Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 11934 cluster # 11934       Sequences # 9       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_11934#0 length = 759 sequences # 9  

consensusID : consensus_11934#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 9
consensus length = 759
fasta sequence
                              [GGCGCCCTTATCCTCCCACAACGCCCTTATCCCCTACGTCACTCCCCATCATTCTCCATCTCGATCCCGTCTCCTAGCATGGCGGCAGCCGCCTTTTCATGGCGACTACCTCTTCTTCTCCCTACCACGGAGTTAGC-GGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTATTTGGGGGATATTGTTGGATTGATTGATTGTGGTATGTGGATGTAGGATGGTCTAGGTGTGATAGGGAGTGGCTCGATGCATCAGCTCAGAATCGAGCCAAC-TTTTTTTATACTAGAAAAAATGCGAAAAAATGCTTGTGTGTTGCAACGGGTGAAGACTATTTTGATTTTATTATTGTTATATGGTTTCGTTAAGGTAAAAATCATAAGCTATAATTAGGAGTAAAAAA]

[+] EMBL CF276076             [GGCGCCCTTATCCTCCCACAACGCCCTTATCCCCTACGTCACTCCCCATCATTCTCCATCTCGATCCCGTCTCCTAGCATGGCGGCAGCCGCCTTTTCATGGCGACTACCTCTTCTTCTCCCTACCACGGAGTTAGC GGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCCTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGT                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CF276719             [GGCGCCCTTATCCTCCCACAACGCCCTTATCCCCTACGTCACTCCCCATCATTCTCCATCTCGATCCCGTCTCCTAGCATGGCGGCAGCCGCCTTTTCATGGCGACTACCTCTTCTTCTCCCTACCACGGAGTTAGC GGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCCTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGG                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AK070354             [                                           CCGCATCATTCTCCATCTCGATCCCGTCTCCTAGCATGGCGGCAGCCGCCTTTTCATGGCGACTACCTCTTCTTCTCCCTACCACGGAGTTAGC GGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTATTTGGGGGATATTGTTGGATTGATTGATTGTGGTATGTGGATGTAGGATGGTCTAGGTGTGATAGGGAGTGGCTCGATGCATCAGCTCAGAATCGAGCCAAC TTTTTTTATACTA                                                                                                                   ]
[+] EMBL CF301356             [                                                                          TAGCATGGCGGCAGCCGCCTTTTCATGGCGACTACCTCTTCTTCTCCCTACCACGGAGTTAGC GGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAATATTTGTGAGTGGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CF302614             [                                                                                                                                    TTAGC GGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCCTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCATATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGATTTTCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTAaaa                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CF302613             [                                                                                                                                    TTAGCNGGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTGTAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCCTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTAaaaa                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL CF301355             [                                                                                                                                                                                                                  ACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCGGCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTTTAATTGGAGTGCCAATATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTAaaaaaaa                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CF276720             [                                                                                                                                                                                                                                                                   TACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCCTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTATTTGGGGGATATTGTTGGATTGATTGATTGTGGTATGTGGATGTAGGATGGTCTAGGTGTGATAGGGAGTGGCTCGATGCATCAGCTCAGAATCGAGCCAACTTTTTTTTATACTAGAAAAAATGCGAAAAAATGCTTGTGTGTTGCAACGGGTGAAGACTATTTTGATTTTATTATTGTTATATGGTTTCGTTAAGGTAAAAATCATAAGCTATAATTAGGAGTAAAAA ]
[-] EMBL CF276077             [                                                                                                                                                                                                                                                                     CCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCCTCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCCTTCCCCTACCAGACGCGGCAGCCACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCACTTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGTGCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTATTTGGGGGATATTGTTGGATTGATTGATTGTGGTATGTGGATGTAGGATGGTCTAGGTGTGATAGGGAGTGGCTCGATGCATCAGCTCAGAATCGAGCCAACTTTTTTTTATACTAGAAAAAATGCGAAAAAATGCTTGTGTGTTGCAACGGGTGAAGACTATTTTGATTTTATTATTGTTATATGGTTTCGTTAAGGTAAAAATCATGAGCTATAATTAGGAGTAAAAAA]


>consensus_11934#0 GGCGCCCTTATCCTCCCACAACGCCCTTATCCCCTACGTCACTCCCCATCATTCTCCATC TCGATCCCGTCTCCTAGCATGGCGGCAGCCGCCTTTTCATGGCGACTACCTCTTCTTCTC CCTACCACGGAGTTAGCGGAACGGCAGTGGCCGCCTATTCCTCTCCTCGGCACCACGCTG TAGCAGTGCCTCTTCCTCTCCCTGGCGCCACGGTGGTGACCTCTTCCTTTCCTCTGTGCG GCGGCCACCGGATCCGGCTACCACGAGCTCGGGGGTGACCAGATCCAGCCACCATGAGCC TCTTCCTCTTTCCCGCGCGGCGGCGACAGCCTCTTTCTTTCCCCTACCAGACGCGGCAGC CACAAGATCCAGCCAACACGACAGTGAGCGTAGGTTACTCCAACGCGGAGAGTGGGGCAC TTCTAATTGGAGTGCCAAAATTTGTGAGTGGATTTTTATGACTTGTGTTGTGTGATTTGT GCGGGGGATGTTGTTGTTTGATGGATCGATAGTGATTTGTGTTGTGTTATTTGGGGGATA TTGTTGGATTGATTGATTGTGGTATGTGGATGTAGGATGGTCTAGGTGTGATAGGGAGTG GCTCGATGCATCAGCTCAGAATCGAGCCAACTTTTTTTATACTAGAAAAAATGCGAAAAA ATGCTTGTGTGTTGCAACGGGTGAAGACTATTTTGATTTTATTATTGTTATATGGTTTCG TTAAGGTAAAAATCATAAGCTATAATTAGGAGTAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)