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root/freemol/trunk/src/mengine/src/read_sdf.c
(Generate patch)
# Line 6 | Line 6
6   #include "atom_k.h"
7   #include "energies.h"
8   #include "fix.h"
9 + #include "dipmom.h"
10 + #include "draw.h"
11 + #include "vibrate.h"
12  
13   #define TABULATOR_INCLUDE_IMPLEMENTATION
14   #include "tabulator.h"
# Line 18 | Line 21
21                               float weight, covradius, vdwradius;
22                                int s,p,d,f,type ;
23                              } Elements[];
21 – EXTERN struct t_dipolemom {
22 –        double total, xdipole, ydipole, zdipole;
23 –       }  dipolemom;
24   EXTERN struct t_logp {
25          float logp;
26          } logp_calc;
27 – EXTERN struct t_vibdata {
28 –        char ptgrp[4];
29 –        float mom_ix,mom_iy,mom_iz;
30 –        float etot,htot,stot,gtot,cptot;
31 –       } vibdata;
27  
28   // ============================
29  
35 – int make_atom(int, float, float, float,char *);
36 – void make_bond(int, int, int);
30   int read_sdf(int,int);
31   int rd_sdf(FILE *);
32   void write_sdf(int);
40 – void message_alert(char *, char *);
33   void hdel(int);
34   FILE * fopen_path ( char * , char * , char * ) ;
35   int FetchRecord(FILE *, char *);
36   void avgleg(void);
37   void get_tag(char *,char *);
38 + static void mopaco(int start_atom,int end_atom);
39   // ==================================
40   /*
41   * flags - indicates whether dipole, xlogp or vibrational calculations were done
# Line 95 | Line 88
88          }
89      }
90      fprintf(wfile,"%s\n",Struct_Title);
91 <    fprintf(wfile," PCMODEL  v9.1   1.00000     0.00000\n");      
91 >    fprintf(wfile," MENGINE  v1.0   1.00000     0.00000\n");      
92      fprintf(wfile,"\n");      
93  
94      fprintf(wfile,"%3d%3d  0  0  0  0              1 V2000\n",natom,nbond);
# Line 128 | Line 121
121      fprintf(wfile,"> <MMFF94 energy>\n");
122      fprintf(wfile,"%f\n",energies.total);
123  
124 +    fprintf(wfile,"> <MMFF94_Atomtypes>\n");
125 +    fprintf(wfile,"+   Atom   Atomtype\n");
126 +    for (i=1; i <=natom; i++)
127 +      fprintf(wfile,"| %d %d\n",i,atom[i].type);
128 +    fprintf(wfile,"\n");
129 +
130      if (flags & DO_DIPOLE) {
131        fprintf(wfile,"> <dipole moment>\n");
132        fprintf(wfile,"%f\n",dipolemom.total);
# Line 433 | Line 432
432               }
433           }
434       }
435 +     // if (has_aromatic)
436 +     // need to deal with aromatic bonds
437 +     if (has_Aromatic)
438 +       mopaco(1,natom);
439       return Ret_Val;
440   }
441   // =====================
# Line 460 | Line 463
463          }
464      }
465   }
466 + /* ------------------------------------*/      
467 + // currently based on distance tests
468 + // this should be changed to only look at bonds passed in with bond order >= 4
469 + // but we need a mechanism to mark this -- Kevin  
470 + void mopaco(int istart,int ifinish)
471 + {
472 +     int i, ibi, ibj, it, j, jt, kk;
473 +     float disij, dx, dy, dz, r, xii, yii, zii,rbdis[4];
474 +
475 +        rbdis[0] = 1.42;
476 +        rbdis[1] = 1.25;
477 +        rbdis[2] = 1.37;
478 +        rbdis[3] = 1.25;
479 +
480 +        /*   find all double and triple bonds - search only types for
481 +         *  carbon, oxygen, nitrogen, sulfur, phosphorous */
482 +        for( i = istart; i <= (ifinish - 1); i++ )
483 +        {
484 +            it = atom[i].atomnum;
485 +            if( it == 6 || it == 7 || it == 8 || it == 15 || it == 16 )
486 +            {
487 +                for( j = 0; j < MAXIAT; j++ )
488 +                {
489 +                     if( atom[i].iat[j] != 0 )
490 +                     {
491 +                        jt = atom[atom[i].iat[j]].atomnum;
492 +                        if( jt == 6 || jt == 7 || jt == 8 || jt == 15 || jt == 16 )
493 +                        {
494 +                            xii = atom[i].x - atom[atom[i].iat[j]].x;
495 +                            yii = atom[i].y - atom[atom[i].iat[j]].y;
496 +                            zii = atom[i].z - atom[atom[i].iat[j]].z;
497 +                            if( fabs( xii ) <= 2.3 )
498 +                            {
499 +                               if( fabs( yii ) <= 2.3 )
500 +                               {
501 +                                  if( fabs( zii ) <= 2.3 )
502 +                                  {
503 +                                     disij = sqrt( xii*xii + yii*yii + zii*zii );
504 +                /*   c=o bond */
505 +                                     if( ((it == 8 && jt == 6) || (it == 6 && jt == 8)) && disij <=  rbdis[3] + 0.05 )
506 +                                     {
507 +                                         if( i < atom[i].iat[j] )
508 +                                            make_bond( i, atom[i].iat[j],1 );
509 +                /*  alkyne */
510 +                                     }else if( (it == 6 && jt == 6) &&  disij <= rbdis[1] )
511 +                                     {
512 +                                        if( i < atom[i].iat[j] )
513 +                                            make_bond( i, atom[i].iat[j],2 );
514 +                 /*  c=n */
515 +                                     }else if( ((it == 7 && jt == 6) || (it == 6 && jt == 7))
516 +                                                                  && disij <= rbdis[2] )
517 +                                     {
518 +                                        ibi = 0;
519 +                                        for( kk = 0; kk < MAXIAT; kk++ )
520 +                                        {
521 +                                           if( atom[i].bo[kk] !=  9 )
522 +                                              ibi = ibi + atom[i].bo[kk];
523 +                                        }
524 +                                        ibj = 0;
525 +                                        for( kk = 0; kk < MAXIAT; kk++ )
526 +                                        {
527 +                                           if( atom[atom[i].iat[j]].bo[kk]  != 9 )
528 +                                              ibj = ibj + atom[atom[i].iat[j]].bo[kk];
529 +                                        }
530 +                                        if( it == 7 )
531 +                                        {
532 +                                           if( ibi <= 2 && ibj <= 3 )
533 +                                           {
534 +                                             if( i < atom[i].iat[j] )
535 +                                                 make_bond( i, atom[i].iat[j], 1 );
536 +                                             break;
537 +                                           }
538 +                                         }else if( jt == 7 )
539 +                                         {
540 +                                            if( ibj <= 2 && ibi <= 3 )
541 +                                            {
542 +                                               if( i < atom[i].iat[j] )
543 +                                                  make_bond( i, atom[i].iat[j], 1 );
544 +                                               break;
545 +                                            }
546 +                                         }
547 +     /*nitrile */                    }else if( ((it == 7 && jt == 6) || (it == 6 && jt == 7)) && disij <= 1.18 )
548 +                                     {
549 +                                          if( i < atom[i].iat[j] )
550 +                                              make_bond( i, atom[i].iat[j], 2 );
551 +     /* N=O */                       }else if ( ((it == 7 && jt == 8) || (it == 8 && jt == 7)) && disij <= 1.26)
552 +                                     {
553 +                                         ibi = 0;
554 +                                         if (it == 7)
555 +                                         {
556 +                                             for (kk = 0; kk < MAXIAT; kk++)
557 +                                             {
558 +                                                 if (atom[i].bo[kk] != 9)
559 +                                                   ibi += atom[i].bo[kk];
560 +                                             }
561 +                                         } else
562 +                                         {
563 +                                             for (kk = 0; kk < MAXIAT; kk++)
564 +                                             {
565 +                                                 if (atom[atom[i].iat[j]].bo[kk] != 9)
566 +                                                   ibi += atom[atom[i].iat[j]].bo[kk];
567 +                                             }
568 +                                         }
569 +                                         if (ibi <= 3)
570 +                                         {
571 +                                            if ( i < atom[i].iat[j])
572 +                                                make_bond(i,atom[i].iat[j],1);
573 +                                            break;
574 +                                         }
575 +     /* c=c bond */                  }else if( (it == 6 && jt == 6) && disij <= rbdis[0] )
576 +                                     {
577 +                                         ibi = 0;
578 +                                         for( kk = 0; kk < MAXIAT; kk++ )
579 +                                         {
580 +                                            if( atom[i].bo[kk] != 9 )
581 +                                                  ibi = ibi + atom[i].bo[kk];
582 +                                         }
583 +                                         ibj = 0;
584 +                                         for( kk = 0; kk < MAXIAT; kk++ )
585 +                                         {
586 +                                            if( atom[atom[i].iat[j]].bo[kk] != 9 )
587 +                                               ibj = ibj + atom[atom[i].iat[j]].bo[kk];
588 +                                         }
589 +                                         if( ibi <= 3 && ibj <= 3 )
590 +                                         {
591 +                                            if( i < atom[i].iat[j] )
592 +                                               make_bond( i, atom[i].iat[j], 1 );
593 +                                         }
594 +                                       }
595 +                                   }
596 +                                 }
597 +                             }
598 +                          }
599 +                      }
600 +                 }
601 +            }
602 +        }
603 +        //        type();
604 +        return;
605 + }

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