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Apis mellifera
cluster # 957 cluster # 957       Sequences # 3       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_957#0 length = 519 sequences # 2  
 consensus_957#1 length = 454 sequences # 1  
consensusID : consensus_957#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 519
fasta sequence 
                              [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGAGTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAACTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTCATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATTACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTCTTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGATAATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC]

[+] EMBL BI503194             [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGAGTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAACTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTCATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATTACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTCTTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGATAATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC]
[+] EMBL BI504514             [                                                                                                                                         TAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGAGTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAACTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTCATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATTACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTCTTTTTCTTAGTGTTCCTCATACATTTGGAGTAATTG                                                               ]




>consensus_957#0
GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCT
GTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAG
GCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGA
GTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAA
CTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTC
ATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATT
ACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTC
TTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGATA
ATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC

consensusID : consensus_957#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 454
fasta sequence 
                              [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCCTTTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAATTTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCTTGCACTTAACAAAGATTATTAAGNNGAAATATTATAATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAATTAATTTGAAACAGATTGTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATAATATAATAAAAAAATATAATATACTATATATAATAGTTTGT]

[+] EMBL BI512660             [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCCTTTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAATTTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCTTGCACTTAACAAAGATTATTAAGNNGAAATATTATAATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAATTAATTTGAAACAGATTGTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATAATATAATAAAAAAATATAATATACTATATATAATAGTTTGT]




>consensus_957#1
GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCT
GTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAG
GCCGTGCTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCCT
TTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAAT
TTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCTTGCACTTAACAAAGATTATTAAGNNGAA
ATATTATAATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAATTAATTTGAAACAGATT
GTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATAATATAAT
AAAAAAATATAATATACTATATATAATAGTTTGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_957#0      GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCT 60
consensus_957#1      GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCT 60
                     ************************************************************

consensus_957#0      GTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAG 120
consensus_957#1      GTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAG 120
                     ************************************************************

consensus_957#0      GCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGA 180
consensus_957#1      GCCGTGCTTTT-CTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCC 179
                     ******* *** ********************************  *    *    *   

consensus_957#0      GTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAA 240
consensus_957#1      TTTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAA 239
                      *  *  *      *       *  *     * ** *  *  * * **    **  ****

consensus_957#0      CTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTC 300
consensus_957#1      TTTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCT--TGCACTTAACAAAGATTATTAAGNN 297
                      **  **   *   *  ** *   * * *   *  *  **   **** **      **  

consensus_957#0      ATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATT 360
consensus_957#1      GAAATATTATA-ATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAAT---TAATTTGAA 353
                         *   *     ** *   *   **    ******     ******   ****     

consensus_957#0      ACAAGAAGTAGCACGTCA-TAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTT 419
consensus_957#1      ACAGATTGTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATA 413
                     ***    ** *    * * * * * **  **   *   ***  ** *****  *  * * 

consensus_957#0      CTTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGAT 479
consensus_957#1      ATATAA-TAAAAAAATATAATATACTATATATAAT---AGTTTGT--------------- 454
                      * *   *         * *** * *     ****   *  ****               

consensus_957#0      AATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC 519
consensus_957#1      ----------------------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)