Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 4024 cluster # 4024       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4024#0 length = 1215 sequences # 3  

consensusID : consensus_4024#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1215
fasta sequence
                              [GGTCTCTAAAGGACTCCTTTTTGGATGAAGGGTTCATTCTAGACAAGAAAATCGGTCTTGGCCAACCGAAGAGGATTGAAAACGCCAAGATTTTGGTTGCAAATACTGCTATGGACACCGACAAAGTTAAGATATATGGAGCACGTGTACGGGTTGATTCAATGGCTAAGGTTGCTGAAATTGAAGCTGCTGAAAAGCAAAAAATGAGAGAAAAAGTGCAAAAAATCATAGGTCATGGAATCAACTGTTTCGTTAACAGGCAGTTGATCTACAACTTCCCTGAGGAACTCTTTGCAGATGCTGGCATACTGGCAATCGAGCATGCTGATTTTGAGGGCATTGAGCGGCTTGCTCTTGTCACTGGTGGTGACATCGCCTCCACTTTTGATAACCCGGAGTCTGTCAAACTTGGTCATTGCAAGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTGATTCATTTCTCTGGGGTTGAAATGGGGCAAGCCTGTACTATTGTCCTCAGAGGAGCAAGTGAGCATGTGCTTGATGAAGCAGAGAGGTCCCTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCACAAACAGTGAACGACACCCGTGTGTTATATGGTGGTGGATGGCCTGAGATGGTTATGGCCAAAGAAGTAGATGGACTGGCGAGAAAGACACCTGGGAAGAAGTCCCATGCTATCGAAGCCTTCTCGCGCGCTCTTCAGTCCATTCCAACCATCATCGCTGACAATGCTGGTCTGGATAGCGCTGATCTGATCTCTCAGCTCAGAGCAGAGCATCACAAAGAGCAGAGCACTGCTGGAATTGATGTCATTTCTGGCGGCGTTGGAGACATGGAAAAGCTGGGGATATCAGAGTCGTTTAAGGCGAAGCAAGCTGTTCTTATGTCTG-CTA-CCGAGG--CAGCGGAGATGATT-CTCAGGGT-CGATGAG-ATCGTCACTTGTGCTCCACGGAGAAGGGAGGACAGGATGTGATGTGTCTGATATTTGTGTTCTAATCTGAGGGTGTTTGTTTTTTTGAAGTGTTTTGTATCAGGTCGTCTTGTAGACACATATGGGACGGCCGGGTCTGTATTATCATGAAAGCTTTGTCCTAACAGCGGAACACTTTGAATGGGATTCTTATTTGCAGCTTTACTCATGTGCGCTTGGCTCAAAATATGTTGGGTTTCGGTCTTGAGTATACATTCTATTGTACCAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK059663             [GGTCTCTAAAGGACTCCTTTTTGGATGAAGGGTTCATTCTAGACAAGAAAATCGGTCTTGGCCAACCGAAGAGGATTGAAAACGCCAAGATTTTGGTTGCAAATACTGCTATGGACACCGACAAAGTTAAGATATATGGAGCACGTGTACGGGTTGATTCAATGGCTAAGGTTGCTGAAATTGAAGCTGCTGAAAAGCAAAAAATGAGAGAAAAAGTGCAAAAAATCATAGGTCATGGAATCAACTGTTTCGTTAACAGGCAGTTGATCTACAACTTCCCTGAGGAACTCTTTGCAGATGCTGGCATACTGGCAATCGAGCATGCTGATTTTGAGGGCATTGAGCGGCTTGCTCTTGTCACTGGTGGTGACATCGCCTCCACTTTTGATAACCCGGAGTCTGTCAAACTTGGTCATTGCAAGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTGATTCATTTCTCTGGGGTTGAAATGGGGCAAGCCTGTACTATTGTCCTCAGAGGAGCAAGTGAGCATGTGCTTGATGAAGCAGAGAGGTCCCTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCACAAACAGTGAACGACACCCGTGTGTTATATGGTGGTGGATGGCCTGAGATGGTTATGGCCAAAGAAGTAGATGGACTGGCGAGAAAGACACCTGGGAAGAAGTCCCATGCTATCGAAGCCTTCTCGCGCGCTCTTCAGTCCATTCCAACCATCATCGCTGACAATGCTGGTCTGGATAGCGCTGATCTGATCTCTCAGCTCAGAGCAGAGCATCACAAAGAGCAGAGCACTGCTGGAATTGATGTCATTTCTGGCGGCGTTGGAGACATGGAAAAGCTGGGGATATCAGAGTCGTTTAAGGCGAAGCAAGCTGTTCTTATGTCTG CTA CCGAGG  CAGCGGAGATGATT CTCAGGGT CGATGAG ATCGTCACTTGTGCTCCACGGAGAAGGGAGGACAGGATGTGATGTGTCTGATATTTGTGTTCTAATCTGAGGGTGTTTGTTTTTTTGAAGTGTTTTGTATCAGGTCGTCTTGTAGACACATATGGGACGGCCGGGTCTGTATTATCATGAAAGCTTTGTCCTAACAGCGGAACACTTTGAATGGGATTCTTATTTGCAGCTTTACTCATGTGCGCTTGGCTCAAAATATGTTGG                                           ]
[+] EMBL D42659               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TATGTNTG CTA CNGAGG  CAGC GAGATGATA NTNAGGGT CGATGAG ATCGTCACTTGTG TCCACGGAGAAGGGAGGACAGGATGTGATGTGTCTGATATTTGTGTTCTAATCTGAGGGTGTTTG TTTTTTGAAGTGTTTTGTATCAGGTCGTCTTGTAGACACATATGGGACNGCCGGGTCTGTATTATCATGAAAGCT                                                                                                                          ]
[+] EMBL AU095659             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttaatgncCTGCCTACCCGAGGGCCAGCGGAGATGATTCCTCAGGGTCCGATGAGAACCGTCACTTGTGCTCCACGGAGAAGGGAGGACAGGATGTGATGTGTCTGATATTTGTGTTCTAANCTGAGGGTGTTTGTTTTTTTGAAGTGTTTTGTATCAGGTCGTCTTGTAGACACATATGGGACGGCCGGGTCTGTATTATCATGAAAGCTTTGTCCTAACAGCGGAACACTTTGAATGGGATTCTTATTTGCAGCTTTACTCATGTGCGCTTGGCTCAAAATATGTTGGGTTTCGGTCTTGAGTATACATTCTATTGTACCAAAAAAAAAAA]


>consensus_4024#0 GGTCTCTAAAGGACTCCTTTTTGGATGAAGGGTTCATTCTAGACAAGAAAATCGGTCTTG GCCAACCGAAGAGGATTGAAAACGCCAAGATTTTGGTTGCAAATACTGCTATGGACACCG ACAAAGTTAAGATATATGGAGCACGTGTACGGGTTGATTCAATGGCTAAGGTTGCTGAAA TTGAAGCTGCTGAAAAGCAAAAAATGAGAGAAAAAGTGCAAAAAATCATAGGTCATGGAA TCAACTGTTTCGTTAACAGGCAGTTGATCTACAACTTCCCTGAGGAACTCTTTGCAGATG CTGGCATACTGGCAATCGAGCATGCTGATTTTGAGGGCATTGAGCGGCTTGCTCTTGTCA CTGGTGGTGACATCGCCTCCACTTTTGATAACCCGGAGTCTGTCAAACTTGGTCATTGCA AGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTGATTCATTTCTCTGGGGTTGAAA TGGGGCAAGCCTGTACTATTGTCCTCAGAGGAGCAAGTGAGCATGTGCTTGATGAAGCAG AGAGGTCCCTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCACAAACAGTGAACGACACCCGTGTGT TATATGGTGGTGGATGGCCTGAGATGGTTATGGCCAAAGAAGTAGATGGACTGGCGAGAA AGACACCTGGGAAGAAGTCCCATGCTATCGAAGCCTTCTCGCGCGCTCTTCAGTCCATTC CAACCATCATCGCTGACAATGCTGGTCTGGATAGCGCTGATCTGATCTCTCAGCTCAGAG CAGAGCATCACAAAGAGCAGAGCACTGCTGGAATTGATGTCATTTCTGGCGGCGTTGGAG ACATGGAAAAGCTGGGGATATCAGAGTCGTTTAAGGCGAAGCAAGCTGTTCTTATGTCTG CTACCGAGGCAGCGGAGATGATTCTCAGGGTCGATGAGATCGTCACTTGTGCTCCACGGA GAAGGGAGGACAGGATGTGATGTGTCTGATATTTGTGTTCTAATCTGAGGGTGTTTGTTT TTTTGAAGTGTTTTGTATCAGGTCGTCTTGTAGACACATATGGGACGGCCGGGTCTGTAT TATCATGAAAGCTTTGTCCTAACAGCGGAACACTTTGAATGGGATTCTTATTTGCAGCTT TACTCATGTGCGCTTGGCTCAAAATATGTTGGGTTTCGGTCTTGAGTATACATTCTATTG TACCAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)