cluster # 7734

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Schistosoma mansoni
cluster # 7734 cluster # 7734 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7734#0 length = 1018 sequences # 4

consensus_7734#1 length = 401 sequences # 1

consensusID : consensus_7734#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1018
fasta sequence

                              [TAATTTTATTATGAGATACCTAAATAGATTTAAATGCCAGAATATAAAAATCTTTCAGTAATAATAAAATGCAATGGATTGAGTTCTGTTAAAGTGATAAAGAATAATTATTTTTTTAAAAATAATTCTAGAAAAAAAGAAAACTAATCTAATTTAGTCCAGTCGATTGGTTTAATACCATGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTCGCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGATTGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCCCCCCATAGCATAAATACTAAATTATTTCGATTTTTATTCAAATAACGAATAGCTGCATCTGTTAAAAATTCCCATCCTTTATCTTTGGGTGAATTGGGTGTTGAAAAACGAACAGTCAGTACAGCATTCAACAGTAAAACACCTTGTTTAGCCCATCCAGTTAAATCACCATGTTTTGGTGGCCAATTATCATTAGAATTTGTCAAATTCATACTTGAACTAATTTCTTTGTACATGTTGATAAGGCTTGGTGGTGCTGGTACTGGTCGACAAACAGAAAATGCTAAACCATGTGCTTGTCTTGGTCCATGATATGGATCTTGTCCTAGGATTACAACATGTATATCTGTTGGTAAGCATAATTTAGTCCATGTGAAAATTTGTTCAATTGGTGGATAAATTGTTACTCCACTATTTTGTTCTTTAGAAATAAAATCAGCTAACTGTTGAAATTTATCATGCTCAATTTGTTCCAATAGTATAGCGAACCATTCATTTGATATACCTTGAATTAAATTTAATACATTTTTATTAGGTCGATTAGTTAATCTTCGTCGACATTCAGCCACCATTTTATTTACAGCTGATTTATCTAACTCTGTAGATTTGAATAAATTTTTTGTATTGCCAATAAGACTGAATGAACCATTATTCATTGATGATAAAGCTTTCATATTCGATGTATTTGTAGTAG]

[+] EMBL CD075668             [TAATTTTATTATGAGATACCTAAATAGATTTAAATGCCAGAATATAAAAATCTTTCAGTAATAATAAAATGCAATGGATTGAGTTCTGTTAAAGTGATAAAGAATAATTATTTTTTTAAAAATAATTCTAGAAAAAAAGAAAACTAATCTAATTTAGTCCAGTCGATTGGTTTAATACCATGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTCGCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGATTGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCCCCCCATAGCATAAATACTAAATTATTTCGATTTTTATTCAAATAACGAATAGCTGCATCTGTTAAAAATTCCCATCCTTTATCTTTGGGTGAATTGGGTGTTGAAAAACGAACAGTCAGTACAGCATTCAACAGTAAAACACCTTGTTTAGCCCATCCAGTTAAATCACCATGTTTTGGTGGCCAATTATCATTAGAATTTGTCAAATTCATACTTGAACTAATTTCTTTGTACATGTTGATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL AI977741             [    TTTATTATGAGATACCTAAATAGATTTAAATGCCAGAATATAAAAATCTTTCAGTAATAATAAAATGCAATGGATTGAGTTCTGTTAAAGTGATAAAGAATAATTATTTTTTTAAAAATAATTCTAGAAAAAAAGAAAACTAATCTAATTTAGTCCAGTCGATTGGTTTAATACCATGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTCGCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGATTGACCTTGTTTCTGAGCACTTGCACCCCATAGCATAAATACTAAATTATTTCGATTTTTATTCAAATAACGAATAGCTGCATCTGTTAGAAATTCCCATCCTTTATCTTTGTGTGAATTGGGTGTTGAAGAACGAACAGTCAGTACAGCATTCAACAGTAAAACACCTTGTTTAGCCCATCCAGTTAAATCACCATGTTTTGGTGGCCAATTATCATTAGAATTTGTCAAATTTATACTTGAACTAATTTCTTTGGACATGTTGATAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD163068             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATGTTTTGGTGGCCAATTATCATTAGAATTTGTCAAATTCATACTTGAACTAATTTCTTTGTACATGTTGATAAGGCTTGGTGGTGCTGGTACTGGTCGACAAACAGAAAATGCTAAACCATGTGCTTGTCTTGGTCCATGATATGGATCTTGTCCTAGGATTACAACATGTATATCTGTTGGTAAGCATAATTTAGTCCATGTGAAAATTTGTTCAATTGGTGGATAAATTGTTACTCCACTATTTTGTTCTTTAGAAATAAAATCAGCTAACTGTTGAAATTTATCATGCTCAATTTGTTCCAATAGTATAGCGAACCATTCATTTGATATACCTTGAATTAAATTTAATACATTTTTATTAGGTCGATTAGTTAATCTTCGTCGACATTCAGCCACCATTTTATTTACAGCTGATTTATCTAACTCTGTAGATTTGAATAAATTTTTTGTATTGCCAATAAGACTGAATGAACCATTATTCATTGATGATAAAGCTTTCATATTCGATGTATTTGTAGTAG]
[-] EMBL CD083486             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gGTCAAATTCATACTTGAACTAATTTCTTTGTACATGTTGATAAGGCTTGGTGGTGCTGGTACTGGTCGACAAACAGAAAATGCTAAACCATGTGCTTGTCTTGGTCCATGATATGGATCTTGTCCTAGGATTACAACATGTATATCTGTTGGTAAGCATAATTTAGTCCATGTGAAAATTTGTTCAATTGGTGGATAAATTGTTACTCCACTATTTTGTTCTTTAGAAATAAAATCAGCTAACTGTTGAAATTTATCATGCTCAATTTGTTCCAATAGTATAGCGAACCATTCATTTGATATACCTTGAATTAAATTTAATACATTTTTATTAGGTCGATTAGTTAATCTTCGTCGACATTCAGCCACCATTTTATTTACAGCTGATTTATCTAACTCTGTAGATTTGAATAAATTTTTTGTATTGCCAATAAGACTGA                                                      ]




>consensus_7734#0
TAATTTTATTATGAGATACCTAAATAGATTTAAATGCCAGAATATAAAAATCTTTCAGTA
ATAATAAAATGCAATGGATTGAGTTCTGTTAAAGTGATAAAGAATAATTATTTTTTTAAA
AATAATTCTAGAAAAAAAGAAAACTAATCTAATTTAGTCCAGTCGATTGGTTTAATACCA
TGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTC
GCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGAT
TGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCCCCCCATAGCATAAATACTAAATTATTTCGATTTTTA
TTCAAATAACGAATAGCTGCATCTGTTAAAAATTCCCATCCTTTATCTTTGGGTGAATTG
GGTGTTGAAAAACGAACAGTCAGTACAGCATTCAACAGTAAAACACCTTGTTTAGCCCAT
CCAGTTAAATCACCATGTTTTGGTGGCCAATTATCATTAGAATTTGTCAAATTCATACTT
GAACTAATTTCTTTGTACATGTTGATAAGGCTTGGTGGTGCTGGTACTGGTCGACAAACA
GAAAATGCTAAACCATGTGCTTGTCTTGGTCCATGATATGGATCTTGTCCTAGGATTACA
ACATGTATATCTGTTGGTAAGCATAATTTAGTCCATGTGAAAATTTGTTCAATTGGTGGA
TAAATTGTTACTCCACTATTTTGTTCTTTAGAAATAAAATCAGCTAACTGTTGAAATTTA
TCATGCTCAATTTGTTCCAATAGTATAGCGAACCATTCATTTGATATACCTTGAATTAAA
TTTAATACATTTTTATTAGGTCGATTAGTTAATCTTCGTCGACATTCAGCCACCATTTTA
TTTACAGCTGATTTATCTAACTCTGTAGATTTGAATAAATTTTTTGTATTGCCAATAAGA
CTGAATGAACCATTATTCATTGATGATAAAGCTTTCATATTCGATGTATTTGTAGTAG

consensusID : consensus_7734#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 401
fasta sequence

                              [GTCCAGTCGATTGGTTTAATACCATGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTCGCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGATTGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCACCCCATAGCATAAATACTAAATTCTATAAATAACATTAGGAAAAGAAAGGAAAAATAAAAACAAATTATTATTTTGTTTAAATAGTATGGAAATAGAATGTTGATAAGTATATATGAGTAAATCATTTGAATTTGATGAATATTACCTCTTCTTACTAGTATAATACCCGAATTCCCTGGTACGACTGAGAGCGGAGAGAGTCCGCTCTCCCTCTCGAAATGCTATAACAGGG]

[-] EMBL CD166976             [GTCCAGTCGATTGGTTTAATACCATGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTCGCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGATTGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCACCCCATAGCATAAATACTAAATTCTATAAATAACATTAGGAAAAGAAAGGAAAAATAAAAACAAATTATTATTTTGTTTAAATAGTATGGAAATAGAATGTTGATAAGTATATATGAGTAAATCATTTGAATTTGATGAATATTACCTCTTCTTACTAGTATAATACCCGAATTCCCTGGTACGACTGAGAGCGGAGAGAGTCCGCTCTCCCTCTCGAAATGCTATAACAGGG]




>consensus_7734#1
GTCCAGTCGATTGGTTTAATACCATGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGT
CTACAACCAAAAAATCCACGACTCGCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACT
AAATGACGTTTACGATCAACTGATTGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCACCCCATAGCATA
AATACTAAATTCTATAAATAACATTAGGAAAAGAAAGGAAAAATAAAAACAAATTATTAT
TTTGTTTAAATAGTATGGAAATAGAATGTTGATAAGTATATATGAGTAAATCATTTGAAT
TTGATGAATATTACCTCTTCTTACTAGTATAATACCCGAATTCCCTGGTACGACTGAGAG
CGGAGAGAGTCCGCTCTCCCTCTCGAAATGCTATAACAGGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7734#0      TAATTTTATTATGAGATACCTAAATAGATTTAAATGCCAGAATATAAAAATCTTTCAGTA 60
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      ATAATAAAATGCAATGGATTGAGTTCTGTTAAAGTGATAAAGAATAATTATTTTTTTAAA 120
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      AATAATTCTAGAAAAAAAGAAAACTAATCTAATTTAGTCCAGTCGATTGGTTTAATACCA 180
consensus_7734#1      ------------------------------------GTCCAGTCGATTGGTTTAATACCA 24
                                                          ************************

consensus_7734#0      TGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTC 240
consensus_7734#1      TGTTGTTTCAAGTATTCATTTGCTTTTTCAAAATGTCTACAACCAAAAAATCCACGACTC 84
                      ************************************************************

consensus_7734#0      GCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGAT 300
consensus_7734#1      GCTGATAAAGGTGATGGATGAGGTGCATTAAGCACTAAATGACGTTTACGATCAACTGAT 144
                      ************************************************************

consensus_7734#0      TGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCCCCCCATAGCATAAATACTAAATTATTTCGATTTTTA 360
consensus_7734#1      TGACCTTGTTTTTGAGCACTTGCACCCCATAGCATAAATACTAAATTCTATAAATAACAT 204
                      *********************** *********************** * *  **     

consensus_7734#0      TTCAAATAACGAATAGCTGCATCTGTTAAAAATTCCCATCCTTTATCTTTGGGTGAATTG 420
consensus_7734#1      TAGGAAAAGAAAGGAAAAATAAAAACAAATTATTATTTTGTTTAAATAGTATGGAAATAG 264
                      *   ** *   *  *     *      **  ***    *  ** *    *  *  *** *

consensus_7734#0      GGTGTTGAAAAACGAACAGTCAGTACAGCATTCAACAGTAAAACACCTTGTTTAGCCCAT 480
consensus_7734#1      AATGTTGATAAGTATATA-TGAGTAAATCATTTGAATTTGATGAATATTACCTCTTCTTA 323
                        ****** **    * * * **** * ****  *   * *   *  **   *   *   

consensus_7734#0      CCAGTTAAATCACCATGTTTTGGTGGCCAATTATCATTAGAATTTGTCAAAT-TCATACT 539
consensus_7734#1      CTAGTATAATACCCGAATTCCCTGGTACGACTGAGAGCGGAGAGAGTCCGCTCTCCCTCT 383
                      * ***  ***  **   **     *  * * *   *   **    ***   * **   **

consensus_7734#0      TGAACTAATTTCTTTGTACATGTTGATAAGGCTTGGTGGTGCTGGTACTGGTCGACAAAC 599
consensus_7734#1      CGAAATGCTATAACAGGG------------------------------------------ 401
                       *** *  * *    *                                            

consensus_7734#0      AGAAAATGCTAAACCATGTGCTTGTCTTGGTCCATGATATGGATCTTGTCCTAGGATTAC 659
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      AACATGTATATCTGTTGGTAAGCATAATTTAGTCCATGTGAAAATTTGTTCAATTGGTGG 719
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      ATAAATTGTTACTCCACTATTTTGTTCTTTAGAAATAAAATCAGCTAACTGTTGAAATTT 779
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      ATCATGCTCAATTTGTTCCAATAGTATAGCGAACCATTCATTTGATATACCTTGAATTAA 839
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      ATTTAATACATTTTTATTAGGTCGATTAGTTAATCTTCGTCGACATTCAGCCACCATTTT 899
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      ATTTACAGCTGATTTATCTAACTCTGTAGATTTGAATAAATTTTTTGTATTGCCAATAAG 959
consensus_7734#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7734#0      ACTGAATGAACCATTATTCATTGATGATAAAGCTTTCATATTCGATGTATTTGTAGTAG 1018
consensus_7734#1      -----------------------------------------------------------