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Oryza sativa
cluster # 6627 cluster # 6627       Sequences # 4       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6627#0 length = 1508 sequences # 3  
consensus_6627#1 length = 467 sequences # 1  

consensusID : consensus_6627#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1508
fasta sequence
                              [CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCCACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCTCCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTGTCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGCGCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCGCCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCTCCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATGTCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAGGCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCCCGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCTCGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCATGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCTGTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGGTCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGCTGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATGGTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTGCTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAGGTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTCAAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGTACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAAATCAGGTT]

[+] EMBL AK105746             [CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCCACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCTCCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTGTCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGCGCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCGCCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCTCCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATGTCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAGGCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCCCGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCTCGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCATGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCTGTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGGTCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGCTGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATGGTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTGCTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAGGTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTCAAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGTACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAAATCAGGTT]
[+] EMBL AU102208             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGAGCTCGCCGCCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCTCCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATGTCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAGGCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCCCGCGCCTCCTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL AA749864             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTGC AGGGAAGCTGGCAAAGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATGGTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTGCTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAAT  GCTCA GTTAAGATaa                                                                                                                                                                                  ]


>consensus_6627#0 CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCG CCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACA ACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCT TCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCC TCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCC ACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCT CCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCC CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTG TCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGC GCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCG CCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCT CCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATG TCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAG GCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCC CGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCT CGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCA TGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCT GTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGG TCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGC TGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATG GTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTG CTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAG GTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTC AAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGT ACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAA ATCAGGTT



consensusID : consensus_6627#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 467
fasta sequence
                              [ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCTCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTCTCCTCCGCACCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCTCACGCCTTCGACCCCGACGCGCACTGGCTCCGCTCCCTTCTNCGCTTCTCCCAACAGTCTTCTCCCCGTCGCTTCTCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCTTCGCTTTCCCGCATCCTCCCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGCTTCACGGCAACCGGCCAAATGGTTGGTGGCTGNAACCCTTTGNGGGG]

[+] EMBL AU102207             [ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCTCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTCTCCTCCGCACCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCTCACGCCTTCGACCCCGACGCGCACTGGCTCCGCTCCCTTCTNCGCTTCTCCCAACAGTCTTCTCCCCGTCGCTTCTCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCTTCGCTTTCCCGCATCCTCCCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGCTTCACGGCAACCGGCCAAATGGTTGGTGGCTGNAACCCTTTGNGGGG]


>consensus_6627#1 ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGC CGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGT GCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCGGTATCGCGCCTCTTCCAC GAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCTCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTCTCCTCCGCAC CGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCTCACGCCTTCGACCCCGACGCGCACTGGCTCCGCTCC CTTCTNCGCTTCTCCCAACAGTCTTCTCCCCGTCGCTTCTCCCCTCTCTCCTCTACCTCT GGCTCGAGTCCCTTCGCTTTCCCGCATCCTCCCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGC TTCACGGCAACCGGCCAAATGGTTGGTGGCTGNAACCCTTTGNGGGG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6627#0      CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCG 60
consensus_6627#1      ----ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCG 56
                          ********************************************************

consensus_6627#0      CCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACA 120
consensus_6627#1      CCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACA 116
                      ************************************************************

consensus_6627#0      ACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCT 180
consensus_6627#1      ACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCC-GGTATCGCGCCTCT 175
                      ********************************************* **************

consensus_6627#0      TCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCC 240
consensus_6627#1      TCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCC-TCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTC-TCC 233
                      ******************************** **************** ** *** ***

consensus_6627#0      TCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCC 300
consensus_6627#1      TCCGCA--CCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCT--CACGCCTTCGACCCCGACG--CGC- 286
                      *****   ************************   ******************   *** 

consensus_6627#0      ACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCT 360
consensus_6627#1      ACTGGCTCCGCT--CCCTTCTNCGC----TTCTCCCAACAGTCTT--CTCCCCGTCGCTT 338
                      ***********   ******* ***     ** ** * ***** *  * ********* *

consensus_6627#0      CCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCC 420
consensus_6627#1      CT--CCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCC-TTCGCTTTCCCG--CATCC--TC 391
                      *   ******************************** ***** *****   *****   *

consensus_6627#0      CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTG 480
consensus_6627#1      CCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGCTTCACGGC--AACCGGCCAAATGG-TTGGTG 448
                      *** *** ** ** ** ** ** **** ** *** **  * *** ****** * * * **

consensus_6627#0      TCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGC 540
consensus_6627#1      GCTGNAACCC-TTTGNGGGG---------------------------------------- 467
                       *** ***** ** * ****                                        

consensus_6627#0      GCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCG 600
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      CCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCT 660
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      CCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATG 720
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      TCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAG 780
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      GCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCC 840
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      CGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCT 900
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      CGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCA 960
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      TGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCT 1020
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      GTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGG 1080
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      TCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGC 1140
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      TGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATG 1200
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      GTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTG 1260
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      CTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAG 1320
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      GTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTC 1380
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      AAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGT 1440
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      ACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAA 1500
consensus_6627#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6627#0      ATCAGGTT 1508
consensus_6627#1      --------
                              




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)