These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7333#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 944 fasta sequence [TGGATAATTACTATGGATCACTAATTTGTATGGCTTTTGCATTAGCCTGCTTAGGCTTTCATTGCAGTGGTGTACTGTTAAATCCTCAAGACATGGCTCCCAATCATAGTGGTCAGTTATATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATGGTTGGTTATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTCATCAGTATTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAATTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATTGTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAAGTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTTTATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATACTTTCTCTTAGTAAGACATTCTTACACATCATCGAGTGAACTGTTTCAATTTCGATGATCCGCATAAATTGAAAACTCCTACCTTTTTTTAAATGTTAGTATAGACCTTGTGCCTAATTCGTTCATGTGATACACTATATTTTGTAACTGATTTGATTTACTTTTGTTTTATACTATTGTCTGTGTTGGCTAATTTTAACTGTAGAGATCACTTGAAGTTATTGGAGTTTTTTGACAATGAAAAATAATATCTTATGTTGTTTTACAGTTTGTTTAATAAAGATCAACACGAGGATTTTTGCAATTGTAGACTTTGGTGATTAATCTAAAGTCGATTATTCTTGTCAATTCTCCTATTTAATTGTTAAGATTTGTCTTTAATAAATTTCA] [+] EMBL CD078937 [TGGATAATTACTATGGATCACTAATTTGTATGGCTTTTGCATTAGCCTGCTTAGGCTTTCATTGCAGTGGTGTACTGTTAAATCCTCAAGACATGGCTCCCAATCATAGTGGTCAGTTATATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATGGTTGGTTATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTCATCAGTATTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAATTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATTGTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAAGTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTTTATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATACTTTCTCTTAGTAAGACATTCTTACACATCATCGAGTGAACTGTTTCAATTTCGATGATCCGCATANATTGA ] [+] EMBL CD078714 [TGGATAATTACTATGGATCACTAATTTGTATGGCTTTTGCATTAGCCTGCTTAGGCTTTCATTGCAGTGGTGTACTGTTAAATCCTCAAGACATGGCTCCCAATCATAGTGGTCAGTTATATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATGGTTGGTTATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTCATCAGTATTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAATTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATTGTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAAGTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTTTATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATACTTTCTCTTAGTAAGACATTCTTACACATCATC ] [-] EMBL CD073392 [ TTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAAGTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTTTATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATACTTTCTCTTAGTAAGACATTCTTACACATCATCGAGTGAACTGTTTCAATTTCGATGATCCGCATAAATTGAAAACTCCTACCTTTTTTTAAATGTTAGTATAGACCTTGTGCCTAATTCGTTCATGTGATACACTATATTTTGTAACTGATTTGATTTACTTTTGTTTTATACTATTGTCTGTGTTGGCTAATTTTAACTGTAGAGATCACTTGAAGTTATTGGAGTTTTTTGACAATGAAAAATAATATCTTATGTTGTTTTACAGTTTGTTTAATAAAGATCAACACGAGGATTTTTGCAATTGTAGACTTTGGTGATTAATCTAAAGTCGATTATTCTTGTCAATTCTCCTATTTAATTGTTAAGATTTGTCTTTAATAAATTTCA] [-] EMBL CD073177 [ GAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATACTTTCTCTTAGTAAGACATTCTTACACATCATCGAGTGAACTGTTTCAATTTCGATGATCCGCATAAATTGAAAACTCCTCCCTTTTTTTAAATGTTAGTATAGACCTTGTGCCTAATTCGTTCATGTGATACACTATATTTTGTAACTGATTTGATTTACTTTTGTTTTATACTATTGTCTGTGTTGGCTAATTTTAACTGTAGAGATCACTTGAAGTTATTGGAGTTTTTTGCCAATGAAAAATAATATCTTATGTTGTTTTACAGTTTGTTTAATAAAGATCAACACGAGGATTTTTGCAATTGTAGACTTTGGTGATTAATCTAAAGTCGATTATTCTTGTCAATTCTCCTATTTAATTGTTAAGATTTGTCTTTAATAAATTTCA] consensusID : consensus_7333#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 458 fasta sequence [GAGGCCAGAATCGGCACGAGGGTTATATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATNGTTGGTTATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTCAGTATTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAATTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATTGTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAAGTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTTTATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATAC] [+] EMBL CD083975 [GAGGCCAGAATCGGCACGAGGGTTATATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATNGTTGGTTATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTCAGTATTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAATTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATTGTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAAGTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTTTATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATTTTTTGTGTATGATAC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7333#0 TGGATAATTACTATGGATCACTAATTTGTATGGCTTTTGCATTAGCCTGCTTAGGCTTTC 60 consensus_7333#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7333#0 ATTGCAGTGGTGTACTGTTAAATCCTCAAGACATGGCTCCCAATCATAGTGGTCAGTTAT 120 consensus_7333#1 ---------------------------------GAGGCCAGAATCGGCACGAG-GGTTAT 26 * * **** * ***** consensus_7333#0 ATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATGGTTGGTT 180 consensus_7333#1 ATGGAATTATGGCTACCGTTGGTACATTTCCAGGATTTGCAGGTGTCTATATNGTTGGTT 86 **************************************************** ******* consensus_7333#0 ATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTCATCAGTA 240 consensus_7333#1 ATATATTAGAAGCTACAAACCAATGGTCTGTGATCTTTATAATGACTGCTCTC---AGTA 143 ***************************************************** **** consensus_7333#0 TTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAA 300 consensus_7333#1 TTGTGGGTTGGGTTGGATATGTGTTGTATGGATCATCAGAAATTCTCTTTTAAGTCATAA 203 ************************************************************ consensus_7333#0 TTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATT 360 consensus_7333#1 TTTCCTTGAAATATCAATATTTATGTTTCTTTATAATACAAACAATAGTGATTTTGAATT 263 ************************************************************ consensus_7333#0 GTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAA 420 consensus_7333#1 GTTACTTTTATTCTTACATCATATTTACATATCAAATCTGTACAAATCGACAAACTTAAA 323 ************************************************************ consensus_7333#0 GTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTT 480 consensus_7333#1 GTGAGGTGATAACTTACATATCTTAGATATTTTCAATAATTTATGTATATTTCATGTGTT 383 ************************************************************ consensus_7333#0 TATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATT 540 consensus_7333#1 TATTGGTTTGGATATGCAGTCGTCTGTCGAATAGTTAGAGAAAAGAAACCTTCTTGCATT 443 ************************************************************ consensus_7333#0 TTTTGTGTATGATACTTTCTCTTAGTAAGACATTCTTACACATCATCGAGTGAACTGTTT 600 consensus_7333#1 TTTTGTGTATGATAC--------------------------------------------- 458 *************** consensus_7333#0 CAATTTCGATGATCCGCATAAATTGAAAACTCCTACCTTTTTTTAAATGTTAGTATAGAC 660 consensus_7333#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7333#0 CTTGTGCCTAATTCGTTCATGTGATACACTATATTTTGTAACTGATTTGATTTACTTTTG 720 consensus_7333#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7333#0 TTTTATACTATTGTCTGTGTTGGCTAATTTTAACTGTAGAGATCACTTGAAGTTATTGGA 780 consensus_7333#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7333#0 GTTTTTTGACAATGAAAAATAATATCTTATGTTGTTTTACAGTTTGTTTAATAAAGATCA 840 consensus_7333#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7333#0 ACACGAGGATTTTTGCAATTGTAGACTTTGGTGATTAATCTAAAGTCGATTATTCTTGTC 900 consensus_7333#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7333#0 AATTCTCCTATTTAATTGTTAAGATTTGTCTTTAATAAATTTCA 944 consensus_7333#1 -------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||