cluster # 2383

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Takifugu rubripes
cluster # 2383 cluster # 2383 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2383#0 length = 874 sequences # 2

consensus_2383#1 length = 615 sequences # 2
consensus_2383#2 length = 566 sequences # 1

consensusID : consensus_2383#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 874
fasta sequence

                              [TTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCTCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAATGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATCACCTTTGATGGTGGCAAAACAGGGCTGAATTTTGCAGAAGCTGCTTTGCTGATTCAAGGTTCTACCAGCATTTACAGCAAAAAGGTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTACCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAACGCAACAAACAGACGGCCGAGGCTCAGCAGGGGGACACAGACGGAGCACACAGTGACCACGATGAGCATTTCACACAGTTGGACCTGGACACGGCTGAGGACTCACACAAGAATCACTCCACAACAACTGCTCTGGTGGGTCCCCTCCCTCCGGAGTCTCTTCTTCCTCCTGAGAGCAGAGAGAAACTCAAACTTCCTCTGATCAGTCTGAAGGGTGAGACGCTGTGCAGTGTGAAGGACTTCAGGATCAACCTCTTCATTCCAGGAGCTGAAGATATGATTGTGCTGCTGCTGGGATCAGCAGCCTTC]

[+] EMBL BU807641             [TTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCTCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAATGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATCACCTTTGATGGTGGCAAAACAGGGCTGAATTTTGCAGAAGCTGCTTTGCTGATTCAAGGTTCTACCAGCATTTACAGCAAAAAGGTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTACCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAACGCAACAAACAGACGGCCGAGGCTCAGCAGGGGGACACAGACGGAGCACACAGTGACCA                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL FR0061561            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGGTTTACCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAACGCAACAAACAGACGGCCGAGGCTCAGCAGGGGGACACAGACGGAGCACACAGTGACCACGATGAGCATTTCACACAGTTGGACCTGGACACGGCTGAGGACTCACACAAGAATCACTCCACAACAACTGCTCTGGTGGGTCCCCTCCCTCCGGAGTCTCTTCTTCCTCCTGAGAGCAGAGAGAAACTCAAACTTCCTCTGATCAGTCTGAAGGGTGAGACGCTGTGCAGTGTGAAGGACTTCAGGATCAACCTCTTCATTCCAGGAGCTGAAGATATGATTGTGCTGCTGCTGGGATCAGCAGCCTTC]




>consensus_2383#0
TTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCC
CGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAA
AACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTC
TCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCTCCTGGT
CTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTC
CACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGGGA
CATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAATGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATCAC
CTTTGATGGTGGCAAAACAGGGCTGAATTTTGCAGAAGCTGCTTTGCTGATTCAAGGTTC
TACCAGCATTTACAGCAAAAAGGTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTACCAAACCCTGGA
GTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAACGCAACAAACAGACGGCCGAGGCTCAGCAGGGGGA
CACAGACGGAGCACACAGTGACCACGATGAGCATTTCACACAGTTGGACCTGGACACGGC
TGAGGACTCACACAAGAATCACTCCACAACAACTGCTCTGGTGGGTCCCCTCCCTCCGGA
GTCTCTTCTTCCTCCTGAGAGCAGAGAGAAACTCAAACTTCCTCTGATCAGTCTGAAGGG
TGAGACGCTGTGCAGTGTGAAGGACTTCAGGATCAACCTCTTCATTCCAGGAGCTGAAGA
TATGATTGTGCTGCTGCTGGGATCAGCAGCCTTC

consensusID : consensus_2383#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 615
fasta sequence

                              [TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATGTTGTGTTGCAGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGNCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGTGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAATGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATCACCTTTGATGGTGGCAAAACAAGGCTGAATTTTGCAGAAACTGCTTTGCTGATTCAAGGTTCTACCAGCATTTACAGCAAAAAGGTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTGCCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAACGCTACAAACAGACG]

[+] EMBL CA590729             [TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATGTTGTGTTGCAGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGTGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAATGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATCACCTTTGATGGTGGCAAAACAAGGCTGAATTTTGCAGAAACTGCTTTGCTGATTCAAGGTTCTACCAGCATTTACAGCAAAAAGGTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTGCCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAACGCTACAAACAGACG]
[+] EMBL FR0060349            [                                                                                           CCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATGTTGTGTTGCAGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGNCTCCCTGGTCTCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]




>consensus_2383#1
TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCC
CGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGAT
GTTGTGTTGCAGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTAC
ACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGG
TCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTG
GTTCCCTGGNCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTG
TTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGTGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAAT
GACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATCACCTTTGATGGTGGCAAAACAAGGCTG
AATTTTGCAGAAACTGCTTTGCTGATTCAAGGTTCTACCAGCATTTACAGCAAAAAGGTG
GAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTGCCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGGAAA
CGCTACAAACAGACG

consensusID : consensus_2383#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 566
fasta sequence

                              [TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGCCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCACCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCG]

[+] EMBL BU807552             [TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGCCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCACCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCG]




>consensus_2383#2
TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCC
CGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGAT
TCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTACACCAAGCTTGGGCC
TGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCT
CTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTC
CCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCT
CTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCCCTGGCCTCTCTGGTTCCCTGGTCT
CTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCACCCTGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCA
TGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCTGTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAA
ACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2383#0      ----------------------TTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCC 38
consensus_2383#1      TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTGCC 60
consensus_2383#2      TACTGCGCGGGCTGTTTGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTTCCCGGCTGTTGCC 60
                                            ************************ *************

consensus_2383#0      CGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGAT 98
consensus_2383#1      CGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGAT 120
consensus_2383#2      CGACTGTTTCCCGGCTGTTGCCCGGCTGTTGCCCGACTGTTGCCCGGCTGTTTGGTCGAT 120
                      ************************************************************

consensus_2383#0      --------------TCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTAC 144
consensus_2383#1      GTTGTGTTGCAGATTCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTAC 180
consensus_2383#2      --------------TCCAGAGTCGCGCTGTGGCGAAAACTTCAATAAAATACGAATCTAC 166
                                    **********************************************

consensus_2383#0      ACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGG 204
consensus_2383#1      ACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGG 240
consensus_2383#2      ACCAAGCTTGGGCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCT--------CTGGTCTCCCTGG 218
                      ***************************************        ******** ****

consensus_2383#0      TCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCTCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCT 264
consensus_2383#1      TCTCTCTGGATCCCTGGTCTCTCTGGTTC-CCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCT 299
consensus_2383#2      TCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTC-CCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTG 277
                      ********* ******************* ************************  *   

consensus_2383#0      GGTTCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCT 324
consensus_2383#1      GGTTCCCTGGNCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACATCT 359
consensus_2383#2      GTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCCCT----GGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCT-CTCTGGT 332
                      *  ** **** ************ **    **  **    *    * * * * * *   *

consensus_2383#0      GTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAA 384
consensus_2383#1      GTTGCAGCCAATCAGAGAGCTCACGAAAAACTGTGACATCGATGTGGCAGCAGCGTTAAA 419
consensus_2383#2      TCCCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTTCCCTG-- 390
                            * *   * *    ***  *     ***   *   * * *  * *   *  *   

consensus_2383#0      TGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATC-ACCTTTGATGGTGGCAAAACAGGGC 443
consensus_2383#1      TGACTATTTAGAAGAGCTGGATGAGATGTGCATC-ACCTTTGATGGTGGCAAAACAAGGC 478
consensus_2383#2      -GTCTCCCTGGCCTCTCTGGTTCCCTGGTCTCTCTGGTCTCTCTGGTTCCCTGGTCACCC 449
                       * **   * *     **** *     **   **     *   ****  *         *

consensus_2383#0      TGAATTTTGCAGAAGCTGCTTTGCTGATTCAAGGT-TCTACCAGCATTTACAGCAAAAAG 502
consensus_2383#1      TGAATTTTGCAGAAACTGCTTTGCTGATTCAAGGT-TCTACCAGCATTTACAGCAAAAAG 537
consensus_2383#2      TGGTCTCTCTGGTCTCCCTGGTCTCTCTTCATGGAGTCCACAGAAAGCCGCTTTGCACAT 509
                      **   * *   *   *     *     **** **  ** **    *    *     * * 

consensus_2383#0      GTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTACCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGG 562
consensus_2383#1      GTGGAGCTCCTCCACAGTCTGGTTTGCCAAACCCTGGAGTACATCAGTGAGAAGAACAGG 597
consensus_2383#2      CTGTTGCAGCCAATCAGAG-AGCTCACGAAAAACTGGGACATCGATGTGGCAGCAGCG-- 566
                       **  **  *    ***    * *  * ***  ****   *     ***  *  * *   

consensus_2383#0      AAACGCAACAAACAGACGGCCGAGGCTCAGCAGGGGGACACAGACGGAGCACACAGTGAC 622
consensus_2383#1      AAACGCTACAAACAGACG------------------------------------------ 615
consensus_2383#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2383#0      CACGATGAGCATTTCACACAGTTGGACCTGGACACGGCTGAGGACTCACACAAGAATCAC 682
consensus_2383#1      ------------------------------------------------------------
consensus_2383#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2383#0      TCCACAACAACTGCTCTGGTGGGTCCCCTCCCTCCGGAGTCTCTTCTTCCTCCTGAGAGC 742
consensus_2383#1      ------------------------------------------------------------
consensus_2383#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2383#0      AGAGAGAAACTCAAACTTCCTCTGATCAGTCTGAAGGGTGAGACGCTGTGCAGTGTGAAG 802
consensus_2383#1      ------------------------------------------------------------
consensus_2383#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2383#0      GACTTCAGGATCAACCTCTTCATTCCAGGAGCTGAAGATATGATTGTGCTGCTGCTGGGA 862
consensus_2383#1      ------------------------------------------------------------
consensus_2383#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2383#0      TCAGCAGCCTTC 874
consensus_2383#1      ------------
consensus_2383#2      ------------

Data build on Sat Aug 9 00:50:02 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)