Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 6409 cluster # 6409       Sequences # 4       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6409#0 length = 1055 sequences # 4  
consensusID : consensus_6409#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1055
fasta sequence 
                              [CCGCCACAGCTCGCGTCGCGTCTGCGCTCTCCTAGCGCCGTGCGGGGGTTTAGCTAGGGTTTTCCGCTTGCGGCGGCGGCGGCCATGGAAGGGGAGGAGGAGGAGGTGGAGAGCCTGGTCGGTATCAGCAACGCGCTCGAGTCGCTCGAGCGGCAGCTCGCCTCTCTGCAGGACCTCCAACACCAACAAAGATATGAACGAGAGACCATTTTGAGCCAGATTGATCGCAGCCGAGGATGTCTTCTTAACAAGCTCAAAGAATACAAGGGGCAGGACTGTGAAGTAATACATGAGGCTGCTTCTTTTGCTGGTGAAAAAATTGAACATGATGATGGTCTCATGCTACCTCCGTACTCAAATCATGTCACCAATTCGTTTGTTCTTGATGATCTGTATCCTCCAAGTTACTTGGCCAAGTTAAAGTGTATGCACAACGGATTGGGTTCTGGTGGGACTAACCAAGATGTTACAAAGACAAACAGGCTGGAGAACAGGAATGGTAGCATGCCAAACGGCAATTCACAAGGAGGAATTAGATCTTTTGTTGGATGGCTTGCTAAAACTGCAGTAATGGTTGTAGGTGCTGTATCTATCATGAAGGCTGCTGGTTACGAGCCAGTGATAGGAAGACACAGCATAAAATTGGATATGGCAGGTTTGTTCAGTAAGGAGGCAACCAGTGGAAAAGATCAGGCTACTGTCCAATGCCCTCCTGGTAAAGTAATGGTTCTCGAAGATGGCAGGGCTCACTGTGTTGTGAAGGAAAGAGTCGAGATACCTTTCGACACCAACCTCGCCTCTCCAAATGCAAGTTATGGGTTAGGCTGAAATTGGGCTTTTGTCAATATTAGGATTTAGCTAGTCTTTGAGGCCCTTTATATGATCTTCTGTAGAATGTGCCGAGCACACTTGTCTAAAGATTGAAGCCTATGTATTATATCTATCTATGATCGTCCATGTCTTGCTAATTGCCCTCGTTGGTGAACTCCATCAGTATGCTGCTCAGTTGATACCAGTATTATGTCATCAGCAGTTTGGTTTCAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK108490             [CCGCCACAGCTCGCGTCGCGTCTGCGCTCTCCTAGCGCCGTGCGGGGGTTTAGCTAGGGTTTTCCGCTTGCGGCGGCGGCGGCCATGGAAGGGGAGGAGGAGGAGGTGGAGAGCCTGGTCGGTATCAGCAACGCGCTCGAGTCGCTCGAGCGGCAGCTCGCCTCTCTGCAGGACCTCCAACACCAACAAAGATATGAACGAGAGACCATTTTGAGCCAGATTGATCGCAGCCGAGGATGTCTTCTTAACAAGCTCAAAGAATACAAGGGGCAGGACTGTGAAGTAATACATGAGGCTGCTTCTTTTGCTGGTGAAAAAATTGAACATGATGATGGTCTCATGCTACCTCCGTACTCAAATCATGTCACCAATTCGTTTGTTCTTGATGATCTGTATCCTCCAAGTTACTTGGCCAAGTTAAAGTGTATGCACAACGGATTGGGTTCTGGTGGGACTAACCAAGATGTTACAAAGACAAACAGGCTGGAGAACAGGAATGGTAGCATGCCAAACGGCAATTCACAAGGAGGAATTAGATCTTTTGTTGGATGGCTTGCTAAAACTGCAGTAATGGTTGTAGGTGCTGTATCTATCATGAAGGCTGCTGGTTACGAGCCAGTGATAGGAAGACACAGCATAAAATTGGATATGGCAGGTTTGTTCAGTAAGGAGGCAACCAGTGGAAAAGATCAGGCTACTGTCCAATGCCCTCCTGGTAAAGTAATGGTTCTCGAAGATGGCAGGGCTCACTGTGTTGTGAAGGAAAGAGTCGAGATACCTTTCGACACCAACCTCGCCTCTCCAAATGCAAGTTATGGGTTAGGCTGAAATTGGGCTTTTGTCAATATTAGGATTTAGCTAGTCTTTGAGGCCCTTTATATGATCTTCTGTAGAATGTGCCGAGCACACTTGTCTAAAGATTGAAGCCTATGTATTATATCTATCTATGATCGTCCATGTCTTGCTAATTGCCCTCGTTGGTGAACTCCATCAGTATGCTGCTC                                                   ]
[+] EMBL CA767180             [                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACTGTGAAGTAATACATGAGGCTGCTTCTTTTGCTGGTGAAAAAATTGAACATGATGATGGTCTCATGCTACCTCCGTACTCAAATCATGTCACCAATTCGTTTGTTCTTGATGATCTGTATCCTCCAAGTTACTTGGCCAAGTTAAAGTGTATGCACAACGGATTGGGTTCTGGTGGGACTAACCAAGATGTTACAAAGACAAACAGGCTGGAGAACAGGAATGGTAGCATGCCAAACGGCAATTCACAAGGAGGAATTAGATCTTTTGTTGGATGGCTTGCTAAAACTGCAGTAATGGTTGTAGGTGCTGTATCTATCATGAAGGCTGCTGGTTACGAGCCAGTGATAGGAAGACACAGCATAAAATTGGATATGGCAGGTTTGTTCAGTAAGGAGGCAACCAGTGGAAAAGATCAGGCTACTGTCCAATGCCCTCCTGGTAAAGTAATGGTTCTCGAAGATGGCAGGGCTCACTGTGTTGTGAAGGAAAGAGTCGAGATACCTTTCGACACCAACCTCGCCTCTCCAAATGCAAGTTATGGGTTAGGCTGAAATTGGGCTTTTGTCAATATTAGGATTTAGCTAGTCTTTGAGGCCCTTTATATGATCTTCTGTAGAATGTGCCGAGCACACTTGTCTAAAGATTGAAGCCTATGTATTATATCTATCTATGATCGTCCATGTCTTGCTAATTGNCCTCGNTGGTGAACTNCATCAGTATGCTGCTCAGTTG                                              ]
[+] EMBL CF327049             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCGACACCAACCTCGCCTCTCCAAATGCAAATTATGGGTTAGGCTGAAATTGGGCTTTTGTCAATATTAGGATTTAGCTAGTCTTTGAGGCCCTTTATATGATCTTCTGTAGAATGTGCCGAGCACACTTGTCTAAAGATTGAAGCCTATGTATTATATCTATCTATGATCGTCCATGTCTTGCTAATTGCCCTCGTTGGTGAACTCCATCAGTATGCTGCTCAGTTGATACCAGTATTATGTCATCAGCAGTTTGGTTTCAAAAAAAAAAAA ]
[-] EMBL CF327050             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CGACACCAACCTCGCCTCTCCAAATGCAAATTATGGGTTAGGCTGAAATTGGGCTTTTGTCAATATTAGGATTTAGCTAGTCTTTGAGGCCCTTTATATGATCTTCTGTAGAATGTGCCGAGCACACTTGTTTAAAGATTGAAGCCTATGTATTATATCTATCTATGATCGTCCATGTCTTGCTAATTGCCCTCGTTGGTGAACTCCATCAGTATGCTGCTCAGTTGATACCAGTATTATGTCATCAGCAGTTTGGTTTCAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_6409#0
CCGCCACAGCTCGCGTCGCGTCTGCGCTCTCCTAGCGCCGTGCGGGGGTTTAGCTAGGGT
TTTCCGCTTGCGGCGGCGGCGGCCATGGAAGGGGAGGAGGAGGAGGTGGAGAGCCTGGTC
GGTATCAGCAACGCGCTCGAGTCGCTCGAGCGGCAGCTCGCCTCTCTGCAGGACCTCCAA
CACCAACAAAGATATGAACGAGAGACCATTTTGAGCCAGATTGATCGCAGCCGAGGATGT
CTTCTTAACAAGCTCAAAGAATACAAGGGGCAGGACTGTGAAGTAATACATGAGGCTGCT
TCTTTTGCTGGTGAAAAAATTGAACATGATGATGGTCTCATGCTACCTCCGTACTCAAAT
CATGTCACCAATTCGTTTGTTCTTGATGATCTGTATCCTCCAAGTTACTTGGCCAAGTTA
AAGTGTATGCACAACGGATTGGGTTCTGGTGGGACTAACCAAGATGTTACAAAGACAAAC
AGGCTGGAGAACAGGAATGGTAGCATGCCAAACGGCAATTCACAAGGAGGAATTAGATCT
TTTGTTGGATGGCTTGCTAAAACTGCAGTAATGGTTGTAGGTGCTGTATCTATCATGAAG
GCTGCTGGTTACGAGCCAGTGATAGGAAGACACAGCATAAAATTGGATATGGCAGGTTTG
TTCAGTAAGGAGGCAACCAGTGGAAAAGATCAGGCTACTGTCCAATGCCCTCCTGGTAAA
GTAATGGTTCTCGAAGATGGCAGGGCTCACTGTGTTGTGAAGGAAAGAGTCGAGATACCT
TTCGACACCAACCTCGCCTCTCCAAATGCAAGTTATGGGTTAGGCTGAAATTGGGCTTTT
GTCAATATTAGGATTTAGCTAGTCTTTGAGGCCCTTTATATGATCTTCTGTAGAATGTGC
CGAGCACACTTGTCTAAAGATTGAAGCCTATGTATTATATCTATCTATGATCGTCCATGT
CTTGCTAATTGCCCTCGTTGGTGAACTCCATCAGTATGCTGCTCAGTTGATACCAGTATT
ATGTCATCAGCAGTTTGGTTTCAAAAAAAAAAAAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)