTATATTTTCTATAATCTTTGCTCTATATACATTAAAA

consensusID : consensus_70#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 382
fasta sequence

                              [TGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGNATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI517253             [TGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI502829             [                           ATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGNATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAATCTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGGA                                                                                 ]




>consensus_70#2
TGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTGT
CATTAGNATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTGGGAAGTGCTCTTCTTGG
CACTGGCTCCTATATATATACTCGTGACCATATGAAAAGTGCCCCCACAGGTGTAAAAAT
CTTATATAGTACTGCCGGTGCTGTATTGCTGAGTTTTGGATCAGTTTTAGTATGGGCGGT
ACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTACAATAATTGGCATTGGTTCTGG
ACTTGCATTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_70#1      --------------------------------------------TAAAATTTTACACTCC 16
consensus_70#2      ------------------------------------------------------------
consensus_70#0      CACTATTGGAATCCATTTTTTTTTATCCTTGTTCTATAAAATTTGATCTGTTTAGTGTCG 60
                                                                                

consensus_70#1      TGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTG- 75
consensus_70#2      TGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGTGATGAATCCCAGTCTTG- 59
consensus_70#0      TTCATTTGGT-TGAATTCGTATAAACACTTATAAAATTACGTTACAGTTACAATTATTTG 119
                    * * ** *** *    ** ** *     ** *  *   **** *    * * * * **  

consensus_70#1      ---------TCATTAGGATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTG--GGAAG 124
consensus_70#2      ---------TCATTAGNATCTTTCCAAAGAAAGATATTACAAATTTCTTACTG--GGAAG 108
consensus_70#0      ATCAGTAGCTCATTGACAACGGTTTGGTGAAGACGAGCAAACAATGGCTGCTGCAGGAAG 179
                             *****   * *  *     ***    *  * * * *   * ***  *****

consensus_70#1      TGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATA-CTCGTGACCA--TATGAAAAGTGCCCC 181
consensus_70#2      TGCTCTTCTTGGCACTGGCTCCTATATATATA-CTCGTGACCA--TATGAAAAGTGCCCC 165
consensus_70#0      TACGAGTGCCGGCACAATTTTGCAGAAACTTGGTTTGAAGCCAATTACGAAATGTAGTCT 239
                    * *   *   *****    *   * * *  *   * *   ***  ** **** **   * 

consensus_70#1      CACAGG-TGTAAAAATCTTATAT--AGTACTGCCG---GTGCTGTATTGCTGAGTTTTG- 234
consensus_70#2      CACAGG-TGTAAAAATCTTATAT--AGTACTGCCG---GTGCTGTATTGCTGAGTTTTG- 218
consensus_70#0      CGTAAAATTTTACACTCCTGCTTTCGGTGTTGCCTCATACACTGCATTGTCTATCAACGT 299
                    *  *   * * * * ** *   *   **  ****       *** ****   *     * 

consensus_70#1      GATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTA 294
consensus_70#2      GATCAGTTTTAGTATGGGCGGTACTTCGTTCCATAGTACCACCTAATCCAACTCTTTGTA 278
consensus_70#0      GATGAATCCCAGTCTTGTCATTAGGTAAGATAATAATG--AATTCATTCAACTCTTTA-A 356
                    *** * *   *** * * *  **  *      *** *   *  * ** *********  *

consensus_70#1      CAATAATTGGCATTG-GTTCTGGACTTGCA----TTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTATTT 349
consensus_70#2      CAATAATTGGCATTG-GTTCTGGACTTGCA----TTCATTAAAGTTGGTTCTAGTTAAAA 333
consensus_70#0      CATTAACCTCTATTATATTTTTAAGTTTCAGATTTTTATCATTCTTAATGTTACGTAATC 416
                    ** ***     ***   ** *  * ** **    ** ** *   **  *  **  **   

consensus_70#1      GAACTTTGTTGATGAGCAGATACCAAAAAAGTAGATAAAAGTACTTTTTGTAATTGATGT 409
consensus_70#2      AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA----------- 382
consensus_70#0      GATAAATATTTCTTAACGAATTTTTTGAATTTATTTAAAAATTTTAACTG-AAATATTCA 475
                     *            *    *       **   *   ****                    

consensus_70#1      ATAATTAATGTATACTAATTGCATCTAAACAAAAAGTTCACAATAATACAATAATAAAAT 469
consensus_70#2      ------------------------------------------------------------
consensus_70#0      ATTTCGTCTCTCAATTAAAAATGATTATGTTAAATATAAATATCATGACCTACATACAAT 535
                                                                                

consensus_70#1      AGTGGATTATATTGAATTAAGAATAAGGAAAAAAAACATTAAGCAAAGAATTCTTGAAAG 529
consensus_70#2      ------------------------------------------------------------
consensus_70#0      NNT--ATTCGATTAAAATTAATCGACCATAATTTTCTATATACAAAAATATATTTTTATT 593
                                                                                

consensus_70#1      TTTACAAATTTTTATATTTTCTATAATCTTTGCTCTATATACATTAAAA---- 578
consensus_70#2      -----------------------------------------------------
consensus_70#0      TTAATTACTTTAATCAACTAATATAATTTTTTATTATTTTACTTAATTCATTA 646

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)