Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 8831 cluster # 8831       Sequences # 7       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8831#0 length = 1128 sequences # 6  
consensus_8831#1 length = 300 sequences # 1  

consensusID : consensus_8831#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1128
fasta sequence
                              [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAAGTGTGTAAGATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCATCCTTTGAAATACATGGATTGATAGATGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGACCATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCT-ATCAATACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATTTGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTTAGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGAGGGTTTCGATGACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAATGATGTCATTATCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG]

[+] EMBL BE519463             [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAAGTGTGTAAGATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCATCCTTTGAAATACATGGATTGATAGATGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGACCATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCTAATCAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD129938             [                                                                                                                                                                                                           TGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGACCATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCT ATCAATACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTNTTCTATCGATTGNAATTGTTGATGCTTTTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD131421             [                                                                                                                                                                                                                                                                               CTGCTTCAGCTGCT ATCAATACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCCGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL AI975580             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTNTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCAGCCGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAGCTGAGCTCATTCATTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTCAGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL AW017214             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATTTGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTTAGAGTAGATAATG                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD150356             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTAGATTTCTTTGTGGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATATGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTTAGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGAGGGTTTCGATGACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAATGATGTCATTATCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG]


>consensus_8831#0 AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAA GTGTGTAAGATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTA TTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCATCC TTTGAAATACATGGATTGATAGATGTTAAAGATATTGTATCAGATTTAGCAATTTGAGAC CATGAAAGTGAAGTTTTTGTTGATAGTGGAGCTGCTTCAGCTGCTATCAATACAGCAACT TGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGCTTGAGCAGCT TGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATTACTAGTAGCA GCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACTATCTGCTTTC AGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTCCTGTACAGCT AAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTTTAATCTTTCT TCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTCTGACTCCCAA GCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATTTTTACGTTTA GATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGATACGGCAATG TCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTTATCATTATCG TTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATTATTTGTATGC TTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATCAAGTATTGTT AGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGAGGGTTTCGAT GACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAATGATGTCATTA TCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG



consensusID : consensus_8831#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 300
fasta sequence
                              [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCATCCTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTGAGACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAAT]

[+] EMBL BE519459             [AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCAATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATTATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCATCCTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTGAGACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAAT]


>consensus_8831#1 AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCA ATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCATT ATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCATC CTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTGA GACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8831#0      AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTT-GATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCA 59
consensus_8831#1      AGAAGTTATGTTGTTATTCAAAGATGTTTTTTGATGATGAAGTGATTTTTAAATAATCCA 60
                      ******************************* ****************************

consensus_8831#0      AGTGTGTAA-GATGAGWWCCTATTTTGATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCAT 118
consensus_8831#1      ATTGTGTAAAGATGAGANNNNNATT-GATGAATGACCAGTGGATTTCTGTATTGGACCAT 119
                      * ******* ******       ** **********************************

consensus_8831#0      TATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTWTTATCAT 178
consensus_8831#1      TATTATTACTATTAGATGATATAACAACAGCACACTTAGAACGTTCAGTTGTTTTATCAT 179
                      **************************************************** *******

consensus_8831#0      CCTTTGAAATACATGG-ATTGATAGATGTTAAAGATATTGTA-TCAGATTTAGCAATTTG 236
consensus_8831#1      CCTTTGAAATACATKGGATTGATWGATGTTAAWGATATTGTAATCAGATTTADCAATTTG 239
                      ************** * ****** ******** ********* ********* *******

consensus_8831#0      AGACCATGAAAGTG-AAGTTTTTGTT--GATAGTGGAGCTG--CTTCAGCTGC-TATCAA 290
consensus_8831#1      AGACCATGKAAGTGTAAGTTTTTKGTTGAATRGTGGRGCCTGCCTTCAGCTGCCTATCAA 299
                      ******** ***** ********  *   ** **** **    ********** ******

consensus_8831#0      TACAGCAACTTGTTCAGACATTAATGCATCATGATATTTTCCTTTTGCCTCTTCAGCGGC 350
consensus_8831#1      T----------------------------------------------------------- 300
                      *                                                           

consensus_8831#0      TTGAGCAGCTTGAATTGATCGTAAATCTATTGGAGCAGCCTTGTTTGTGATATTTATATT 410
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ACTAGTAGCAGCTGCCGCCCATCGTGCAGATTCAGGCAACTTTAACTGAGCTAATTCACT 470
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ATCTGCTTTCAGACGTGATATTTCACGTTTACGCTGTTCAATAAGAGTGCGATTTTTTTC 530
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      CTGTACAGCTAAAGCTTTTTCTGCAGCTATGGCCATTGCCTCTTCTTCGGCCAACTTCTT 590
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TAATCTTTCTTCTTCAGCTAATGATTGTTCTAATGAGGCAGCTTTACGACGATTGAATTC 650
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TGACTCCCAAGCTAATTGACGTACTTCATCTGCTGTTAATTTTTTATTCGTTTTCTTATT 710
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TTTACGTTTAGATTTCTTTGTAGTTGTTAATGTTTCCTGTTCATTATTTGAAGTCAATGA 770
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      TACGGCAATGTCACATTCAGGAATTGATTTTTCTATCGATTGAAATTGTTGATGCTTTTT 830
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ATCATTATCGTTATCATCATCATCAGCAGCAACATTGTTGTTACCAACATGTGCATTATT 890
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      ATTTGTATGCTTATTAGGTTCATGATTGTTAATTGTTGAATCTAAGGGATGTTCATTATC 950
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      AAGTATTGTTAGAGTAGATAATGATTTTGTAAGTTCTATTCCTAAAGATGGTAATGTTGA 1010
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      GGGTTTCGATGACGAATTAACAGTTGTACCGTTACTATGATCATTAAGAATAGGTGAAAT 1070
consensus_8831#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8831#0      GATGTCATTATCAGTTTTGATATTATTATTCGAACCGTCGTCAAGAGTATTGGAGAAG 1128
consensus_8831#1      ----------------------------------------------------------
                                                                                




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)