Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 4839 cluster # 4839       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4839#0 length = 3113 sequences # 3  

consensusID : consensus_4839#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 3113
fasta sequence
                              [CCTCCCCTCCACCGCCGCCCCTCCCCTACTCTCCCAGTGGGCCGCCTTCACCATCCCCTCTCCGGCGAGTCAACGGCGGCAGCATCGCCTCCACCCTCCTCTCCTGAACCATCGTCCACCCTCCCACTCCCACTCCCACTCCCGAGCACAGTGCCACCACCGCCTCCTCTTCCTCCTCCACCTCACTCTCATGTCCCCATTACTGCCACTGCCGCCACCCTATCGATCTCTTTCCTTCATCCTTTGATTTGTTCGGTGCAAGCTCAGGATAGCCAGATCCGGTTCTTTTGAGCTCGGGACGTCCAGATCCGGCGCCCTTGAGCTCGGGGCCACTGGATGCAGCTCCTAGCGCAACGGACAAGCATGGTGGGAGTACAAGGGAGACCGTCCCGGCCAGATCCAATGCTGGCGGCGGCAGCATGCTCGAGTCCTCGGGCCTGAGTGTGGGGTTCTGAACGCGTTCGCACGCCACGGCAGCTGCCATGGCCGCCCTCCCTACCGGGCTCCAAGTCTCCAAGAGGAGAATCCGTGCGCTACCGACGCGTTGGACCAGTGCGCTCCACGCTCGTCTTGGGCACGCCATCCAGCTCCTTCGTGGCCACGAGAGTATGCTAGCTATAGCATCAGTGTGCGCCAATGTCCTATATTATGTGATTTGCATTAATTTGTAGCCACATTTTCTGTTCCTTTGCAGCTGAGTTACTTTTATCAAATATCCATTCTCACGAGCTGTTTGTTGTAGCTTTCTGTATATCACCATAGTACTTTGTAGTTATTCATCAGGAATTCTGTGGCATGTTTGATTAGTTACAGAGGACGAGATGGTCCTTTATAACAGTTGGCGGCATGGTGCTTTGGGATTATAAAGATGCACTATATAACTTGTGTCAGATACTCAATTTTTCTTGATGGTAAAAAGCTCAGAGTCTTGCTGCATAACATTCAGAGATATGCACAATAAAAATAGCTTTAGAAGGGATAATTTTTTTATATCATGTAATCATGGCAATCTTTTTTTTTCCTTTTGCTGACATGCATTATGTTTTCTATTTCAATATAGAAAAAATATAGGCAAGGAGTGGAAGAGACGAGGTGAGTCAAATATAACAGACAAACAAAACCTAGTTCTATGAAATGGTGCTTGGCATGGACGTCCTAATTTTGTGGCTTGGTTCTACCAGCAGGTAATTTCACACTTCTTAATTGCCCTCCTGCATTATGTTTGTTGATCACTGCATGCTTAATGCATATGCTATATCTTGACATGTAAAGTCGCATGGACACGACTATATATGTGTGCTAATTTGAAGCAAGTAGCTAAAGGGTCACGTTTATAGTACATATGACATAAATGGGTAACGTTTCTGAACAGATAAACATGAGAAGGAGAGGCGAAGTAAGACCAATCTTATTAGTTACACAAACTAAATAGTGGCTTTAGTGACAATAGAACAGGGAGAAAACAACGATACAACTGAGTTCTACAGATGTATCAAAGAAATATTCAAACTTAGATTTGAAGGAAGCATAACTCTTTTACTTGTTCTATTCATTTTCTACTGATTTGATCCAAGACAGTTGAGGTACACCCCAAATTTTGGTTCAGTAGAGGTAGATGTCTTACAGATGTGTGAACCATTTCATTGTAAAATATCATGTCTTGTTTTCTGTATATATGCATATACAAGTACAGGTTCAATATTGGAGAGTGATGAGGTAGGCCATCATTGTTTATGCCCCTGCTATGCCAACTGCCACTAGGTTAATCTTAAATGTCCCCCCTGAAGTTGTAAACTTATTTTTTTAGGAGTATCATGTAATAATAATGGCAAATGAAGATTGCATTCTTCTGCTAGTTATAGGATTTTTAAACAAAAAGGTGCTTCCTAGTGTCCAATGGATTTGTGTTTCTAAATCAGACCTCATCATTTCTGTAGATATTCTTTTAATTTGCTAGCAGCTAGAGGGAGCTGATTTGCACCAGTGCCATCAGATACTCTCCTGGATTGTAAGCTCTCGCGCACCTGATTCTCAGGAAGATTAATGGTTCTCTATTAATCCATTTTTTCTATGGCTAGATTAATGGTTCAAGTTTAGTTATGATATCACAATATTTTTTTTGACCCAATCACTGCAGGGAGTTCCCCACAGTTTAAATTTTATTAATAGAAATGAAACAAAAAATTACGAGTCTAACCAGTAACTTAAAACTGCCAACAATAGTGAGACCCAATAAGAGTGAAAACTAGAATATTTCCAAATATTGGCACTTGCTACGCTAATTTTGAACTCTTTTGATCTGACTAAATGGTTTCCAATTTTTGTATGAACCAATTGAATTGTTCATGCTATGGTAAGTTTTATATAGATGAATGAGAATTGTTTCAAGTGGGATAATAATCACTATTTTATTACTGAAACCTGATTGAGTATTATATACTGGGAGCAGGACATTCTGCCAAGTAAATGTTAGTTATATATATAACTTCTCCACTTGGAACATGCTATGCTTAATCATTTATTTGGATTTGGTTGTAATGCCTGGGCACTTGGGTGCTTACTGCTTCTTCATGTGTCAAAAAAAAAAATCTCACCGGCCAGTCATTGTACCTATATATTAATTTGTAACAAGCATATACAATCTTGAAGAATTTTTTGATTAAATTCTATCTTGAAGAATTTTTTTATTAAATTCTGATTACCTTGTTTCCAACTTGCATAGATCATTCATACTATGTTTTTGCTAGTGCTATTATGTACAACTGTCATCACTATGTTTTTGTACAACACATGAAAGTGCTTTGATGTGAAGCCCAGTTGCTCAGGGTCTCAGGGTCACTATGTTTTTGTTAGTGCTATTATACATGTACAACTGTCATCACTGATATACTTTTTTATGCAGTCTCAGGGTCTCCTAGTCAGCTGGCTTATTTGCTAATCGTCAGAGGGGTTATCACGACTTTTTGGTTGCCCAAGCATGTAGGCATAGTTAGTAATGTTCAATTTCATCTCAATTGTAGCTGTTTCTTATATTGGTATCTTCGCTTGTTCCATGTACTACAGTCATCAAATCGATTAACTGAACATGGATATCTATGCATTTCAATCCATTA]

[+] EMBL AK121715             [CCTCCCCTCCACCGCCGCCCCTCCCCTACTCTCCCAGTGGGCCGCCTTCACCATCCCCTCTCCGGCGAGTCAACGGCGGCAGCATCGCCTCCACCCTCCTCTCCTGAACCATCGTCCACCCTCCCACTCCCACTCCCACTCCCGAGCACAGTGCCACCACCGCCTCCTCTTCCTCCTCCACCTCACTCTCATGTCCCCATTACTGCCACTGCCGCCACCCTATCGATCTCTTTCCTTCATCCTTTGATTTGTTCGGTGCAAGCTCAGGATAGCCAGATCCGGTTCTTTTGAGCTCGGGACGTCCAGATCCGGCGCCCTTGAGCTCGGGGCCACTGGATGCAGCTCCTAGCGCAACGGACAAGCATGGTGGGAGTACAAGGGAGACCGTCCCGGCCAGATCCAATGCTGGCGGCGGCAGCATGCTCGAGTCCTCGGGCCTGAGTGTGGGGTTCTGAACGCGTTCGCACGCCACGGCAGCTGCCATGGCCGCCCTCCCTACCGGGCTCCAAGTCTCCAAGAGGAGAATCCGTGCGCTACCGACGCGTTGGACCAGTGCGCTCCACGCTCGTCTTGGGCACGCCATCCAGCTCCTTCGTGGCCACGAGAGTATGCTAGCTATAGCATCAGTGTGCGCCAATGTCCTATATTATGTGATTTGCATTAATTTGTAGCCACATTTTCTGTTCCTTTGCAGCTGAGTTACTTTTATCAAATATCCATTCTCACGAGCTGTTTGTTGTAGCTTTCTGTATATCACCATAGTACTTTGTAGTTATTCATCAGGAATTCTGTGGCATGTTTGATTAGTTACAGAGGACGAGATGGTCCTTTATAACAGTTGGCGGCATGGTGCTTTGGGATTATAAAGATGCACTATATAACTTGTGTCAGATACTCAATTTTTCTTGATGGTAAAAAGCTCAGAGTCTTGCTGCATAACATTCAGAGATATGCACAATAAAAATAGCTTTAGAAGGGATAATTTTTTTATATCATGTAATCATGGCAATCTTTTTTTTTCCTTTTGCTGACATGCATTATGTTTTCTATTTCAATATAGAAAAAATATAGGCAAGGAGTGGAAGAGACGAGGTGAGTCAAATATAACAGACAAACAAAACCTAGTTCTATGAAATGGTGCTTGGCATGGACGTCCTAATTTTGTGGCTTGGTTCTACCAGCAGGTAATTTCACACTTCTTAATTGCCCTCCTGCATTATGTTTGTTGATCACTGCATGCTTAATGCATATGCTATATCTTGACATGTAAAGTCGCATGGACACGACTATATATGTGTGCTAATTTGAAGCAAGTAGCTAAAGGGTCACGTTTATAGTACATATGACATAAATGGGTAACGTTTCTGAACAGATAAACATGAGAAGGAGAGGCGAAGTAAGACCAATCTTATTAGTTACACAAACTAAATAGTGGCTTTAGTGACAATAGAACAGGGAGAAAACAACGATACAACTGAGTTCTACAGATGTATCAAAGAAATATTCAAACTTAGATTTGAAGGAAGCATAACTCTTTTACTTGTTCTATTCATTTTCTACTGATTTGATCCAAGACAGTTGAGGTACACCCCAAATTTTGGTTCAGTAGAGGTAGATGTCTTACAGATGTGTGAACCATTTCATTGTAAAATATCATGTCTTGTTTTCTGTATATATGCATATACAAGTACAGGTTCAATATTGGAGAGTGATGAGGTAGGCCATCATTGTTTATGCCCCTGCTATGCCAACTGCCACTAGGTTAATCTTAAATGTCCCCCCTGAAGTTGTAAACTTATTTTTTTAGGAGTATCATGTAATAATAATGGCAAATGAAGATTGCATTCTTCTGCTAGTTATAGGATTTTTAAACAAAAAGGTGCTTCCTAGTGTCCAATGGATTTGTGTTTCTAAATCAGACCTCATCATTTCTGTAGATATTCTTTTAATTTGCTAGCAGCTAGAGGGAGCTGATTTGCACCAGTGCCATCAGATACTCTCCTGGATTGTAAGCTCTCGCGCACCTGATTCTCAGGAAGATTAATGGTTCTCTATTAATCCATTTTTTCTATGGCTAGATTAATGGTTCAAGTTTAGTTATGATATCACAATATTTTTTTTGACCCAATCACTGCAGGGAGTTCCCCACAGTTTAAATTTTATTAATAGAAATGAAACAAAAAATTACGAGTCTAACCAGTAACTTAAAACTGCCAACAATAGTGAGACCCAATAAGAGTGAAAACTAGAATATTTCCAAATATTGGCACTTGCTACGCTAATTTTGAACTCTTTTGATCTGACTAAATGGTTTCCAATTTTTGTATGAACCAATTGAATTGTTCATGCTATGGTAAGTTTTATATAGATGAATGAGAATTGTTTCAAGTGGGATAATAATCACTATTTTATTACTGAAACCTGATTGAGTATTATATACTGGGAGCAGGACATTCTGCCAAGTAAATGTTAGTTATATATATAACTTCTCCACTTGGAACATGCTATGCTTAATCATTTATTTGGATTTGGTTGTAATGCCTGGGCACTTGGGTGCTTACTGCTTCTTCATGTGTCAAAAAAAAAAATCTCACCGGCCAGTCATTGTACCTATATATTAATTTGTAACAAGCATATACAATCTTGAAGAATTTTTTGATTAAATTCTATCTTGAAGAATTTTTTTATTAAATTCTGATTACCTTGTTTCCAACTTGCATAGATCATTCATACTATGTTTTTGCTAGTGCTATTATGTACAACTGTCATCACTATGTTTTTGTACAACACATGAAAGTGCTTTGATGTGAAGCCCAGTTGCTCAGGGTCTCAGGGTCACTATGTTTTTGTTAGTGCTATTATACATGTACAACTGTCATCACTGATATACTTTTTTATGCAGTCTCAGGGTCTCCTAGTCAGCTGGCTTATTTGCTAATCGTCAGAGGGGTTATCACGACTTTTTGGTTGCCCAAGCATGTAGGCATAGTTAGTAATGTTCAATTTCATCTCAATTGTAGCTGTTTCTTATATTGGTATCTTCGCTTGTTCCATGTACTACAGTCATCAAATCGATTAACTGAACATGGATATCTATGCATTTCAATCCATTA]
[+] EMBL AK071596             [CCTCCCCTCCACCGCCGCCCCTCCCCTACTCTCCCAGTGGGCCGCCTTCACCATCCCCTCTCCGGCGAGTCAACGGCGGCAGCATCGCCTCCACCCTCCTCTCCTGAACCATCGTCCACCCTCCCACTCCCACTCCCACTCCCGAGCACAGTGCCACCACCGCCTCCTCTTCCTTCTCCACCTCACTCTCATGTCCCCATTACTGCCACTGCCGCCACCCTATCGATCTCCTTCCTTCATCCTTTGATTTGTTCGGTGCAAGCTCAGGATAGCCAGATCCGGTTCTTTTGAGCTCGGGACGTCCAGATCCGGCGCCCTTGAGCTCGGGGCCACTGGATGCAGCTCCTAGCGCAACGGACAAGCATGGTGGGAGTACAAGGGAGACCGTCCCGGCCAGATCCAATGCTGGCGGCGGCAGCATGCTCGAGTCCTCGGGCCTGAGTGTGGGGTTCTGAACGCGTTCGCACGCCACGGCAGCTGCCATGGCCGCCCTCCCTACCGGGCTCCAAGTCTCCAAGAGGAGAATCCGTGCGCTACCGACGCGTTGGACCAGTGCGCTCCACGCTCGTCTTGGGCACGCCATCCAGCTCCTTCGTGGCCACGAGAGTATGCTAGCTATAGCATCAGTGTGCGCCAATGTCCTATATTATGTGATTTGCATTAATTTGTAGCCACATTTTCTGTTCCTTTGCAGCTGAGTTACTTTTATCAAATATCCATTCTCACGAGCTGTTTGTTGTAGCTTTCTGTATATCACCATAGTACTTTGTAGTTATTCATCAGGAATTCTGTGGCATGTTTGATTAGTTACAGAGGACGAGATGGTCCTTTATAACAGTTGGCGGCATGGTGCTTTGGGATTATAAAGATGCACTATAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CF306241             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAGTCCTCGGGCCTGAGTGTGGGGTTCTGAACGCGTTCGCACGCCACGGCAGCTGCCATGGCCGCCCTCCCTACCGGGCTCCAAGTCTCCAAGAGGAGAATCCGTGCGCTACCGACGCGTTGGACCAGTGCGCTCCACGCTCGTCTTGGGCACGCCATCCAGCTCCTTCGTGGCCACGAGAGTATGCTAGCTATAGCATCAGTGTGCGCCAATGTCCTATATTATGTGATTTGCATTAATTTGTAGCCACATTTTCTGTTCCTTTGCAGCTGAGTTACTTTTATCAAATATCCATTCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]


>consensus_4839#0 CCTCCCCTCCACCGCCGCCCCTCCCCTACTCTCCCAGTGGGCCGCCTTCACCATCCCCTC TCCGGCGAGTCAACGGCGGCAGCATCGCCTCCACCCTCCTCTCCTGAACCATCGTCCACC CTCCCACTCCCACTCCCACTCCCGAGCACAGTGCCACCACCGCCTCCTCTTCCTCCTCCA CCTCACTCTCATGTCCCCATTACTGCCACTGCCGCCACCCTATCGATCTCTTTCCTTCAT CCTTTGATTTGTTCGGTGCAAGCTCAGGATAGCCAGATCCGGTTCTTTTGAGCTCGGGAC GTCCAGATCCGGCGCCCTTGAGCTCGGGGCCACTGGATGCAGCTCCTAGCGCAACGGACA AGCATGGTGGGAGTACAAGGGAGACCGTCCCGGCCAGATCCAATGCTGGCGGCGGCAGCA TGCTCGAGTCCTCGGGCCTGAGTGTGGGGTTCTGAACGCGTTCGCACGCCACGGCAGCTG CCATGGCCGCCCTCCCTACCGGGCTCCAAGTCTCCAAGAGGAGAATCCGTGCGCTACCGA CGCGTTGGACCAGTGCGCTCCACGCTCGTCTTGGGCACGCCATCCAGCTCCTTCGTGGCC ACGAGAGTATGCTAGCTATAGCATCAGTGTGCGCCAATGTCCTATATTATGTGATTTGCA TTAATTTGTAGCCACATTTTCTGTTCCTTTGCAGCTGAGTTACTTTTATCAAATATCCAT TCTCACGAGCTGTTTGTTGTAGCTTTCTGTATATCACCATAGTACTTTGTAGTTATTCAT CAGGAATTCTGTGGCATGTTTGATTAGTTACAGAGGACGAGATGGTCCTTTATAACAGTT GGCGGCATGGTGCTTTGGGATTATAAAGATGCACTATATAACTTGTGTCAGATACTCAAT TTTTCTTGATGGTAAAAAGCTCAGAGTCTTGCTGCATAACATTCAGAGATATGCACAATA AAAATAGCTTTAGAAGGGATAATTTTTTTATATCATGTAATCATGGCAATCTTTTTTTTT CCTTTTGCTGACATGCATTATGTTTTCTATTTCAATATAGAAAAAATATAGGCAAGGAGT GGAAGAGACGAGGTGAGTCAAATATAACAGACAAACAAAACCTAGTTCTATGAAATGGTG CTTGGCATGGACGTCCTAATTTTGTGGCTTGGTTCTACCAGCAGGTAATTTCACACTTCT TAATTGCCCTCCTGCATTATGTTTGTTGATCACTGCATGCTTAATGCATATGCTATATCT TGACATGTAAAGTCGCATGGACACGACTATATATGTGTGCTAATTTGAAGCAAGTAGCTA AAGGGTCACGTTTATAGTACATATGACATAAATGGGTAACGTTTCTGAACAGATAAACAT GAGAAGGAGAGGCGAAGTAAGACCAATCTTATTAGTTACACAAACTAAATAGTGGCTTTA GTGACAATAGAACAGGGAGAAAACAACGATACAACTGAGTTCTACAGATGTATCAAAGAA ATATTCAAACTTAGATTTGAAGGAAGCATAACTCTTTTACTTGTTCTATTCATTTTCTAC TGATTTGATCCAAGACAGTTGAGGTACACCCCAAATTTTGGTTCAGTAGAGGTAGATGTC TTACAGATGTGTGAACCATTTCATTGTAAAATATCATGTCTTGTTTTCTGTATATATGCA TATACAAGTACAGGTTCAATATTGGAGAGTGATGAGGTAGGCCATCATTGTTTATGCCCC TGCTATGCCAACTGCCACTAGGTTAATCTTAAATGTCCCCCCTGAAGTTGTAAACTTATT TTTTTAGGAGTATCATGTAATAATAATGGCAAATGAAGATTGCATTCTTCTGCTAGTTAT AGGATTTTTAAACAAAAAGGTGCTTCCTAGTGTCCAATGGATTTGTGTTTCTAAATCAGA CCTCATCATTTCTGTAGATATTCTTTTAATTTGCTAGCAGCTAGAGGGAGCTGATTTGCA CCAGTGCCATCAGATACTCTCCTGGATTGTAAGCTCTCGCGCACCTGATTCTCAGGAAGA TTAATGGTTCTCTATTAATCCATTTTTTCTATGGCTAGATTAATGGTTCAAGTTTAGTTA TGATATCACAATATTTTTTTTGACCCAATCACTGCAGGGAGTTCCCCACAGTTTAAATTT TATTAATAGAAATGAAACAAAAAATTACGAGTCTAACCAGTAACTTAAAACTGCCAACAA TAGTGAGACCCAATAAGAGTGAAAACTAGAATATTTCCAAATATTGGCACTTGCTACGCT AATTTTGAACTCTTTTGATCTGACTAAATGGTTTCCAATTTTTGTATGAACCAATTGAAT TGTTCATGCTATGGTAAGTTTTATATAGATGAATGAGAATTGTTTCAAGTGGGATAATAA TCACTATTTTATTACTGAAACCTGATTGAGTATTATATACTGGGAGCAGGACATTCTGCC AAGTAAATGTTAGTTATATATATAACTTCTCCACTTGGAACATGCTATGCTTAATCATTT ATTTGGATTTGGTTGTAATGCCTGGGCACTTGGGTGCTTACTGCTTCTTCATGTGTCAAA AAAAAAAATCTCACCGGCCAGTCATTGTACCTATATATTAATTTGTAACAAGCATATACA ATCTTGAAGAATTTTTTGATTAAATTCTATCTTGAAGAATTTTTTTATTAAATTCTGATT ACCTTGTTTCCAACTTGCATAGATCATTCATACTATGTTTTTGCTAGTGCTATTATGTAC AACTGTCATCACTATGTTTTTGTACAACACATGAAAGTGCTTTGATGTGAAGCCCAGTTG CTCAGGGTCTCAGGGTCACTATGTTTTTGTTAGTGCTATTATACATGTACAACTGTCATC ACTGATATACTTTTTTATGCAGTCTCAGGGTCTCCTAGTCAGCTGGCTTATTTGCTAATC GTCAGAGGGGTTATCACGACTTTTTGGTTGCCCAAGCATGTAGGCATAGTTAGTAATGTT CAATTTCATCTCAATTGTAGCTGTTTCTTATATTGGTATCTTCGCTTGTTCCATGTACTA CAGTCATCAAATCGATTAACTGAACATGGATATCTATGCATTTCAATCCATTA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)