ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | Root Listing
root/pymsxml/pymsxml.py
(Generate patch)
# Line 357 | Line 357
357              outStr += ">\n"
358              self.writeString(xmlFile,outStr)
359  
360 +            any = False
361 +            for (k,v) in d.items():
362 +                if k.startswith('scanOrigin.'):
363 +                    if not any:
364 +                        any = True
365 +                        outStr = "<scanOrigin"
366 +                    k,f = k.split(':')
367 +                    k = k[11:]
368 +                    outStr += (" %%s=\"%s\""%(f,))%(k,v)
369 +            if any:
370 +                outStr += "/>\n"
371 +            self.writeString(xmlFile,outStr)
372 +
373              if msLevel > 1:
374  
375                  if not d.has_key('precursorMz') :
# Line 812 | Line 825
825          self.theFMANSpecData = None
826          self.startTime = None
827          self.stopTime = None
828 +        self.applyPeakDetect = []
829          if peaks:
830              self.applyPeakDetect = map(int,peaks.split(','))
831  
# Line 953 | Line 967
967                                  'scan.experiment:%d':k,
968                                  'scan.sampleName:%s':sampleName
969                                  })
970 <                            d.update({'scanOrigin.parentID:%s': self.filehash[f],
970 >                            d.update({'scanOrigin.parentFileID:%s': self.filehash,
971                                        'scanOrigin.num:%d': spectrumCount})
972                              if msLevel == 1:
973                                  yield (dataArr,d)
# Line 1120 | Line 1134
1134                  if self.scanlevel == 2:
1135                      d.update({'precursorMz':self.precursorMz})
1136                  if self.scanmd.has_key('scanOrigin'):
1137 <                    d.update({'scanOrigin.parentID:%s': self.scanmd['scanOrigin']['parentID'],
1137 >                    d.update({'scanOrigin.parentFileID:%s': self.scanmd['scanOrigin']['parentFileID'],
1138                                'scanOrigin.num:%d': self.scanmd['scanOrigin']['num']})
1139                  for (k,v) in self.scanmd.items():
1140                      if not d.has_key(k):
# Line 1371 | Line 1385
1385  
1386   #   remove .set and .cts files to prevent DataExplorer crashes - DT 11-1-2006
1387      def remsettingsfile(self,fn):
1388 <
1389 <       if ((len(fn) > 3) and (fn[-4:].lower() == '.t2d')):
1390 <           path2del = fn[:-4] + '.cts'
1391 <           if os.path.exists(path2del):
1392 <               os.unlink(path2del)
1393 <           path2del = fn[:-4] + '.set'
1394 <           if os.path.exists(path2del):
1395 <               os.unlink(path2del)
1388 >        # print "rmsettingsfile: %s"%fn
1389 >        if ((len(fn) > 3) and (fn[-4:].lower() == '.t2d')):
1390 >            path2del = fn[:-4] + '.cts'
1391 >            if os.path.exists(path2del):
1392 >                os.unlink(path2del)
1393 >            path2del = fn[:-4] + '.set'
1394 >            if os.path.exists(path2del):
1395 >                os.unlink(path2del)
1396  
1397      def spectra(self):
1398          self.open()
# Line 1388 | Line 1402
1402  
1403              if f != prevfile:
1404                  self.deapp.Documents.Close()
1405 +                self.remsettingsfile(prevfile)
1406  
1407                  if not os.path.exists(f):
1408                      print >>sys.stderr, "Filename %s does not exist."%(f,)
1409                      sys.exit(1)
1410                  
1411                  self.remsettingsfile(f)
1397                self.remsettingsfile(prevfile)
1398
1412                  self.deapp.Documents.Open(f)
1413 +                # print "open %s"%f
1414 +
1415  
1416              doc = self.deapp.Documents.Item(0)
1417              sv = doc.SpecView
# Line 1451 | Line 1466
1466                  'plateID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['plateID'],
1467                  'spotID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['spotID'],
1468                  })
1469 <            d.update({'scanOrigin.parentID:%s': self.distinct_datafiles[f],
1469 >            d.update({'scanOrigin.parentFileID:%s': self.distinct_datafiles[f],
1470                        'scanOrigin.num:%d': i})
1471              if msLevel == 1:
1472                  yield (dataArr,d)
# Line 1466 | Line 1481
1481              prevfile = f
1482  
1483          self.deapp.Documents.Close()
1469
1484          self.remsettingsfile(prevfile)
1485 +        self.remsettingsfile(f)
1486              
1487      def getMsRunMetaData(self):
1488          self.open()

Diff Legend

Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines