These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10065#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 12 consensus length = 835 fasta sequence [CGGGGTGGGGCTACACGAACTTATCAAAATTTGGATATTAGCGTATATGAAGCTTTGGATTATCGACGTGGAAAATTTCAAG-GTGTTGCAACATGTCAGTTAGATGATACATTGGAAGTGATTGTGAATAGAATTGTTGACGCTGGTGTACATCGTTTAGTAGTTGTCAATGATAATAAAGTATTAGGTATTGTTTCATTATCGGATATTCTACGTTTTTTAATTGCTGAACCAACTGTACAAAAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAAAAAAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTTTGGTTCCTTGATGTTGGCTTA-TTTTTTTGAAGGGACAAACCCTATCATCTCAACATATATATTATGTNTGTACACATATGAGTTACTGATGTTTATGCATTTGTAATG-AGGATGTGTATGCATGTTGTGTAAGTGTTTTTTTTTTAGCATGCACAACCTCTTTGATTACTTTTGTTTTCTCTCCTGGTTTCAACCTATACTTCCTCNATTTCAATTGCGGCAAATTTGTTTTCATTCATTGTAAATTATCCGTAACTCA] [-] EMBL CD200583 [CGGGGTGGGGCTACACGAACTTATCAAAATTTGGATATTAGCGTATATGAAGCTTTGGATTATCGACGTGGAAAATTTCAAGTGTGTTGCAACATGTCAGTTAGATGATACATTGGAAGTGATTGTGAATAGAATTGTTGACGCTGGTGTACATCGTTTAGTAGTTGTCAATGATAATAAAGTATTAGGTATTGTTTCATTATCGGATATTCTACGTTTTTTAATTGCTGAACCAACTGTACAAAAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATCCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTC ] [+] EMBL CD200773 [ AAG GTGTTGCAACATGTCAGTTAAATGATACATTGGAAGTGATTGTGAATAGAATTGTTGACGCTGGTGTACATCGTTTAGTAGTGGTCAATGATAATAAAGTATTAGGTATTGTTTCATTATCGGATATTCTACGTTTTTTAATTGCTGAACCAACTGTACAAAAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATGGCTTTGGACTAAGATCTTCTTATTCACTGCTTACAATGGACACTCACAATGTAGAATAGTGGCGCCCATCTCATAATCCTTTTTTGT ] [+] EMBL AA559442 [ AG GTGTTGCAACATGTCAGTTAGATGATACATTGGAAGTGATTGTGAATAGAATTGTTGACGCTGGTGTACATCGTTTAGTAGTTGTCAATGATAATAAAGTATTAGGTATTGTTTCATTATCGGATATNCTACGTTTTTTAATTGCTGAACCAACTGTACAAAAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTNCTNCTTATTCACTTCTTACAATGTANACNCACAATGTANAATAGTGTTGTTCA ] [-] EMBL CD145482 [ GTGAATAGAATTGTTGACGCTGGTGTACATCGTTTAGTAGTTGTCAATGATAATAAAGTATTAGGTATTGTTTCATTATCGGATATTCTACGTTTTTTAATTGCTGAACCAACTGTACAAAAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTG ] [-] EMBL CD134918 [ AAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTGTTGTTCATTTTATAATCTTTTTTTGTTTNTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAGAAGAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTT ] [+] EMBL CD144482 [ TAAGTTGGATTTCATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCTATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTNATT ] [+] EMBL AI111009 [ ATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTGTTGTNCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTNGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATANAANAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTTTGGTTCCTTGATGTTGGCTCATTTTTTTTGAAG ] [+] EMBL AI110919 [ ATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTANACTCNCAATGTANAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCANCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATG TCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCACCGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAAAAAANTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCNAATTATCTTTGGTTCCTTGATGTTGGCTTA TTTTTTTGAAGGGACAAACCCTATCATCNCAACATATATATTATGTNTGTACACATATGAGTTACTGATGTTTATGCATTTGTAATG AGGATGTGTATGCATGTTGTGT ] [+] EMBL AI111166 [ ATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAAACTCACAATGTAAAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAGAAAAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTTTGGTTCCTTGATGTTGGCTTA TTTTTTTGAAGGGACAAACCCTATCATCTCAACATATATATTATGTNTGTACACATATGAGTTACTGATGTTTATGCATTTGTAATGAAGAANGTGTATGCATGTTGTG ] [+] EMBL AI111134 [ ATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTNCTTATTCACTNCTTACAATGTAAACNCACAATGTANAATAGTGTTGTNCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACGTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATG TCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTNGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAAAAAAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTTTGGTNCCTTGATGTTGGCTTA TTTTTTNGAAGGGACAAACCCTATCATCTCAACATATATATTATGTATGTACACATATGAGTTACTGATGTTTATGCATTTGTAATG AGGATGTGTATGCATGTTGTGTAAGTGTTTTTTTTTTAGCATGCACAACCTCTT ] [+] EMBL AI111112 [ ATTTCATAATTGTTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAAACTCACAATGTAAAATAGTGTTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACACNTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGGTTTNGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAAAAAAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTTTGGTTCCTTGATGTTGGCTTA TTTTTTTGAAGGGACAAACCCTATCATCTCAACATATATATTATGTATGTACACATATGAGTTACTGATGTTTATGCATTTGTAATG AGGATGTGTATGCATGTTGTGTAAGTGTTTTTTTTTTAGCATGCACAACCTCTTTGATTACTTTTGTTTTCTCTCCTGGTTTCAACCTATACTTCCTCNATTTCAATTGCGGCAAATTTGTTTTCATTCATTGTAAATTATCCGTAACTCA] [+] EMBL AI111117 [ ATCTTNTTTTGTTACTATGTNAAACCCANCCCCCCCCCACACACACCTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCANCGGTTTTGTTTGGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTNCAAATCTAATCAGTAAATAAAAAAGTANTTGTCTAATGGGTNAATNAACCGAATTATCTTTGGTNCCTTGATGTGGGCTTA TTTTTNNGAAGGGACAAACCCNATCANCTCAACATA ] consensusID : consensus_10065#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 499 fasta sequence [TTCTATTCACAATCACTTCCAATGTATCATCTAACTGACATGTTGCAACACCTTGAAATTTCTACATAAAAATGATAAGAAAAATAAGGAATTAGTTTTTTTATGAAAAGGGAAACTATAAATTAAAACAAGGACTGTGTGTGTGTGTGCTTGTGTTGAAACCAACCTCAAAGTGTGTGTACACGCGTGATAAGACTTAGTGGAAACAATTGAATTCTTTTAATTTTACAAATGTGAAGAAGCTTGAGAAAACCTGCAAGTTGAACTGTGTGACACCGGTTCAGCACCATTGCCTACTTTGATGCGCGATGGTGGGTCGTGGGAGTGTAACTTGTAAGAAATTTAGAGGAGGGTCAAATTAAAATTTGTGAGGTGAAGATCATGTAGTTGGGCTTCATGAAGTGATCGTGATCAACAGTTGGAAATCTTAAGTGATCTAGATCAAAGTCGACTGAAGTGGCCAATCAGAAATAATAAACGCTGCCTGCTTGAATATCTG] [+] EMBL CD084971 [TTCTATTCACAATCACTTCCAATGTATCATCTAACTGACATGTTGCAACACCTTGAAATTTCTACATAAAAATGATAAGAAAAATAAGGAATTAGTTTTTTTATGAAAAGGGAAACTATAAATTAAAACAAGGACTGTGTGTGTGTGTGCTTGTGTTGAAACCAACCTCAAAGTGTGTGTACACGCGTGATAAGACTTAGTGGAAACAATTGAATTCTTTTAATTTTACAAATGTGAAGAAGCTTGAGAAAACCTGCAAGTTGAACTGTGTGACACCGGTTCAGCACCATTGCCTACTTTGATGCGCGATGGTGGGTCGTGGGAGTGTAACTTGTAAGAAATTTAGAGGAGGGTCAAATTAAAATTTGTGAGGTGAAGATCATGTAGTTGGGCTTCATGAAGTGATCGTGATCAACAGTTGGAAATCTTAAGTGATCTAGATCAAAGTCGACTGAAGTGGCCAATCAGAAATAATAAACGCTGCCTGCTTGAATATCTG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_10065#0 CGGGGTGGGGCTACACGAACTTATCAAAATTTGGATATTAGCGTATATGAAGCTTTGGAT 60 consensus_10065#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10065#0 TATCGACGTGGAAAATTTCAAGGTGTTGCAACATGTCAGTTAGATGATACATTGGAAGTG 120 consensus_10065#1 ----------------------------------TTCTATTCACAATCACTTCCAATGTA 26 ** ** ** * * ** consensus_10065#0 ATTGTGAATAGAATTGTTGACGCTGGTGTACATCGTTTAGTAGT--TGTCAATGATAATA 178 consensus_10065#1 TCATCTAACTGACATGTTGCAACACCTTGAAATTTCTACATAAAAATGATAAGAAAAATA 86 ** ** ***** * * * ** * ** ** ** * **** consensus_10065#0 AAGTATTAGGTATTGTTTCATTATCGGATATTCTACGTTTTTTAATTGCTGAACCAACTG 238 consensus_10065#1 AGGAATTAG---TTTTTTTATGAAAAGGGAAACTATAAATTAAAACAA--GGACTGTGTG 141 * * ***** ** *** ** * * * *** ** ** * ** ** consensus_10065#0 TACAAAAGATCATTTCAAATTAATTAACGTTGGATTAAGTTGGATTTCATTTCATAATTG 298 consensus_10065#1 TGTGTGTGCTTGTGTTGAA---ACCAACCTCAAAGTGTGT--GTACACGCGTGATAA--- 193 * * * * * ** * *** * * * ** * * * **** consensus_10065#0 TTTTTGACTTAGTTCTTCTTATTCACTTCTTACAATGTAGACTCACAATGTAGAATAGTG 358 consensus_10065#1 -----GACTTAGTGGAAACAATTGAATTCTTTTAATTT----TACAAATGTGAAGAAGCT 244 ******** *** * ***** *** * * ***** * ** consensus_10065#0 TTGTTCATCTTATAATCTTTTTTTGTTTCTATGTGAAACCCATCCCCCCCCCACACACAC 418 consensus_10065#1 TGAGAAAACCTGCAAGTTGAA-------CTGTGTGACACCGGTTCAGCACCATTGCCTAC 297 * * * * ** * ** ***** *** * * * ** * ** consensus_10065#0 GTCTACATTTGCCAGTACAGCAACATGTTCCCCTTTTTGTCAATTTGTTTTGATCATCGG 478 consensus_10065#1 TTTGATGCGCGATGGTGGGTCGTGGGAGTGTAACTTGTAAGAA---ATTTAGAGGAG-GG 353 * * * ** * * ** * ** *** ** * ** consensus_10065#0 TTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGTTTACATGTAATTTTCAAATCTAATCATTAAATAAAA 538 consensus_10065#1 TCAAATTAAAATTTGTGAGGTGAAGATCATGTAGTT----GGGCT--TCATGAAGTGATC 407 * ** ***** * ****** ** ** **** ** * * consensus_10065#0 AAGTAGTTGTCTAATGGGTTAATTAACCGAATTATCTTTGGTTCCTTGATGTTGGCTTAT 598 consensus_10065#1 --GTGATCAACAGTTGGAAATCTTAAGTGATCTAGATCAAAGTCGACTGAAGTGGCCAAT 465 ** * * *** **** ** ** * ** **** ** consensus_10065#0 TTTTTTGAAGGGACAAACCCTATCATCTCAACATATATATTATGTNTGTACACATATGAG 658 consensus_10065#1 CA----GAAATAATAAACGCTGCCTGCTTGA-ATATCTG--------------------- 499 *** * **** ** * ** * **** * consensus_10065#0 TTACTGATGTTTATGCATTTGTAATGAGGATGTGTATGCATGTTGTGTAAGTGTTTTTTT 718 consensus_10065#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10065#0 TTTAGCATGCACAACCTCTTTGATTACTTTTGTTTTCTCTCCTGGTTTCAACCTATACTT 778 consensus_10065#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10065#0 CCTCNATTTCAATTGCGGCAAATTTGTTTTCATTCATTGTAAATTATCCGTAACTCA 835 consensus_10065#1 --------------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||