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Schistosoma mansoni
cluster # 6697 cluster # 6697       Sequences # 4       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6697#0 length = 968 sequences # 3  
consensus_6697#1 length = 607 sequences # 1  

consensusID : consensus_6697#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 968
fasta sequence
                              [GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGTTTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAAAGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAGTCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCATTATTAAAAGGTTCATATGATTGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGAAGTATAGAGTTTAGACTCATTTGATTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTACGTAATAGATTTTTTGATTTTTCTTTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACATTTATATCATTTTGTTTTAATGTAATATAATT]

[+] EMBL CD079936             [GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGTTTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAAAGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAGTCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAG                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD079947             [                      gacCATTGGTATATGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGTTTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTAC ACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAAAGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAGTCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD074133             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTTTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCATTATTAAAAGGTTCATATGATTGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGAAGTATAGAGTTTAGACTCATTTGATTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTACGTAATAGATTTTTTGATTTTTCTTTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACATTTATATCATTTTGTTTTAATGTAATATAATT]


>consensus_6697#0 GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGT TTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAA AGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAG TCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAAC CATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTT ATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAAT CCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGC AAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGT GATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAA CCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAA ATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGC CGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAA CAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCATTATTAAAAGGTTCATATGAT TGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGAAGTATAGAGTTTAGACTCATTTGA TTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTACGTAATAGATTTTTTGATTTTTCT TTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACATTTATATCATTTTGTTTTAATGTA ATATAATT



consensusID : consensus_6697#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 607
fasta sequence
                              [AACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTGTNTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTAAAATAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCAT]

[-] EMBL CD125532             [AACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTGTNTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTAAAATAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCAT]


>consensus_6697#1 AACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTG TNTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAA AATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAA GGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCT GGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTA AAATAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGT GAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAA GAAGTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAA GGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGA ATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTT AATTCAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6697#0      GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGT 60
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      TTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAA 120
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      AGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAG 180
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      TCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAAC 240
consensus_6697#1      ---------------------------------------------------------AAC 3
                                                                               ***

consensus_6697#0      CATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTT 300
consensus_6697#1      CATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTGTNT 63
                      ******************************************************** * *

consensus_6697#0      ATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAAT 360
consensus_6697#1      ATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAAT 123
                      ************************************************************

consensus_6697#0      CCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGC 420
consensus_6697#1      CCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGC 183
                      ************************************************************

consensus_6697#0      AAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGT 480
consensus_6697#1      AAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGT 243
                      ************************************************************

consensus_6697#0      GATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCG-------------------------- 514
consensus_6697#1      GATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTAAAA 303
                      **********************************                          

consensus_6697#0      ----------------------TTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAA 552
consensus_6697#1      TAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAA 363
                                            **************************************

consensus_6697#0      CCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAA 612
consensus_6697#1      CCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAAGAA 423
                      ************************************** *********************

consensus_6697#0      GTGACAGG------------------------------------ATGATATATCCAAGGA 636
consensus_6697#1      GTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAAGGA 483
                      ********                                    ****************

consensus_6697#0      TTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATT 696
consensus_6697#1      TTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGAATT 543
                      *************************************  *********************

consensus_6697#0      TTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAAT 756
consensus_6697#1      TTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAAT 603
                      ************************************************************

consensus_6697#0      TCATTATTAAAAGGTTCATATGATTGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGA 816
consensus_6697#1      TCAT-------------------------------------------------------- 607
                      ****                                                        

consensus_6697#0      AGTATAGAGTTTAGACTCATTTGATTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTA 876
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      CGTAATAGATTTTTTGATTTTTCTTTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACA 936
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      TTTATATCATTTTGTTTTAATGTAATATAATT 968
consensus_6697#1      --------------------------------
                                                      




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)