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Oryza sativa
cluster # 9059 cluster # 9059       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9059#0 length = 3325 sequences # 6  

consensusID : consensus_9059#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 3325
fasta sequence
                              [CGCGGCGAGGAGGAGAGGGGCGGCGACGCGGCGCGGCGAGGGGGAGAGGTGAGGAGAGGAGAGGGGAGGGGAGATGCGGGAGGAGGTGAGGAGCTCGTCGGGGGCGGCGGCCGAGCCGCCTCCTACGCCGGTTGCAAGTTCTGCAGGACCCTCGTCACCTGCTATGCAAGCTAATGTTGCCAGCATAGATTGGTCGGGTAGCAGACAAGCTTCCAGAGTTGATTCCTCATCACATGTTGCTCCGCATGCCCATCAGCCTTCTCATAGTTTCGATGCCACTGGAACTGCTTTGGATTCTGCACCGTCATGTAGGCCATGGGAACGCGGAGACTTACTTCGTCGACTGGCAACATATAAGCCTACAACTTGGGCTTCTAGGCCTAAGGCTGCTAGTTCTTTGGCTTGTGCTCGGAGAGGTTGGGTTAACGTTGACATGGACAAAATTGAATGCGAGTCATGTGGTGCACATCTCATATTCAGTACATTGACATCCTGGTCTCCAGCTGAAGTTTCAAATGCTGGAGAAGCCTTTGCCGAGCAGCTTGATGCATCACACCATAATAGCTGTCCCTGGAGAGGCAATAGCTGTGCTGACAGCTTGGTGCAGCTCCACCTAACACAATCAGCCCTTATTGGGGGTTTTAAAGATCGATGTGATGGACTTCTGCAGTTTACTTCCCTTCCAGTGATTGCTTCATCAGCAATTGAGCACATGAGGCTGACCAGGAGTTCCCAGATTGACCGCTTATTATCCCAATCAATTACCTTTTTATCTGGAGAGCTTAGTTACAAAGCAGAGAGCACAACAGGAATTGATATCCAGCAAGATTCCTCTTGTAGCTACTCAAAAGCTAGGAAGCTTATAAGCCTTTGTGGATGGGAGCCTAGGTGGCTTCCAAATGTTCAAGACTGTGAAGAAAATTCAACCCACTCAGCTAAAAATGCAGATTCGGTGGAACCATTTTTTCCCCGTTTTGCTGAACATCAAAAAAATTCATTCTCTGGGTCAGCCAAAAAAGATAAAGGAAAAGGCAAAAGGCCACTCAAAGACTCTGGATGTAGCATGAGATCACCTTTGTTAGATTGTAGCTTTTGTGGCTCTACAGTCAAGATCTGGGACTTTAGATCTGTGTCACGTCCTTGTCGTTTTAGTCCAAATAACATTGATGCACCTGAAACAGGCAAGAAGCTTGCTCTGACACGTGGAATTAGCGCTGCCAGTGGGATCAATGAATGGGTTACTGATGGGATGGAAAGAGATCCTGCTGAAGGGCGTGATGAAGAAGCAACAAATGAGGGTAAATCATTATCAAATGCTGGAGTGGACCTGAATCTAACAATGGCTGGAGGATTACCATCAATTCAATCTTCTATACGAATTGCATCTGAGCGTTTCAACGGAGGATTGGGAAGAGATCTGATGATTGGACAACCTACTGGAAGTGAAGTTGGTGATCATGCAACTTCATACGAGTCCCGAGGTCCAAGCTCAAGGAAGCGCAACCATGAGGAAGGTGGGAGCACAGTTGACAAGCCACAGGACAGGCTTCAGCATGCTGATAGCATAGAAGGAAGTGTGATAGATCGTGATGGTGAGGAAGTTGATGATGCTGCGCAAGATTCGGACATCCCGAATAAAAGGTCACGTGGGTTTGATCTATTTGGTTCCTATCTTCCATCTTCTTCTGGAGCTGGTCCCAGTAGAAACTTTTGCTTTGATCCTGATGCGGATGCTGGTAAATTCAGTCATGCTAGAGCTGCAGGTCTAGCCGCTGTTGACAGAGATTCTATGAGGGAATCTTCTGTAGCTGCAATGGATACTGTTCATAGTGCTGATGAAGACTCCATGGAGAGCGTTGAATACTATCCAGGTGATGGTAATGATATTGACATGCCCTCATCTAGTGCACACAGAAATATTGAAATGGATGATGTCTTGGGCCTGAACTATAGTAACCAAGCACAGCAAAGTGCATGTGTACAGCCTGCTTCTGGAAGTGATGGAAGGGAAATAGGAGGAAGCAGTACAAATGAAGGGGAGGAAGTCCTTGATGCAGTAACAGCCCCTGCTTTTGCAAGGGATCAACTTAGTGTAGGAATTAGCGGTGGTAGTGTTGGCATGGGTGCTAGCCATGAAGCTGAAATTCATGGAATTGATGTTTCTTTGCAAAGGGCTGAAAGTGTTGTAGGTGATGCAGAACCTAATACTGAGCTAACAGAGACGATGGGTCATACTGGTGAATCAGTTCCTGGACCTGGACTAATGGATGAGTTTGTACCTGACGAAGTTGATCGGCAAGAACCTCATGGAGATAGCCAAGATATGGTGTCTCAGTCAGTCGGCCAAGCTGACAGTGGCTCAAAAATTTATGGTTCCACTAAAGCTGATTCTGTTGAGAGTGGAGAAAAGATAGGAGGGCATGCTGTTGGTCATGCAAGCAGGATGCATCCTTCTCTTTCTTGCAATGCAGGGATGCAGACCGGTTTGGATGTATCTAAAGAGGAAGTGACACAGGCTGGCAAACTATTGATCGCTGGTGATGTGCCAATGGGGTTAGATTATGACCCTCAGAATGGATTAGGAGCAACAAATGGAGAAAATGATTTTGAATCAGGACTTCCAGAATTTGATCCTGTTAAGCATCACAACAGTTACTGCCCATGGGTAAATGGAACTGTGGCAGCAGCTTGCTGTAGCAACACTGAATCAAGCTCAAGTAGTTCACCACTTTCTGGCTGGCAATTAACAGTTGATGCACTTGACACATTCCAATCTCTTGGTCAAGCTCAAAATCATGCTATGCGATCTGATTCCGCAGCCTCGTTATATATGGATGATCATGTAACTCCTAACCACAAGCTCGCCAGAAGGGCATCAGTGAGCAGAAGCCATGGGAAATGCTGATTTGAGGCCCTTCCACGCATGCTAGCCTTTACTAATCACCCAAGTTTGCAGC-A-ATACTATACCAGTAATTTCACAGCTTATCCGAATCAAAAAGAAAAAAAAATAAAGACACAGCTTCTCAATCATAAGTAACATTCGCCAGAGATCCAATTTGGCACATCGAGGAGCGTATTTACATGTAATTCTTTCTGAATTATGTTGGGTTGGACATCATCCCCAGTATGTTGCGCTGCCCATGATCAGACAGGATAAACCGGCTAATTAATAATCCATGTTAGTTACACCGTGT-GACCTATATAGTTGTTGCTCAGAAACCGGCAATTTGATGTGGTGTCCAAACGATAATATCATAGTACTGTATTTATTTTGAAAGAGTCGATTCAATGAAGTTGTCCCCAGATTGGCATGAAAAAAAAAAAA]

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[+] EMBL CA762040             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCAAGGGATCAACTTAGTGTAGGAATTAGCGGTGGTAGTGTTGGCATGGGTGCTAGCCATGAAGCTGAAATTCATGGAATTGATGTTTCTTTGCAAAGGGCTGAAAGTGTTGTAGGTGATGCAGAACCTAATACTGAGCTAACAGAGACGATGGGTCATACTGGTGAATCAGTTCCTGGACCTGGACTAATGGATGAGTTTGTACCTGACGAAGTTGATCGGCAAGAACCTCATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CB630290             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATGTTT TTTGCAAAGGGCTGAAAGTGTTGTAGGTGATGCAGAACCTAATACTGAGCTAACAGAGACGATGGGTCATACTGGTGAATCAGTTCCTGGACCTGGACTAATGGATGAGTTTGTACCTGACGAAGTTGATCGGCAAGAACCTCATGGAGATAGCCAAGATATGGTGTCTCAGTCAGTCGGCCAAGCTGACAGTGGCTCAAAAATTTATGGTTCCACTAAAGCTGATTCTGTTGAGAGTGGAGAAAAGATAGGAGGGCATGCTGTTGGTCATGCAAGCAGGATGCATCCTTCTCTTTCTTGCAATGCAGGGATGCAGACCGGTTTGGATGTATCTAAAGAGGAAGTGACACAGGCTGGCAAACTATTGATCGCTGGTGATGTGCCAATGGGGTTAGATTATGACCCTCAGAATGGATTAGGAGCAACAAATGGAGAAAATGATTTTGAATCAGGACTTCCAGAATTTGATCCTGTTAAGCATCACAACAGTTACTGCCCATGGGTAAATGGAACTGTGGCAGCAGCTTGCTGTAGCAACACTGAATCAAGCTCAAGTAGTTCACCACTTTCTGGCTGGCAATTAACAGTTGATGCACTTGACACATTCCAGTCTCTTGGTCAAGCTCAAAATCATGCTATGCGATCTGATTCCGCAGCCTCGTTATATATGGATGATCATGTAACTCCTAACCACAAGCTCGCCAGAAGGGCATCAGTGAGCAGAAGCCATGGGAAATGCTGATTTGAGGCCCTTCCACGCATGCTAGCCTTTACTAATCACCCAAGTTTGCAGCGAGATACTATACCAGTAATTTCACAGCTTATCCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL AK063754             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTTGGTCATGCAAGCAGGATGCATCCTTCTCTTTCTTGCAATGCAGGGATGCAGACCGGTTTGGATGTATCTAAAGAGGAAGTGACACAGGCTGGCAAACTATTGATCGCTGGTGATGTGCCAATGGGGTTAGATTATGACCCTCAGAATGGATTAGGAGCAACAAATGGAGAAAATGATTTTGAATCAGGACTTCCAGAATTTGATCCTGTTAAGCATCACAACAGTTACTGCCCATGGGTAAATGGAACTGTGGCAGCAGCTTGCTGTAGCAACACTGAATCAAGCTCAAGTAGTTCACCACTTTCTGGCTGGCAATTAACAGTTGATGCACTTGACACATTCCAATCTCTTGGTCAAGCTCAAAATCATGCTATGCGATCTGATTCCGCAGCCTCGTTATATATGGATGATCATGTAACTCCTAACCACAAGCTCGCCAGAAGGGCATCAGTGAGCAGAAGCCATGGGAAATGCTGATTTGAGGCCCTTCCACGCATGCTAGCCTTTACTAATCACCCAAGTTTGCAGC A ATACTATACCAGTAATTTCACAGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[-] EMBL CA762041             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGGGTAAATGGAACTGTGGCAGCAGCTTGCTGTAGCAACACTGAATCAAGCTCAAGTAGTTCACCACTTTCTGGCTGGCAATTAACAGTTGATGCACTTGACACATTCCAGTCTCTTGGTCAAGCTCAAAATCATGCTATGCGATCTGATTCCGCAGCCTCGTTATATATGGATGATCATGTAACTCCTAACCACAAGCTCGCCAGAAGGGCATTAGTGAGCAGAAGCCATGGGAAATGCTGATTTGAGGCCCTTCCACGCATGCTAGCCTTTACTAATCACCCAAGTTTGCAGC A ATACTATACCAGTAATTTCACAGCTTATCCGAATCAAAAAGAAAAAAAAGTAAAGACCCAGCTTTTCAATCATAAGTAACATTCGCCAGAGATCCAATTTGGCACATCGAGGAGCGTATTTACATGTAATTCTTTTTGAATTATGTTGGGTTGGACATCATCCCCAATATGTTGCGCTGCCCATGATCAGACAGGATAAACCGGCTAATTAATAATCCATGTTAGTTACACCGTGT GACCTATATAGTTGTTGCTCAGAAACCGGCAATTTGATGTGGTGTCCAAACGATAATATTATAGTACTGTATTTATTTTGAAAGAGTCGATTCAATGAAGTTGTCCCCAGATTGGCATGAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CA998449             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGCCAGAGATCCAATTTGGCACATGGAGGAGCGTATTTACACGTAATTCTTTCTGAATTATGTTGGGTTGGTCATCATCCCCAGTATGTTGAGCTGCCCATGATCAGACAGGATAACCCGGCTAATTAATAATCCATGTTAGTTACACCCTGTCGACGTATATAGTTGTTGTTCAGAATCCGGCAATTTGAGGTGGTGTCCAAGCGATAATATCATAGTTATGTATTTATTTTGAAAGAGTTCATTCAAAGAAGTTGTCCCCAGATT                  ]


>consensus_9059#0 CGCGGCGAGGAGGAGAGGGGCGGCGACGCGGCGCGGCGAGGGGGAGAGGTGAGGAGAGGA GAGGGGAGGGGAGATGCGGGAGGAGGTGAGGAGCTCGTCGGGGGCGGCGGCCGAGCCGCC TCCTACGCCGGTTGCAAGTTCTGCAGGACCCTCGTCACCTGCTATGCAAGCTAATGTTGC CAGCATAGATTGGTCGGGTAGCAGACAAGCTTCCAGAGTTGATTCCTCATCACATGTTGC TCCGCATGCCCATCAGCCTTCTCATAGTTTCGATGCCACTGGAACTGCTTTGGATTCTGC ACCGTCATGTAGGCCATGGGAACGCGGAGACTTACTTCGTCGACTGGCAACATATAAGCC TACAACTTGGGCTTCTAGGCCTAAGGCTGCTAGTTCTTTGGCTTGTGCTCGGAGAGGTTG GGTTAACGTTGACATGGACAAAATTGAATGCGAGTCATGTGGTGCACATCTCATATTCAG TACATTGACATCCTGGTCTCCAGCTGAAGTTTCAAATGCTGGAGAAGCCTTTGCCGAGCA GCTTGATGCATCACACCATAATAGCTGTCCCTGGAGAGGCAATAGCTGTGCTGACAGCTT GGTGCAGCTCCACCTAACACAATCAGCCCTTATTGGGGGTTTTAAAGATCGATGTGATGG ACTTCTGCAGTTTACTTCCCTTCCAGTGATTGCTTCATCAGCAATTGAGCACATGAGGCT GACCAGGAGTTCCCAGATTGACCGCTTATTATCCCAATCAATTACCTTTTTATCTGGAGA GCTTAGTTACAAAGCAGAGAGCACAACAGGAATTGATATCCAGCAAGATTCCTCTTGTAG CTACTCAAAAGCTAGGAAGCTTATAAGCCTTTGTGGATGGGAGCCTAGGTGGCTTCCAAA TGTTCAAGACTGTGAAGAAAATTCAACCCACTCAGCTAAAAATGCAGATTCGGTGGAACC ATTTTTTCCCCGTTTTGCTGAACATCAAAAAAATTCATTCTCTGGGTCAGCCAAAAAAGA TAAAGGAAAAGGCAAAAGGCCACTCAAAGACTCTGGATGTAGCATGAGATCACCTTTGTT AGATTGTAGCTTTTGTGGCTCTACAGTCAAGATCTGGGACTTTAGATCTGTGTCACGTCC TTGTCGTTTTAGTCCAAATAACATTGATGCACCTGAAACAGGCAAGAAGCTTGCTCTGAC ACGTGGAATTAGCGCTGCCAGTGGGATCAATGAATGGGTTACTGATGGGATGGAAAGAGA TCCTGCTGAAGGGCGTGATGAAGAAGCAACAAATGAGGGTAAATCATTATCAAATGCTGG AGTGGACCTGAATCTAACAATGGCTGGAGGATTACCATCAATTCAATCTTCTATACGAAT TGCATCTGAGCGTTTCAACGGAGGATTGGGAAGAGATCTGATGATTGGACAACCTACTGG AAGTGAAGTTGGTGATCATGCAACTTCATACGAGTCCCGAGGTCCAAGCTCAAGGAAGCG CAACCATGAGGAAGGTGGGAGCACAGTTGACAAGCCACAGGACAGGCTTCAGCATGCTGA TAGCATAGAAGGAAGTGTGATAGATCGTGATGGTGAGGAAGTTGATGATGCTGCGCAAGA TTCGGACATCCCGAATAAAAGGTCACGTGGGTTTGATCTATTTGGTTCCTATCTTCCATC TTCTTCTGGAGCTGGTCCCAGTAGAAACTTTTGCTTTGATCCTGATGCGGATGCTGGTAA ATTCAGTCATGCTAGAGCTGCAGGTCTAGCCGCTGTTGACAGAGATTCTATGAGGGAATC TTCTGTAGCTGCAATGGATACTGTTCATAGTGCTGATGAAGACTCCATGGAGAGCGTTGA ATACTATCCAGGTGATGGTAATGATATTGACATGCCCTCATCTAGTGCACACAGAAATAT TGAAATGGATGATGTCTTGGGCCTGAACTATAGTAACCAAGCACAGCAAAGTGCATGTGT ACAGCCTGCTTCTGGAAGTGATGGAAGGGAAATAGGAGGAAGCAGTACAAATGAAGGGGA GGAAGTCCTTGATGCAGTAACAGCCCCTGCTTTTGCAAGGGATCAACTTAGTGTAGGAAT TAGCGGTGGTAGTGTTGGCATGGGTGCTAGCCATGAAGCTGAAATTCATGGAATTGATGT TTCTTTGCAAAGGGCTGAAAGTGTTGTAGGTGATGCAGAACCTAATACTGAGCTAACAGA GACGATGGGTCATACTGGTGAATCAGTTCCTGGACCTGGACTAATGGATGAGTTTGTACC TGACGAAGTTGATCGGCAAGAACCTCATGGAGATAGCCAAGATATGGTGTCTCAGTCAGT CGGCCAAGCTGACAGTGGCTCAAAAATTTATGGTTCCACTAAAGCTGATTCTGTTGAGAG TGGAGAAAAGATAGGAGGGCATGCTGTTGGTCATGCAAGCAGGATGCATCCTTCTCTTTC TTGCAATGCAGGGATGCAGACCGGTTTGGATGTATCTAAAGAGGAAGTGACACAGGCTGG CAAACTATTGATCGCTGGTGATGTGCCAATGGGGTTAGATTATGACCCTCAGAATGGATT AGGAGCAACAAATGGAGAAAATGATTTTGAATCAGGACTTCCAGAATTTGATCCTGTTAA GCATCACAACAGTTACTGCCCATGGGTAAATGGAACTGTGGCAGCAGCTTGCTGTAGCAA CACTGAATCAAGCTCAAGTAGTTCACCACTTTCTGGCTGGCAATTAACAGTTGATGCACT TGACACATTCCAATCTCTTGGTCAAGCTCAAAATCATGCTATGCGATCTGATTCCGCAGC CTCGTTATATATGGATGATCATGTAACTCCTAACCACAAGCTCGCCAGAAGGGCATCAGT GAGCAGAAGCCATGGGAAATGCTGATTTGAGGCCCTTCCACGCATGCTAGCCTTTACTAA TCACCCAAGTTTGCAGCAATACTATACCAGTAATTTCACAGCTTATCCGAATCAAAAAGA AAAAAAAATAAAGACACAGCTTCTCAATCATAAGTAACATTCGCCAGAGATCCAATTTGG CACATCGAGGAGCGTATTTACATGTAATTCTTTCTGAATTATGTTGGGTTGGACATCATC CCCAGTATGTTGCGCTGCCCATGATCAGACAGGATAAACCGGCTAATTAATAATCCATGT TAGTTACACCGTGTGACCTATATAGTTGTTGCTCAGAAACCGGCAATTTGATGTGGTGTC CAAACGATAATATCATAGTACTGTATTTATTTTGAAAGAGTCGATTCAATGAAGTTGTCC CCAGATTGGCATGAAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)