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consensusID : consensus_11307#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 42 consensus length = 1172 fasta sequence
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[-] EMBL CD125869 [ ACTGGACCAACTTCCT CTTGTGCTGCCGA TTATGTACCGACTAAAGTTATTCCTATTGTTGTCGG CGTTTTATTGGTGGTTATGATAGCGGCTGCTTTGATCGCTTTTATTATCAGTAGTCGACGCCGTCAAATTGGTTATGAAGAAATATAATTTA TGAAGATAAAAT ]
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[+] EMBL CD143791 [ CCT CTTGTGCTGCCGA TTATGTACCGACTAAAGTTATTCCTATTGTTGTCGG CGTTTTATTGGTGGTTATGATAGCGGCTGCTTTGATCGCTTTTATTATCAGTAGTCGACGCCGTCAAATTGGCTATGAAGAAATATAATTTA TGAAAATAAAATAGGCCTAATATACAGGTCTTATAGTTAATGAATCAAACACTCAGATCTGATAATCGTAGCATGATTTGGCTAT TGTTATGCTATTTTTCCATT TACATTGCTTTCGAACCTATTTCT TTATTTCATCAATAATTACTGCTTTTATATATATAT T TATGTATATCATCATGAAATCCTAAAATTTTATATTTCATTTCTAGCGCT TGT TTCATTTTTCTTACTCGCATTTCGGTCCTGTCTTAATGGTGTTTTTTAGATTCAGGTTGTTTTTCATCACCTGATAATTCACAATATATTGTCATTGTCCATCCAGTAAGG]
[-] EMBL CD125786 [ GTTATCGG CGTTTTATTGCTGGTTATGATAGCGGCTGCTTTGATCGCTTTTATTATCAGTAGTCGACGCCGTCAAATTGGCTATGAAGAAATATAATTTA TGAAAATAAAATAGGCCTAATATACAGGTCTTATAGTTAATGAATCACACACGCAGATCTGATAATCGTAGCATGATTTGGCTAT TGTTATGCTATTTTTCCATTGTACATTGCTTTCGAACCTATTCCT TTATTTCATC ATAATTACTGCTTTTATATATATAT T TATGTATATCATCta ]
[+] EMBL AI447067 [ GCTATGAAGAAATATAATTTA TGAAAATAAAATAGGCCTAATATACAGGTCTTATAGTTAATGAATCAAACACTCAGATCTGATAATCGTAGCATGATTTGGCTAT TGTTATGCTATTTTTCCATT TACATTGCTTTCGAACCTATTTCT TTATTTCATCAATAATTACTGCTTTTATATATATAT T TATGTATATCATCATGGAATCCTAAAATTTTATATTTCATTTCTAGCGCT TGT TTCATTTTTTTTACTCGCATTTCGGTCCTGTCTTAATGGTGTTTTTTAGATTCAGGTTGTTTTTCATCACTTGATAATTCACAATATATTGTCATTG ]
consensusID : consensus_11307#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 639 fasta sequence
[CGGCACGAGGGGGCGGGCAGNGTTTGAAAACGCACTGACTTATTTACCTTGCCTTTTCTTACCGTTCCTGCGTCGACTCATCTATGCATCATGTCTCGTCCGCCATCCAACTTTTCTTGGGTTTCGAAATCTGTAGCCGGGTTCGCCTTTCCACGAGAAAAATGTGAGCTAGGATATCTAGTAGACAACGCCGGACTAACTCATATAATCACTTTGTGTCATGAAGTTCCTCAGTACATTTCGGATTTCACGTCAGTTAAACATTATCACTTACCCGTCGAAGATTTAACTTCTGCAAGCTTACCTGTTATTCAGAAAGCAATGGAAATTATCA-AACAAGCTGAAACAAATAATGAAAAAGTTGGAGTTCATTGTCAACTGGGTAGAGGTCGTGCAGGAACAATTTTAGCGTGTTATCTTGCCTACAAGAACAATCTTGATGCCGATCAAGCCATCATGGAATTGCGTCGACTTAGGCCGAAATCAATTGACGATGATCAGGAAGAAGCTGTGAGACGATATGTGAAATCAATCAAACAGTAATGACGTAAATTGGTTGAAGAAAACATGTTACTCATGC-AATAAATTGTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL CD077561 [CGGCACGAGGGGGCGGGCAGNGTTTGAAAACGCACTGACTTATTTACCTTGCCTTTTCTTACCGTTCCTGCGTCGACTCATCTATGCATCATGTCTCGTCCGCCATCCAACTTTTCTTGGGTTTCGAAATCTGTAGCCGGGTTCGCCTTTCCACGAGAAAAATGTGAGCTAGGATATCTAGTAGACAACGCCGGACTAACTCATATAATCACTTTGTGTCATGAAGTTCCTCAGTACATTTCGGATTTCACGTCAGTTAAACATTATCACTTACCCGTCGAAGATTTAACTTCTGCAAGCTTACCTGTTATTCAGAAAGCAATGGANATTATCANNAC AGCTGAAn ]
[+] EMBL CD080621 [ GCGGGCAGGGTTTGAAAACGCACTGACTTATTTACCTTGCCTTTTCTTACCGTTCCTGCGTCGACTCATCTATGCATCATGTCTCGTCCGCCATCCAACTTTTCTTGGGTTTCGAAATCTGTAGCCGGGTTCGCCTTTCCACGAGAAAAATGTGAGCTAGGATATCTAGTAGACAACGCCGGACTAACTCATATAATCACTTTGTGTCATGAAGTTCCTCAGTACATTTCGGATTTCACGT TTAAACATTATCACTTACCCGTCGAAGATTTAACTTCTGCAAGCTTACCTGTTATTCAGAAAGCAATGGAAATTATCA AACAAGCTGAAACAAATAATGAAAAAGTTGGAGTTCATTGTCAACTGGGTAGAGGTCGTGCAGGAACAATTTTAGCGTGTTATCTTGCCTACAAGAACAATCTTGATGCCGATCAAGCCATCATGGAATTGCGTCGACTTAGGCCGAAATCAATTGACGATGATCAGGAAGAAGCTGTGAGACGATATGTGAAATCAATCAAACAGTAATGACGTAAATTGGTTGAAGAAAACATGTTACTCATGC AATAA ]
[-] EMBL AI395637 [ CTTACCTGTTATTCGGAAAGCAATGGAAATTATCA AACAAGCTGAAACAAATAATGAAAAAGTTGGAGTTCATTGTCAACTGGGTAGAGGTCGTGCAGGAACAATTTTAGCGTGTTATCTTGCCTACAAAAACAATCTTGATGCCGATCAAGCCATCATGGAATTGCGTCGACTTAGGCCGAAATCAATTGACGATGATCAGGAAGAAGCTGTGAGACGATATGTGAAATCAATCAAACAGTAATGACGTAAATTGGTTGAAGAAAACATGTTACTCATGC AATAAATTGTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CD074531 [ GGCCGAAATCAATTGTCGATGATCAGGAAGAAGCTGTGGGACGATATGTGAAGTCAATCAAACAGTAATGACGTAAATTGGTTGAAGAAAACATGTTACTCATGCGAATAAA ]
consensusID : consensus_11307#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 537 fasta sequence
[AAGGTTCGCAGGGCACACAACCCGCGCTGGTTACGGATATCTACGATTCCTAAGCGTACCGTTATGCTTTTGCTCGATATGCGTTCTACACTGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGTCGTGCTTGCTAGAAAAGAAATCAATGAACTTGCCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATTATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGTGTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCATGAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGTGTTGGAAGCCGAATGGTTCTGAGGGCAATTGGAATATATCATTTAATTTCTCTGAGACCTATCCTGGTTATTATGGTTTGACTAGCGTATACTTATTGTACTGGCTGGATAAATTGGGTCCACATAATGCTTCTACGGATAAATCACTTTTTTCTTGTGCTATTGGTACATCATTT]
[+] EMBL CD060769 [AAGGTTCGCAGGGCACACAACCCGCGCTGGTTACGGATATCTACGATTCCTAAGCGTACCGTTATGCTTTTGCTCGATATGCGTTGTACACTGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGTCGTGCTTGCTAGAAAAGAAATCAATGAACTTGCCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATTATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGTGTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCATGAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGTGTTGGAGGCCGAATGGTTCTGAGGGCAATTGGAATATATCATTTAATTTCTCTGAGACCTATCCTGGTTATTATGGTTTGACTAGCGTATACTTATTGTACTGGCTGGATAAATTGGGTCCACATAATGCTTCTACGGATAAATCACTTTTTTCTTGTGCTATTGGTACATCATTT]
[+] EMBL BF936356 [ TATCTACGATTCCTAAGCGTACCGTTATGCTTTTGCTCGATATGCGTTCTACACTGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGTCGTGCTTGCTAGAAAAGAAATCAATGAACTTGCCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATTATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGTGTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCATGAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGTGTTGGAAGCCGAATGGTTCTGAGGGCAATTGGAATATATCATTTAATTTCTCTGAGACCTATCCTGGTTATTATGGTTTGACTAG ]
[+] EMBL AW017064 [ TATCTACGATTCCTAAGCGTACCGTTATGCTTTTGCTCGATATGCGTTCTACACTGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGTCGTGCTTGCTAGAAAAGAAATCAATGAACTTGCCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATTATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGTGTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCATGAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGTGTTGGAAGCCGAATGGTTCTGAGGGCAATTGGAATATATCA ]
[-] EMBL CD061000 [ CTCGATATGCGTTATACACTGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGTCGTGCTTGCTAGAAAAGAAATCAATGAACTTGCCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATTATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGTGTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCATGAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGTGTTGGAAGCCGAATGGTTCTGAGGGCAATTGGAATATATCA ]
[+] EMBL AI067046 [ TGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGTGTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCATGAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCa ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11307#0 CCTCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGCGGCGGGCAGG-TTTGAAAACGCACTGACTTA 59
consensus_11307#2 ------------AAGGTTCG-CAGGGCACA-CAACCCGC-GCTGGTTACGGA------TA 39
consensus_11307#1 ------------------CGGCACGAGGGGGCGGGCAGNGTTTGAAAACGCACTGACTTA 42
** ** * * * * ** *** * **
consensus_11307#0 TTTACCTTGCCCCTAAGCGTACCGTTA-TGCTTTTGCTCGA-TATGCGT----TCTACAC 113
consensus_11307#2 TCTAC--GATTCCTAAGCGTACCGTTA-TGCTTTTGCTCGA-TATGCGT----TCTACAC 91
consensus_11307#1 TTTACCTTGCCTTT--TCTTACCGTTCCTGCGTCGACTCATCTATGCATCATGTCTCGTC 100
* *** * * ******* *** * *** ***** * *** *
consensus_11307#0 TGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGT---CGTGCTTGC---TAGAAAAGAAA 167
consensus_11307#2 TGTTATGTTTCATTTTATGTATATCTAGTTCTGT---CGTGCTTGC---TAGAAAAGAAA 145
consensus_11307#1 CGCCATCCAACTTTTCTTGGGTTTCGAAATCTGTAGCCGGGTTCGCCTTTCCACGAGAAA 160
* ** * *** ** * ** * ***** ** * * ** * * *****
consensus_11307#0 TCAATGAACTTG--CCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATT 225
consensus_11307#2 TCAATGAACTTG--CCACAGCTAAACCTAGTACTTTTAATGTAGATGGTTGCTTGTTATT 203
consensus_11307#1 AATGTGAGCTAGGATATCTAGTAGACAACGCCGGACTAACTCATATAATCACTTTGTGTC 220
*** ** * * ** ** * *** * ** * *** * *
consensus_11307#0 ATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGT 285
consensus_11307#2 ATCAGCTATCATGAAGATTCACATATCAAAATCAGACCCTGTTAAACAATCAGAATCGGT 263
consensus_11307#1 ATGAAGTTCCTCAG-----TACATTTCGGATTTCACGTCAGTTAAACA-TTATCACTTAC 274
** * * * **** ** * * * ******** * * *
consensus_11307#0 GTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCAT 345
consensus_11307#2 GTTTACAACATACATCAATTCAACAAATGCTAAAAGCATCAATTCCAGCGGCGAATGCAT 323
consensus_11307#1 CCGTCGAAGATTTAACTTCTGCAAGCTTACCTGTTATTCAGAAAGCAATGGAAATTATCA 334
* ** ** * * * * * * * ** ** * *
consensus_11307#0 GAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGT-GTTGGAAGCCGAATGGTTCTG 404
consensus_11307#2 GAATTCCACCAGCAGAGAATACAACCTCTTAAACTTGT-GTTGGAAGCCGAATGGTTCTG 382
consensus_11307#1 AACAAGCTGAAACAAATAATGAAAAAGTTGGAGTTCATTGTCAACTGGGTAGAGGTCGTG 394
* * * ** * *** ** * * * * ** * * *** **
consensus_11307#0 AGGG--CAATTGGAATATATCATTTAATTTCTCTGAGACCTATCCTGGTTATTATGGTTT 462
consensus_11307#2 AGGG--CAATTGGAATATATCATTTAATTTCTCTGAGACCTATCCTGGTTATTATGGTTT 440
consensus_11307#1 CAGGAACAATTTTAGCGTGTTATCT--TGCCTACAAGAACAATCTTGATGCCGATCAAGC 452
** ***** * * * ** * * ** *** * *** ** * **
consensus_11307#0 GACTAGCGTATACTTATTGTACTGGCTGGA-TAAATTG-----GGTCCACATAATGCTTC 516
consensus_11307#2 GACTAGCGTATACTTATTGTACTGGCTGGA-TAAATTG-----GGTCCACATAATGCTTC 494
consensus_11307#1 CATCATGGAATTGCGTCGACTTAGGCCGAAATCAATTGACGATGATCAGGAAGAAGCTGT 512
* * * ** *** * * * ***** * ** * * ***
consensus_11307#0 TACG-GATAAATCACTTTTTTCTTGTGCTATTGGTACATCATTTGTTTGTTTAAGTGAAC 575
consensus_11307#2 TACG-GATAAATCACTTTTTTCTTGTGCTATTGGTACATCATTT---------------- 537
consensus_11307#1 GAGACGATATGTGAAATCAATCAAACAGTAATG--ACGTAAATTGGTTGAAGAAAACATG 570
* **** * * * ** ** ** ** * * **
consensus_11307#0 AAACTTATGAATTAAAAGATAAATTATCAAATTCAACAAATATACGACTTACATTTAGTG 635
consensus_11307#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#1 TTACTCATGCAATAAATTGTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 630
consensus_11307#0 AGTTTCAAGTTGAAGCATTTAGAAATAATGATATTTCTAATAATACATTTACTGGACCAA 695
consensus_11307#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#1 AAAAAAAAA--------------------------------------------------- 639
consensus_11307#0 CTTCCTCTTGTGCTGCCGATTATGTACCGACTAAAGTTATTCCTATTGTTGTCGGCGTTT 755
consensus_11307#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#0 TATTGGTGGTTATGATAGCGGCTGCTTTGATCGCTTTTATTATCAGTAGTCGACGCCGTC 815
consensus_11307#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#0 AAATTGGCTATGAAGAAATATAATTTATGAAAATAAAATAGGCCTAATATACAGGTCTTA 875
consensus_11307#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#0 TAGTTAATGAATCAAACACTCAGATCTGATAATCGTAGCATGATTTGGCTATTGTTATGC 935
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consensus_11307#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11307#0 GGTTGTTTTTCATCACTTGATAATTCACAATATATTGTCATTGTCCATCCAGTAAGG 1172
consensus_11307#2 ---------------------------------------------------------
consensus_11307#1 ---------------------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||