These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7613#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 1547 fasta sequence [CTCGAGCCAAAATTCGGCACGAGGACTGGCCTCTCAGCGGTAGACTTTAAAAACCTGTTTGCCCTTACAACATACACATCCCAAGTCATCAGATAATCAAATAGTGTAGTAATTCTTTGTATATGGGCGATTATTTTACGCTCTATTTCTTTGACAATGTTTAAAAAGATCACTACAGTCTAATTGAATGCATACTAAATTAAAAATTCTTGTACTTTGTAGTTCTACCTCAGATGTTGAACAATCATACTTTTAAGCTATCTTATAGTATTTTTCTTGCCATTTACTTTCAAATTTTAGTAACTAAGTTCATCGTTCAGATGAGAATTGACACTACTCCTAAACCGTTTATTCAAATGTATTATATTTAGAGCACTAATTGATTAAATAAATACTTCAGTGTGTTATTATAAATTTCTACGATTATTCTTCAACATTAGAACGAAGTTTAACAAAAATTGGGCACCAAGTATAATTTTTTATTATAAATGTTTGGCTACTAGGTCAAGTGATACTGTAAAAACTATTGAAATAGGTCTGTACTAATGTATTAATAAATTATAACCAGAAAAGTTATTACCTATAGCCAATAGATTTTTATTCATTTTACTGGCCCTTCATTCCTATTTAGCTCCAATTTCTTATAATTGATGAAACTNTCCTGAAGTTTATTNTACCCCTTGTTTTTATTGCTTAAATTTCTTTACAGATATACTGTTGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGTCCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTTTTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTTTTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATTTTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTACATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTATATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATACTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCATCATTGTGTATTTGCTATAATGATATTCGCAACATTTTAAAATGATAAATTGTCTGTATACGTTACGCAATACACTACATTTTCTTTATTTTATCCGATTTTCGCGAGATTCCCCGTAGTTTAATCGTATTAATAAAAAAGGCTTACAATTAGTTGTAGGAAAAAGTACCACACAAACTACCTGCAACAAGCAATACTTCACACCAAAGTTCAACGGCAACAGAAACTACAACAAGATCAGGAAGAAGAGTACACTCCAGATAGGTACGTCACAACAACCATATTTATCTAGCCCAAATCCTGAAATTGTTCTTATAACACAAAAATTCCTTATTTTTATTAGCTGTTC] [+] EMBL CD079669 [CTCGAGCCAAAATTCGGCACGAGGACTGGCCTCTCAGCGGTAGACTTTAAAAACCTGTTTGCCCTTACAACATACACATCCCAAGTCATCAGATAATCAAATAGTGTAGTAATTCTTTGTATATGGGCGATTATTTTACGCTCTATTTCTTTGACAATGTTTAAAAAGATCACTACAGTCTAATTGAATGCATACTAAATTAAAAATTCTTGTACTTTGTAGTTCTACCTCAGATGTTGAACAATCATACTTTTAAGCTATCTTATAGTATTTTTCTTGCCATTTACTTTCAAATTTTAGTAACTAAGTTCATCGTTCAGATGAGAATTGACACTACTCCTAAACCGTTTATTCAAATGTATTATATTTAGAGCACTAATTGATTAAATAAATACTTCAGTGTGTTATTATAAATTTCTACGATTATTCTTCAACATTAGAACGAAGTTTAACAAAAATTGGGCACCAAGTATAATTTTTTATTATAAATGTTTGGCTACTAGGTCAAGTGATACTGTAAAAACTATTGAAATAGGTCTGTACTAATGTATTAATAAATTATAACCAGAAAAGTTATTACCTATAGCCAATAGATTTTTATTCATTTTACTGGCCCTTCATTCCTATTTAGCTCCAATTTCTTATAATTGATGAAACTNTCCTGAAGTTTATTNTACCCCTTGTTTTTATTGCTTAA ] [-] EMBL CD073929 [ TTTTATTCATTTTACTGGCCCTTCATTCCTATTTAGCTCCAATTTCTTATAATTGATGAAACTTTCCTGAAGTTTATTTTACCCCTTGTTTTTATTGCTTAAATTTCTTTACAGATATACTGTTGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGTCCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTTTTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTTTTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATTTTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTACATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTATATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATACTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCATCATTGTGTATTTGCTATAATGATATTCGCAACATTTTAAAATGATAAATTGTCT ] [+] EMBL CD169292 [ ATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCATCATTGTGTATTTGCTATAATAATATTCGCAACATTTTAATATGATAAATTGTCTGTATACGTTACGCAATACACTACATTTTCTTTATTTTATCCGATTTTCGCGAGATTCCCCGTAGTTTAATCGTATTAATAAAAAAGGCTTACAATTAGTTGTAGGAAAAAGTACCACACAAACTACCTGCAACAAGCAATACTTCACACCAAAGTTCAACGGCAACAGAAACTACAACAAGATCAGGAAGAAGAGTACACTCCAGATAGGTACGTCACAACAACCATATTTATCTAGCCCAAATCCTGAAATTGTTCTTATAACACAAAAATTCCTTATTTTTATTAGCTGTTC] consensusID : consensus_7613#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 687 fasta sequence [AATATTGAATTTAATTCAATCGGCTATAGTGTTCCTTCAAAGGCAACTTCATCCACTAGCGAAATTTCACCTAGCGACAGAATATAAGATACGGGAAAAATAATTCAACTATAATTTCGGATATACTGTTGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGTCCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTTTTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTTTTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATTTTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTACATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTATATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATACTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCATCATTGTGTATTTGCTATAATAATATTCGCAACATTTTAATATGATAAATTGTCTGTATACGTTACGCAATACACTAC] [-] EMBL CD074092 [AATATTGAATTTAATTCAATCGGCTATAGTGTTCCTTCAAAGGCAACTTCATCCACTAGCGAAATTTCACCTAGCGACAGAATATAAGATACGGGAAAAATAATTCAACTATAATTTCGGATATACTGTTGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGTCCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTTTTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTTTTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATTTTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTACATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTATATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATACTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCATCATTGTGTATTTGCTATAATAATATTCGCAACATTTTAATATGATAAATTGTCT ] [-] EMBL CD074302 [ CTAGCGACAGAATATAAGATACGGAAAAAATAATTCAACTATAATTTCGGATATACTGTTGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGTCCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTTTTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTTTTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATTTTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTACATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTATATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATACTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCATCATTGTGTATTTGCTATAATAATATTCGCAACATTTTAATATGATAAATTGTCTGTATACGTTACGCAATACACTAC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7613#0 CTCGAGCCAAAATTCGGCACGAGGACTGGCCTCTCAGCGGTAGACTTTAAAAACCTGTTT 60 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 GCCCTTACAACATACACATCCCAAGTCATCAGATAATCAAATAGTGTAGTAATTCTTTGT 120 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 ATATGGGCGATTATTTTACGCTCTATTTCTTTGACAATGTTTAAAAAGATCACTACAGTC 180 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 TAATTGAATGCATACTAAATTAAAAATTCTTGTACTTTGTAGTTCTACCTCAGATGTTGA 240 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 ACAATCATACTTTTAAGCTATCTTATAGTATTTTTCTTGCCATTTACTTTCAAATTTTAG 300 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 TAACTAAGTTCATCGTTCAGATGAGAATTGACACTACTCCTAAACCGTTTATTCAAATGT 360 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 ATTATATTTAGAGCACTAATTGATTAAATAAATACTTCAGTGTGTTATTATAAATTTCTA 420 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 CGATTATTCTTCAACATTAGAACGAAGTTTAACAAAAATTGGGCACCAAGTATAATTTTT 480 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 TATTATAAATGTTTGGCTACTAGGTCAAGTGATACTGTAAAAACTATTGAAATAGGTCTG 540 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 TACTAATGTATTAATAAATTATAACCAGAAAAGTTATTACCTATAGCCAATAGATTTTTA 600 consensus_7613#1 ---------------------------------------------------AATATTGAA 9 * ** * consensus_7613#0 TTCATTTTACTGGCCCTTCATTCCTATTTAGCTCCAATTTCTTATAATTGATGAAACTNT 660 consensus_7613#1 TTTAATTCAATCGGCTATAGTGTTCCTTCAAAGGCAACTTCATCCACTAGCGAAATTTCA 69 ** * ** * * * * * * ** * *** *** * * * * ** * consensus_7613#0 CCTGAAGTTT--ATTNTACCCCTTGTTTTTATTGCTTAAATTTCTTTACAGATATACTGT 718 consensus_7613#1 CCTAGCGACAGAATATAAGATACGGGAAAAATAATTCAACTATAATTTCGGATATACTGT 129 *** * ** * * ** * ** * * ** * ********** consensus_7613#0 TGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGT 778 consensus_7613#1 TGAACGAAGAAATACACATAGATTACTGTTAGACCTATGTGATCTACATCATATTCCCGT 189 ************************************************************ consensus_7613#0 CCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTT 838 consensus_7613#1 CCCAAAATCAATTAAATTCTGTTTGTAGTTACTATTTAATATTAATTTACTACTTTTGTT 249 ************************************************************ consensus_7613#0 TTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTT 898 consensus_7613#1 TTAAAGTATTCCTTTATTCTCATATATTATTTATTTAGTATTTTATTTTACTTGGTTGTT 309 ************************************************************ consensus_7613#0 TTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATT 958 consensus_7613#1 TTTAATAACTCTTACAATTTCTGTTTCTTCTATTGGGATCACTCTTTTTTTTCTTCAATT 369 ************************************************************ consensus_7613#0 TTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTA 1018 consensus_7613#1 TTCGCAATTACTACACTAGATTTTATGAAGGCTGTGTATCTGTACCCTTTAAAATATTTA 429 ************************************************************ consensus_7613#0 CATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTA 1078 consensus_7613#1 CATGAAAATATTGCATACTAATTATTAACCAGCTTCTTTAGTAATGTATTCCCATATTTA 489 ************************************************************ consensus_7613#0 TATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATA 1138 consensus_7613#1 TATTATAAGCTTTATCATGTTATTGTTTTCAGGTATTTTTATATTTACAATTTATTTATA 549 ************************************************************ consensus_7613#0 CTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCA 1198 consensus_7613#1 CTTATCAGGTCATTACTACAGTTGTCGTATTTTATATTTTATGACAATGTATATTCGTCA 609 ************************************************************ consensus_7613#0 TCATTGTGTATTTGCTATAATGATATTCGCAACATTTTAAAATGATAAATTGTCTGTATA 1258 consensus_7613#1 TCATTGTGTATTTGCTATAATAATATTCGCAACATTTTAATATGATAAATTGTCTGTATA 669 ********************* ****************** ******************* consensus_7613#0 CGTTACGCAATACACTACATTTTCTTTATTTTATCCGATTTTCGCGAGATTCCCCGTAGT 1318 consensus_7613#1 CGTTACGCAATACACTAC------------------------------------------ 687 ****************** consensus_7613#0 TTAATCGTATTAATAAAAAAGGCTTACAATTAGTTGTAGGAAAAAGTACCACACAAACTA 1378 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 CCTGCAACAAGCAATACTTCACACCAAAGTTCAACGGCAACAGAAACTACAACAAGATCA 1438 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 GGAAGAAGAGTACACTCCAGATAGGTACGTCACAACAACCATATTTATCTAGCCCAAATC 1498 consensus_7613#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7613#0 CTGAAATTGTTCTTATAACACAAAAATTCCTTATTTTTATTAGCTGTTC 1547 consensus_7613#1 ------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||