These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_885#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 624 fasta sequence [CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGCGGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAGTTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTATTTGTGGAATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATATTTAGTAATTTAACATGAAGGGTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTAACGTCATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTGTGCTGTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAATTATAAAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA] [+] EMBL BM619777 [CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGCGGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAGTTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTATTTGTGGAATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATATTTAGTAATTTAACATGAAGGGTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTAACGTCATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTGTGCTGTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAATTATAAAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA] consensusID : consensus_885#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 580 fasta sequence [CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATATTTAGTATTTTAGGATAAAAGTATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTAACGTCATAATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTGAACTGTATTTCCGTTATTCGTCAAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAATTTTTAAAATGTTATTGTAATACTTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGTTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGCAAACGCCACCAAACACACACGCACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTTCC] [+] EMBL BM616026 [CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATATTTAGTATTTTAGGATAAAAGTATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTAACGTCATAATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTGAACTGTATTTCCGTTATTCGTCAAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAATTTTTAAAATGTTATTGTAATACTTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGTTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGCAAACGCCACCAAACACACACGCACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTTCC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_885#0 CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGC 60 consensus_885#1 ------------------------------------------------------------ consensus_885#0 GGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAG 120 consensus_885#1 ------------------------------------------------------------ consensus_885#0 TTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTA---TTTGTGGAA 177 consensus_885#1 ----------------------CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGA 38 *********************** ******* * consensus_885#0 TTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATA 237 consensus_885#1 TTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATA 98 ********************************** ** ******* **** **** **** consensus_885#0 TTTAGTAATTTAACATGAAGG-GTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTA 296 consensus_885#1 TTTAGTATTTTAGGATAAAAGTATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTA 158 ******* **** ** ** * * ******** ******************* **** consensus_885#0 ACGTCATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTG 356 consensus_885#1 ACGTCATAATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTG 218 ******* ************************************************ *** consensus_885#0 TGCTGTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAAT 416 consensus_885#1 AACTGTATTTCCGTTATTCGTCAAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAAT 278 ************ ****** ****** *** ************ *** ******** consensus_885#0 TATAAAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCA 476 consensus_885#1 TTTTAAAATGTTATTGTAATACTTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCA 338 * * *************** ** ************************************* consensus_885#0 TATAGCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTA 536 consensus_885#1 TATAGTTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTA 398 ***** ****************************************************** consensus_885#0 CTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGA 596 consensus_885#1 CTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGA 458 ************************************************************ consensus_885#0 TGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA-------------------------------- 624 consensus_885#1 TGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGC 518 **************************** consensus_885#0 ------------------------------------------------------------ consensus_885#1 AAACGCCACCAAACACACACGCACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTT 578 consensus_885#0 -- consensus_885#1 CC 580 |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||