These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10607#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 667 fasta sequence [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA] [+] EMBL AK062457 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA] [-] EMBL CB683735 [ GATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCATGAAGCATAATAATATGGTAT ] consensusID : consensus_10607#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 631 fasta sequence [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA] [+] EMBL AK062964 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA] [+] EMBL AK104925 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCT ] [+] EMBL CA766489 [ CCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAGTTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATC ] consensusID : consensus_10607#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 625 fasta sequence [GAAACGTCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACCGTGGCGGCGGACGCCATACCCGCCGCCATATCCATATCCTCCTCCATGAGCACCGCCCCACTTCTGATCCTCGACCCCTGACCTACCTGTTGGCTTCACATTCTTCCCCTCAGATTCACTGGCTTCAGCGAGCTCTCTTGCGTGAGCTACATCCAGGAAGAAGAAAAGCAGAGCAGATAGGAAGACACCAAGCAGAAGGAGATTCTTGCGAGCCATTTCAGA] [+] EMBL CB683337 [GAAACGTCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACCGTGGCGGCGGACGCCATACCCGCCGCCATATCCATATCCTCCTCCATGAGCACCGCCCCACTTCTGATCCTCGACCCCTGACCTACCTGTTGGCTTCACATTCTTCCCCTCAGATTCACTGGCTTCAGCGAGCTCTCTTGCGTGAGCTACATCCAGGAAGAAGAAAAGCAGAGCAGATAGGAAGACACCAAGCAGAAGGAGATTCTTGCGAGCCATTTCAGA] consensusID : consensus_10607#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 518 fasta sequence [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATAT] [+] EMBL AK063002 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_10607#1 TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 60 consensus_10607#3 TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 60 consensus_10607#0 TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 60 consensus_10607#2 ----------------------GAAACGTCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 38 **** * ******************************* consensus_10607#1 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 120 consensus_10607#3 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 120 consensus_10607#0 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 120 consensus_10607#2 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 98 ************************************************************ consensus_10607#1 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 180 consensus_10607#3 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 180 consensus_10607#0 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 180 consensus_10607#2 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 158 ************************************************************ consensus_10607#1 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 240 consensus_10607#3 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 240 consensus_10607#0 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 240 consensus_10607#2 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 218 ************************************************************ consensus_10607#1 TGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGG 300 consensus_10607#3 TGGTCATCCTGGTTATGGTGG--------------------------------------- 261 consensus_10607#0 TGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGG 300 consensus_10607#2 TGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGG 278 ************ ******** consensus_10607#1 TGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAG 360 consensus_10607#3 ------------------------------------------------------------ consensus_10607#0 TGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAG 360 consensus_10607#2 TGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAG 338 consensus_10607#1 TGG------------------------------------AGGATACGGTGGTGGGGGTGG 384 consensus_10607#3 ---------------------------------------AGGATACGGTGGTGGGGGTGG 282 consensus_10607#0 TGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGG 420 consensus_10607#2 TGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGG 398 ********************* consensus_10607#1 CTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATT 444 consensus_10607#3 CTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATT 342 consensus_10607#0 CTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATT 480 consensus_10607#2 CTACCGTGGCGGCGGACGCCATACCCGCCGCCATATCCATA-TCCTCCTCCATGAGCACC 457 **** **** ** *** * ** * * *** * * *** ** * * consensus_10607#1 -CGAGTCATCTAAGTA-CAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGT----TTGAG 498 consensus_10607#3 -CGAGTCATCTAAGTA-CAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGT----TTGAG 396 consensus_10607#0 -CGAGTCATCTAAGTA-CAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGT----TTGAG 534 consensus_10607#2 GCCCCACTTCTGATCCTCGACCCCTGACCTACCTGTTGGCTTCACATTCTTCCCCTCAGA 517 * * *** * * ** * * * * ** * * * * consensus_10607#1 TATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAG----TAGCAAGAAACTAGAAGAGCAT--C 552 consensus_10607#3 TATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAG----TAGCAAGAAACTAGAAGAGCAT--C 450 consensus_10607#0 TATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAG----TAGCAAGAAACTAGAAGAGCAT--C 588 consensus_10607#2 TTCACTGGCTTCAGCGAGCTCTCTTGCGTGAGCTACATCCAGGAAGAAGAAAAGCAGAGC 577 * * *** * ** *** * * * ** ** **** **** * consensus_10607#1 ATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCAT 612 consensus_10607#3 ATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCAT 510 consensus_10607#0 ATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCAT 648 consensus_10607#2 AGATAGGAAGACACCAAGCAGAAGGAGATTCTTGCGAGC---CATTTCAGA--------- 625 * * * * * * * * * *** * * * * *** * consensus_10607#1 AATAATATGGTATATCTGA 631 consensus_10607#3 AATAATAT----------- 518 consensus_10607#0 AATAATATGGTATATCTGA 667 consensus_10607#2 ------------------- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||