These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10073#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 807 fasta sequence [AGAATTCGGCACGAGGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGACAAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATAATGACGTTACCAATAATATAATCCTCTTCCATGTATAATTCAGCTTCCATAATATGCTTTATAAATTA-TT-TTGCATTCGTAATATATTTGAATTTATA] [+] EMBL CD082023 [AGAATTCGGCACGAGGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGANCAGGATTNTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATAATGACGTTACCAAT ATATAATCCTCTTNCATGTATAANTCAGCTTCCAT ATATGCTNTATAAAATA TT TTGCATTCGT ATATATTTGAAT ] [-] EMBL CD073948 [ GATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGACAAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATAATGACGTTACCAATAATATAATCCTCTTCCATGTATAATTCAGCTTCCATAATATGCTTTATAAATTA TTGTTGCATTCGTAATATATATAAATTTATA] [+] EMBL AI976442 [ TTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTATTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGGCTTTCACATGATTAATGACAAGGATTTTGAT ] [-] EMBL CD075637 [ TGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGACAAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATAATGACGTTACCAATAATATAATCCTCTTCCATGTATAATTCAGCTTCCATAATATGCTTTATAAATTATTT TTGCATTCGTAATATATTTGAATTT ] [-] EMBL CD076796 [ ATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGACAAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATAATGACGTTACCAATAATATAATCCTCTTCCATGTATAATTCAGCTTCCATAATATGCTTTATAAATTATTT TTGCATTCGTAATATATTTGAATTTATA] consensusID : consensus_10073#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 788 fasta sequence [GCCTTGTGACACGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTG-CCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGANCAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATATGACGTTACCAATATATAATCCTCTTCATGTATAATCAGCTTCATATATGCTTATAAATATTNTGCATCGTATATATTGATT] [+] EMBL CD079689 [GCCTTGTGACACGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTG CCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTAATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGANCAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATATGACGTTACCAATATATAATCCTCTTCATGTATAATCAGCTTCATATATGCTTATAAATATTNTGCATCGTATATATTGATT] [+] EMBL AW587527 [ CACGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTTAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTTGTGTCCAAATTCCCTGGTTTTGTTA ] consensusID : consensus_10073#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 6 consensus length = 574 fasta sequence [CACGNAGCCAAGATTCGGCACGAGGCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAG-TTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAG--TATTTCGTTGCAAAACAA--TACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACANCCAACAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTNGT] [+] EMBL CD083225 [CACGNAGCCAAGATTCGGCACGAGGCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAG TTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAG TATTTCGTTGCAAAACAA TACCACTGTATCACCACAATCAACAACAGCATGTACAACANCCAACAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAACTATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTNGT] [+] EMBL CD153490 [ TTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAG TTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAG TATTTCGTTGCAAAACAA TACCACTGTATCA CAC ATC AC ACAGCg ] [+] EMBL AI110998 [ TTTGGACCGTCCACTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAG TTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATNCTTCTACTAGGACTCAACAAAAANTGGCCTCNATTGATGCTGCTGATAAAATTNAAATTAAAAAAGANTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATNCCCTGGTTTGGTTAACAATGCNTCGTCTTTGCTACNTCNACGGCTAANTAAAAATNTGAAATATTT ] [-] EMBL CD186352 [ TTAGACCTCATTTATACTGCTACTAG TTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACATGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACACGAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTATAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGAAGGGGGAAACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAG TATTTCGTTGC ] [+] EMBL CD098222 [ TAAACCTCATTTATACTGCTACTAGCTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATTTTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATT ] [+] EMBL CD097092 [ GTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTCGATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATACCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAAATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTTTCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATCTATTCTACGAAGTAAAAGNNTATTTCGTTGCAAAACAANNTACCgtgg ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_10073#0 AGAATTCGGCACG--AGGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCA 58 consensus_10073#1 ---GCCTTGTGAC--ACGTTTGTGACCTTTCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCA 55 consensus_10073#2 -----CACGNAGCCAAGATTCGGCACGAGGCCCGTTTGAAGGTCTAGTTTGGACCGTCCA 55 * * ** * ** ****************************** consensus_10073#0 CTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATT 118 consensus_10073#1 CTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATT 115 consensus_10073#2 CTTTCCTTAAACCTCATTTATACTGCTACTAGTTGTTGTAAATTGCGACATCACGGAATT 115 ************************************************************ consensus_10073#0 TTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTC 178 consensus_10073#1 TTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTC 175 consensus_10073#2 TTATTCTTGTTTTACTTGAAGTTCCTATACTTCTACTAGGACTCAACAAAAAATGGCCTC 175 ************************************************************ consensus_10073#0 GATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATA 238 consensus_10073#1 GATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATA 235 consensus_10073#2 GATTGATGCTGCTGATAAAAGTGAAATTAAGAAAGAGTCGGAAAAGCTTCGTGCCAAATA 235 ************************************************************ consensus_10073#0 CCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAA 298 consensus_10073#1 CCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAA 295 consensus_10073#2 CCCTGGTTTGGTTAACAATGCATCGTCATTGCTACATCGACGGCTAAGTAAAAATGTGAA 295 ************************************************************ consensus_10073#0 ATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTT 358 consensus_10073#1 ATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTT 355 consensus_10073#2 ATATTTCGATTCTGGCGATTATAATATGGCTAAGTCGAGGCCACTAATGAAGGATTCCTT 355 ************************************************************ consensus_10073#0 TCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATC 418 consensus_10073#1 TCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATC 415 consensus_10073#2 TCCCTCAGGTAATTTGGATTCACCGACGGGGGATACTATTCCAACTGTGGATAATATATC 415 ************************************************************ consensus_10073#0 TATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAAC 478 consensus_10073#1 TATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAAC 475 consensus_10073#2 TATTCTACGAAGTAAAAGTATTTCGTTGCAAAACAATACCACTGTATCACCACAATCAAC 475 ************************************************************ consensus_10073#0 AACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAAC 538 consensus_10073#1 AACAGCATGTACAACACCAACAAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAAC 535 consensus_10073#2 AACAGCATGTACAACANCCAACAGCACTTCAACTGCAACAACTACATGCAGTTATATAAC 535 **************** * * ************************************** consensus_10073#0 TATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTA 598 consensus_10073#1 TATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTTGTAAATGTACATCCCGATTTTTA 595 consensus_10073#2 TATACCAGCTCGTACACAAGTTGCTAAATAATCGTTNGT--------------------- 574 ************************************ ** consensus_10073#0 ATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGA 658 consensus_10073#1 ATACCTCATCGTTCCATATTTGATTAAACTTGGTTACATAGTCTTTCACATGATTAATGA 655 consensus_10073#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10073#0 CAAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATAATGACGTTA 718 consensus_10073#1 NCAGGATTTTGATATTTATAATAACGCTAAAGGATTACCGTGTTAATAATA-TGACGTTA 714 consensus_10073#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10073#0 CCAATAATATAATCCTCTTCCATGTATAATTCAGCTTCCATAATATGCTTTATAAATTAT 778 consensus_10073#1 CCAATA-TATAATCCTCTTC-ATGTATAAT-CAGCTTC-ATA-TATGCTT-ATAAAT-AT 767 consensus_10073#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10073#0 TTTGCATTCGTAATATATTTGAATTTATA 807 consensus_10073#1 TNTGCATC----GTATATATTGATT---- 788 consensus_10073#2 ----------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||