Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 6313 cluster # 6313       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6313#0 length = 1820 sequences # 4  

consensusID : consensus_6313#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1820
fasta sequence
                              [GCAGAGGAGCGCGATCCCCCACCCCAAACCGGCACGGGATGCCTCAGCGGCGGCCGCGCCTGGCGCCCCTCACCCGCCGCCTCTCCACCTGCCGGGACGGCGACCTCGCCGCCCTCCTCTCGGTCCTCCGCTCGCCGCCAGCATCCTCCACGTCGCTCCCGCGCGCACTCTCCAGTGCCTTCCCGTCCCCATCCGACTCCTTCCCCCTCGGCAAGCTCCCCTCCCTCCTCCCGCTCCTCCCCTCCCCACTCCTCTCCCTCCGGTTCCTCCTGTGGCGCCTTCCCCCCTCCTCGCCGCTCCCGTCCTCGTACGCCCTCTCCTCGCTCGCCGCCTCGCTCCCCGATCTCCCGTCCGCCGTGCCCCTCCTCCTCTCCTCGTCGCCGCAACCTCTCCCGCTCAGGCACTACGCCCTCCTCCTGGGCATCTCCGCACACGCTGGACTATTCCCCGCCTCCCTCGCTCTCCTGCGGCACATGCGCTCCTTCGGCCTCGCCCCCGATGCTGCTTGCTTCCGCTCCGCCCTCCGCTCGGCCGGCTCTCCCGGCGATGTCTGTGCCGTTCTCGGTATCATGTCGGCGTGCGGTGTCTCGCCGAGCGTCCCACTGGTTGTGACCTCGGTGCATAAGCTGGCAACCGCGGGGGACTTCGTCGGTGCCCGCCAGCTGATCGAGAAAATGCCGGAGTTTGGGTGCGTGACCAATGTGGCCGTGTACACCGCGTTGCTCGACGGGATGTGCAGTTTCGGGGATGTGGATGCAGCGCTGAGGCTGGTGGAAGAGATGGAGGGTTGGAGCTTGGGTGCAGGGTGCGTGCCCAACGTGGTGTCGTATACGTGTTTGGTGAAATGCCTGTGTGGGAAAAAGAGGATGGGGGAGGCGCTGAGCTTGCTGGATAGGATGACAGGAAGAGGGGTGATGCCCAACCGGGTGTTCGTGCGAACGCTCGTCGGCGGATTCTGTTCAGAGGAGATGGTCGCAGACGCTTATGCTGTAGTGGAGCGTGTGGTCAGCGATGGGAGTGTGTCGAGCGACCAATGCTACAATGTGCTGCTTATTTGCCTGTGGAGGGTTGGGATGGATGGTGAAGCTGAAGGGCTTGTGCAGAGGATGATGAAGAAAGGGGTGCGGCTGAGCCCTCTTGCGGCCAGTGTTATGGTCAGAGAGC-TTTGCAAT-AGGAATAGGCTATTG-GATGCTTGCTACTGGATAGGAGTCATGGAAGAGAACGGGGTGCTCTGTGACAC-TGATGTCTACAA-TGG-TTTG-TTGCTTAGGCTGTGTGTGGAAGGGCATGTTGGTGAGGCCTTGGCGTTGGCTAAGAAGGTTGCTGAGAGGGGGATTCTCATAGAGGCTTCTTGTGCTGATCGTTTGATGGATTTGCTAAAGCAATATGGTGATGAGGAGCTAGCACCAAAAATATCAGAACTGAGGAGGTGCTCTGAAGTGCTGTCACATTAACCAATGTGTGATCCGAACCCTCCTACAAGTATCATGCTTGGTTGATTTCAAATCAAGAAAAATGCTTCCGTGCTGCATGATTACAGCAA-G-AAAAGGCTTTGA-GGGTTTGTTA-CGCTGAAATAGATTGGTGGGGATAGGGTGCAGCACAGAGTGATTTGTGTGAGCAAAATGTGGATGAGTTACTTCATTTACTTGCCCATTTCCTGTAGTTTTTCTGAACTCTGTTCAGATCCTCCAGTCCAAGGGATGCTTCAGGACATGTGAACTATGATTGCGATGGAATTCTCAGGTTCCTCATTAGTATGCTCCCAAACAGATATGTTTGTTTAAGTGGTGATCAATCAAATGTTTTACATTTTTAAAGAAAAA]

[+] EMBL AK067384             [GCAGAGGAGCGCGATCCCCCACCCCAAACCGGCACGGGATGCCTCAGCGGCGGCCGCGCCTGGCGCCCCTCACCCGCCGCCTCTCCACCTGCCGGGACGGCGACCTCGCCGCCCTCCTCTCGGTCCTCCGCTCGCCGCCAGCATCCTCCACGTCGCTCCCGCGCGCACTCTCCAGTGCCTTCCCGTCCCCATCCGACTCCTTCCCCCTCGGCAAGCTCCCCTCCCTCCTCCCGCTCCTCCCCTCCCCACTCCTCTCCCTCCGGTTCCTCCTGTGGCGCCTTCCCCCCTCCTCGCCGCTCCCGTCCTCGTACGCCCTCTCCTCGCTCGCCGCCTCGCTCCCCGATCTCCCGTCCGCCGTGCCCCTCCTCCTCTCCTCGTCGCCGCAACCTCTCCCGCTCAGGCACTACGCCCTCCTCCTGGGCATCTCCGCACACGCTGGACTATTCCCCGCCTCCCTCGCTCTCCTGCGGCACATGCGCTCCTTCGGCCTCGCCCCCGATGCTGCTTGCTTCCGCTCCGCCCTCCGCTCGGCCGGCTCTCCCGGCGATGTCTGTGCCGTTCTCGGTATCATGTCGGCGTGCGGTGTCTCGCCGAGCGTCCCACTGGTTGTGACCTCGGTGCATAAGCTGGCAACCGCGGGGGACTTCGTCGGTGCCCGCCAGCTGATCGAGAAAATGCCGGAGTTTGGGTGCGTGACCAATGTGGCCGTGTACACCGCGTTGCTCGACGGGATGTGCAGTTTCGGGGATGTGGATGCAGCGCTGAGGCTGGTGGAAGAGATGGAGGGTTGGAGCTTGGGTGCAGGGTGCGTGCCCAACGTGGTGTCGTATACGTGTTTGGTGAAATGCCTGTGTGGGAAAAAGAGGATGGGGGAGGCGCTGAGCTTGCTGGATAGGATGACAGGAAGAGGGGTGATGCCCAACCGGGTGTTCGTGCGAACGCTCGTCGGCGGATTCTGTTCAGAGGAGATGGTCGCAGACGCTTATGCTGTAGTGGAGCGTGTGGTCAGCGATGGGAGTGTGTCGAGCGACCAATGCTACAATGTGCTGCTTATTTGCCTGTGGAGGGTTGGGATGGATGGTGAAGCTGAAGGGCTTGTGCAGAGGATGATGAAGAAAGGGGTGCGGCTGAGCCCTCTTGCGGCCAGTGTTATGGTCAGAGAGC TTTGCAAT AGGAATAGGCTATTG GATGCTTGCTACTGGATAGGAGTCATGGAAGAGAACGGGGTGCTCTGTGACAC TGATGTCTACAA TGG TTTG TTGCTTAGGCTGTGTGTGGAAGGGCATGTTGGTGAGGCCTTGGCGTTGGCTAAGAAGGTTGCTGAGAGGGGGATTCTCATAGAGGCTTCTTGTGCTGATCGTTTGATGGATTTGCTAAAGCAATATGGTGATGAGGAGCTAGCACCAAAAATATCAGAACTGAGGAGGTGCTCTGAAGTGCTGTCACATTAACCAATGTGTGATCCGAACCCTCCTACAAGTATCATGCTTGGTTGATTTCAAATCAAGAAAAATGCTTCCGTGCTGCATGATTACAGCAA G AAAAGGCTTTGA GGGTTTGTTA CGCTGAAATAGATTGGTGGGGATAGGGTGCAGCACAGAGTGATTTGTGTGAGCAAAATGTGGATGAGTTACTTCATTTACTTGCCCATTTCCTGTAGTTTTTCTGAACTCTGTTCAGATCCTCCAGTCCAAGGGATGCTTCAGGACATGTGAACTATGATTGCGATGGAATTCTCAGGTTCCTCATTAGTATGCTCCCAAACAGATATGTTTGTTTAAGTGGTGATCAATCAAATGTTTTACATTTTT         ]
[+] EMBL C27277               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AACCGGGTGTNCGTNCGAACNCTCGTCGGCGGATTCTGTTCAGAGGAGATGGTCGCAG CGCTTATNCTGTAGTGGAGCGTGTGGTCAGCGATGGGAGTGTGTCGAGCGACCAATGCTACAATGTGCTGCTTATTTNCCTGTGGAGGGTTGGGATGGATGGTGAAGCTGAAGGGCTTGTNCAGAGGATGATGAAGAAAGGGGTGCGGCTGAGCCCTCTTGCGGCCAGTGTTATGGTCAGAGAGCTTTTGCAATAAGGAATAGGCTATTGTGATGCTTGCTACTGGATAGGAGTCATGG AGAGAACGGGGTACTCTGTGACACTTNATGTCAACAANTGGTTTTGTTTGCTTAGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL C28068               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGTGCTCTGTGACAC TGATGTCTACAA TGG TTTG TTGCTTAGGCTGTGTGTGGAAGGGCATGTTGGTGAGGCCTTGGCGTTGGCTAAGAAGGTTGCTGAGAGGGGGATTCTCATAGAGGCTTCTTGTGCTGATCGTTTGATGGATTTGCTAAAGCAATATGGTGATGAGGAGCTAGCACCAAAAATATCAGAACTGAGGAGGTGCTCTGAAGTGCTGTCACATTAACCAATGTGTGATCCGAACCCTCCTACAAGTATCATGCTTGGTTGATTTCAAATCAAGANAAATTCTTCCGAGCTGCATGATTACAGCAANGAAAAAGGCTTTGAGGGGTTTGTTACCGTTGNAAT                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CF324732             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CACATTAACCAATGTGTGATCCGAACCCTCCTACAAGTATCATGCTTGGTTGATTTCAAATCAAGAAAAATGCTTCCGTGCTGCATGATTACAGCAA G AAAAGGCTTTGA GGGTTTGTTA CGCTGAAATAGATTGGTGGGGATAGGGTGCAGCACAGAGTGATTTGTGTGAGCAAAATGTGGATGAGTTACTTCATTTACTTGCCCATTTCCTGTAGTTTTTCTGAACTCTGTTCAGATCCTCCAGTCCAAGGGATGCTTCAGGACATGTGAACTATGATTGCGATGGAATTCTCAGGTTCCTCATTAGTATGCTCCCAAACAGATATGTTTGTTTAAGTGGTGATCAATCAAATGTTTTACATTTTTAAAGAAAAA]


>consensus_6313#0 GCAGAGGAGCGCGATCCCCCACCCCAAACCGGCACGGGATGCCTCAGCGGCGGCCGCGCC TGGCGCCCCTCACCCGCCGCCTCTCCACCTGCCGGGACGGCGACCTCGCCGCCCTCCTCT CGGTCCTCCGCTCGCCGCCAGCATCCTCCACGTCGCTCCCGCGCGCACTCTCCAGTGCCT TCCCGTCCCCATCCGACTCCTTCCCCCTCGGCAAGCTCCCCTCCCTCCTCCCGCTCCTCC CCTCCCCACTCCTCTCCCTCCGGTTCCTCCTGTGGCGCCTTCCCCCCTCCTCGCCGCTCC CGTCCTCGTACGCCCTCTCCTCGCTCGCCGCCTCGCTCCCCGATCTCCCGTCCGCCGTGC CCCTCCTCCTCTCCTCGTCGCCGCAACCTCTCCCGCTCAGGCACTACGCCCTCCTCCTGG GCATCTCCGCACACGCTGGACTATTCCCCGCCTCCCTCGCTCTCCTGCGGCACATGCGCT CCTTCGGCCTCGCCCCCGATGCTGCTTGCTTCCGCTCCGCCCTCCGCTCGGCCGGCTCTC CCGGCGATGTCTGTGCCGTTCTCGGTATCATGTCGGCGTGCGGTGTCTCGCCGAGCGTCC CACTGGTTGTGACCTCGGTGCATAAGCTGGCAACCGCGGGGGACTTCGTCGGTGCCCGCC AGCTGATCGAGAAAATGCCGGAGTTTGGGTGCGTGACCAATGTGGCCGTGTACACCGCGT TGCTCGACGGGATGTGCAGTTTCGGGGATGTGGATGCAGCGCTGAGGCTGGTGGAAGAGA TGGAGGGTTGGAGCTTGGGTGCAGGGTGCGTGCCCAACGTGGTGTCGTATACGTGTTTGG TGAAATGCCTGTGTGGGAAAAAGAGGATGGGGGAGGCGCTGAGCTTGCTGGATAGGATGA CAGGAAGAGGGGTGATGCCCAACCGGGTGTTCGTGCGAACGCTCGTCGGCGGATTCTGTT CAGAGGAGATGGTCGCAGACGCTTATGCTGTAGTGGAGCGTGTGGTCAGCGATGGGAGTG TGTCGAGCGACCAATGCTACAATGTGCTGCTTATTTGCCTGTGGAGGGTTGGGATGGATG GTGAAGCTGAAGGGCTTGTGCAGAGGATGATGAAGAAAGGGGTGCGGCTGAGCCCTCTTG CGGCCAGTGTTATGGTCAGAGAGCTTTGCAATAGGAATAGGCTATTGGATGCTTGCTACT GGATAGGAGTCATGGAAGAGAACGGGGTGCTCTGTGACACTGATGTCTACAATGGTTTGT TGCTTAGGCTGTGTGTGGAAGGGCATGTTGGTGAGGCCTTGGCGTTGGCTAAGAAGGTTG CTGAGAGGGGGATTCTCATAGAGGCTTCTTGTGCTGATCGTTTGATGGATTTGCTAAAGC AATATGGTGATGAGGAGCTAGCACCAAAAATATCAGAACTGAGGAGGTGCTCTGAAGTGC TGTCACATTAACCAATGTGTGATCCGAACCCTCCTACAAGTATCATGCTTGGTTGATTTC AAATCAAGAAAAATGCTTCCGTGCTGCATGATTACAGCAAGAAAAGGCTTTGAGGGTTTG TTACGCTGAAATAGATTGGTGGGGATAGGGTGCAGCACAGAGTGATTTGTGTGAGCAAAA TGTGGATGAGTTACTTCATTTACTTGCCCATTTCCTGTAGTTTTTCTGAACTCTGTTCAG ATCCTCCAGTCCAAGGGATGCTTCAGGACATGTGAACTATGATTGCGATGGAATTCTCAG GTTCCTCATTAGTATGCTCCCAAACAGATATGTTTGTTTAAGTGGTGATCAATCAAATGT TTTACATTTTTAAAGAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)