These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1177#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 587 fasta sequence [TTAGATACAATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACAGGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAGACCATATTGGAGGTGTTATTATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGGCAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAGAACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGGATGTTTAAGTGTAGCAGAAGTTCATCAGGCTCTTGGATTAGATGCTCTTAAAAATAGAACGTTCCAAATTTTCAAAACATCTGCAACAAAAGGTGAAGGTCTTGATCAAGCAATGG] [+] EMBL BE844515 [TTAGATACAATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACAGGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAGACCATATTGGAGGTGTTATTATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGGCAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAGAACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGGATGTTTAAGTGTAGCAGAAGTTCATCA GCTCTT ] [+] EMBL BI509067 [ TACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACAGGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAGACCATATTGGAGGTGTTATTATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGGCAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAGAACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGGATGTTTAAGTGTAGCAGAAGTTCATCAGGCTCTTGGATTAGATGCTCTTAAAAATAGAACGTTCCAAATTTTCAAAACATCTGCAACAAAAGGTGAAGGTCTTGATCAAGCAATGG] consensusID : consensus_1177#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 444 fasta sequence [ATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGGTGTATTTCACATTGACACTTTTCTATATTTCGCTTGACAGTTTATGTTTTAATATATATGTTTTAATATGTTTAAAGCTTGATATGACGTTATAATTAATTATTTACTCATCTTTGTTTGCATGAATGGTTCATATCTTATGTTTGAATGTTTATAACCAATAATTAAATATATGTTTATACATTTAATATGTCATAACAATTTATTTATATGTGTCATAACAATTTAAAGCTATTAGATGTAAAATAATATGCATGTGAAATTGTTTT] [+] EMBL BI516389 [ATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGGTGTATTTCACATTGACACTTTTCTATATTTCGCTTGACAGTTTATGTTTTAATATATATGTTTTAATATGTTTAAAGCTTGATATGACGTTATAATTAATTATTTACTCATCTTTGTTTGCATGAATGGTTCATATCTTATGTTTGAATGTTTATAACCAATAATTAAATATATGTTTATACATTTAATATGTCATAACAATTTATTTATATGTGTCATAACAATTTAAAGCTATTAGATGTAAAATAATATGCATGTGAAATTGTTTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_1177#0 TTAGATACAATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTG 60 consensus_1177#1 ---------ATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTG 51 *************************************************** consensus_1177#0 GAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAG 120 consensus_1177#1 GAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAG 111 ************************************************************ consensus_1177#0 CCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTA 180 consensus_1177#1 CCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTA 171 ************************************************************ consensus_1177#0 CAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACA 240 consensus_1177#1 CAG-----------GTGTATT--TCACATTGACACTT--TTCTATATTT--CGCTTGACA 214 *** *** * * * *** * ** * * **** * *** consensus_1177#0 GGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAG 300 consensus_1177#1 GTTTATGTTTTAATATATATGTTTT--AATATG---TTTAA------AGCTTGATATGAC 263 * * * * * ** ** ** *** * **** * ** * * *** * consensus_1177#0 ACCATATTGGAGGTGTTATT-ATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGG 359 consensus_1177#1 GTTATAATTAATTATTTACTCATCTTTGTTTGCATG-AATGGTTCATATCTTATGTTTGA 322 *** * * *** * ** * *** *** ** ** * * ** * consensus_1177#0 CAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAG 419 consensus_1177#1 ATGTTTATAACCA-ATAATTAAAT-ATATGTTTATACATTTAATATGTCATAACAATTT- 379 * * * * *** * ** * * * * * * ** ****** * ** consensus_1177#0 AACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGG-ATGTTTA 478 consensus_1177#1 -ATTTATATGTGTCATAACAAT--TTAAAGCTATTAGATGTAAAATAATATGCATGTGAA 436 * * * *** *** * * ** ** * ** * ** * * **** * consensus_1177#0 AGTGTAGCAGAAGTTCATCAGGCTCTTGGATTAGATGCTCTTAAAAATAGAACGTTCCAA 538 consensus_1177#1 ATTGTTTT---------------------------------------------------- 444 * *** consensus_1177#0 ATTTTCAAAACATCTGCAACAAAAGGTGAAGGTCTTGATCAAGCAATGG 587 consensus_1177#1 ------------------------------------------------- |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |