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Schistosoma mansoni
cluster # 10909 cluster # 10909       Sequences # 25       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10909#0 length = 1092 sequences # 22  
consensus_10909#1 length = 592 sequences # 2  
consensus_10909#2 length = 467 sequences # 1  

consensusID : consensus_10909#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 22
consensus length = 1092
fasta sequence
                              [TGTATTCCAGTGAGTACACTCTGTCCTGGGGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG-AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG-ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG-AACAGCGAGATACTTGCCA-GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG-AAGATG-ACCTTCTTCGTG-AACTTGAA--GAACTTGA-GGCTGAA--GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAAAAGTGCGTCAAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAATGGGCTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTGTAATCAATTACCTAAAAAAGATGCACTGTATTGTACTACTACTACTA]

[+] EMBL CD180621             [TGTATTCCAGTGAGTACACTCTGTCCTGGGGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD133327             [                               AAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAACGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD132707             [                                      GCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTATAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD189734             [                                       CGGGTCAGCCTAGCCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD188764             [                                       CGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGACCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD189623             [                                        GGGTCAGCCTAGCCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[-] EMBL CD125669             [                                                                                                                                    TTAGAG AACACATG AATGCTTAC AAGAAGTC GCC TTCTGAAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCCTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[-] EMBL CD131806             [                                                                                                                                                                 AAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGACGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG GACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCATG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD080524             [                                                                                                                                                                                                                      tacCGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTACGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAAAAGTGCGTCAAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAATGGGCTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATNGTTCTTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD201111             [                                                                                                                                                                                                                                                   caatGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATATACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCATG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTAATTTGTCAATACTTGTAGCATCCAAAAGTGCGTCGAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD188663             [                                                                                                                                                                                                                                                                        GTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD131109             [                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACAGCTAGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTTCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGATGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD194395             [                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGCTCAGACTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTGGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAA         AAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD194349             [                                                                                                                                                                                                                                                                                         tagGCTCAGATTGATGG AACTCTCAATACAATTGATAGTCATATTGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAGCGAATGTCGTGGTTCTTAATCCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG ACCAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG A CTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTGTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAA         AAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAACAGCTTTTTTAATcaaatt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AA559384             [                                                                                                                                                                                                                                                                                             CTCAGATTGATGGAAACTCTCAATACAATTGATAGTCNTATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCGAATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAAACAGCGAGATACTTGCCAGGGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCNGACTACGATGAAAGATGAACCTTCTTCGTGAAACTTGAAANAAACTTGAGGGCTGAANGGGTGTTGAAacnaa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD201136             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGGTTCTTAATGCCATGCG ATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATATACAGAATATAATGTATGATATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTATAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCATG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTAATTTGTCAATACTTGTAGCATCCAAAAGTGCGTTGAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD074435             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCCATGCG ATATGGATCAAATGNCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAG AACAGCGAGATACTGNCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAAAAGTGCGTCAAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAATGGGCTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTC                                                                   ]
[+] EMBL CD122821             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATACAAG AACAGCGAGATACTTGCCA GGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATG AAGATG ACCTTCTTCGTG AACTTGAA  GAACTTGA GGCTGAA  GGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATCGGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAAAAGTGCGTCAAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAATGGGCTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTCTAATCTCTNTTTTTATTCTG                                               ]
[-] EMBL CD117546             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTG                                               ]
[-] EMBL CD117387             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTG                                               ]
[-] EMBL CD117373             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTAATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAGTGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTG                                               ]
[-] EMBL CD122946             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTATTATTATGACCTACCCTGTGTTTTTGTCTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGATAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTGTAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAACAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTGTAATCAATTACCTAAAAAAGATGCACTGTATTGTACTACTACTACTA]


>consensus_10909#0 TGTATTCCAGTGAGTACACTCTGTCCTGGGGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGA TGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGG CAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAG GAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGG CACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAA CTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGG TTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTG CTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGCGAGATACTTGCCAGGAAA TCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATGAAGATGACCTTC TTCGTGAACTTGAAGAACTTGAGGCTGAAGGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATC GGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAAAA GTGCGTCAAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAATGGGCTA ATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAG TGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTA CCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGA TAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTG TAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAA CAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTGTAATCAATTACCTAAAAAAGATGCACTGTATTGTA CTACTACTACTA



consensusID : consensus_10909#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 592
fasta sequence
                              [CCAGACTTCTGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGCTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGCGAGATACTTGCCAGGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATGAAGATGACCTTCTTCGTGAACTTGAAGAACTTGAGGCTGANAGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAAATCGATACCTCAGC]

[+] EMBL CD185681             [CCAGACTTCTGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGCTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGCGAGATACTTGCCAGGAAATCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATGAAGATGACCTTCTTCGTGAACTTGAAGAACTTGAGGCTGANAGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAAATCGATACCTCAGC]
[+] EMBL CD131212             [                  GCGGGTCAGCCTAACCTT AGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]


>consensus_10909#1 CCAGACTTCTGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTT TTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAA ACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATA GTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGC AAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAACTCTCAATACAATTGATAGT CATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGCTCTTAATGCCATGCGATAT GGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTGCTGATGATGTACAGAATATA ATGGATGATATACAAGAACAGCGAGATACTTGCCAGGAAATCTCCAATGTAATATCTACC CCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATGAAGATGACCTTCTTCGTGAACTTGAAGAACTT GAGGCTGANAGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAAATCGATACCTCAGC



consensusID : consensus_10909#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 467
fasta sequence
                              [AAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAACACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGTAACTGTTAATGTGTTATGACCTTAAAGCTTTTAGGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGC]

[+] EMBL CD189829             [AAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAACACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGTAACTGTTAATGTGTTATGACCTTAAAGCTTTTAGGACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGC]


>consensus_10909#2 AAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGATGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAA GAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGGCAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAAT GCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAGGAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAA AAAACACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGGCACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTA TGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAACTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGC TCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGGTTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGC CCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGTAACTGTTAATGTGTTATGACCTTAAAGCTTTTAG GACTGCTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10909#0      TGTATTCCAGTGAGTACACTCTGTCCTGGGGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGA 60
consensus_10909#1      --------------------CCAGACTTCTGAAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGA 40
consensus_10909#2      -------------------------------AAGCAAGGCGGGTCAGCCTAACCTTGAGA 29
                                                      *****************************

consensus_10909#0      TGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGG 120
consensus_10909#1      TGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGG 100
consensus_10909#2      TGAGTTCCTTATCGAAGTTTTTTAAGTCTAAGAAGAATGATAAACCAGAGACTCAAACGG 89
                       ************************************************************

consensus_10909#0      CAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAG 180
consensus_10909#1      CAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAG 160
consensus_10909#2      CAATTCACAAGCTTAGAGAAACACATGAAATGCTTACAAAGAAGTCGGCCTTTCTGGAAG 149
                       ************************************************************

consensus_10909#0      GAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGG 240
consensus_10909#1      GAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAATACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGG 220
consensus_10909#2      GAAAGGTTGATGAGCAGATAGTTTTGGCCAAAAAACACGGTCTTAAAAACAAAAGAATGG 209
                       *********************************** ************************

consensus_10909#0      CACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAA 300
consensus_10909#1      CACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAA 280
consensus_10909#2      CACTTCAGGCATTGGCTCGCAAGCGTAATTATGAGAAACAGCTAGCTCAGATTGATGGAA 269
                       ************************************************************

consensus_10909#0      CTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGG 360
consensus_10909#1      CTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGG 340
consensus_10909#2      CTCTCAATACAATTGATAGTCATATCGAAGCTCTCGAAAATGCTGGAACGAATGTCGAGG 329
                       ************************************************************

consensus_10909#0      TTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTG 420
consensus_10909#1      CTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATGACTG 400
consensus_10909#2      TTCTTAATGCCATGCGATATGGATCAAATGCCCTGAAAAATGTTCACAAAAACATG-TAA 388
                        *******************************************************    

consensus_10909#0      CTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGCGAGATACTTGCCAGGAAA 480
consensus_10909#1      CTGATGATGTACAGAATATAATGGATGATATACAAGAACAGCGAGATACTTGCCAGGAAA 460
consensus_10909#2      CTGTTAATGTGT----TATGACCTTAAAGCTTTTAGGACTGCT-GATGATGTACAGAATA 443
                       *** * ****      *** *      *  *   ** ** **  ***  *   *** * *

consensus_10909#0      TCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATGAAGATGACCTTC 540
consensus_10909#1      TCTCCAATGTAATATCTACCCCTATGGGTCTAAATGCAGACTACGATGAAGATGACCTTC 520
consensus_10909#2      T----AATGGATGATATACAAGAACAGC-------------------------------- 467
                       *    **** *  ** ***    *  *                                 

consensus_10909#0      TTCGTGAACTTGAAGAACTTGAGGCTGAAGGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAATC 600
consensus_10909#1      TTCGTGAACTTGAAGAACTTGAGGCTGANAGTGTTGAACAAAAATTGCTGGATATTAAAT 580
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      GGATACCTCAGCTGCCTACTGTCCCAGATTCTGATTTGTCAATACCTGTAGCATCCAAAA 660
consensus_10909#1      CGATACCTCAGC------------------------------------------------ 592
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      GTGCGTCAAATAAAAAAGCAATTGAAGATGATGATATTGGAGCACTTGCTGAATGGGCTA 720
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      ATTAATATTAATTAACATTAGTAACACCTCATAATCATGTTCTAAATCATGATTATCAAG 780
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      TGTATTAGTTTATCATTTACAGTTTGAATTGTTCTTTGTTCCTATTATTATTATGACCTA 840
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      CCCTGTGTTTTTGTTTATCCTACAACAATATTCAATAAAGCCTCTTTTTCCTAGTAATGA 900
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      TAATAATAATAATAATGATTTCTTGCTTCTTTTCAAAACAAAAATTAAACACCTCATTTG 960
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      TAATAATTTTTGTGTATAATTAATCCCTATTTCATTTTTCACTTGAAAAACAAATAAAAA 1020
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      CAGTCTAATCTCTTTTTTTATTCTGTAATCAATTACCTAAAAAAGATGCACTGTATTGTA 1080
consensus_10909#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10909#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10909#0      CTACTACTACTA 1092
consensus_10909#1      ------------
consensus_10909#2      ------------
                                   




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)