ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/freemol/trunk/src/mengine/src/pcmod.h
(Generate patch)
# Line 1 | Line 1
1   /* NOTICE: this source code file has been modified for use with FreeMOL */
2 #ifndef True
3 #define True 1
4 #define False 0
5 #endif
6
7 #include "pcmsiz.h"
8
9 /* These flags allow us to choose whether to do the extra calculations */
10 #define DO_VIBRATION     2
11 #define DO_DIPOLE        4
12 #define DO_XLOGP         8
13 #define DO_ADDH         16
14
15 /* Global to indicate verbose output or not */
16 EXTERN int VERBOSE;
17
18 EXTERN  int     LPTYPE;
19
20 #define radian 57.29577951308
2  
3   #define         MMX             1
4   #define         MM2             2
# Line 31 | Line 12
12  
13   //  flags definitions
14   #define PI_MASK                 0
34 #define HBOND_MASK              1
15   #define AROMATIC_MASK           2
36 //  metal flags
37 #define METCOORD_MASK           3
38 #define SATMET_MASK             4
39 #define GT18e_MASK              5
40 #define LOWSPIN_MASK            6
41 #define SQPLAN_MASK             7
16  
17   // type rules
18   #define NO_RETYPE               8
45 //  invisible
46 #define VIS_MASK                9
47 //  minimize
48 #define MIN_MASK                10
49 // cpk surface
50 #define CPK_SURF                11
51 //  dotsurf
52 #define DOT_SURF                12
53 // Nterm, CNterm, Oterm, COterm, DUMMY
54 #define NTERM                   13
55 #define CNTERM                  14
56 #define OTERM                   15
57 #define COTERM                  16
58 #define DUMMY                   17
59 #define P5                      18
60 #define P3                      19
19   // Ring Size
20   #define RING3                   20
21   #define RING4                   21
# Line 65 | Line 23
23   #define RING6                   23
24  
25   /*  PCMODEL specific definitions */
26 < #ifndef ATOMTYPE
27 < typedef struct {
28 <                        double x,y,z;
29 <                        int type;
30 <                        int tclass;
31 <                        int mmx_type;
32 <                        int mm3_type;
33 <                        int mmff_type;
34 <                        int atomnum;
35 <                        double atomwt;
36 <                        float energy;
37 <                        int use;
38 <                        int iat[MAXIAT];
39 <                        int bo[MAXIAT];
40 <                        char name[3];
41 <                        double charge;
42 <                        float formal_charge;
43 <                        float sigma_charge;
86 <                        float radius;
87 <                        long int flags;
88 <                        } ATOMTYPE;
89 < #endif
90 <
91 < EXTERN struct t_units {
92 <        double bndunit, cbnd, qbnd;
93 <        double angunit, cang, qang, pang, sang, aaunit;
94 <        double stbnunit, ureyunit, torsunit, storunit, v14scale;
95 <        double aterm, bterm, cterm, dielec, chgscale;
96 <        } units;
26 >
27 > EXTERN struct t_atom {
28 >  int type[MAXATOM],tclass[MAXATOM],mmx_type[MAXATOM], mm3_type[MAXATOM], mmff_type[MAXATOM], atomnum[MAXATOM], use[MAXATOM];
29 >  int iat[MAXATOM][MAXIAT],bo[MAXATOM][MAXIAT];
30 >  long int flags[MAXATOM];
31 >  double x[MAXATOM], y[MAXATOM], z[MAXATOM], atomwt[MAXATOM];
32 >  double  charge[MAXATOM], formal_charge[MAXATOM], sigma_charge[MAXATOM], radius[MAXATOM];
33 >  char name[MAXATOM][3];
34 >  } atom;
35 >
36 > /*EXTERN struct t_atom {
37 >  int *type, *tclass, *mmx_type, *mm3_type, *mmff_type, *atomnum, *use;
38 >  int **iat, **bo;
39 >  long int *flags;
40 >  double *x, *y, *z, *atomwt;
41 >  double *charge, *formal_charge, *sigma_charge, *radius;
42 >  char name[1000][3];
43 >  } atom; */
44  
45  
99 EXTERN ATOMTYPE         atom[MAXATOM];
100 EXTERN int              last_atom;
46   EXTERN int              natom;
102 EXTERN char             Struct_Title[100];
47   EXTERN FILE             *pcmoutfile;
104 EXTERN FILE             *pcmlogfile;
48   EXTERN char             pcwindir[80];
106 EXTERN int              hbond_flag;
107 EXTERN int              default_intype, default_outtype;
49   EXTERN int              **skip;
50  

Diff Legend

Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines