These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4701#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 408 fasta sequence [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCTAATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAATACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC] [+] EMBL CD119956 [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCTAATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAATACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC] [+] EMBL CD119756 [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCTAATATTTTTTACCTCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAATACACATCCATTTTCAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC] consensusID : consensus_4701#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 408 fasta sequence [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTTTTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAAACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC] [+] EMBL CD119796 [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTTTTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAAACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4701#0 CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAA 60 consensus_4701#1 CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAA 60 ************************************************************ consensus_4701#0 GGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATG 120 consensus_4701#1 GGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATG 120 ************************************************************ consensus_4701#0 ATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCT 180 consensus_4701#1 ATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTT 180 ************************** * *** ***** *** ** **** *** * consensus_4701#0 AATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTA 240 consensus_4701#1 TTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTA 240 ** * * *** * **** ********************************** consensus_4701#0 ATAATC-TGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAA 299 consensus_4701#1 ATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAA 300 ****** ************* ************************************ ** consensus_4701#0 TACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCC 359 consensus_4701#1 -ACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCC 359 ****** **************************************************** consensus_4701#0 AGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC 408 consensus_4701#1 AGATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC 408 ************************* ********************* * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||