ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | Root Listing
root/cd-hit/cd-hi-init.h
Revision: 1.1
Committed: Sat Feb 7 10:55:42 2004 UTC (17 years, 10 months ago) by dmb
Branch point for: main, MAIN
Log Message:
Initial revision

Line User Rev File contents
1 dmb 1.1 int NAA1 = MAX_UAA;
2     int NAA2 = NAA1 * NAA1;
3     int NAA3 = NAA1 * NAA1 * NAA1;
4     int NAA4 = NAA1 * NAA1 * NAA1 * NAA1;
5     int NAA5 = NAA1 * NAA1 * NAA1 * NAA1 * NAA1;
6    
7     int DB_no, NR_no, NR90_no;
8     int *NR_len;
9     int *NR_idx; // idx table -> unsorted no
10     int *NR90_idx; // idx table -> old no
11     int *NR_clstr_no; // cluster no.
12     char *NR_iden;
13     char *NR_flag;
14     char *NR_coverage;
15     char *(*NR_seq);
16     double NR_clstr = 0.9;
17     double NR_cov = 0.0;
18     int NR_clstr100 = 90;
19     int BAND_width = 20;
20     int NAA = 5;
21     int NAAN = NAA5;
22     int mem_limit = 400000000;
23     int mem_size = 3;
24     int length_of_throw = 10;
25     int des_len = 20;
26     int tolerance = 2;
27    
28     IDX_TBL word_table;
29    
30     int SEG_no;
31     int SEG_b[MAX_SEG], SEG_e[MAX_SEG], SEG90_b[MAX_SEG], SEG90_e[MAX_SEG];
32     char db_swap[MAX_SEG][MAX_FILE_NAME];
33    
34     int NN1=0, NN2=0, NN21=0, NN22=0, NN3=0, NN4=0, NN5=0, NN6=0;
35    
36     // following variables are for update
37     int old_clstr_file = 0;
38     int NRo_no = 0;
39     int NRo90_no = 0;
40     int *NRo_idx;
41     int *NRo_id1;
42     int *NRo_id2;
43     int *NRo_clstr_no;
44     int *NRo_NR_idx;
45     char *NRo_iden;
46     // end
47    
48     // following for mcd-hit
49     int *NR90f_idx;
50     int NR90f_no;
51     int NR_frag_no;
52     int Frag_size = 400;
53     int SEG90f_b[MAX_SEG], SEG90f_e[MAX_SEG];
54     // end
55    
56     AA_MATRIX mat;
57    
58     int naa_stat_start_percent = 40;
59     int naa_stat[5][61][4] = {
60    
61     // cover 0.99
62     {
63     // N=5 N=4 N=3 N=2
64     { 0, 0, 0, 7, }, // 40%
65     { 0, 0, 0, 8, }, // 41%
66     { 0, 0, 0, 9, }, // 42%
67     { 0, 0, 0, 9, }, // 43%
68     { 0, 0, 1, 10, }, // 44%
69     { 0, 0, 1, 11, }, // 45%
70     { 0, 0, 1, 12, }, // 46%
71     { 0, 0, 2, 13, }, // 47%
72     { 0, 0, 2, 14, }, // 48%
73     { 0, 0, 4, 16, }, // 49%
74     { 0, 0, 4, 16, }, // 50%
75     { 0, 0, 5, 17, }, // 51%
76     { 0, 0, 5, 18, }, // 52%
77     { 0, 0, 7, 20, }, // 53%
78     { 0, 1, 7, 21, }, // 54%
79     { 0, 1, 7, 21, }, // 55%
80     { 0, 2, 8, 23, }, // 56%
81     { 0, 2, 8, 25, }, // 57%
82     { 0, 2, 10, 25, }, // 58%
83     { 0, 3, 10, 26, }, // 59%
84     { 0, 4, 13, 28, }, // 60%
85     { 0, 5, 13, 30, }, // 61%
86     { 0, 5, 14, 30, }, // 62%
87     { 1, 6, 15, 33, }, // 63%
88     { 2, 7, 17, 34, }, // 64%
89     { 2, 7, 17, 35, }, // 65%
90     { 2, 9, 20, 37, }, // 66%
91     { 4, 10, 20, 37, }, // 67%
92     { 4, 11, 22, 40, }, // 68%
93     { 5, 12, 24, 41, }, // 69%
94     { 5, 12, 25, 42, }, // 70%
95     { 6, 16, 27, 43, }, // 71%
96     { 8, 16, 27, 45, }, // 72%
97     { 9, 17, 29, 47, }, // 73%
98     { 10, 18, 31, 47, }, // 74%
99     { 10, 20, 32, 50, }, // 75%
100     { 12, 20, 32, 51, }, // 76%
101     { 14, 22, 36, 54, }, // 77%
102     { 15, 24, 37, 55, }, // 78%
103     { 17, 26, 41, 58, }, // 79%
104     { 18, 29, 41, 59, }, // 80%
105     { 20, 30, 45, 60, }, // 81%
106     { 24, 35, 48, 62, }, // 82%
107     { 26, 36, 48, 64, }, // 83%
108     { 27, 38, 51, 65, }, // 84%
109     { 31, 43, 54, 68, }, // 85%
110     { 35, 43, 55, 70, }, // 86%
111     { 36, 48, 60, 71, }, // 87%
112     { 36, 50, 61, 73, }, // 88%
113     { 40, 50, 61, 75, }, // 89%
114     { 45, 54, 65, 75, }, // 90%
115     { 52, 60, 70, 79, }, // 91%
116     { 53, 62, 71, 81, }, // 92%
117     { 57, 66, 75, 84, }, // 93%
118     { 57, 66, 76, 85, }, // 94%
119     { 64, 71, 78, 85, }, // 95%
120     { 70, 75, 82, 89, }, // 96%
121     { 77, 81, 86, 92, }, // 97%
122     { 82, 86, 90, 94, }, // 98%
123     { 83, 87, 91, 95, }, // 99%
124     { 91, 93, 95, 97, }, // 100%
125     },
126     // cover 0.95
127     {
128     // N=5 N=4 N=3 N=2
129     { 0, 0, 1, 9, }, // 40%
130     { 0, 0, 2, 10, }, // 41%
131     { 0, 0, 2, 11, }, // 42%
132     { 0, 0, 3, 12, }, // 43%
133     { 0, 0, 3, 12, }, // 44%
134     { 0, 0, 4, 14, }, // 45%
135     { 0, 0, 4, 14, }, // 46%
136     { 0, 1, 5, 16, }, // 47%
137     { 0, 1, 6, 17, }, // 48%
138     { 0, 2, 7, 19, }, // 49%
139     { 0, 2, 8, 19, }, // 50%
140     { 0, 2, 8, 20, }, // 51%
141     { 0, 2, 9, 21, }, // 52%
142     { 0, 4, 10, 23, }, // 53%
143     { 1, 4, 11, 24, }, // 54%
144     { 1, 4, 11, 24, }, // 55%
145     { 1, 5, 13, 26, }, // 56%
146     { 2, 5, 13, 27, }, // 57%
147     { 2, 6, 15, 29, }, // 58%
148     { 2, 7, 15, 30, }, // 59%
149     { 3, 8, 16, 31, }, // 60%
150     { 4, 8, 18, 32, }, // 61%
151     { 4, 9, 18, 33, }, // 62%
152     { 5, 11, 20, 36, }, // 63%
153     { 6, 12, 22, 37, }, // 64%
154     { 6, 12, 22, 38, }, // 65%
155     { 8, 14, 24, 40, }, // 66%
156     { 8, 15, 25, 41, }, // 67%
157     { 10, 16, 27, 42, }, // 68%
158     { 10, 18, 28, 45, }, // 69%
159     { 11, 18, 29, 45, }, // 70%
160     { 14, 21, 31, 47, }, // 71%
161     { 14, 22, 32, 48, }, // 72%
162     { 14, 22, 33, 50, }, // 73%
163     { 17, 24, 36, 52, }, // 74%
164     { 17, 25, 36, 52, }, // 75%
165     { 18, 27, 39, 54, }, // 76%
166     { 20, 29, 41, 56, }, // 77%
167     { 21, 31, 42, 58, }, // 78%
168     { 21, 31, 46, 60, }, // 79%
169     { 27, 35, 46, 60, }, // 80%
170     { 28, 37, 50, 63, }, // 81%
171     { 31, 38, 50, 64, }, // 82%
172     { 34, 43, 53, 66, }, // 83%
173     { 36, 45, 54, 67, }, // 84%
174     { 41, 50, 60, 70, }, // 85%
175     { 43, 51, 60, 71, }, // 86%
176     { 45, 54, 63, 74, }, // 87%
177     { 48, 55, 64, 75, }, // 88%
178     { 54, 60, 68, 78, }, // 89%
179     { 55, 62, 71, 80, }, // 90%
180     { 56, 63, 71, 80, }, // 91%
181     { 64, 70, 76, 84, }, // 92%
182     { 69, 74, 80, 86, }, // 93%
183     { 73, 78, 83, 88, }, // 94%
184     { 74, 78, 84, 89, }, // 95%
185     { 80, 84, 87, 91, }, // 96%
186     { 83, 86, 90, 93, }, // 97%
187     { 86, 89, 92, 95, }, // 98%
188     { 91, 93, 95, 97, }, // 99%
189     { 92, 93, 95, 97, }, // 100%
190     },
191     // cover 0.9
192     {
193     // N=5 N=4 N=3 N=2
194     { 0, 0, 2, 11, }, // 40%
195     { 0, 0, 3, 12, }, // 41%
196     { 0, 0, 3, 12, }, // 42%
197     { 0, 1, 4, 13, }, // 43%
198     { 0, 1, 5, 14, }, // 44%
199     { 0, 1, 5, 15, }, // 45%
200     { 0, 1, 6, 16, }, // 46%
201     { 0, 2, 7, 18, }, // 47%
202     { 0, 2, 7, 18, }, // 48%
203     { 0, 3, 9, 20, }, // 49%
204     { 1, 4, 9, 20, }, // 50%
205     { 1, 4, 10, 21, }, // 51%
206     { 1, 4, 11, 23, }, // 52%
207     { 2, 5, 12, 24, }, // 53%
208     { 2, 5, 12, 25, }, // 54%
209     { 2, 6, 13, 26, }, // 55%
210     { 3, 7, 14, 28, }, // 56%
211     { 3, 7, 15, 28, }, // 57%
212     { 4, 8, 16, 30, }, // 58%
213     { 5, 9, 17, 31, }, // 59%
214     { 5, 10, 18, 32, }, // 60%
215     { 6, 11, 20, 35, }, // 61%
216     { 6, 11, 20, 35, }, // 62%
217     { 7, 13, 22, 38, }, // 63%
218     { 8, 14, 23, 39, }, // 64%
219     { 8, 15, 24, 39, }, // 65%
220     { 10, 16, 26, 42, }, // 66%
221     { 10, 17, 27, 42, }, // 67%
222     { 12, 19, 29, 44, }, // 68%
223     { 13, 20, 30, 46, }, // 69%
224     { 13, 21, 31, 47, }, // 70%
225     { 16, 23, 33, 48, }, // 71%
226     { 18, 25, 34, 50, }, // 72%
227     { 18, 26, 36, 51, }, // 73%
228     { 19, 28, 38, 53, }, // 74%
229     { 20, 29, 38, 53, }, // 75%
230     { 23, 30, 41, 56, }, // 76%
231     { 24, 33, 43, 57, }, // 77%
232     { 26, 34, 45, 59, }, // 78%
233     { 28, 37, 48, 61, }, // 79%
234     { 30, 37, 48, 62, }, // 80%
235     { 33, 42, 52, 64, }, // 81%
236     { 35, 43, 53, 65, }, // 82%
237     { 38, 47, 56, 68, }, // 83%
238     { 40, 47, 56, 68, }, // 84%
239     { 44, 53, 61, 71, }, // 85%
240     { 45, 53, 62, 73, }, // 86%
241     { 50, 58, 66, 75, }, // 87%
242     { 51, 58, 66, 76, }, // 88%
243     { 57, 63, 71, 79, }, // 89%
244     { 60, 66, 72, 81, }, // 90%
245     { 62, 68, 75, 83, }, // 91%
246     { 70, 74, 80, 85, }, // 92%
247     { 74, 78, 82, 88, }, // 93%
248     { 85, 87, 90, 92, }, // 94%
249     { 86, 88, 90, 92, }, // 95%
250     { 87, 89, 91, 93, }, // 96%
251     { 87, 89, 92, 94, }, // 97%
252     { 89, 91, 93, 96, }, // 98%
253     { 93, 94, 96, 97, }, // 99%
254     { 94, 95, 97, 98, }, // 100%
255     },
256     // cover 0.8
257     {
258     // N=5 N=4 N=3 N=2
259     { 0, 1, 4, 13, }, // 40%
260     { 0, 1, 5, 13, }, // 41%
261     { 0, 1, 5, 14, }, // 42%
262     { 0, 2, 6, 15, }, // 43%
263     { 0, 2, 6, 16, }, // 44%
264     { 0, 2, 7, 17, }, // 45%
265     { 1, 3, 8, 18, }, // 46%
266     { 1, 4, 9, 20, }, // 47%
267     { 1, 4, 9, 20, }, // 48%
268     { 2, 5, 11, 22, }, // 49%
269     { 2, 5, 11, 22, }, // 50%
270     { 2, 6, 12, 24, }, // 51%
271     { 3, 6, 13, 25, }, // 52%
272     { 3, 7, 14, 26, }, // 53%
273     { 4, 8, 14, 27, }, // 54%
274     { 4, 8, 15, 28, }, // 55%
275     { 5, 9, 17, 30, }, // 56%
276     { 5, 9, 17, 30, }, // 57%
277     { 6, 11, 19, 32, }, // 58%
278     { 7, 12, 20, 34, }, // 59%
279     { 8, 12, 20, 34, }, // 60%
280     { 9, 14, 22, 37, }, // 61%
281     { 9, 14, 23, 37, }, // 62%
282     { 10, 16, 25, 39, }, // 63%
283     { 11, 17, 26, 41, }, // 64%
284     { 12, 18, 27, 41, }, // 65%
285     { 13, 20, 28, 43, }, // 66%
286     { 14, 21, 30, 45, }, // 67%
287     { 15, 22, 31, 46, }, // 68%
288     { 17, 24, 33, 48, }, // 69%
289     { 17, 24, 34, 48, }, // 70%
290     { 19, 26, 36, 50, }, // 71%
291     { 20, 27, 37, 51, }, // 72%
292     { 21, 29, 39, 53, }, // 73%
293     { 23, 31, 41, 55, }, // 74%
294     { 23, 31, 41, 55, }, // 75%
295     { 26, 34, 44, 58, }, // 76%
296     { 28, 36, 46, 59, }, // 77%
297     { 29, 37, 47, 60, }, // 78%
298     { 34, 41, 50, 62, }, // 79%
299     { 34, 42, 51, 63, }, // 80%
300     { 38, 45, 55, 66, }, // 81%
301     { 39, 46, 55, 67, }, // 82%
302     { 44, 51, 60, 70, }, // 83%
303     { 44, 51, 60, 70, }, // 84%
304     { 49, 56, 64, 73, }, // 85%
305     { 50, 57, 64, 74, }, // 86%
306     { 57, 63, 69, 77, }, // 87%
307     { 58, 64, 70, 78, }, // 88%
308     { 68, 71, 76, 82, }, // 89%
309     { 68, 72, 77, 83, }, // 90%
310     { 75, 79, 81, 85, }, // 91%
311     { 86, 87, 89, 90, }, // 92%
312     { 88, 89, 90, 92, }, // 93%
313     { 90, 91, 92, 93, }, // 94%
314     { 91, 92, 93, 94, }, // 95%
315     { 92, 94, 94, 95, }, // 96%
316     { 93, 94, 95, 96, }, // 97%
317     { 94, 95, 95, 96, }, // 98%
318     { 94, 95, 96, 98, }, // 99%
319     { 95, 96, 97, 98, }, // 100%
320     },
321     // cover 0.6
322     {
323     // N=5 N=4 N=3 N=2
324     { 1, 2, 6, 15, }, // 40%
325     { 1, 3, 7, 16, }, // 41%
326     { 1, 3, 8, 17, }, // 42%
327     { 2, 4, 9, 18, }, // 43%
328     { 2, 4, 9, 19, }, // 44%
329     { 2, 5, 10, 20, }, // 45%
330     { 3, 5, 10, 21, }, // 46%
331     { 3, 6, 12, 22, }, // 47%
332     { 3, 6, 12, 23, }, // 48%
333     { 4, 8, 14, 25, }, // 49%
334     { 4, 8, 14, 25, }, // 50%
335     { 5, 8, 15, 26, }, // 51%
336     { 5, 9, 16, 27, }, // 52%
337     { 6, 10, 17, 29, }, // 53%
338     { 6, 11, 18, 30, }, // 54%
339     { 7, 11, 18, 31, }, // 55%
340     { 8, 12, 20, 32, }, // 56%
341     { 8, 13, 20, 33, }, // 57%
342     { 10, 14, 22, 35, }, // 58%
343     { 10, 15, 23, 37, }, // 59%
344     { 11, 16, 24, 37, }, // 60%
345     { 12, 18, 26, 39, }, // 61%
346     { 13, 18, 26, 40, }, // 62%
347     { 14, 20, 28, 42, }, // 63%
348     { 16, 22, 30, 43, }, // 64%
349     { 16, 22, 31, 44, }, // 65%
350     { 17, 23, 32, 45, }, // 66%
351     { 18, 25, 33, 47, }, // 67%
352     { 19, 26, 35, 48, }, // 68%
353     { 21, 27, 36, 50, }, // 69%
354     { 22, 29, 37, 51, }, // 70%
355     { 24, 30, 39, 52, }, // 71%
356     { 25, 32, 41, 53, }, // 72%
357     { 26, 33, 42, 55, }, // 73%
358     { 29, 35, 44, 57, }, // 74%
359     { 29, 36, 45, 57, }, // 75%
360     { 32, 39, 48, 60, }, // 76%
361     { 34, 41, 50, 61, }, // 77%
362     { 36, 43, 51, 62, }, // 78%
363     { 40, 46, 54, 65, }, // 79%
364     { 40, 46, 54, 65, }, // 80%
365     { 46, 52, 59, 68, }, // 81%
366     { 46, 52, 60, 69, }, // 82%
367     { 53, 59, 65, 73, }, // 83%
368     { 54, 60, 66, 73, }, // 84%
369     { 63, 67, 73, 78, }, // 85%
370     { 68, 71, 75, 79, }, // 86%
371     { 78, 80, 82, 85, }, // 87%
372     { 79, 81, 83, 85, }, // 88%
373     { 83, 85, 86, 87, }, // 89%
374     { 85, 86, 87, 89, }, // 90%
375     { 86, 88, 89, 90, }, // 91%
376     { 88, 89, 90, 91, }, // 92%
377     { 90, 90, 91, 92, }, // 93%
378     { 91, 92, 92, 93, }, // 94%
379     { 92, 93, 94, 94, }, // 95%
380     { 94, 94, 95, 95, }, // 96%
381     { 95, 95, 96, 96, }, // 97%
382     { 95, 96, 97, 97, }, // 98%
383     { 96, 96, 97, 98, }, // 99%
384     { 97, 98, 98, 99, }, // 100%
385     },
386     };