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Oryza sativa
cluster # 5479 cluster # 5479       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5479#0 length = 2891 sequences # 3  

consensusID : consensus_5479#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2891
fasta sequence
                              [AAAATTAGTTGAGGGGAAATATTTCCCTTATCTCCCTCTTTCGTTTCCCCCGAGAATCGGAAACCAATTCCTTGTATTTTATAAGAATCAAACTCGTTTAGAGTTTATCTCTCCAACTAAAACATAGGTTTTTCCGCTTCGATTCCTCTCGTTCCGAGTTCGATCTCCTTAATCCAAGCCTATAAATAGCATCCCCTAGTCGTGCTTTTCCGTTTGGCCCGAGTTTTAGCCGCAGCCGCCTCCTATAGCGCCGTCGCCGCGCAAACCTAGCTCCGTAGCCGCTTCAGCCGCCTCGCGCCGTCGCCGTGGTGGTCGCCGCCGGTCGCCGTCGCTATCACCGGGTTCGCAAGGAGGAGCCGCACCCCGTCCACCCCTCCGTTTCCGCCGAAGCCCACCGGAGCACCGCCGACGCCGTCAAGCCGAAGCCCGCCGCTGACCCGACCTCGTCGCCGGCCGTTTCCCATCGTCGTCCGTGGTCGCGCCGCCCCTTGTGAGTTCCCCGCGTCGTGCTCGTCGCGTTGGTGCCCTCTGTTCGCGCCGCCGTGCCCTAGTTCGCCGGCGACCAAAGGAGCCTGAGCCGCCGGTGATGACGTCATCGATGATGTCATAAAGCCTTTTTTTTTCTTTTCTAAAATAAATCGCAAATCCTTTAAGGTTTAAGGCTAAAATCAGATTAATCTTAGAAAATTCATATCTAATTCATGGTAAGTCGGATTAATGTGTTTCAAGTTATAAAAATTGTATAAAATAAAGACCTATATATTAAAATTATATATAAATTGTGTTATAAATTTATTTAATTTATTTGAATAGGTTTAATTGAATTAAATCTTTTAAAATTCATAACTAATTCATATGATGTCAGAATGAGGCTGTTCAAGTCTCTAAATTCATCTAAAATCAAGATCTAAATATTTGTTTACTTTTTATGTTCTGTTTATTTGGTTTTTATTAGTCTTTTTCTCCGTTGTGCGTGTTAGCTTGTCGTTTCCATTGTTTCGAAGGTTCGTGAGTGCGTCGGAAGTGTTCAAGAAGACTAATTGAAGACCGATTATTGCAAGTCCTAATCGGAGCTGCTCTCCAGCTGGGCCCATAATCTGCCTCGCGGTCGGCCTACTTACCCGAGGAATTAATATTGGCCGCACCAAACACGTGCATACCGCTTACGGCCTTGGCCTCCCTCGACTCACCACATCCGTCGGTCGGTCGGGCACCAGACCCCCTTCGTCCGTCGCCTGCCACTGCCGTCGCGCCGATCTCCATCATCGCAAGTAAAGCAGCGGTGCGGGCGTTTTGCCGCTTCCGCCGCATACTCTCGCCTGATTCCTTGCACCCAAGTCAATCTCCCGTAGCGTCGGTCTCAATCTCCTCGCGAGAGTCGCCCGCCGCCTGCGCCTATATCCATCCACCACGTGAGTCGAGCAACGGTGTTGTCGTCCTGCTGCTTCCGCCTATGGTCGGCTCCTGCGAACCATGCCGTCGGCGCCCGACGAAGCCCAAGCGGGTGTCACCACCGGAACCGCCGATCATTCCTCCTGCAGCGGCGGCAAAGAGTTTCGGTTCATCCTGTCACAGGACATCAGCCTGCCGCTGTCGTTCCGCGTCAACCGCTTCGTGCCAGATCGCACCCTGTTGATTGGAAGAAGTGCTCCAGTGCTCTTTGTTGAGTGTACACTATACATTGATGGAGTACAGTTTGGATTGTCCACAAATACAAGGTTGAAATCTTTGGGATCACCATACTGCTGGAATGAGCTTGTAACATTAAGTGCCAAATACAGAGACCTAACGCCCTTCTCACATCTTGCATTCACGGTGTGGGATATGTCATCTGGTGAAGACAACATCTATATTGTTGGTGGAACCACTATATCTCTTTTCAATAGCAAAAACCAACTTAAAACTGGGAGGCTGAGGCTGAGAGTATGGCCCAATAAAATGGCAGATGGAAGTCTCTCCACCTCTACCCCTGGCAAGGTTCCCAAGACCAAGAGGGAAGAAATAGAGAGGTTGGAAAGGGTTGCTAACAAGTACATCAGAGGGCAGATACCACATATAGGTTGGCTAGACAATCTCATTGCAAATGCTGCTGATAAACTTGAGAAAGAGAGTGAGAGAACTGAAAATTTGCATTCTAGCCTTATTGTTGAACTATGCAGCTTTGAACACAGAGTTGTCTTTCAGGAATATGGAGCAAAGTTGCATACATCAGTCCCTTCATCCTTAGTGGATATATCTAAGAATAAACTTGTTATTGCATGTGATCCTGAGATTGGGCGAATCAATCCATCTGAGCATAAACACTCTGTGCTTGCTTGGAGCTTGGCTCGTGGAGTAAATGATAGAGAGATGAAGCCAAGCTCAGTTGACCAAAAGTTAATACAAAACATCCTCAAGTATCCACCCACACGCACTTTAAATGTGGATGAAAAGCAATTGTTGTGGAAATTTCGTTTCTATTTGACATCTGAGAAGAAAGCTCTTGTAAAGTTCCTCCTCTCTGTGGAATGGAGTGACATCCAGGAAGCCAAACAAGCTGTTGCGTTGATTCCAAGGTGGGAATCTATTGATGTGGCTGATGCATTGGGGCTTCTTTCACCAGTTTTTCAAAATGAGGAAGTTCGTGCTTATGCTGTCGGCGTGTTTGAAAGGGCCAGCGACGAAGAACTGCAATGCTATTTGCTGCAACTTGTACAAGGCCTGCGGTTTGAAAGATCTGACAGATCTCGTCTAGCACACTTCCTTGTGAATCGGGCTTTGTCAAATTACGAACTTGCTAGCTTTCTTCGCTGGTATTTAGTTGTTGAGCTTCATGATCCTTCTCATGCAAGAAGGTATCTATGTACATATGAGATGCTTGAAGATGCTATAATGAGA----TACATAAGGAGGAA]

[+] EMBL AK111744             [AAAATTAGTTGAGGGGAAATATTTCCCTTATCTCCCTCTTTCGTTTCCCCCGAGAATCGGAAACCAATTCCTTGTATTTTATAAGAATCAAACTCGTTTAGAGTTTATCTCTCCAACTAAAACATAGGTTTTTCCGCTTCGATTCCTCTCGTTCCGAGTTCGATCTCCTTAATCCAAGCCTATAAATAGCATCCCCTAGTCGTGCTTTTCCGTTTGGCCCGAGTTTTAGCCGCAGCCGCCTCCTATAGCGCCGTCGCCGCGCAAACCTAGCTCCGTAGCCGCTTCAGCCGCCTCGCGCCGTCGCCGTGGTGGTCGCCGCCGGTCGCCGTCGCTATCACCGGGTTCGCAAGGAGGAGCCGCACCCCGTCCACCCCTCCGTTTCCGCCGAAGCCCACCGGAGCACCGCCGACGCCGTCAAGCCGAAGCCCGCCGCTGACCCGACCTCGTCGCCGGCCGTTTCCCATCGTCGTCCGTGGTCGCGCCGCCCCTTGTGAGTTCCCCGCGTCGTGCTCGTCGCGTTGGTGCCCTCTGTTCGCGCCGCCGTGCCCTAGTTCGCCGGCGACCAAAGGAGCCTGAGCCGCCGGTGATGACGTCATCGATGATGTCATAAAGCCTTTTTTTTTCTTTTCTAAAATAAATCGCAAATCCTTTAAGGTTTAAGGCTAAAATCAGATTAATCTTAGAAAATTCATATCTAATTCATGGTAAGTCGGATTAATGTGTTTCAAGTTATAAAAATTGTATAAAATAAAGACCTATATATTAAAATTATATATAAATTGTGTTATAAATTTATTTAATTTATTTGAATAGGTTTAATTGAATTAAATCTTTTAAAATTCATAACTAATTCATATGATGTCAGAATGAGGCTGTTCAAGTCTCTAAATTCATCTAAAATCAAGATCTAAATATTTGTTTACTTTTTATGTTCTGTTTATTTGGTTTTTATTAGTCTTTTTCTCCGTTGTGCGTGTTAGCTTGTCGTTTCCATTGTTTCGAAGGTTCGTGAGTGCGTCGGAAGTGTTCAAGAAGACTAATTGAAGACCGATTATTGCAAGTCCTAATCGGAGCTGCTCTCCAGCTGGGCCCATAATCTGCCTCGCGGTCGGCCTACTTACCCGAGGAATTAATATTGGCCGCACCAAACACGTGCATACCGCTTACGGCCTTGGCCTCCCTCGACTCACCACATCCGTCGGTCGGTCGGGCACCAGACCCCCTTCGTCCGTCGCCTGCCACTGCCGTCGCGCCGATCTCCATCATCGCAAGTAAAGCAGCGGTGCGGGCGTTTTGCCGCTTCCGCCGCATACTCTCGCCTGATTCCTTGCACCCAAGTCAATCTCCCGTAGCGTCGGTCTCAATCTCCTCGCGAGAGTCGCCCGCCGCCTGCGCCTATATCCATCCACCACGTGAGTCGAGCAACGGTGTTGTCGTCCTGCTGCTTCCGCCTATGGTCGGCTCCTGCGAACCATGCCGTCGGCGCCCGACGAAGCCCAAGCGGGTGTCACCACCGGAACCGCCGATCATTCCTCCTGCAGCGGCGGCAAAGAGTTTCGGTTCATCCTGTCACAGGACATCAGCCTGCCGCTGTCGTTCCGCGTCAACCGCTTCGTGCCAGATCGCACCCTGTTGATTGGAAGAAGTGCTCCAGTGCTCTTTGTTGAGTGTACACTATACATTGATGGAGTACAGTTTGGATTGTCCACAAATACAAGGTTGAAATCTTTGGGATCACCATACTGCTGGAATGAGCTTGTAACATTAAGTGCCAAATACAGAGACCTAACGCCCTTCTCACATCTTGCATTCACGGTGTGGGATATGTCATCTGGTGAAGACAACATCTATATTGTTGGTGGAACCACTATATCTCTTTTCAATAGCAAAAACCAACTTAAAACTGGGAGGCTGAGGCTGAGAGTATGGCCCAATAAAATGGCAGATGGAAGTCTCTCCACCTCTACCCCTGGCAAGGTTCCCAAGACCAAGAGGGAAGAAATAGAGAGGTTGGAAAGGGTTGCTAACAAGTACATCAGAGGGCAGATACCACATATAGGTTGGCTAGACAATCTCATTGCAAATGCTGCTGATAAACTTGAGAAAGAGAGTGAGAGAACTGAAAATTTGCATTCTAGCCTTATTGTTGAACTATGCAGCTTTGAACACAGAGTTGTCTTTCAGGAATATGGAGCAAAGTTGCATACATCAGTCCCTTCATCCTTAGTGGATATATCTAAGAATAAACTTGTTATTGCATGTGATCCTGAGATTGGGCGAATCAATCCATCTGAGCATAAACACTCTGTGCTTGCTTGGAGCTTGGCTCGTGGAGTAAATGATAGAGAGATGAAGCCAAGCTCAGTTGACCAAAAGTTAATACAAAACATCCTCAAGTATCCACCCACACGCACTTTAAATGTGGATGAAAAGCAATTGTTGTGGAAATTTCGTTTCTATTTGACATCTGAGAAGAAAGCTCTTGTAAAGTTCCTCCTCTCTGTGGAATGGAGTGACATCCAGGAAGCCAAACAAGCTGTTGCGTTGATTCCAAGGTGGGAATCTATTGATGTGGCTGATGCATTGGGGCTTCTTTCACCAGTTTTTCAAAATGAGGAAGTTCGTGCTTATGCTGTCGGCGTGTTTGAAAGGGCCAGCGACGAAGAACTGCAATGCTATTTGCTGCAACTTGTACAAGGCCTGCGGTTTGAAAGATCTGACAGATCTCGTCTAGCACACTTCCTTGTGAATCGGGCTTTGTCAAATTACGAACTTGCTAGCTTTCTTCGCTGGTATTTAGTTGTTGAGCTTCATGATCCTTCTCATGCAAGAAGGTATCTATGTACATATGAGATGCTTGAAGATGCTATAATGAGA    TACATAAGGAGGAA]
[+] EMBL CF304124             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CGAGCAACGGTGTTG CGTCCTGCTGCTTCCGCCTATGGTCGGCTCCTGCGAACC TGCCG CGGCGCCCGAC AAGCCCAAGCGGGTGT ACCACCGGAACCGCCGA CATTCCTCCTGCAGCGGCGGCAAATAGTTTCGGTTCATCCTGTCACAGGACATCAGCCTGCCGCTGTCGTTCCGCGTCAACCGCTTCGTGCCAGATCGCACCCTGTTGATTGAAAGAAGTGCTCCAGTGCTCTTTGTTGAGTGTACACTATACATTGATGGAGTACAGTTTGGATTGTCCACAAATACAAGGTTGAAATCTTTGGGATCACCATACTGCTGGAATGAGCTTGTAACATTAAGTGCCAAATACAGAGACCTAACGCCCTTCTCACATCTTGCATTCAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CB662215             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GGCGAACCCATCCATCTGAGCATAAACACTCTGTGCTTGCTTGGAGCTTGGCTCGTGGAGTAAATGATAGAGAGATGAAGCCAAGCTCAGTTGACCAAAAGTTAATACAAAACATCCTCAAGTATCCACCCACACGCACTTTAAATGTGGATGAAAAGCAATTGTTGTGGAAATTTCGTTTCTATTTGACATCTGAGAAGAAAGCTCTTGTAAAGTTCCTCCTCTCTGTGGAATGGAGTGACATCCAGGAAGCCAAACAAGCTGTTGCGTTGATTCCAAGGTGGGAATCTATTGATGTGGCTGATGCATTGGGGCTTCTTTCACCAGTTTTTCAAAATGAGGAAGTTCGTGCTTATGCTGTCGGCGTGTTTGAAAGGGCCAGCGACGAAGAACTGCAATGCTATTTGCTGCAACTTGTACAAGGCCTGCGGTTTGAAAGATCTGACAGATCTCGTCTAGCACACTTCCTTGTGAATCGGGCTTTGTCAAATTACGAACTTGCTAGCTTTCTTCGCTGGTATTTAGTTGTTGAGCTTCATGATCCTTCTCATGCAAGAAGGTATCTATGTACATATGAGATGCTTGAAGATGCTATAATGAGATCAGTACATAAGGAGGAA]


>consensus_5479#0 AAAATTAGTTGAGGGGAAATATTTCCCTTATCTCCCTCTTTCGTTTCCCCCGAGAATCGG AAACCAATTCCTTGTATTTTATAAGAATCAAACTCGTTTAGAGTTTATCTCTCCAACTAA AACATAGGTTTTTCCGCTTCGATTCCTCTCGTTCCGAGTTCGATCTCCTTAATCCAAGCC TATAAATAGCATCCCCTAGTCGTGCTTTTCCGTTTGGCCCGAGTTTTAGCCGCAGCCGCC TCCTATAGCGCCGTCGCCGCGCAAACCTAGCTCCGTAGCCGCTTCAGCCGCCTCGCGCCG TCGCCGTGGTGGTCGCCGCCGGTCGCCGTCGCTATCACCGGGTTCGCAAGGAGGAGCCGC ACCCCGTCCACCCCTCCGTTTCCGCCGAAGCCCACCGGAGCACCGCCGACGCCGTCAAGC CGAAGCCCGCCGCTGACCCGACCTCGTCGCCGGCCGTTTCCCATCGTCGTCCGTGGTCGC GCCGCCCCTTGTGAGTTCCCCGCGTCGTGCTCGTCGCGTTGGTGCCCTCTGTTCGCGCCG CCGTGCCCTAGTTCGCCGGCGACCAAAGGAGCCTGAGCCGCCGGTGATGACGTCATCGAT GATGTCATAAAGCCTTTTTTTTTCTTTTCTAAAATAAATCGCAAATCCTTTAAGGTTTAA GGCTAAAATCAGATTAATCTTAGAAAATTCATATCTAATTCATGGTAAGTCGGATTAATG TGTTTCAAGTTATAAAAATTGTATAAAATAAAGACCTATATATTAAAATTATATATAAAT TGTGTTATAAATTTATTTAATTTATTTGAATAGGTTTAATTGAATTAAATCTTTTAAAAT TCATAACTAATTCATATGATGTCAGAATGAGGCTGTTCAAGTCTCTAAATTCATCTAAAA TCAAGATCTAAATATTTGTTTACTTTTTATGTTCTGTTTATTTGGTTTTTATTAGTCTTT TTCTCCGTTGTGCGTGTTAGCTTGTCGTTTCCATTGTTTCGAAGGTTCGTGAGTGCGTCG GAAGTGTTCAAGAAGACTAATTGAAGACCGATTATTGCAAGTCCTAATCGGAGCTGCTCT CCAGCTGGGCCCATAATCTGCCTCGCGGTCGGCCTACTTACCCGAGGAATTAATATTGGC CGCACCAAACACGTGCATACCGCTTACGGCCTTGGCCTCCCTCGACTCACCACATCCGTC GGTCGGTCGGGCACCAGACCCCCTTCGTCCGTCGCCTGCCACTGCCGTCGCGCCGATCTC CATCATCGCAAGTAAAGCAGCGGTGCGGGCGTTTTGCCGCTTCCGCCGCATACTCTCGCC TGATTCCTTGCACCCAAGTCAATCTCCCGTAGCGTCGGTCTCAATCTCCTCGCGAGAGTC GCCCGCCGCCTGCGCCTATATCCATCCACCACGTGAGTCGAGCAACGGTGTTGTCGTCCT GCTGCTTCCGCCTATGGTCGGCTCCTGCGAACCATGCCGTCGGCGCCCGACGAAGCCCAA GCGGGTGTCACCACCGGAACCGCCGATCATTCCTCCTGCAGCGGCGGCAAAGAGTTTCGG TTCATCCTGTCACAGGACATCAGCCTGCCGCTGTCGTTCCGCGTCAACCGCTTCGTGCCA GATCGCACCCTGTTGATTGGAAGAAGTGCTCCAGTGCTCTTTGTTGAGTGTACACTATAC ATTGATGGAGTACAGTTTGGATTGTCCACAAATACAAGGTTGAAATCTTTGGGATCACCA TACTGCTGGAATGAGCTTGTAACATTAAGTGCCAAATACAGAGACCTAACGCCCTTCTCA CATCTTGCATTCACGGTGTGGGATATGTCATCTGGTGAAGACAACATCTATATTGTTGGT GGAACCACTATATCTCTTTTCAATAGCAAAAACCAACTTAAAACTGGGAGGCTGAGGCTG AGAGTATGGCCCAATAAAATGGCAGATGGAAGTCTCTCCACCTCTACCCCTGGCAAGGTT CCCAAGACCAAGAGGGAAGAAATAGAGAGGTTGGAAAGGGTTGCTAACAAGTACATCAGA GGGCAGATACCACATATAGGTTGGCTAGACAATCTCATTGCAAATGCTGCTGATAAACTT GAGAAAGAGAGTGAGAGAACTGAAAATTTGCATTCTAGCCTTATTGTTGAACTATGCAGC TTTGAACACAGAGTTGTCTTTCAGGAATATGGAGCAAAGTTGCATACATCAGTCCCTTCA TCCTTAGTGGATATATCTAAGAATAAACTTGTTATTGCATGTGATCCTGAGATTGGGCGA ATCAATCCATCTGAGCATAAACACTCTGTGCTTGCTTGGAGCTTGGCTCGTGGAGTAAAT GATAGAGAGATGAAGCCAAGCTCAGTTGACCAAAAGTTAATACAAAACATCCTCAAGTAT CCACCCACACGCACTTTAAATGTGGATGAAAAGCAATTGTTGTGGAAATTTCGTTTCTAT TTGACATCTGAGAAGAAAGCTCTTGTAAAGTTCCTCCTCTCTGTGGAATGGAGTGACATC CAGGAAGCCAAACAAGCTGTTGCGTTGATTCCAAGGTGGGAATCTATTGATGTGGCTGAT GCATTGGGGCTTCTTTCACCAGTTTTTCAAAATGAGGAAGTTCGTGCTTATGCTGTCGGC GTGTTTGAAAGGGCCAGCGACGAAGAACTGCAATGCTATTTGCTGCAACTTGTACAAGGC CTGCGGTTTGAAAGATCTGACAGATCTCGTCTAGCACACTTCCTTGTGAATCGGGCTTTG TCAAATTACGAACTTGCTAGCTTTCTTCGCTGGTATTTAGTTGTTGAGCTTCATGATCCT TCTCATGCAAGAAGGTATCTATGTACATATGAGATGCTTGAAGATGCTATAATGAGATAC ATAAGGAGGAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)