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Schistosoma mansoni
cluster # 8429 cluster # 8429       Sequences # 6       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8429#0 length = 1138 sequences # 5  
consensus_8429#1 length = 508 sequences # 1  

consensusID : consensus_8429#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1138
fasta sequence
                              [CTCGCAGCCAAAAATTCGGCACGAGGCATTCGGTAAAACATTTCCCTGAAAAAAATTGGGTTTTTGTGTGCAAGCTGCGGAACTGTCGTTGCCGATGACCAGGTCTTGACAGGTACTTTAAAAGTCCAACAACTAAGCTAATGTCAAACGTTTAATTGGACCCTCAAAATTTTCAAATGGATAGGCTTGGTAATACTATCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGTCCAGCTACTTAACCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCGTTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTCGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTGTCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAGTGACTAGCTTGATAGTGACGCAAAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGTCTTGTGTTCTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATAAGTAGACGTTTAAAGTCACTCTTGATGTCTCAACCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAATAAATTCACAATAAATCAGCTGGAAGATGTTGACTATTCATTGCCTTATATTCGTCGTATCGTTATAGTCCCTGATAATCTAAAGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATTTCTAACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCTTTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGATCATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATTTCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAATTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAAGTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGGGTTAATTATTTATCTGGAATTCAAATAAACA]

[+] EMBL CD079391             [CTCGCAGCCAAAAATTCGGCACGAGGCATTCGGTAAAACATTTCCCTGAAAAAAATTGGGTTTTTGTGTGCAAGCTGCGGAACTGTCGTTGCCGATGACCAGGTCTTGACAGGTACTTTAAAAGTCCAACAACTAAGCTAATGTCAAACGTTTAATTGGACCCTCAAAATTTTCAAATGGATAGGCTTGGTAATACTATCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGTCCAGCTACTTAACCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCGTTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTCGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTGTCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAGTGACTAGCTTGATAGTGACGCAAAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGTCTTGTGTTCTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATAAGTAGACGTTTAAAGTCACTCTTGATGTCTCAACCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCANATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAATANATTCACAATAAATCAGCTGGAAGATGTTGACTATTCATTGCCTTATATTCGTCGTATCGTTATAGTCCCTGATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CD192238             [                                            CCTGAAAAAAATTGGGTTTTTATGTGCAAGCTGCGGATCTGTCGTTGCCGATGACCAGGTCTTGACAGGTACTTTAAAAGTCCAACAACTAAGCTAATGTCAAACGTTTAATTGGACCCTCAAAATTTACAAATGGATAGGCTTGGTAATACTATCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGTCCAGCTACTTAACCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCGTTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTTGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTGCCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAGTGACTAGCTTGATAGTGACGCANAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGCCTTGTGTTCTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATAAGTAGACGTTTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL AI975955             [                                                                                                                                                                                           TGGGAATACTATCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGGCCAGCTACTTAACCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCGTTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTTGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTGCCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAGTGACTAGCTTGATAGTGACGCAAAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGCCTTGCGTTCTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATAAGTAGACGTTTAAAGTCACTCTTGATGTCTCAACCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAATAAATTCACAATAAATCAGCTGGAAGATGTTGATTATTCATTGCCTTATATTCGGCGTATCGGTATAGTCCCTGATAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[-] EMBL CD127812             [                                                                                                                                                                                                      TCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGTCCAGCTACTTAACCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCGTTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTCGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTGTCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAGTGACTAGCTTGATAGTGACGCAAAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGTCTTGTGTTCTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATAAGTAGACGTTTAAAGTCACTCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD073666             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTCGTCTTGTGTTCTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATAAGTAGACGTTTAAAGTCACTCTTGATGTCTCAACCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAATAAATTCACAATAAATCAGCTGGAAGATGTTGACTATTCATTGCCTTATATTCGTCGTATCGTTATAGTCCCTGATAATCTAAAGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATTTCTAACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCTTTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGATCATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATTTCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAATTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAAGTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGGGTTAATTATTTATCTGGAATTCAAATAAACA]


>consensus_8429#0 CTCGCAGCCAAAAATTCGGCACGAGGCATTCGGTAAAACATTTCCCTGAAAAAAATTGGG TTTTTGTGTGCAAGCTGCGGAACTGTCGTTGCCGATGACCAGGTCTTGACAGGTACTTTA AAAGTCCAACAACTAAGCTAATGTCAAACGTTTAATTGGACCCTCAAAATTTTCAAATGG ATAGGCTTGGTAATACTATCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGTCCAGCTACTTAA CCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCG TTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTCGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTG TCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAG TGACTAGCTTGATAGTGACGCAAAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGTCTTGTGTT CTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATA AGTAGACGTTTAAAGTCACTCTTGATGTCTCAACCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTAT AATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAATAAATTCACAATAAATCAGCTGG AAGATGTTGACTATTCATTGCCTTATATTCGTCGTATCGTTATAGTCCCTGATAATCTAA AGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATTTCTA ACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCT TTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGAT CATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATT TCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAA TTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAA GTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGGGTTAATTATTTATCTGGAATTCAAATAAACA



consensusID : consensus_8429#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 508
fasta sequence
                              [CCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAAGGCAATGAATAGTCCCTGATAATCTAAAGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATGTCTAACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCTTTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGATCATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATTTCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAATTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAAGTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGTATTAATTATTTATCTGGACTTCAAATAAAC]

[+] EMBL CD079159             [CCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAAGGCAATGAATAGTCCCTGATAATCTAAAGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATGTCTAACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCTTTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGATCATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATTTCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAATTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAAGTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGTATTAATTATTTATCTGGACTTCAAATAAAC]


>consensus_8429#1 CCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTATAATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCT ATAAGGCAATGAATAGTCCCTGATAATCTAAAGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAG CAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATGTCTAACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATT GCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCTTTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGT CCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGATCATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTC GCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATTTCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTA CAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAATTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTC GTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAAGTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGTAT TAATTATTTATCTGGACTTCAAATAAAC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8429#0      CTCGCAGCCAAAAATTCGGCACGAGGCATTCGGTAAAACATTTCCCTGAAAAAAATTGGG 60
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      TTTTTGTGTGCAAGCTGCGGAACTGTCGTTGCCGATGACCAGGTCTTGACAGGTACTTTA 120
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      AAAGTCCAACAACTAAGCTAATGTCAAACGTTTAATTGGACCCTCAAAATTTTCAAATGG 180
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      ATAGGCTTGGTAATACTATCTAAATTCATGGGAAGACTTGTTGGTCGTCCAGCTACTTAA 240
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      CCAACCGAAACCACGAATAGTTTGAGGCCATTCGAAAATAACAGCGACTCTGGGTGTGCG 300
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      TTGAAGTCTGTAACCACCCACACATTCGTGCCAAATATACCTTTGTTTTAGAAGTCTGTG 360
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      TCCGCATATCTTTTCTGAGTTACTGCAGAATGACACCGGAGTCCCCGAATTAGGTTTGAG 420
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      TGACTAGCTTGATAGTGACGCAAAATTAGCGTAGCCTCTAATAAGTCCTCGTCTTGTGTT 480
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      CTGTACTAGTCAACTTGTCGGCATCTACATTTATTACTGTTCCGCGAAACTGTTTTTATA 540
consensus_8429#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8429#0      AGTAGACGTTTAAAGTCACTCTTGATGTCTCAACCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTAT 600
consensus_8429#1      ---------------------------------CCGACCTCTTAATTAGGTATTAATTAT 27
                                                       ***************************

consensus_8429#0      AATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAATAAATTCACAATAAATCAGCTGG 660
consensus_8429#1      AATAATCGCAAATCGCCATTGCTACTTTTGCCTATAAGG------CAATGAAT------- 74
                      *************************************        **** ***       

consensus_8429#0      AAGATGTTGACTATTCATTGCCTTATATTCGTCGTATCGTTATAGTCCCTGATAATCTAA 720
consensus_8429#1      -------------------------------------------AGTCCCTGATAATCTAA 91
                                                                 *****************

consensus_8429#0      AGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATTTCTA 780
consensus_8429#1      AGATATCTCGCAGTAAAGTGGTTAATTAGCAACACTAAGGTTCTGGCCGGCAAATGTCTA 151
                      ******************************************************* ****

consensus_8429#0      ACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCT 840
consensus_8429#1      ACATGCAAGTATGTATTTAGCTATGCATTGCCGAGGAAGGATAGAGCTTTTTCCTGTGCT 211
                      ************************************************************

consensus_8429#0      TTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGAT 900
consensus_8429#1      TTCCTTAATCTCTCTGCAAGCTTGTGGGTCCGAAATCGTCTGATGATGATGCTGAACGAT 271
                      ************************************************************

consensus_8429#0      CATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATT 960
consensus_8429#1      CATGAAGTTGATTCATTGCATCGTATCTCGCTTCTAAGGCGTTTAACGGTTCCACACATT 331
                      ************************************************************

consensus_8429#0      TCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAA 1020
consensus_8429#1      TCCAAGCTGGATTACTGTTGTTCATATTACAATGTTATATTAACAAGTTATAAACGACAA 391
                      ************************************************************

consensus_8429#0      TTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAA 1080
consensus_8429#1      TTGTTTTTGTCAGAAGGCTAAGACGCCTCGTCATTTATTGTCAATCTCGTATTCGCTGAA 451
                      ************************************************************

consensus_8429#0      GTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGGGTTAATTATTTATCTGGAATTCAAATAAACA 1138
consensus_8429#1      GTTTCGAATTAATATTTCATTTATTGTATTAATTATTTATCTGGACTTCAAATAAAC- 508
                      **************************  ***************** *********** 




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)