Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 8008 cluster # 8008       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8008#0 length = 1659 sequences # 5  

consensusID : consensus_8008#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1659
fasta sequence
                              [ACCTCGCCGTCGCCGGCCGTCTCCCTCCTCCTCCGCCGCGTCCCATCTCTCCCTCCGCCACCGCCATCGCCATCGCCGCAGTCTCGCAGGTCAGTCTCCTCGCCCACGCCGGAATCGGGAGTTTGTTTGTTTCTGCTCGACCGATTCAGAACGAGGTAAAATTTCTCGATCGATTTCCCCTCGGAGCGACGCCCATGGCCGAGCACCTTCCTCTTGAGGAAACCCAGGGGAGGCGAGGCCACGGCGCCGGCGCCGCGGTGGGCGGACAGCGAGAGCTAGCCGCTTTGGCCGCCTTGCCGTGCTGAGTAGCGGCGGCTAGGGCGAAGGGTAAGGCTTACCCTTGTATCGGGTGATGATACCCGGGAGCTTCTAAACATTGGTCATTGGCAGTAAATAGTGCAGAATTGAACATTTCCCCTGCTGAATCGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTATTGGCATTAGGGCCGCAATCCAGGTAGCTTCCCTTGCTAATTGGGGATTTTCACATTCATGCTGTGTTAGCAGGGTAAAGTTGCAGTCTTGTTCTTGGCTGGCATATAGATGTGTCCAGAGTGGTTAGGATCAAAACCTGATGAAATTGTGGAGTTATCGAATCGGGGGAGGGTTAATTCTGTGGTGCTGTGTATGTGATGGACAAAGACGAGAGGAGTTGACCAACATGGCTGCCTTTTAGCTGAACTCTTTTTTATATTTCACTTGTGCAGTTGGGTTGGCTAAGAGAAAAGGTTTGGTTTCGTATAAGATGATGACTGACCTTACGTTGACCAAACGTGTAGGAATAGTAACCTGCTATTTTGAGAAAGTTTCTGTGGTCGGGACAAACAGCTGCTTTTGTTTCGTGGTTTTCATTTCGTTCTTAGAAGTTTGCATGAAGCTTGTTTCATCGTTTTTCATAAAAAAATGTGTCATTTACAGTTTAACAAATGATGGTGGACATCAGATAGTCCCTTGTCCTGGTGAATATAGGATCTTTGACTTAACCAAGACAAGTTGTCTTATCTTGTGGCTGCACTTTGCTTATTGCTTATTGTATGAGAGGCAGAAGTTGGGGCAGGCTTTAACCCTGCGGCACCCACAAGGGGAAAACAGAAATGGCAATACATCATTTGCATTTTCTGTTATTTCTATACTCTTGTCAGGCACAACTAAATATGCTAAATATGGTTTCAGTTGACCAACCACTGTAAGAAGTTTCTGCAGGAGGATGTGTAAGGTACCCAATTAGGCAAATCTGTTGTTTGGAACTTCAGCTGGGTAATTTTCTCTCCTCTGCATCTCCTTGGGCCTTCAAGTTTTCATATTTCTTAAAAATCGAGTGATAGTAATCAGCAGGCACAGGGTTTAATTCCAAAATGTAGCAATCACATATGTTATGGCTTATGTTCCTCTTTTTATTTTTAATCTTTGTTGAGATTTTAATGATTCAATTGGTTGTTATATCACTTAATTGTCGATTAGTAAAACAGCAGTGACAATTTTTCATCAAAGAGAAGATGACAAGAATGAAATGTAGTATGAACAAGTTTATTGGAAGCAACTGGTCAACTTCCCTTCCCTAAAGTTATTAAAGTGGAAACAATGAGACCACAACTTTGTCATATTCTTTTAAGAACTCCAGGAGCATAAGAATGGATCAGGAAT]

[+] EMBL AK120643             [ACCTCGCCGTCGCCGGCCGTCTCCCTCCTCCTCCGCCGCGTCCCATCTCTCCCTCCGCCACCGCCATCGCCATCGCCGCAGTCTCGCAGGTCAGTCTCCTCGCCCACGCCGGAATCGGGAGTTTGTTTGTTTCTGCTCGACCGATTCAGAACGAGGTAAAATTTCTCGATCGATTTCCCCTCGGAGCGACGCCCATGGCCGAGCACCTTCCTCTTGAGGAAACCCAGGGGAGGCGAGGCCACGGCGCCGGCGCCGCGGTGGGCGGACAGCGAGAGCTAGCCGCTTTGGCCGCCTTGCCGTGCTGAGTAGCGGCGGCTAGGGCGAAGGGTAAGGCTTACCCTTGTATCGGGTGATGATACCCGGGAGCTTCTAAACATTGGTCATTGGCAGTAAATAGTGCAGAATTGAACATTTCCCCTGCTGAATCGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTATTGGCATTAGGGCCGCAATCCAGGTAGCTTCCCTTGCTAATTGGGGATTTTCACATTCATGCTGTGTTAGCAGGGTAAAGTTGCAGTCTTGTTCTTGGCTGGCATATAGATGTGTCCAGAGTGGTTAGGATCAAAACCTGATGAAATTGTGGAGTTATCGAATCGGGGGAGGGTTAATTCTGTGGTGCTGTGTATGTGATGGACAAAGACGAGAGGAGTTGACCAACATGGCTGCCTTTTAGCTGAACTCTTTTTTATATTTCACTTGTGCAGTTGGGTTGGCTAAGAGAAAAGGTTTGGTTTCGTATAAGATGATGACTGACCTTACGTTGACCAAACGTGTAGGAATAGTAACCTGCTATTTTGAGAAAGTTTCTGTGGTCGGGACAAACAGCTGCTTTTGTTTCGTGGTTTTCATTTCGTTCTTAGAAGTTTGCATGAAGCTTGTTTCATCGTTTTTCATAAAAAAATGTGTCATTTACAGTTTAACAAATGATGGTGGACATCAGATAGTCCCTTGTCCTGGTGAATATAGGATCTTTGACTTAACCAAGACAAGTTGTCTTATCTTGTGGCTGCACTTTGCTTATTGCTTATTGTATGAGAGGCAGAAGTTGGGGCAGGCTTTAACCCTGCGGCACCCACAAGGGGAAAACAGAAATGGCAATACATCATTTGCATTTTCTGTTATTTCTATACTCTTGTCAGGCACAACTAAATATGCTAAATATGGTTTCAGTTGACCAACCACTGTAAGAAGTTTCTGCAGGAGGATGTGTAAGGTACCCAATTAGGCAAATCTGTTGTTTGGAACTTCAGCTGGGTAATTTTCTCTCCTCTGCATCTCCTTGGGCCTTCAAGTTTTCATATTTCTTAAAAATCGAGTGATAGTAATCAGCAGGCACAGGGTTTAATTCCAAAATGTAGCAATCACATATGTTATGGCTTATGTTCCTCTTTTTATTTTTAATCTTTGTTGAGATTTTAATGATTCAATTGGTTGTTATATCACTTAATTGTCGATTAGTAAAACAGCAGTGACAATTTTTCATCAAAGAGAAGATGACAAGAATGAAATGTAGTATGAACAAGTTTATTGGAAGCAACTGGTCAACTTCCCTTCCCTAAAGTTATTAAAGTGGAAACAATGAGACCACAACTTTGTCATATTCTTTTAAGAACTCCAGGAGCATAAGAAT           ]
[+] EMBL CB657483             [                CCGTCTCCCTCCTCCTCCGCCGCGTCCCATCTCTCCCTCCGCCACCGCCATCGCCATCGCCGCAGTCTCGCAGGTCAGTCTCCTCGCCCACGCCGGAATCGGGAGTTTGTTTGTTTCTGCTCGACCGATTCAGAACGAGGTAAAATTTCTCGATCGATTTCCCCTCGGAGCGACGCCCATGGCCGAGCACCTTCCTCTTGAGGAAACCCAGGGGAGGCGAGGCCACGGCGCCGGCGCCGCGGTGGGCGGACAGCGAGAGCTAGCCGCTTTGGCCGCCTTGCCGTGCTGAGTAGCGGCGGCTAGGGCGAAGGGTAAGGCTTACCCTTGTATCGGGTGATGATACCCGGGAGCTTCTAAACATTGGTCATTGGCAGTAAATAGTGCAGAATTGAACATTTCCCCTGCTGAATCGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTATTGGCATTAGGGCCGCAATCCAGGTAGCTTCCCTTGCTAATTGGGGATTTTCACATTCATGCTGTGTTAGCAGGGTAAAGTTGCAGTCTTGTTCTTGGCTGGCATATAGATGTGTCCAGAGTGGTTAGGATCAAAACCTGATGAAATTGTGGAGTTATCGAATCGGGGGAGGGTTAATTCTGTGGTGCTGTGTATGTGATGGACAAAGACGAGAGGAGTTGACCAACATGGCTGCCTTTTAGCTGAACTCTTTTTTATATTTCACTTGTGCAGTTGGGTTGGCTAAGAGAAAAGGTTTGGTTTCGTATAAGATGATGACTGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CB638577             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGTGTCCAGAGTGGTTAGGATCAAAACCTGATGAAATTGTGGAGTTATCGAATCGGGGGAGGGTTAATTCTGTGGTGCTGTGTATGTGATGGACAAAGACGAGAGGAGTTGACCAACATGGCTGCCTTTTAGCTGAACTCTTTTTTATATTTCACTTGTGCAGTTGGGTTGGCTAAGAGAAAAGGTTTGGTTTCGTATAAGATGATGACTGACCTTACGTTGACCAAACGTGTAGGAATAGTAACCTGCTATTTTGAGAAAGTTTCTGTGGTCGGGACAAACAGCTGCTTTTGTTTCGTGGTTTTCATTTCGTTCTTAGAAGTTTGCATGAAGCTTGTTTCATCGTTTTTCATAAAAAAATGTGTCATTTACAGTTTAACAAATGATGGTGGACATCAGATAGTCCCTTGTCCTGGTGAATATAAGATCTTTGACTTAACCAAGACAAGTTGTCTTATCTTGTGGCTGCACTTTGCTTATTGCTTATTGTATGAGAGGCAGAAGTTGGGGCAAGCTTTAACCCTGCGGCACCCACAAGGGGAAAACAGAAATGGCAATACATCATTTGCATTTTCTGTTATTTCTATACTCTTGTCAAGCACAACTAAATATGCTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CB638561             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGTGTCCAGAGTGGTTAGGATCAAAACCTGATGAAATTGTGGAGTTATCGAATCGGGGGAGGGTTAATTCTGTGGTGCTGTGTATGTGATGGACAAAGACGAGAGGAGTTGACCAACATGGCTGCCTTTTAGCTGAACTCTTTTTTATATTTCACTTGTGCAGTTGGGTTGGCTAAGAGAAAAGGTTTGGTTTCGTATAAGATGATGACTGACCTTACGTTGACCAAACGTGTAGGAATAGTAACCTGCTATTTTGAGAAAGTTTCTGTGGTCGGGACAAACAGCTGCTTTTGTTTCGTGGTTTTCATTTCGTTCTTAGAAGTTTGCATGAAGCTTGTTTCATCGTTTTTCATAAAAAAATGTGTCATTTACAGTTTAACAAATGATGGTGGACATCAGATAGTCCCTTGTCCTGGTGAATATAGGATCTTTGACTTAACCAAGACAAGTTGTCTTATCTTGTGGCTGCACTTTGCTTATTGCTTATTGTATGAGAGGCAGAAGTTGGGGCAGGCTTTAACCCTGCGGCACCCACAAGGGGAAAACAGAAATGGCAATACATCATTTGCATTTTCTGTTATTTCTATACTCTTGTCAGGCACAACTAAATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CB657484             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAAAATGTGTCATTTACAGTTTAACAAATGATGGTGGACATCAGATAGTCCCTTGTCCTGGTGAATATAGGATCTTTGACTTAACCAAGACAAGTTGTCTTATCTTGTGGCTGCACTTTGCTTATTGCTTATTGTATGAGAGGCAGAAGTTGGGGCAGGCTTTAACCCTGCGGCACCCACAAGGGGAAAACAGAAATGGCAATACATCATTTGCATTTTCTGTTATTTCTATACTCTTGTCAGGCACAACTAAATATGCTAAATATGGTTTCAGTTGACCAACCACTGTAAGAAGTTTCTGCAGGAGGATGTGTAAGGTACCCAATTAGGCAAATCTGTTGTTTGGAACTTCAGCTGGGTAATTTTCTCTCCTCTGCATCTCCTTGGGCCTTCAAGTTTTCATATTTCTTAAAAATCGAGTGATAGTAATCAGCAGGCACAGGGTTTAATTCCAAAATGTAGCAATCACATATGTTATGGCTTATGTTCCTCTTTTTATTTTTAATCTTTGTTGAGATTTTAATGATTCAATTGGTTGTTATATCACTTAATTGTCGATTAGTAAAACAGCAGTGACAATTTTTCATCAAAGAGAAGATGACAAGAATGAAATGTAGTATGAACAAGTTTATTGGAAGCAACTGGTCAACTTCCCTTCCCTAAAGTTATTAAAGTGGAAACAATGAGACCACAACTTTGTCATATTCTTTTAAGAACTCCAGGAGCATAAGAATGGATCAGGAAT]


>consensus_8008#0 ACCTCGCCGTCGCCGGCCGTCTCCCTCCTCCTCCGCCGCGTCCCATCTCTCCCTCCGCCA CCGCCATCGCCATCGCCGCAGTCTCGCAGGTCAGTCTCCTCGCCCACGCCGGAATCGGGA GTTTGTTTGTTTCTGCTCGACCGATTCAGAACGAGGTAAAATTTCTCGATCGATTTCCCC TCGGAGCGACGCCCATGGCCGAGCACCTTCCTCTTGAGGAAACCCAGGGGAGGCGAGGCC ACGGCGCCGGCGCCGCGGTGGGCGGACAGCGAGAGCTAGCCGCTTTGGCCGCCTTGCCGT GCTGAGTAGCGGCGGCTAGGGCGAAGGGTAAGGCTTACCCTTGTATCGGGTGATGATACC CGGGAGCTTCTAAACATTGGTCATTGGCAGTAAATAGTGCAGAATTGAACATTTCCCCTG CTGAATCGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTATTGGCATTAGGGCCGCAATCCAGGTAGCTTC CCTTGCTAATTGGGGATTTTCACATTCATGCTGTGTTAGCAGGGTAAAGTTGCAGTCTTG TTCTTGGCTGGCATATAGATGTGTCCAGAGTGGTTAGGATCAAAACCTGATGAAATTGTG GAGTTATCGAATCGGGGGAGGGTTAATTCTGTGGTGCTGTGTATGTGATGGACAAAGACG AGAGGAGTTGACCAACATGGCTGCCTTTTAGCTGAACTCTTTTTTATATTTCACTTGTGC AGTTGGGTTGGCTAAGAGAAAAGGTTTGGTTTCGTATAAGATGATGACTGACCTTACGTT GACCAAACGTGTAGGAATAGTAACCTGCTATTTTGAGAAAGTTTCTGTGGTCGGGACAAA CAGCTGCTTTTGTTTCGTGGTTTTCATTTCGTTCTTAGAAGTTTGCATGAAGCTTGTTTC ATCGTTTTTCATAAAAAAATGTGTCATTTACAGTTTAACAAATGATGGTGGACATCAGAT AGTCCCTTGTCCTGGTGAATATAGGATCTTTGACTTAACCAAGACAAGTTGTCTTATCTT GTGGCTGCACTTTGCTTATTGCTTATTGTATGAGAGGCAGAAGTTGGGGCAGGCTTTAAC CCTGCGGCACCCACAAGGGGAAAACAGAAATGGCAATACATCATTTGCATTTTCTGTTAT TTCTATACTCTTGTCAGGCACAACTAAATATGCTAAATATGGTTTCAGTTGACCAACCAC TGTAAGAAGTTTCTGCAGGAGGATGTGTAAGGTACCCAATTAGGCAAATCTGTTGTTTGG AACTTCAGCTGGGTAATTTTCTCTCCTCTGCATCTCCTTGGGCCTTCAAGTTTTCATATT TCTTAAAAATCGAGTGATAGTAATCAGCAGGCACAGGGTTTAATTCCAAAATGTAGCAAT CACATATGTTATGGCTTATGTTCCTCTTTTTATTTTTAATCTTTGTTGAGATTTTAATGA TTCAATTGGTTGTTATATCACTTAATTGTCGATTAGTAAAACAGCAGTGACAATTTTTCA TCAAAGAGAAGATGACAAGAATGAAATGTAGTATGAACAAGTTTATTGGAAGCAACTGGT CAACTTCCCTTCCCTAAAGTTATTAAAGTGGAAACAATGAGACCACAACTTTGTCATATT CTTTTAAGAACTCCAGGAGCATAAGAATGGATCAGGAAT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)