These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6266#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 605 fasta sequence [CTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGATGTATTGACTTGTTGTTGGTGTATTTGGCGAAGTGGTGTTGTGCGCTATAGTTAAGGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTAGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAATCGTTGTTATGTGGAGTTGCAGTATATTGTATGTGTGTATTGATGGGTATGGTGGACAGGAGATAGTGAACCTATATTTTGTGCTATTCGTCAGTCGTCGTCAGCAGGGCGTACTTGTGATGTCGAGAGAAGTGGAGCTGGTTGGTGGACTCGATATAACTGGATAAGCAGTAAAAGGACTAGACAAACATGAGATTGGTGACTATTCGTGAGTGAGTGAGTGGTGGGTCACTAGTATGGAGATCGTTTGTTTGTCGCGAGGGAATTGACGTATACAAGACCGTTTGTTCTTTGATAAGCGCGAAGATGCTGAATCTGATTTCGTTAGTGT] [+] EMBL CD096861 [CTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGATGTATTGACTTGTTGTTGGTGTATTTGGCGAAGTGGTGTTGTGCGCTATAGTTAAGGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTAGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAATCGTTGTTATGTGGAGTTGCAGTATATTGTATGTGTGTATTGATGGGTATGGTGGACAGGAGATAGTGAACCTATATTTTGTGCTATTCGTCAGTCGTCGTCAGCAGGGCGTACTTGTGATGTCGAGAGAAGTGGAGCTGGTTGGTGGACTCGATATAAC ] [+] EMBL CD069511 [ ATAGTGAACCTATATTTTGTGCTATTCGTCAGTCGTCGTCAGCAGGGCGTACTTGTGATGTCGAGAGAAGTGGAGCTTGTTGGTGGACTCGATATAACTGGATAAGCAGTAAAAGGACTAGACAAACATGAGATTGGTGACTATTCGTGAGTGAGTGAGTGGTGGGTCACTAGTATGGAGATCGTTTGTTTGTCGCGAGGGAATTGACGTATACAAGACCGTTTGTTCTTTGATAAGCGCGAAGATGCTGAATCTGATTTCGTTAGTGT] consensusID : consensus_6266#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 560 fasta sequence [ATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGCGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGATGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTG] [-] EMBL CD094524 [ATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGCGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGATGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTG] consensusID : consensus_6266#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 449 fasta sequence [GGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGCGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGCGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTT] [+] EMBL CD094640 [GGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGCGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGCGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6266#1 ATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAG 60 consensus_6266#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6266#0 ------------------------------------------------------------ consensus_6266#1 TGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGATTGTAGCGTGT 120 consensus_6266#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6266#0 -------CTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGT-----GGACTGATTGTAGCGTGT 48 consensus_6266#1 TGGGACTGCAGCGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGT 180 consensus_6266#2 -------------------GGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGCGT 41 consensus_6266#0 TGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGT 108 ************************************** ** consensus_6266#1 TGTCCTGAGTGGTGT-TTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGAT-TGTAG 238 consensus_6266#2 TGTCCTGAGTGGTGT-TTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGAT-TGTAG 99 consensus_6266#0 TGTCCTGAGTGATGTATTGACTTGTTGTTGGTGT--ATTTGGCGAAGTGGTGTTGTGCGC 166 *********** *** **** * * ** * *** **** * * * ** * ** consensus_6266#1 CGT-GTTGGGACTGCAG-TGACAACTGGA--ACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAG 294 consensus_6266#2 CGT-GTTGGGACTGCAG-TGACAACTGGA--ACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAG 155 consensus_6266#0 TATAGTTAAGGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTAGAGTTGCAATCGAT 226 * *** * ** * *** * ** * ** * **** ** * ** consensus_6266#1 GTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTG 354 consensus_6266#2 GTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTG 215 consensus_6266#0 GGAATG-GTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAATCGTTGTTATG 285 * * ** *** * *** * ** **** ******* ** * * ** ** consensus_6266#1 ----ATTGTAGCGTGTTGG--GACTGCAGTGAC--------------------------- 381 consensus_6266#2 ----ATTGTAGCGTGTTGG--GACTGCAGTGACAACTGGAACTGATTGTAGCGTGTTGGG 269 consensus_6266#0 TGGAGTTGCAGTATATTGTATGTGTGTATTGATGGGT-------ATGGTGGACAGGAGAT 338 *** ** * *** * ** * *** consensus_6266#1 -----------AACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGATGTA-TTGTGTTGT 429 consensus_6266#2 ACTGCAGCGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTA-TTGTGTTGT 328 consensus_6266#0 AGTGAACCTATATTTTGTGCTATTCGTCA-GTCGTCGTCAGCAGGGCGTACTTGTGATGT 397 * * * ** * ** * ** * * * * *** ***** *** consensus_6266#1 CCTGAGTGGTGT--TTGAGTGTTGG--TCGATGTGGAT---TTAGTGGTGGACTGATTGT 482 consensus_6266#2 CCTGAGTGGTGT--TTGAGTGTTGG--TGGATGTGGAT---TTAGTGGTGGACTGATTGT 381 consensus_6266#0 CGAGAGAAGTGGAGCTGGTTGGTGGACTCGATATAACTGGATAAGCAGTAAAAGGACTAG 457 * *** *** ** ** *** * *** * * * ** ** * ** * consensus_6266#1 AGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGG-AACTGGTTGTAATGTTGATGA-TGGTTTGAG 540 consensus_6266#2 AGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGG-AACTGGTTGTAATGTTGATGA-TGGTTTGAG 439 consensus_6266#0 ACAAACATGAGATTG--GTGACTATTCGTGAGTGAGTGAGTGGTGGGTCACTAGTATGGA 515 * ** ** ** ***** * * * * ** ** ** * * * * ** ** consensus_6266#1 G--TATTGTGTTGTCCTGAGTG-------------------------------------- 560 consensus_6266#2 G--TATTGTGTT------------------------------------------------ 449 consensus_6266#0 GATCGTTTGTTTGTCGCGAGGGAATTGACGTATACAAGACCGTTTGTTCTTTGATAAGCG 575 * ** ** consensus_6266#1 ------------------------------ consensus_6266#2 ------------------------------ consensus_6266#0 CGAAGATGCTGAATCTGATTTCGTTAGTGT 605 |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||