These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_580#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 966 fasta sequence [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGTTGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATGCCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACTAACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAACATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTCACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAGCTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNTGTCGCTGGTATCGACATTATTATGAAATATTATGNTTCTAACTTAGATATCTGCACTGTGTGTGTCCTTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTTAATTNGNGAANGGCAGTCTTNAAANTCTAGCTCTGTCCTTTCTNTACCATGNNTGGTGAATNATGATGCATTGATGCCAAAAACAGATTCAGT] [+] EMBL CD081132 [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGTTGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATGCCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACTAACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAACATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTCACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAGCTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNTGTCGCTGGTATCGACATTATTATGAAATATTATGNTTCTAACTTAGATATCTGCACTGTGTGTGTCCTTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTTAATTNGNGAANGGCAGTCTTNAAANTCTAGCTCTGTCCTTTCTNTACCATGNNTGGTGAATNATGATGCATTGATGCCAAAAACAGATTCAGT] consensusID : consensus_580#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 634 fasta sequence [TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTGTCGGCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCACTGTGTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCTTTAAAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCATTTGTATGCCAAAAAAAACACAGACATACAAGTGTATT] [-] EMBL CD074955 [TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTGTCGGCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCACTGTGTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCTTTAAAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCATTTGTATGCCAAAAAAAACACAGACATACAAGTGTATT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_580#0 CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGT 60 consensus_580#1 ------------------------------------------------------------ consensus_580#0 TGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATG 120 consensus_580#1 ------------------------------------------------------------ consensus_580#0 CCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACT 180 consensus_580#1 ------------------------------------------------------------ consensus_580#0 AACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAAC 240 consensus_580#1 ------------------------------------------------------------ consensus_580#0 ATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTC 300 consensus_580#1 ------------------------------------------------------------ consensus_580#0 ACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAG 360 consensus_580#1 ------------------------------------------------------------ consensus_580#0 CTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACT 420 consensus_580#1 ---TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACT 57 ** ****************************************************** consensus_580#0 TACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATG 480 consensus_580#1 TACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATG 117 ************************************************************ consensus_580#0 TTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAA 540 consensus_580#1 TTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAA 177 ************************************************************ consensus_580#0 TGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCAT 600 consensus_580#1 TGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCAT 237 ************************************************************ consensus_580#0 GATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTAT 660 consensus_580#1 GATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTAT 297 ************************************************************ consensus_580#0 CGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAA-TGCGCTT 719 consensus_580#1 CGTCACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTT 357 ********************** ***************************** ******* consensus_580#0 GTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNT 779 consensus_580#1 GTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTG 417 ********************************************************* consensus_580#0 GTCGCTGGTATCGACATT-ATTATGAAATATT-ATGNTTCTAACTT-AGATAT-CTGCAC 835 consensus_580#1 TCGGCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCAC 477 *************** ******** **** *** ********* ****** ****** consensus_580#0 TGTGTGTGTCC-TTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTT-AATTNGNGAANGGCAGTC-T 892 consensus_580#1 TGTGTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCT 537 *********** **** *** * ***** ** ** **** * *** * *** * consensus_580#0 TNAAANTCTAGCTCT-GTCCTTT--CTNTACC--ATGNNTG-GTGAATN-ATG-ATGCAT 944 consensus_580#1 TTAAAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCAT 597 * *** ********* **** ** ** **** *** ** ****** *** ****** consensus_580#0 TG--ATGCCAAAAACAGATTCAGT-------------- 966 consensus_580#1 TTGTATGCCAAAAA-AAACACAGACATACAAGTGTATT 634 * ********** * * *** |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||