Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5689 cluster # 5689       Sequences # 3       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5689#0 length = 3023 sequences # 3  
consensusID : consensus_5689#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 3023
fasta sequence 
                              [CCGTAAACCCTAACTGACTTATACTCATCAATCGTCCTCCTCGATTGCTCCTCCCCTGATTCCGATCCACTCCGAGGCCTCATGGCGGCGACCGATTCTCGTCGCCTTGCAGACCTAGATGTCGACGAGCTGGACCGCCTCCTCCCGTTGATCAAGGTCACCCCCTTCGCCGCGCACCGCACTTCTGCCCCCAGAGGATGTGGTTGTCCTTGTGCGGCGCCGAGGCGGATGGAGGAGTCTCAGGCCTCGTCGGAGAGGACTCCAAATCCCCCCCACAATCGCTCAGTCGCCTTTGGACAATTCCAAGAAAGACTCCGAGAAAGCTTTACGCAGTAAGTACATGATTTTATCATACAAGAAAAGAAAAGCAAGCAAATAATAAAGCCAATAATTGTGGGAAGTTAATTTACTCACTTATGGGGGTGGCATGTATTACCCGACCCATCATTAATAAAATGGTTATAAGGTAGAGTTTATCTACCTTCCAGCATAAAAAAAAACTTATGGGGGTGCCATTGTACAAAGAATGAGATATGGGGTAGAAGAATTACGATTGTTTGTCTGTTTTTTTTTCTGTAAACAAATGTAGTCTGCTTCCTAGATTGCTTTGCTGGACTCGTCATCTTGCCGGCAGAGCAAGAACAACTTGTGGTGCTCAAAGCCATCCTTGATCCCTTCTCCGAGGCCACTGGGCTAAAAATTAATTTTCACAAGAGCACCTTCCTCCCTATCAATGTCCTGCATGATGAGGCGGTTCGGCTGGCTGGGACTCTCGGTTGCCCGATAGCTTCCTTCCCCCAACCTTATTTAGGCCTCCCTCTCTCTGTTACCAAGCTATGCCTCGCGGACTTCCAACCGCTCATCGCTAGGATTGACGAACGTCTTGCCGGTTGGCGCGGTCACCTTCTGTCTTCTGATGGACGGCTCACTCTCATCAATTCGGTGCTCTCCGCCCTCCCTTCCTATATGATGGGAGCCATCCTTCTCCCTAAGGGTGTGTTGCCGCCATTGACAAATGCCGAAGAGCTTTCTTCTGGACAGGGGATGAACACTGCCATGGTGACAACTGCAAAATTGCGTGGGACATTGTTTGTTCTCCGAAGGAAAAAAGGTGGTGCTGGGATAAAAAATCTTGAAGTCCAGAACAATGACGAGGATTCTGCGTCGTGGATTGACTGTTTTCAAACTGAACGGGTCTATAGTGCTTTCTCAGGTGACAAAATCGAAGGGCCTAATGAAACCTTTATAGTTAACTGTTGGGCCTGTAGCCCATCTACAGTAATTTATCTCAGACTACAAACCTTTCCAAGTTGG-AGA-TTTTTTTTTAAAAAAAGGAGAAAAGCAAAAGTTGAAGAAAAAAAATTTCCTTAAAAAAAAAAGAATAGCCGGTCTCCTTCGTCTTCCCGACCGTAAACATCGAGATTCTAGAGAGACGAGGCGCGGGACCAGTGAAACCCTAACCGAGCTACTCATCTCTCGTCCTCCTCGATTGCTCCTCCACCCGATTCCGATCCACTCCGAGGCCTCATGGCGGCGACCGATTCTCGTCGCCTCGCAGACCTAGATGACGACGAGCTAGACCGCCTCCTCCCGTTGATCAAGGTCACCCACTTCGCCGCGCACCGCACTTCCGCCCCCGGAGGATGTGGCTGTCCTTGTGCGGCGACGAGGCGGATGGAAGAGGGTCAGGCCTCATCGGAGAGGACTCCAAATCCCCCCACAGTCGCTCAGTCGTCGTTGGACAATTCCAAGAAAGATTCAGAGAAAGCTTTACGGAAACGCAGTATAAAGATGGCAATGAAGATTATCAATTACTCTGAAGACTGTATGAGAAAGATTGTAGAGTTGAATGCCACTCTCCCTCTGGATCAGCATTTCTTCCCTGCCTGCATCTGGCCACGGGACCTTGAGGACTTGCGTTTTTCCAAGATTGGGTTTTACGTTGACTATCGCTTGAATGACACTTCTCCAACCACTTGGGGGTGTAAGCGCTTTGCACATGAAGACAAGTATGTTGCATCAACTATGCTGCGGATCAATGGACTAGTGTTTACTGGAGATTTCCCACATGGCCGGTCCATGCATGTTTATGGTTTTGTGGCTGTGAGGGATGATAAAGAGCCATTGAGGAACTATATCTTCAATGTCAGCAGGGAGAAGGCTTGTCAATTGAACCTGGATTCGCCTTCATTGGAGATTAGTCCCCCCATGCGTGGCATCTCCATATGGGACAGTGCTTTAATCGAGTTTCACTTGAAGGTTAAGGGCAGTGACAGTGATAGTAGTTCAGATGATGACATACTCATTAACGCCTGTATGGAGTTCGACTATGAGACCATTGAGCATGACAAAAAGTTGATATCAAGAATTGATGGCCCGTTCGGTCCACTTGATATGCGTTATATCTTCTTAAAGAATGGGATTGAGGCCACTATCGATATTGATCTGGGCAGCACATCTGAAGCTTATGATATTTTGCTTGTAGCATTTTCAGGCGAGGATTCCATGACGCTTTACAAGGACCGTGTTGGACAGCATACCAAGTTTACAGCCGTTGTAATTGTTCCTTTAGACGAGTTGTTACATATCAAAGCATTTGGCACGTATGGTTCGTCTCATTTTGATGGCAATATTGCTGTGCCTGTATTAAAGCATGGAAGCTGTAAGAAACCGTTTTGGTTTCAGTTGGCAGAGAAGAAGTCGGGGCATAAGAATCTGCCTAGAGCTTGCCTGGAGGTCACGTTTTCTACGATGGGTTACTATAACACGGGAGAGATGTAGAACAAATGACTGCAAGAACTGCTATTTTGCTCTAGAGCATTTCGTTTTCCTGGGCTGTGAAATGTTTAAGAGTTGTGATTTGATACTGAAATCCGTAAGTTGTATTTTAACTGAAATCGATAATGATGTTTTATCGATCGTCAGTTTCTTTCGCTGTGATATGGATGCTTGTATGTTTTCCAAAGTTTGAGTCACCCGTTGAAGTAGGGACTGACCACAGACGGGCAGTCAAATCTTGTTTG]

[+] EMBL AK102546             [CCGTAAACCCTAACTGACTTATACTCATCAATCGTCCTCCTCGATTGCTCCTCCCCTGATTCCGATCCACTCCGAGGCCTCATGGCGGCGACCGATTCTCGTCGCCTTGCAGACCTAGATGTCGACGAGCTGGACCGCCTCCTCCCGTTGATCAAGGTCACCCCCTTCGCCGCGCACCGCACTTCTGCCCCCAGAGGATGTGGTTGTCCTTGTGCGGCGCCGAGGCGGATGGAGGAGTCTCAGGCCTCGTCGGAGAGGACTCCAAATCCCCCCCACAATCGCTCAGTCGCCTTTGGACAATTCCAAGAAAGACTCCGAGAAAGCTTTACGCAGTAAGTACATGATTTTATCATACAAGAAAAGAAAAGCAAGCAAATAATAAAGCCAATAATTGTGGGAAGTTAATTTACTCACTTATGGGGGTGGCATGTATTACCCGACCCATCATTAATAAAATGGTTATAAGGTAGAGTTTATCTACCTTCCAGCATAAAAAAAAACTTATGGGGGTGCCATTGTACAAAGAATGAGATATGGGGTAGAAGAATTACGATTGTTTGTCTGTTTTTTTTTCTGTAAACAAATGTAGTCTGCTTCCTAGATTGCTTTGCTGGACTCGTCATCTTGCCGGCAGAGCAAGAACAACTTGTGGTGCTCAAAGCCATCCTTGATCCCTTCTCCGAGGCCACTGGGCTAAAAATTAATTTTCACAAGAGCACCTTCCTCCCTATCAATGTCCTGCATGATGAGGCGGTTCGGCTGGCTGGGACTCTCGGTTGCCCGATAGCTTCCTTCCCCCAACCTTATTTAGGCCTCCCTCTCTCTGTTACCAAGCTATGCCTCGCGGACTTCCAACCGCTCATCGCTAGGATTGACGAACGTCTTGCCGGTTGGCGCGGTCACCTTCTGTCTTCTGATGGACGGCTCACTCTCATCAATTCGGTGCTCTCCGCCCTCCCTTCCTATATGATGGGAGCCATCCTTCTCCCTAAGGGTGTGTTGCCGCCATTGACAAATGCCGAAGAGCTTTCTTCTGGACAGGGGATGAACACTGCCATGGTGACAACTGCAAAATTGCGTGGGACATTGTTTGTTCTCCGAAGGAAAAAAGGTGGTGCTGGGATAAAAAATCTTGAAGTCCAGAACAATGACGAGGATTCTGCGTCGTGGATTGACTGTTTTCAAACTGAACGGGTCTATAGTGCTTTCTCAGGTGACAAAATCGAAGGGCCTAATGAAACCTTTATAGTTAACTGTTGGGCCTGTAGCCCATCTACAGTAATTTATCTCAGACTACAAACCTTTCCAAGTTGG AGA TTTTTTTTTAAAAAAAGGAGAAAAGCAAAAGTTGAAGAAAAAAAATTTCCTTAAAAAAAAAAGAATAGCCGGTCTCCTTCGTCTTCCCGACCGTAAACATCGAGATTCTAGAGAGACGAGGCGCGGGACCAGTGAAACCCTAACCGAGCTACTCATCTCTCGTCCTCCTCGATTGCTCCTCCACCCGATTCCGATCCACTCCGAGGCCTCATGGCGGCGACCGATTCTCGTCGCCTCGCAGACCTAGATGACGACGAGCTAGACCGCCTCCTCCCGTTGATCAAGGTCACCCACTTCGCCGCGCACCGCACTTCCGCCCCCGGAGGATGTGGCTGTCCTTGTGCGGCGACGAGGCGGATGGAAGAGGGTCAGGCCTCATCGGAGAGGACTCCAAATCCCCCCACAGTCGCTCAGTCGTCGTTGGACAATTCCAAGAAAGATTCAGAGAAAGCTTTACGGAAACGCAGTATAAAGATGGCAATGAAGATTATCAATTACTCTGAAGACTGTATGAGAAAGATTGTAGAGTTGAATGCCACTCTCCCTCTGGATCAGCATTTCTTCCCTGCCTGCATCTGGCCACGGGACCTTGAGGACTTGCGTTTTTCCAAGATTGGGTTTTACGTTGACTATCGCTTGAATGACACTTCTCCAACCACTTGGGGGTGTAAGCGCTTTGCACATGAAGACAAGTATGTTGCATCAACTATGCTGCGGATCAATGGACTAGTGTTTACTGGAGATTTCCCACATGGCCGGTCCATGCATGTTTATGGTTTTGTGGCTGTGAGGGATGATAAAGAGCCATTGAGGAACTATATCTTCAATGTCAGCAGGGAGAAGGCTTGTCAATTGAACCTGGATTCGCCTTCATTGGAGATTAGTCCCCCCATGCGTGGCATCTCCATATGGGACAGTGCTTTAATCGAGTTTCACTTGAAGGTTAAGGGCAGTGACAGTGATAGTAGTTCAGATGATGACATACTCATTAACGCCTGTATGGAGTTCGACTATGAGACCATTGAGCATGACAAAAAGTTGATATCAAGAATTGATGGCCCGTTCGGTCCACTTGATATGCGTTATATCTTCTTAAAGAATGGGATTGAGGCCACTATCGATATTGATCTGGGCAGCACATCTGAAGCTTATGATATTTTGCTTGTAGCATTTTCAGGCGAGGATTCCATGACGCTTTACAAGGACCGTGTTGGACAGCATACCAAGTTTACAGCCGTTGTAATTGTTCCTTTAGACGAGTTGTTACATATCAAAGCATTTGGCACGTATGGTTCGTCTCATTTTGATGGCAATATTGCTGTGCCTGTATTAAAGCATGGAAGCTGTAAGAAACCGTTTTGGTTTCAGTTGGCAGAGAAGAAGTCGGGGCATAAGAATCTGCCTAGAGCTTGCCTGGAGGTCACGTTTTCTACGATGGGTTACTATAACACGGGAGAGATGTAGAACAAATGACTGCAAGAACTGCTATTTTGCTCTAGAGCATTTCGTTTTCCTGGGCTGTGAAATGTTTAAGAGTTGTGATTTGATACTGAAATCCGTAAGTTGTATTTTAACTGAAATCGATAATGATGTTTTATCGATCGTCAGTTTCTTTCGCTGTGATATGGATGCTTGTATGTTTTCCAAAGTTTGAGTCACCCGTTGAAGTAGGGACTGACCACAGACGGGCAGTCAAATCTTGTTTG]
[+] EMBL AU172380             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatcgcgagCGCCCTCCCTTCCTATATGATGGGAGCCATCCTTCTCCCTAAGGGTGTGTTGCCGCCATTGACAAATGCCGAAGAGCTTTCTTCTGGACAGGGGATGAACACTGCCATGGTGACAACTGCAAAATTGCGTGGGACATTGTTTGTTCTCCGAAGGAAAAAAGGTGGTGCTGGGATAAAAAATCTTGAAGTCCAGAACAATGACGAGGATTNTGCGTCGTGGATTGACTGTTTTCAAACTGAACGGGTCTATAGTGCTTTCTCAGGTGACAAAATCGAAGGGCCTAATGAAACCTTTATAGTTAACTGTTGGGCCTGTAGCCCATCTACAGTAATTTATCTCAGACTACAAACCTTTCCAAGTTGG AGA TTTTTTTTTAAAAAAAGGAGAAAAGCAAAAGTTGAAGAAAAAAAATTTCCTTAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL AU063619             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATGGGAGCCATCCTTCTCCCTAAGGGTGTGTTGCCGCCATTGACAAATGCCGAAGAGCTTTCTTCTGGACAGGGGATGAACACTGCCATGGTGACAACTGCAAAATTGCGTGGGACATTGTTTGTTCTCCGAA GAAAAAAGGTGGTGCTGGGATAAAAAATCTTGAAGTCCAGAACAATGACGAGGATTCTGCGTCGTGGATTGACTGTTTTCAAACTGAACGGGTCTATAGTGCTTTCTCAGGTGACAAAATCGAAGGGCCTAATGAAACCTTTATAGTTAACTGTTGGGCCTGTAG CCATCTACAGTAATTTATCTCAGACTACAAACCTTTCCAAGTTGGNNGATTTTTTTTTTAAAAAAAGGNGAAAAGCAAAAGTTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]




>consensus_5689#0
CCGTAAACCCTAACTGACTTATACTCATCAATCGTCCTCCTCGATTGCTCCTCCCCTGAT
TCCGATCCACTCCGAGGCCTCATGGCGGCGACCGATTCTCGTCGCCTTGCAGACCTAGAT
GTCGACGAGCTGGACCGCCTCCTCCCGTTGATCAAGGTCACCCCCTTCGCCGCGCACCGC
ACTTCTGCCCCCAGAGGATGTGGTTGTCCTTGTGCGGCGCCGAGGCGGATGGAGGAGTCT
CAGGCCTCGTCGGAGAGGACTCCAAATCCCCCCCACAATCGCTCAGTCGCCTTTGGACAA
TTCCAAGAAAGACTCCGAGAAAGCTTTACGCAGTAAGTACATGATTTTATCATACAAGAA
AAGAAAAGCAAGCAAATAATAAAGCCAATAATTGTGGGAAGTTAATTTACTCACTTATGG
GGGTGGCATGTATTACCCGACCCATCATTAATAAAATGGTTATAAGGTAGAGTTTATCTA
CCTTCCAGCATAAAAAAAAACTTATGGGGGTGCCATTGTACAAAGAATGAGATATGGGGT
AGAAGAATTACGATTGTTTGTCTGTTTTTTTTTCTGTAAACAAATGTAGTCTGCTTCCTA
GATTGCTTTGCTGGACTCGTCATCTTGCCGGCAGAGCAAGAACAACTTGTGGTGCTCAAA
GCCATCCTTGATCCCTTCTCCGAGGCCACTGGGCTAAAAATTAATTTTCACAAGAGCACC
TTCCTCCCTATCAATGTCCTGCATGATGAGGCGGTTCGGCTGGCTGGGACTCTCGGTTGC
CCGATAGCTTCCTTCCCCCAACCTTATTTAGGCCTCCCTCTCTCTGTTACCAAGCTATGC
CTCGCGGACTTCCAACCGCTCATCGCTAGGATTGACGAACGTCTTGCCGGTTGGCGCGGT
CACCTTCTGTCTTCTGATGGACGGCTCACTCTCATCAATTCGGTGCTCTCCGCCCTCCCT
TCCTATATGATGGGAGCCATCCTTCTCCCTAAGGGTGTGTTGCCGCCATTGACAAATGCC
GAAGAGCTTTCTTCTGGACAGGGGATGAACACTGCCATGGTGACAACTGCAAAATTGCGT
GGGACATTGTTTGTTCTCCGAAGGAAAAAAGGTGGTGCTGGGATAAAAAATCTTGAAGTC
CAGAACAATGACGAGGATTCTGCGTCGTGGATTGACTGTTTTCAAACTGAACGGGTCTAT
AGTGCTTTCTCAGGTGACAAAATCGAAGGGCCTAATGAAACCTTTATAGTTAACTGTTGG
GCCTGTAGCCCATCTACAGTAATTTATCTCAGACTACAAACCTTTCCAAGTTGGAGATTT
TTTTTTAAAAAAAGGAGAAAAGCAAAAGTTGAAGAAAAAAAATTTCCTTAAAAAAAAAAG
AATAGCCGGTCTCCTTCGTCTTCCCGACCGTAAACATCGAGATTCTAGAGAGACGAGGCG
CGGGACCAGTGAAACCCTAACCGAGCTACTCATCTCTCGTCCTCCTCGATTGCTCCTCCA
CCCGATTCCGATCCACTCCGAGGCCTCATGGCGGCGACCGATTCTCGTCGCCTCGCAGAC
CTAGATGACGACGAGCTAGACCGCCTCCTCCCGTTGATCAAGGTCACCCACTTCGCCGCG
CACCGCACTTCCGCCCCCGGAGGATGTGGCTGTCCTTGTGCGGCGACGAGGCGGATGGAA
GAGGGTCAGGCCTCATCGGAGAGGACTCCAAATCCCCCCACAGTCGCTCAGTCGTCGTTG
GACAATTCCAAGAAAGATTCAGAGAAAGCTTTACGGAAACGCAGTATAAAGATGGCAATG
AAGATTATCAATTACTCTGAAGACTGTATGAGAAAGATTGTAGAGTTGAATGCCACTCTC
CCTCTGGATCAGCATTTCTTCCCTGCCTGCATCTGGCCACGGGACCTTGAGGACTTGCGT
TTTTCCAAGATTGGGTTTTACGTTGACTATCGCTTGAATGACACTTCTCCAACCACTTGG
GGGTGTAAGCGCTTTGCACATGAAGACAAGTATGTTGCATCAACTATGCTGCGGATCAAT
GGACTAGTGTTTACTGGAGATTTCCCACATGGCCGGTCCATGCATGTTTATGGTTTTGTG
GCTGTGAGGGATGATAAAGAGCCATTGAGGAACTATATCTTCAATGTCAGCAGGGAGAAG
GCTTGTCAATTGAACCTGGATTCGCCTTCATTGGAGATTAGTCCCCCCATGCGTGGCATC
TCCATATGGGACAGTGCTTTAATCGAGTTTCACTTGAAGGTTAAGGGCAGTGACAGTGAT
AGTAGTTCAGATGATGACATACTCATTAACGCCTGTATGGAGTTCGACTATGAGACCATT
GAGCATGACAAAAAGTTGATATCAAGAATTGATGGCCCGTTCGGTCCACTTGATATGCGT
TATATCTTCTTAAAGAATGGGATTGAGGCCACTATCGATATTGATCTGGGCAGCACATCT
GAAGCTTATGATATTTTGCTTGTAGCATTTTCAGGCGAGGATTCCATGACGCTTTACAAG
GACCGTGTTGGACAGCATACCAAGTTTACAGCCGTTGTAATTGTTCCTTTAGACGAGTTG
TTACATATCAAAGCATTTGGCACGTATGGTTCGTCTCATTTTGATGGCAATATTGCTGTG
CCTGTATTAAAGCATGGAAGCTGTAAGAAACCGTTTTGGTTTCAGTTGGCAGAGAAGAAG
TCGGGGCATAAGAATCTGCCTAGAGCTTGCCTGGAGGTCACGTTTTCTACGATGGGTTAC
TATAACACGGGAGAGATGTAGAACAAATGACTGCAAGAACTGCTATTTTGCTCTAGAGCA
TTTCGTTTTCCTGGGCTGTGAAATGTTTAAGAGTTGTGATTTGATACTGAAATCCGTAAG
TTGTATTTTAACTGAAATCGATAATGATGTTTTATCGATCGTCAGTTTCTTTCGCTGTGA
TATGGATGCTTGTATGTTTTCCAAAGTTTGAGTCACCCGTTGAAGTAGGGACTGACCACA
GACGGGCAGTCAAATCTTGTTTG

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)