cluster # 7954

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Schistosoma mansoni
cluster # 7954 cluster # 7954 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7954#0 length = 749 sequences # 4

consensus_7954#1 length = 524 sequences # 1
consensus_7954#2 length = 238 sequences # 1

consensusID : consensus_7954#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 749
fasta sequence

                              [AAAGAGATCATTAATAATGGGATCATTTGCTTATTTGTTTAACTATTCTAGAGATTAATTAAATTACCTCTTCGTCATTATAT-TGTTTCTATGATGATTATCTCTTTTTTNTATTGCAGAAACGGATTTTTTACTGCTCCTTTTTGTCTTTGTTTTTAAAGTTTCTTCATACTGGTGGTTTACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTTCCTCTTTTCATAATGATGATTATGTTTGATTAGTGGACTGGTATGTGTATGATTTTTACTGAGTATTGTCACTATCTTGATGGGAACTGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTACAATTAAATATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTATGAAACAAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGTCGTTGTTGTTTTTATAATGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAATGTGCTTCTTTTGTCGATATGTATT-GTCTTATAAATACTGGTTTGACTTGTATAAATTGCCTGACAGAATAACGTCTTGAAGTGTGACTCAGGTTCCTTATTATTTGATGAACTAATTGATGTATGATTATGCTTATCTAATGCTTCCTAGTAACTA]

[+] EMBL CD091953             [AAAGAGATCATTAATAATGGGATCATTTGCTTATTTGTTTAACTATTCTAGAGATTAATTAAATTACCTCTTCGTCATTATAT TGTTTCTATGATGATTATCTCTTTTTTTTATTGCAGAAACGGATTTTTTACTGCTCCTTTTTGTCTTTGTTTTTAAAGTTTCTTCATACTGGTGGTTTACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTTCCTCTTTTCATAATGATGATTATGTTTGATTAGTGGACTGGTATGTGTATGATTTTTACTGAGTATTGTCACTATCTTGATGGGAACTGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTACAATTAAATATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTATGAAACAAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGTCGTTGTTGTTTTTATAATGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAATGTGCTTCTTTTGTCGATATGTATTGGNCTTAT AATACTG                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD091989             [                                                                        CGTCA TATATGGGTTTCTATGATGATTATCTCTTTTTTNTATGCCAGAAACGGATTTTTTACTGCTCCTTTTTGTCTTTGTTTTTAAAGTTTCTTCATACTGGTGGTTTACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTTCCTCCTTTCATAATGATGATTATGTTTGATTAGTGGACTGGTATGTGTATGACTTTTACTGAGTATTGTCACTATCTTGATGGGAACTGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTACAATTAAATATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTATGAAACAAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGTCGTTGTTGTTTTTATAATGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAATGTGCTTCTTTTGTCGATATGTATT GTCTTATAAATACTGGTTTGACTTGTATAAATTGCCTGACAGAATAACGTCTT                                                                               ]
[-] EMBL CD091966             [                                                                                                  TTATCTCTNTTTTNTATTGCAGAAACGGATTTTTTACTGCTCCTTTTTGTCTTTGTTTCTAAAGTTTCTTCATACTGGTGGTTTACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTTCCTCTTTTCATAATGATGATTATGTTTGATTAGTGGACTGGTATGTGTATGATTTTTACTGAGTATTGTCACTATCTTGATGGGAACTGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTACAATTAAATATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTATGAAACAAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTGTTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGTCGTTGTTGTTTTTATAATGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAATGTGCTTCTTTTGTCGATATGTATT GTCTTATAAATACTGGTTTGACTTGTATAAATTGCCTGACAGAATAACGTCTT                                                                               ]
[-] EMBL CD195164             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTGATGGGAACTGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTACAATTAAATATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTATGAAACAAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGTCGTTGTTGTTTTTATAATGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAATGTGCTTCTTTTGTCGATATGTATT GTCTTATAAATACTGGTTTGACTTGTATAAATTGCCCGACAGAATAACGTCTTGAAGTGTGACTCAGGTTCCTTATTATTTGATGAACTAATTGATGTATGATTATGCTTATCTAATGCTTCCTAGTAACTA]




>consensus_7954#0
AAAGAGATCATTAATAATGGGATCATTTGCTTATTTGTTTAACTATTCTAGAGATTAATT
AAATTACCTCTTCGTCATTATATTGTTTCTATGATGATTATCTCTTTTTTNTATTGCAGA
AACGGATTTTTTACTGCTCCTTTTTGTCTTTGTTTTTAAAGTTTCTTCATACTGGTGGTT
TACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTTCCTCT
TTTCATAATGATGATTATGTTTGATTAGTGGACTGGTATGTGTATGATTTTTACTGAGTA
TTGTCACTATCTTGATGGGAACTGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGCGAC
AACTGGAACTTGTACAATTAAATATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTATGAAAC
AAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACA
ATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGTCGTTGTTGTTTTTATAA
TGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAATGTGCTTC
TTTTGTCGATATGTATTGTCTTATAAATACTGGTTTGACTTGTATAAATTGCCTGACAGA
ATAACGTCTTGAAGTGTGACTCAGGTTCCTTATTATTTGATGAACTAATTGATGTATGAT
TATGCTTATCTAATGCTTCCTAGTAACTA

consensusID : consensus_7954#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 524
fasta sequence

                              [AGAACCATCATTCATAATGGAATCATTCGCTTATTAGTTTAACTAGTCTACATATTAACTCAATTACCTCTTCTTCATTATATTGTCTCTATGATGATTATCTCTTTTCTTTATCGCATAAACGGATTTTTTACTGCACCTTTTTGACTTTGTTATTAAAGTCTCTTCATACTGGTGGTTAACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTGCCTATTTTCATAATGATGATTATGTTTGATTACTGGACTGGTCTGTGTATGATTCTGACTGAGTATTGCCACTATCTCGATGGCAACTGTTCACCTAACCTGGTGTATCTCCAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTGCGATTACATATCTATATATAGATATTTCTTACATTGCTTATGACACAAACATGCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGAT]

[+] EMBL CD091954             [AGAACCATCATTCATAATGGAATCATTCGCTTATTAGTTTAACTAGTCTACATATTAACTCAATTACCTCTTCTTCATTATATTGTCTCTATGATGATTATCTCTTTTCTTTATCGCATAAACGGATTTTTTACTGCACCTTTTTGACTTTGTTATTAAAGTCTCTTCATACTGGTGGTTAACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTGCCTATTTTCATAATGATGATTATGTTTGATTACTGGACTGGTCTGTGTATGATTCTGACTGAGTATTGCCACTATCTCGATGGCAACTGTTCACCTAACCTGGTGTATCTCCAAATACCAGCGACAACTGGAACTTGTGCGATTACATATCTATATATAGATATTTCTTACATTGCTTATGACACAAACATGCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACAATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGAT]




>consensus_7954#1
AGAACCATCATTCATAATGGAATCATTCGCTTATTAGTTTAACTAGTCTACATATTAACT
CAATTACCTCTTCTTCATTATATTGTCTCTATGATGATTATCTCTTTTCTTTATCGCATA
AACGGATTTTTTACTGCACCTTTTTGACTTTGTTATTAAAGTCTCTTCATACTGGTGGTT
AACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTGCCTAT
TTTCATAATGATGATTATGTTTGATTACTGGACTGGTCTGTGTATGATTCTGACTGAGTA
TTGCCACTATCTCGATGGCAACTGTTCACCTAACCTGGTGTATCTCCAAATACCAGCGAC
AACTGGAACTTGTGCGATTACATATCTATATATAGATATTTCTTACATTGCTTATGACAC
AAACATGCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGTGAACA
ATCCAATTGATAATGTATTCTCAAATCGCTTGATATTCACTGAT

consensusID : consensus_7954#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 238
fasta sequence

                              [CTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGATTAGAACATTTTTATTTAGCACGAATTAACAAAAAAAGATGAAAGGGACTTGATTGCACAGTAAAATGGAACTTTCCAAAAACATCCCTAAACCATCTGGTAACAAATAACTACCTGTTACTCATCTTTCGGGGTATGTTAGAGTGATTACTATTAGTTACTAGGAAGCATTAGATAAGCATAATCATACATCAATCAATTAGTTCAT]

[+] EMBL AA566155             [CTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGATTAGAACATTTTTATTTAGCACGAATTAACAAAAAAAGATGAAAGGGACTTGATTGCACAGTAAAATGGAACTTTCCAAAAACATCCCTAAACCATCTGGTAACAAATAACTACCTGTTACTCATCTTTCGGGGTATGTTAGAGTGATTACTATTAGTTACTAGGAAGCATTAGATAAGCATAATCATACATCAATCAATTAGTTCAT]




>consensus_7954#2
CTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGATTAGAACATTTTTATTTAGCACGAATTAAC
AAAAAAAGATGAAAGGGACTTGATTGCACAGTAAAATGGAACTTTCCAAAAACATCCCTA
AACCATCTGGTAACAAATAACTACCTGTTACTCATCTTTCGGGGTATGTTAGAGTGATTA
CTATTAGTTACTAGGAAGCATTAGATAAGCATAATCATACATCAATCAATTAGTTCAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7954#0      AAAGAGATCATTAATAATGGGATCATTTGCTTATTTGTTTAACTATTCTAGAGATTAATT 60
consensus_7954#1      AGAACCATCATTCATAATGGAATCATTCGCTTATTAGTTTAACTAGTCTACATATTAACT 60
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      AAATTACCTCTTCGTCATTATATTGTTTCTATGATGATTATCTCTTTTTTNTATTGCAGA 120
consensus_7954#1      CAATTACCTCTTCTTCATTATATTGTCTCTATGATGATTATCTCTTTTCTTTATCGCATA 120
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      AACGGATTTTTTACTGCTCCTTTTTGTCTTTGTTTTTAAAGTTTCTTCATACTGGTGGTT 180
consensus_7954#1      AACGGATTTTTTACTGCACCTTTTTGACTTTGTTATTAAAGTCTCTTCATACTGGTGGTT 180
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      TACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTTCCTCT 240
consensus_7954#1      AACTCATTATATTCCTACTTTATTGACTTTTAGGAGAGATTACATAACAATGCTGCCTAT 240
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      TTTCATAATGATGATTATGTTTGATTAGTGGACTGGTATGTGTATGATTTTTACTGAGTA 300
consensus_7954#1      TTTCATAATGATGATTATGTTTGATTACTGGACTGGTCTGTGTATGATTCTGACTGAGTA 300
consensus_7954#2      -----------------------------------------------CTTTGAGTTTTTT 13
                                                                      * * * *   * 

consensus_7954#0      TTGTCACTATCT--TGATGGGAAC-TGTTCACCTAAGCTGGTATATCACAAAATACCAGC 357
consensus_7954#1      TTGCCACTATCT--CGATGGCAAC-TGTTCACCTAACCTGGTGTATCTCCAAATACCAGC 357
consensus_7954#2      TTTTTTTTTTTTAATGATTAGAACATTTTTATTTAGCACGAATTAACAAAAAAAGATGAA 73
                      **     * * *   ***   *** * ** *  **    *   ** *   ***       

consensus_7954#0      GACAACTGGAACTTGTACAATTAAAT--ATCTATATATAGTTATTTCTTTCATTGTTTAT 415
consensus_7954#1      GACAACTGGAACTTGTGCGATTACAT--ATCTATATATAGATATTTCTTACATTGCTTAT 415
consensus_7954#2      AGGGACTTGA--TTGCACAGTAAAATGGAACTTTCCAAAAACATCCCTAAACCATCTGGT 131
                          *** **  ***  *  * * **  * ** *  * *   **  **        *  *

consensus_7954#0      GAAACAAACATTCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGT 475
consensus_7954#1      GACACAAACATGCACCGTACTGATCGTCCTTTGTTTAAAATTGCGCCGACATGCAGCTGT 475
consensus_7954#2      AACAAATAACTACCTGTTACTCATCTTTCGGGGTATGTTAGAGTGATTACTATTAGTTAC 191
                       * * * *  * *    **** *** * *   ** *   *  * *   **    ** *  

consensus_7954#0      GAACAATCCAATTGATAA-TGTATTCTCAAATCGCTTGAT--ATTCACTGTCGTTGTTGT 532
consensus_7954#1      GAACAATCCAATTGATAA-TGTATTCTCAAATCGCTTGAT--ATTCACTGAT-------- 524
consensus_7954#2      TAGGAAGC-ATTAGATAAGCATAATCATACATCAATCAATTAGTTCAT------------ 238
                       *  ** * * * *****   ** **  * ***  *  **   ****             

consensus_7954#0      TTTTATAATGAACAGTAATAAATACTTATCGTGATGTATGTGTGATATGTACGAAACTAA 592
consensus_7954#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      TGTGCTTCTTTTGTCGATATGTATTGTCTTATAAATACTGGTTTGACTTGTATAAATTGC 652
consensus_7954#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      CTGACAGAATAACGTCTTGAAGTGTGACTCAGGTTCCTTATTATTTGATGAACTAATTGA 712
consensus_7954#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7954#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7954#0      TGTATGATTATGCTTATCTAATGCTTCCTAGTAACTA 749
consensus_7954#1      -------------------------------------
consensus_7954#2      -------------------------------------