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consensusID : consensus_11556#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 137 consensus length = 1028 fasta sequence
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[-] EMBL CD144862 [ TTTGGGGATTAAGTGACTGTAGTTTGCGCACAACACATTACGGACATACTGGTTATCTCAACACGGTGACAGTTTCACCAGATGGTTCTCTGTGTGCCAGCGGAGGAAAGGATGGACAAGCCATGCCTTGGGACTTAGCA TTAAATAAGTTCCTGTACACCCTACCTAGCGGAGGAATAATCAATGCATTATGTTTCTCCCC TAATCGTTATTGGCTTTGTGCTGCAGTTGGGTCCAGCA TCAAGATATGGGATTTGGAAAACAAGGTCTTAGCTGACGATCTACGCCCTGAATTAATCTCAGGAAGCTCGCCTGCTAAAC AATC AACACCTTCATGCACATGTCTTGCATGGTCTGCTGATGGTCAAACTT TGTTTGCTGGG T TCTCAG ACAATCTCATTCGTGTTTGGCAA ATGGCTTAGTAACAATA ]
[+] EMBL CD139689 [ GGATTAAGTGACTGTAGTTTGCGCACAACACATTACGGACATACTGGTTATCTCAACACGGTGACAGTTTCACCAGATGGTTCTCTGTGTGCCAGCGGAGGAAAGGATGGACAAGCCATGCTTTGGGACTTAGCA TTAAATAAGTTCCTGTACACCCTACCTAGCGGAGGAATAATCAATGCATTATGTTTCTCCCC TAATCGTTATTGGCTTTGTGCTGCAGTTGGGTCCAGCA TCAAGATATGGGATTTAGAAAACAAGGTCTTAGCTGACGATCTACGCCCTGAATTAATCTCAGGAAGCTCGCCTGCTAAAC AATCAAACA CTTCATGCACATGTCTTGCATGGTCTGCTGATGGTC AACTTNTGTTTGCT GG N TCTCAG AC ATCTCATTCGTGTTTGGCAA ATGGC TANNAAC AT ATATGna ]
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[+] EMBL CD139371 [ tcgtcgGGCACTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATAT GGAGT CCTGTAAGGTCTTT ACATGGACA CAATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCATGGGACAGCACATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGTGGACACG AAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACA A ACAAATAGTCAGTGGGTCACGAGACAAAACTGCAA GGTTGTGG AATACTTTGGGTCACTGCAAGT ATGTATTCACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGGTTTTCCCCAAACACAGACCACCCTATTGTTGTTACATGCGGATGG ]
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[-] EMBL CD139396 [ AGTACCTGTAAGGTCTTT ACATGGACA CAATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCATGGGACAGCACATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGTGGACACGAAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACA G ACAAATAGTCAGTGGGTCACGAGACAAAACTGCAA GGTTGTGG AATACTTTGGGTCACTGCAAGT ATGTATTCACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGGTTTTCCCCAAACACAGACCACCCTATTGTTGTTACATGCGGATGGGA ]
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[+] EMBL CD139372 [ AAAGCGTATTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACA G ACAAATAGTCAGTGGGTCACGAGACAAAACTGCAA GGTTGTGG AATACTTTGGGTCACTGCAAGT ATGTATTCACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGGTTTTCCCCAAACACAGACCACCCTATTGTTGTTACATGCGGATGGG ]
[+] EMBL CD139458 [ GCAGACAACA G ACAAATAGTCAGTGGGTCACGAGACAAAACTGCAA GGTTGTGG AATACTTTGGGTCACTGCAAGT ATGTATTCACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGGTTTTCCCCAAACACAGACCACCCTATTGTTGTTACATGCGGATGG ]
[+] EMBL CD182531 [ GTGGGTCACGAGACAAAACTGCAA GGCCGTGG AATACTTAGGGTCACTGCATGT ATGTATTCACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGG ]
[-] EMBL CD142989 [ AACACAGTCCACCCTATTGTTGTTACATGCGGATGGGACAAGCAAGTAAAAGTTTGGGGATTAAGTGGCTGTAGTTTGCGCACATCACATT ]
consensusID : consensus_11556#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 434 fasta sequence
[TGGCGTCCGGGGAATTCGATTTTAAAATCTGGCACGTTGTTACAGGGATGAATGAACAGTTGGTTTTCCGAGGCACTTTGTCTGGCCACCGTGGATGGGTCACGCAGATAGCGACAAATGCTACCCAGCCGGATCTTCTTGTTTCGGCTTCTCTTATATAAATCCCTTATTGTTTGGGACTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATA-TGGAGTACCTGTAAGGTCTTTACATGGACACAATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCATGGGACAGCACATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGTGGACACGAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACAGACAAATAGTCAGCGGGTCACGAGACAAAACTGC]
[+] EMBL CD115222 [TGGCGTCCGGGGAATTCGATTTTAAAATCTGGCACGTTGTTACAGGGATGAATGAACAGTTGGTTTTCCGAGGCACTTTGTCTGGCCACCGTGGATGGGTCACGCAGATAGCGACAAATGCTACCCAGCCGGATCTTCTTGTTTCGGCTTCTCTTATATAAATCCCTTATTGTTTGGGACTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATA TGGAGTACCTGTAAGGTCTTTACATGGACACAATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCATGGGACAGCACATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGTGGACACGAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACAGACAAATAGTCAGCGGGTCACGAGACAAAACTGC]
[-] EMBL CD148215 [ TAAATCCCTTATTGTTTGGGACTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATA TGGAGTACCTGTAAGGTCTTTACATGGACACAATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATGATGGGACAGCACATTAAGATTGTATG ]
[+] EMBL CD139292 [ tgCTGGGGAATATTTGAGTACCTGTAAGGTCTTTACATGGACACAATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCATGGGACAGCACATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACA ]
[+] EMBL CD160857 [ GGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCATGGGACAGCACATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGTGGACACGAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACA ]
consensusID : consensus_11556#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 412 fasta sequence
[ACCTAGCCGGAGGATTAATCAATGCATTATGTTTCTTCCCCTAATCGTTACTGGCTATGTGCTGCAGTTGGGTCCAGCATCAAGATATGGGATTTAGAAAACAAGGTCTTAGCTGACGATCTACGCCCTGAATTAATCTCAGGGAGCTCGCCTGCTAAACAATCAACACCTTCATGCACATGTCTTGCATGGTCTGCTGATGGTCAAACTTTGTCTGCTGGGTTCTCAGACAATCTCATTCGTGTTTGGCAAATGGCTTAGTAACAATAATATGTATAATGTACTGATTGGATCAACGCCTTTTTATTTCAAGCGAGGTTGTAATTATTTACTGAAGAGGGCTTACTGATAGCCCTAGCACTGTTTACGTGGTACAATAAAGTTTTTGAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL AI394857 [ACCTAGCCGGAGGATTAATCAATGCATTATGTTTCTTCCCCTAATCGTTACTGGCTATGTGCTGCAGTTGGGTCCAGCATCAAGATATGGGATTTAGAAAACAAGGTCTTAGCTGACGATCTACGCCCTGAATTAATCTCAGGGAGCTCGCCTGCTAAACAATCAACACCTTCATGCACATGTCTTGCATGGTCTGCTGATGGTCAAACTTTGTCTGCTGGGTTCTCAGACAATCTCATTCGTGTTTGGCAAATGGCTTAGTAACAATAATATGTATAATGTACTGATTGGATCAACGCCTTTTTATTTCAAGCGAGGTTGTAATTATTTACTGAAGAGGGCTTACTGATAGCCCTAGCACTGTTTACGTGGTACAATAAAGTTTTTGAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11556#1 -------------------------------------TGTTACAGGGATGAATGAACAGT 23
consensus_11556#2 TGGCGTCCGGGGAATTCGATTTTAAAATCTGGCACGTTGTTACAGGGATGAATGAACAGT 60
consensus_11556#0 ---------------ACGGTTACGTTACTCGGCACGTTGTTACAGGGATGAATGAACAGT 45
consensus_11556#3 --------------------------ACCTAGCCGGAGGATTAATCAATGCATTAT--GT 32
* * * *** ** * **
consensus_11556#1 TGGTTTTCCGAGGCACT-TTGTCTGGCCACCGTGGATGGGTCACGCAGATAGCGACAAAT 82
consensus_11556#2 TGGTTTTCCGAGGCACT-TTGTCTGGCCACCGTGGATGGGTCACGCAGATAGCGACAAAT 119
consensus_11556#0 TGGTTTTCCGAGGCACT-TTGTCTGGCCACCGTGGATGGGTCACGCAGATAGCGACAAAT 104
consensus_11556#3 TTCTTCCCCTAATCGTTACTGGCTATGTGCTGCAGTTGGGTCCAGCATCAAGATATGGGA 92
* ** ** * * * ** ** * * * ****** *** ** *
consensus_11556#1 GCTACCCAGCCGGATCTTCTTGTTTCGGCTTCTCGA----------------GTTTGGGA 126
consensus_11556#2 GCTACCCAGCCGGATCTTCTTGTTTCGGCTTCTCTTATATAAATCCCTTATTGTTTGGGA 179
consensus_11556#0 GCTACCCAGCCGGATCTTCTTGTTTCGGCTTCTCGAG-ATAAATCCCTTATTGTTTGGGA 163
consensus_11556#3 TTTAGAAAACAAGGTCTTAGCTGACGATCTACGCCC---------------TGAATTAAT 137
** * * * **** ** * * * *
consensus_11556#1 CTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATATGGAGTACCTGTAAGGTC----TTTACATGGACACA 182
consensus_11556#2 CTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATATGGAGTACCTGTAAGGTC----TTTACATGGACACA 235
consensus_11556#0 CTTGAGGCGAGAATCTGGGGAATATGGAGTACCTGTAAGGTC----TTTACATGGACACA 219
consensus_11556#3 CTCAGGGAGCTCGCCTGCTAAACAATCAACACCTTCATGCACATGTCTTGCATGGTC-TG 196
** ** * *** ** * * **** * * * ** ***** *
consensus_11556#1 ATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCAT 242
consensus_11556#2 ATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCAT 295
consensus_11556#0 ATCATTTCGTCAGTGACGTGGTTATGTCGTCGGATGGATTATACGCTTTATCGGGATCAT 279
consensus_11556#3 CTGATGGTCAAACTTTGTCTGCTGGGTTCTCAGACA-ATCTCATTCGTGTTTGGCAA-AT 254
* ** * * * * ** ** ** ** * * * * ** * **
consensus_11556#1 GGGACAGCA-CATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGT 301
consensus_11556#2 GGGACAGCA-CATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGT 354
consensus_11556#0 GGGACAGCA-CATTAAGATTGTATGATCTGGAGACTGGGAAAACAACTCGTCGGTTCTGT 338
consensus_11556#3 GGCTTAGTAACAATAATAT-GTATAATGTACTGATTGGATCAACGCCTTTTTATTTCAAG 313
** ** * ** *** ** **** ** * ** *** *** ** * ***
consensus_11556#1 GGACACGAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACAGACAAATAGTCAGT 361
consensus_11556#2 GGACACGAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACAGACAAATAGTCAGC 414
consensus_11556#0 GGACACGAAAAAAGCGTTTTAAGTGTTGCTTTCAGTGCAGACAACAGACAAATAGTCAGT 398
consensus_11556#3 CGAGGTTGTAATTATTTACTGAAGAGGGCTT-----ACTGATAGCCCTAGCACTGTTTAC 368
** ** * * * **** * ** * * * **
consensus_11556#1 GGGTCACGAGACAAAACTGCAAGGTTGTGGAATACTTTGGGTCACTGCAAGTATGTATTC 421
consensus_11556#2 GGGTCACGAGACAAAACTGC---------------------------------------- 434
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consensus_11556#3 GTGGTACAATAAAGTTTTTGAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA---------------- 412
* * ** * * * *
consensus_11556#1 ACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGGTTTTCCCCAAACACAGACCAC 481
consensus_11556#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#0 ACCGATGGCGGTCATACTGACTGGATCTCATGCGTCCGGTTTTCCCCAAACACAGACCAC 518
consensus_11556#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#1 CCTATTGTTGTTACATGCGGATGGGACAAGCAAGTAAAAGTTTGGGGATTAAGTGACTGT 541
consensus_11556#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#0 CCTATTGTTGTTACATGCGGATGGGACAAGCAAGTAAAAGTTTGGGGATTAAGTGACTGT 578
consensus_11556#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#1 AGTTTGCGCACAACACATTACGGACATA-------------------------------- 569
consensus_11556#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_11556#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_11556#3 ------------------------------------------------------------
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consensus_11556#0 TTAAATAAGTTCCTGTACACCCTACCTAGCGGAGGAATAATCAATGCATTATGTTTCTCC 758
consensus_11556#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11556#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11556#0 TGTACTGATTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1028
consensus_11556#3 ------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||