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Oryza sativa
cluster # 17567 cluster # 17567       Sequences # 125       consensus # 4


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_17567#0 length = 442 sequences # 114  
consensus_17567#1 length = 366 sequences # 3  
consensus_17567#2 length = 364 sequences # 6  
consensus_17567#3 length = 363 sequences # 2  

consensusID : consensus_17567#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 114
consensus length = 442
fasta sequence
                              [AGCATAGAATTCAGGGCACCCAGGTATATNTAACAAGCAATGCCATCA-TTGAGCNCAACATTTCACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT-GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG-TTTGATTTACCAT-CAT-GATAACATGATAGTTATGGTATATTT-GGGCCCTTTATCCCATTA-GATGG-AGATATA-TTT-GGGCCAAATTTCTTACAA-CCAAATTTATTTTGT-AA-CAA-TTTTTTGTAAATA-GACAA-TTTTA-CCAAGATATTAAC-GCATTA-GGGAAC-AAG-TTCT-CTGTTGATAGCTAAAAAAAAAAAAA]

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[+] EMBL AU065091             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGANGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGANAGTTATGGTA                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL AU064965             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGANAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGGTA                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL AU064573             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGGT                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL AU064874             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGG                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AU064566             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGG                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AU064929             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGANAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGG                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AU064692             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATACCATGATAGTTATGG                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AU064773             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064554             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGG                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AU064822             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064791             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064781             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064746             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU065071             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU065065             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGANAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064882             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGANAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064827             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACANTTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064825             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU065047             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064948             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064864             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATACCATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064833             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACANTTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACANCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064931             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064844             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064830             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064737             [                                                                CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACANTTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTAC                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AU078215             [                                                                gACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GNNAACATGATAGTTATGGTATATTT GGGCCCTTTATCCCA                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AU094945             [                                                                                                                                                                                  AAGCATGNAGCATGATGCACTGNCTAAATAAGTTTCAGAAAAAANTANATNTGGTNTTGCTNTGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTCTGGTATATTT GGGCCCTTTATCCCATTA GATGG AGATATA TTT GGGCCAAATTTCTTACAA CCAAATTTATTTTGT AA CAA TTTTTTGTAAATA GACAA TTTTA CCAAGATATTAAC GCATTA GGGAAC AAG TTCT CTGTTGATAGCTAAAAAAAAAAA  ]
[+] EMBL AU222607             [                                                                                                                                                                                                           AAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGGTATATTT GGGCCCTTTATCCCATTA GATGG AGATATA TTT GGGCCAAATTTCTTACAA CCAAATTTATTTTGT AA CAA TTTTTTGTAAATA GACAA TTTTA CCAAGATATTAAC GCATTA GGGAAC AAG TTNT CTGTTGATAGCTAAAAAAAAAAA  ]


>consensus_17567#0 AGCATAGAATTCAGGGCACCCAGGTATATNTAACAAGCAATGCCATCATTGAGCNCAACA TTTCACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATAT ATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGC ATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATG ACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTT ATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAAC AATTTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGAACAAGTTCTCTG TTGATAGCTAAAAAAAAAAAAA



consensusID : consensus_17567#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 366
fasta sequence
                              [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTNGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGANGCACTGACTAAATAAGTTTCAG-AAAAAATAAATAT-GGTTTTGCTATTGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGGATACCATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGNGGAATATTTGGCCAATTTTCTTACANCCAANTTATTTTTGTAACAATTTTTGTAAATGGCAATTTACCAGGTTTTACCGGATTGGGGNCAAGTCTCTGTTGTAGCTAAAAAA]

[+] EMBL AU064663             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATTGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGGATACCATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGNGGAATATTTGGCCAATTTTCTTACANCCAANTTATTTTTGTAACAATTTTTGTAAATGGCAATTTACCAGGTTTTACCGGATTGGGGNCAAGTCTCTGTTGTAGCTAAAAAA]
[+] EMBL AU065126             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTNGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGANGCACTGACTAAATAAGTTTCAG AAAAAATNAATATGGGTTTTGCCAATNACACCTATGTT                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL AU065133             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTNATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTNGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGAAGCACTGACTAAATAAGTTTCAG AAAAAATAAta                                                                                                                                                                                                             ]


>consensus_17567#1 CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATC TTTGGGAAAGAAGTNGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATG AAGCATGANGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATTGACA CCTATGTTTGATTTACCATCATGGATACCATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTAT CCCATTAGGATGGNGGAATATTTGGCCAATTTTCTTACANCCAANTTATTTTTGTAACAA TTTTTGTAAATGGCAATTTACCAGGTTTTACCGGATTGGGGNCAAGTCTCTGTTGTAGCT AAAAAA



consensusID : consensus_17567#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 364
fasta sequence
                              [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT-GGTTTTGCTATGACACCTAT-G-TTTGATTTACCAT-CATGATAACATGATA-GTTATGGTATATTTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTT-CAACCCAATTTTATTTTTGTAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGC-AATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGGGGGGCCAGG]

[+] EMBL AU064721             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGGTTTTGCTATGACACCTAT G TTTGATTTACCAT CATGATAACATGATA GTTATGGTATATTTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGGGATATATTTNGGGCCCAATTTTCTTT CAACCCAATTTTATTTTTGTAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGC AATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGGGGGGCCAGG]
[+] EMBL AU064811             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCAC TGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTAT GTTTTGATTTACCAT CATGATAACATGATA GTTATGGTATATTTGGGCCCCTTAATCCCA TAGGATNGGGNTATATTTTGGGCCNAAATTTTTTA CAACCCAATTTT NTTTTGT ACCAATTTTTT  GTAAAANGGGCAAATTTTCCCC GGGTTTTACCGGGTTTGGGGGc     ]
[+] EMBL AU064585             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCAC TGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAANTAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTAT G TTTGATTTACCAT CATGNTAACATGATA GTTATGGTATA TTTNGGCCCTTTATCCCATTAGGNTGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTTCCAACCNAAATTTAT                                                                      ]
[+] EMBL AU064720             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTATGG TTTGATTTACCAT CATGATACCATGATAGGTTATGG                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU064711             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTAT GTTTTGATTTACCATCCATGAT ACATGGTA GGTAat                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL AU064807             [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTAT GTTTTGATTTACCAT CATGATAACATGATA GTTA                                                                                                                                                   ]


>consensus_17567#2 CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATC TTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATG AAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGAC ACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTTGGGCCCTTTA TCCCATTAGGATGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTTCAACCCAATTTTATTTTTG TAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGCAATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGGGGGGC CAGG



consensusID : consensus_17567#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 363
fasta sequence
                              [ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAGACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[-] EMBL CA761174             [ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAGACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CB627697             [ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGA                    ]


>consensus_17567#3 ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCT TTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAGACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGA AGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACAC CTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCC CATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATT TTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGACCAAAAAAAAAAAAAAA AAA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_17567#2      ------------------------------------------------------------
consensus_17567#3      ------------------------------------------------------------
consensus_17567#0      AGCATAGAATTCAGGGCACCCAGGTATATNTAACAAGCAATGCCATCATTGAGCNCAACA 60
consensus_17567#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_17567#2      ---CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATAT 57
consensus_17567#3      ----ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATAT 56
consensus_17567#0      TTTCACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATAT 120
consensus_17567#1      ---CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATAT 57
                           ******************************************** ***********

consensus_17567#2      ATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGC 117
consensus_17567#3      ATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAGACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGC 116
consensus_17567#0      ATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGC 180
consensus_17567#1      ATCTTTGGGAAAGAAGTNGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGC 117
                       ***************** ***************** ************************

consensus_17567#2      ATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTAT 177
consensus_17567#3      ATGAAGCATGATGCACT-GACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTAT 175
consensus_17567#0      ATGAAGCATGATGCACT-GACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTAT 239
consensus_17567#1      ATGAAGCATGANGCACT-GACTAAATAAGTTTCAGAAAAAA-TAAATATGGTTTTGCTAT 175
                       *********** ***** *********************** ******************

consensus_17567#2      -GACACCTATGTTTGATTTACCATCATG-ATAACATGATAGTTATGGTATATTTTGGGCC 235
consensus_17567#3      -GACACCTATGTTTGATTTACCATCATG-ATAACATGATAGTTATGGTATATTT-GGGCC 232
consensus_17567#0      -GACACCTATGTTTGATTTACCATCATG-ATAACATGATAGTTATGGTATATTT-GGGCC 296
consensus_17567#1      TGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGGATACCATGATAGTTATGGTATATTT-GGGCC 234
                        *************************** *** ********************* *****

consensus_17567#2      CTTTATCCCATTAGGATGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTTCAACCCAATTTTAT 295
consensus_17567#3      CTTTATCCCATTAG-ATGGAGATATATTTGGG--CCAAATTTCTTACAACCAAATTTA-- 287
consensus_17567#0      CTTTATCCCATTAG-ATGGAGATATATTTGGG--CCAAATTTCTTACAACCAAATTTA-- 351
consensus_17567#1      CTTTATCCCATTAGGATGGNGGAATATTTGG---CCAATTTTCTTACANCCAANTTAT-- 289
                       ************** **** *  ****** *   **** ****** ** ** * **    

consensus_17567#2      TTTTGTAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGCAATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGG 355
consensus_17567#3      TTTTGTAAC-AATTTTT---GTAAATAGA-CAATTTTACCAAGATATT-AACGCATT--A 339
consensus_17567#0      TTTTGTAAC-AATTTTTT--GTAAATAGA-CAATTTTACCAAGATATT-AACGCATT--A 404
consensus_17567#1      TTTTGTAAC-AATTTTT---GTAAATGG--CAATTTACC--AGGTTTT-ACCGGATT--G 338
                       ********* *******   ****** *  ******  *  ** * ** * **  **   

consensus_17567#2      GGGGCCAGG----------------------------- 364
consensus_17567#3      GGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA-------------- 363
consensus_17567#0      GGGAACAAGTTCTCTGTTGATAGCTAAAAAAAAAAAAA 442
consensus_17567#1      GGGNCAAGTCTCTGTTGTAGCTAAAAAA---------- 366
                       ***   *                               




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)