These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_5822#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 443 fasta sequence [TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCG-GGAAGGGCTGTATTGCTGGA-AGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCG-G-GAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCCGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAAC--AAAAAAAAAAAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG] [+] EMBL CNS08WOW [TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCG GGAAGGGCTGTATTGCTGGA AGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCG G GAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCCGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAAC AAAAAAAAAAAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG] [+] EMBL CNS08KOU [ TTCGTGTACGTGCAGCTGCGCGGAAGGGCTGTATTGCTGGATAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGCGCGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCACCCTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCACA ] [-] EMBL CNS08KX9 [ aTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCG G GAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCTGGTT ] consensusID : consensus_5822#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 389 fasta sequence [CCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAGTTTTTTGTGATATAAAAATAAACCAAAAG] [+] EMBL BM612364 [CCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAGTTTTTTGTGATATAAAAATAAACCAAAAG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_5822#0 TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGAC 60 consensus_5822#1 ------------------------------------------CCGCAACAAACGATCGAC 18 ***************** consensus_5822#0 AGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAG 120 consensus_5822#1 AGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAG 78 ************************************************************ consensus_5822#0 CTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCT 180 consensus_5822#1 CTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCT 138 ********** ************************************************* consensus_5822#0 GCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGC 240 consensus_5822#1 GCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGC 198 ************************************************************ consensus_5822#0 AGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTG--------------CAG 286 consensus_5822#1 AGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAG 258 ************************************ ****** *** consensus_5822#0 CTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCT 346 consensus_5822#1 CTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCT 318 ************** ********************************* *********** consensus_5822#0 GCCGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAA 406 consensus_5822#1 GCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAGTTTTTTGTGATATAAAAA 378 ** ******************************* ************ ************ consensus_5822#0 TAAACAAAAAAAAAAAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG 443 consensus_5822#1 TAAACCAAAAG-------------------------- 389 ***** **** |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||