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root/freemol/trunk/src/mengine/src/gmmx_run.c
(Generate patch)
# Line 130 | Line 130
130          initialize();
131          nret = rd_sdf(infile);        
132          if (-1 == nret) return ;
133 <        if (FALSE == nret)  {
133 >        if (FALSE == nret)  
134 >          {
135             fprintf(logfile,"Strnum: %d Cannot handle aromatic bonds.  Try Kekule version.\n",i);
136            goto L_10;
137            natom = 0;
138 <        }
138 >          }
139          
140          if (natom == 1)
141          {
142             fprintf(logfile,"Strnum: %d has only one atom\n",i);
143             goto L_10;
144          }
144        //        if (i%20 == 0)
145        //            printf("Strnum: %d\n",files.nfiles);
145          if (nret == TRUE)
146            {
148            nc = close_contact(1);
149            if (nc == FALSE)
150              {
151                fprintf(logfile,"Strnum: %d CID: %s fails on bad contact\n",files.nfiles,Struct_Title);
152                strcpy(Savebox.fname,bad_contact);
153                sprintf(Struct_Title,"Bad Contact %d\n",i);
154                files.append = TRUE;
155                if (bcontact == FALSE)
156                  {
157                    files.append = FALSE;
158                    bcontact = TRUE;
159                  }
160                nbcontact++;
161                //write_sdf(flags);
162                //strcpy(Savebox.fname,std_file);
163                goto L_10;
164              }
165            ncount = natom;
166            for (j=1; j<= ncount; j++)
167              {
168                jj = 0;
169                if (atom[j].atomnum == 1)  // bridging hydrogens
170                  {
171                    if (atom[j].iat[0] != 0 && atom[j].iat[1] != 0)
172                      goto L_10;
173                  }
174              }
175            // TJO
176            if (flags & DO_ADDH) {
177             hdel(0);
178             hadd();
179            }
180            type();
181            // TJO
182            if (flags & DO_ADDH) {
183             hdel(0);
184            }
185            nret = setup_calculation();
186            if (nret == TRUE)
187              minimize();
188            end_calculation();
189
190            //           minim_control.method = 3;
147              // TJO
148 <            if (flags & DO_ADDH) {
148 >            if (flags & DO_ADDH)
149 >            {
150               hdel(0);
151               hadd();
152              }
153              type_mmx();
154          
155 +            //            minim_values.iprint = TRUE;
156              nret = setup_calculation();
157 +            //      if (minim_values.iprint == TRUE) exit(0);
158              if (nret == TRUE)
159                {
160                  minimize();

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines