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root/pymsxml/pymsxml.py
(Generate patch)
# Line 18 | Line 18
18          self.name_ = "PyMsXML"
19          self.majorVer = 0
20          self.minorVer = 5
21 <        self.revVer = 0
21 >        self.revVer = 1
22      def version(self):
23          return "%d.%d.%d"%(self.majorVer,self.minorVer,self.revVer)
24      def name(self):
# Line 518 | Line 518
518              prevSpec = s
519  
520          outStr = ""
521 <        for m in xrange(0,msLevel):
521 >        for m in xrange(0,len(ancestors)+1):
522              outStr += "</scan>\n"
523  
524          self.writeString(xmlFile,outStr)
# Line 1083 | Line 1083
1083          # print >>sys.stderr, ">>",self.context
1084          # sys.stderr.flush()
1085          if self.context.endswith(':msRun'):
1086 <            self.md['startTime'] = float(attrs['startTime'][2:-1])
1087 <            self.md['endTime'] = float(attrs['endTime'][2:-1])
1086 >            if attrs.has_key('startTime'):
1087 >                self.md['startTime'] = float(attrs['startTime'][2:-1])
1088 >            if attrs.has_key('endTime'):
1089 >                self.md['endTime'] = float(attrs['endTime'][2:-1])
1090          elif self.context.endswith(':parentFile'):
1091 <            self.md['fileName'] = unquote(attrs['fileName'])
1092 <            self.md['fileType'] = attrs['fileType']
1093 <            self.md['fileSha1'] = attrs['fileSha1']
1091 >            if not self.md.has_key('parentFile'):
1092 >                self.md['parentFile'] = []
1093 >            self.md['parentFile'].append((unquote(attrs['fileName']),attrs['fileType'],attrs['fileSha1']))
1094          elif self.context.endswith(':instrument'):
1095              self.md['msManufacturer'] = attrs['manufacturer']
1096              self.md['msModel'] = attrs['model']
# Line 1143 | Line 1145
1145              self.scannum = int(attrs['num'])
1146              if attrs.has_key('retentionTime'):
1147                  self.rt = float(attrs['retentionTime'][2:-1])
1148 <            self.endMz = float(attrs['endMz'])
1149 <            self.startMz = float(attrs['startMz'])
1148 >            if attrs.has_key('endMz'):
1149 >                self.endMz = float(attrs['endMz'])
1150 >            if attrs.has_key('startMz'):
1151 >                self.startMz = float(attrs['startMz'])
1152              self.polarity = attrs.get('polarity',None)
1153              for (k,v) in attrs.items():
1154                  self.scanmd[k] = v
# Line 1174 | Line 1178
1178                      spec.byteswap()
1179                  d = {'msLevel':self.scanlevel}
1180                  # Optional ('scan.' and prefixformat spec. needed)
1181 <                d.update({
1182 <                    'scan.retentionTime:PT%fS':self.rt,
1183 <                    'scan.startMz:%f':self.startMz,
1184 <                    'scan.endMz:%f':self.endMz
1185 <                    })
1181 >                if hasattr(self,'rt'):
1182 >                    d.update({'scan.retentionTime:PT%fS':self.rt})
1183 >                if hasattr(self,'startMz'):
1184 >                    d.update({'scan.startMz:%f':self.startMz})
1185 >                if hasattr(self,'endMz'):
1186 >                    d.update({'scan.endMz:%f':self.endMz})
1187                  if self.polarity != None:
1188                      d.update({'scan.polarity:%s':self.polarity})
1189                  if self.scanlevel == 2:
# Line 1274 | Line 1279
1279  
1280      def getMsRunMetaData(self):
1281          self.open()
1282 <        d = {'startTime:PT%fS':self.md['startTime'],
1283 <             'endTime:PT%fS':self.md['endTime']
1284 <             }
1282 >        d = {}
1283 >        if self.md.has_key('startTime'):
1284 >            d.update({'startTime:PT%fS':self.md['startTime']})
1285 >        if self.md.has_key('endTime'):
1286 >            d.update({'endTime:PT%fS':self.md['endTime']})
1287          return d
1288  
1289      def getFilenames(self):
1290 <        return [ (self.md['fileName'],self.md['fileType'],self.md['fileSha1']) ]
1290 >        return self.md['parentFile']
1291 >
1292 >    def msInstrumentID(self):
1293 >        return "1"
1294 >
1295 >    def peakDetect(self,level):
1296 >        return False
1297  
1298      def msManufacturer(self):
1299          return self.md.get('msManufacturer','')

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